AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons014_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240470
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0552	231	cobalamin biosynthesis protein (cbiJ)
#1	MJ0636	239	dihydrolipoamide dehydrogenase
#2	MJ0649	172	NADH oxidase (nox)
#3	MJ0654	169	dihydroorotase dehydrogenase (pyrD)
#4	MJ0815	28	conserved hypothetical protein
#5	MJ0818	162	M. jannaschii predicted coding region MJ0818
#6	MJ0965	38	uroporphyrin-III C-methyltransferase (cobA)
#7	MJ0995	57	VAR1 protein isolog
#8	MJ1444	224	DNA repair protein RAD2 (rad2)
#9	MJ1446	83	cytochrome-c3 hydrogenase, gamma chain
#10	MJ1537	148	M. jannaschii predicted coding region MJ1537
#11	MJ1575	300	GMP synthase (guaA)
#12	MJ1576	80	LemA protein
#13	MJ1577	29	M. jannaschii predicted coding region MJ1577
#14	MJ1578	66	cobalamin biosynthesis precorrin-3 methylase (cbiF)

Motif 1
AAAATATTTTATAAAAAGTATTTTAATGTCT	7	21	0
TAGAAGTTCTATAAAAACTTTTTGGTTAAGT	2	104	1
TTTCGCAGAGATAAAAATTTTTTAAGGAACT	10	28	1
ACATTTTACAATAAAAAATTTCGCCTCAATA	0	133	0
ATCAAAAAGGATAAAAAATAAT         	2	160	1
TTTTAATCAAATAAAAAATAAGAACAACAAC	1	153	0
AAATAAAATAATAAAAACTAAAAACTTAAAT	9	23	0
CTCTAACTCTATAAAAATAATC         	0	1	0
TAGATATTATTTAAAAAATTTTAA       	1	3	0
TTTTATTTGATTAAAAAATTTAATTGTAATT	1	168	1
GAAAGAATTAATAAAAAATTAGATAAATTAG	0	50	1
    CTAATAATAAAATTTATATAAGTTGAT	12	6	1
TTCAAAATTAATAAAATTTATTGATAAAGAT	8	161	0
AAATTTTCTATTAAAAACTAAAAATAAAATA	9	44	0
TAATGGTAAATTAAAAATTAAGAAAACATTA	3	100	0
TTGGAACGCTATAAAAAGATTACTATAATTT	5	79	1
AAGACCTACTATAAAAACAAAAACAAGAGGA	14	39	1
TAAAAAGAAAATAAAAAGAAAATAGATATTA	1	25	0
TAATTTACCATTAAAAATTTAATATCATAAT	3	118	1
CTATAGAAATTTAAAAAATTAAACCGTTTTT	8	40	1
       CCCATAAAAATTAGTATTAGAAGC	6	3	1
AAAGATACTAATAAAATATAAGGTGATAAA 	11	280	1
ATATAACTGCATAAAAGATATTTATAAAAAA	8	66	0
TAACTTTCTCTTAAAAAGAAAATAAAAAGAA	1	36	0
TTAATCTTAACTAAAAATTATAGTGTTTTTC	8	189	0
ATAATAATAGTTAAAATATTTTATAAAAAGT	7	33	0
TCCTGCCTTATTAAAAAATAGCAAGTTACTA	5	120	1
TGTCAAAAGAATAAAAGATTTACAATTAAGA	0	161	1
CCCCTAAAAATTAAAATTAATAA        	13	2	0
TTGCCTATACTTAAAATTAATAA        	4	15	1
TTCAAAGTTGTTAAAATTAATATTAATAATG	11	71	1
GATAATCATAATAAAAGAAATTTTAAAATAT	11	33	1
GAAAGTCCTATTAAAAATAAGT         	10	1	0
AAAAGAAATTTTAAAATATAGTGTCTTTCAA	11	45	1
          ******* ***
MAP Score: 56.1669

Motif 2
       CCAAAAGTTTTAAATACTAATTCTTATGGTATTA	3	145	0
TATATTTTAAAATTTCTTTTATTATGATTATCCTCCAAATT	11	24	0
TTTTACTAAAAGGTTCTTTCAAAATGTTTTTGAAAGATACT	11	248	1
ATATATTAGAAATTTATTTCACAATTATTGTATTAGTTAGA	2	67	1
TTTAAAATATAGTGTCTTTCAAAGTTGTTAAAATTAATATT	11	54	1
GCAGTTATATAGTGTTTTTCAAACTTCTTAAATAACTAAGG	8	87	1
          ATTATTTTTTATCCTTTTTGATGATCATGAT	2	151	0
ATGAATTTTGATAGTATTAGAATTAGCTTCTTATTATTATC	3	29	1
GTTTTAAAAGAAACTTTTAGAAAAAGTTTCATCAAAATTGA	5	22	0
TTATTTGATTAAAAAATTTAATTGTAATTGTTATTAACCAT	1	170	1
ACTTTTTATAAAATATTTTAACTATTATTATAAG       	7	33	1
AAGAAAATAGATATTATTTAAAAAATTTTAA          	1	0	0
ATAGAAATTTAAAAAATTAAACCGTTTTTTATAAATATCTT	8	42	1
GGGATTAAGGACAAACTTTAAAGCTTTTTTATTGAGGCGAA	0	104	1
TATGTTTGATATCAACTTATATAAATTTTATTATTAG    	12	6	0
GGATTATCCTAATAAATTATAGTAATCTTTTTATAGCGTTC	5	82	0
AATCTTTATCAATAAATTTTATTAATTTTGAAAAACACTAT	8	160	1
  TTTTCATAAGTAAATTTTATTAATTTTGAAAGACCTACT	14	8	1
TAATTTATCTAATTTTTTATTAATTCTTTCTAAAATTTCAG	0	39	0
TAATAATCTTATTCTATTTTTAAGTTATTTTTAGTAATATA	2	31	1
AATAATATCTATTTTCTTTTTATTTTCTTTTTAAGAGAAAG	1	23	1
TTTAGGCATCAGTTCCTTAAAAAATTTTTATCTCTGCGAAA	10	28	0
TTAAGTTTTTAGTTTTTATTATTTTATTTTTAGTTTTTAAT	9	25	1
TTATGATATTAAATTTTTAATGGTAAATTAAAAATTAAGAA	3	107	0
TTATCACCAAAGACATTAAAATACTTTTTATAAAATATTTT	7	11	1
TTTTATTTTTAGTTTTTAATAGAAAATTTTATAATTCAGGT	9	46	1
AATAAGTTATAGCTTCTAATACTAATTTTTATGGG      	6	4	0
TTTATATTCAATAACATTAAACCAATTTTTAATT       	1	215	1
TTTACAATTAAGAGATTTTTTGACTTTTTGAGCATATACAA	0	179	1
         TAAGATATATATTCAATTTTGATGAAACTTTT	5	1	1
          *   * *** *   *  ** *
MAP Score: 35.4135

Motif 3
TATAAAAACTTTTTGGTTAAGTTCATTTTTGTGTCAAAA	2	113	1
AGAAAATAGATATTATTTAAAAAATTTTAA         	1	1	0
ATTAAACCGTTTTTTATAAATATCTTTTATGCAGTTATA	8	57	1
GGCGTTCAAATCTTTATCAATAAATTTTATTAATTTTGA	8	152	1
TTGATGAACCTTTTACTAAAAGGTTCTTTCAAAATGTTT	11	238	1
TTGATGAAACTTTTTCTAAAAGTTTCTTTTAAAACCTCA	5	28	1
ATTTCTAATATATTACTAAAAATAACTTAAAAATAGAAT	2	41	0
TGGAGGATAATCATAATAAAAGAAATTTTAAAATATAGT	11	28	1
TCCCCTCTTTTATTATTTAATAATCTTATTCTATTTTTA	2	14	1
ATTAAAATACTTTTTATAAAATATTTTAACTATTATTAT	7	25	1
AGTTATATAGTGTTTTTCAAACTTCTTAAATAACTAAGG	8	89	1
ATTTTATTAGTATCTTTCAAAAACATTTTGAAAGAACCT	11	258	0
        ACTTATTTTTAATAGGACTTTCGCAGAGATA	10	2	1
ACCATTAACTTTATATTCAATAACATTAAACCAATTTTT	1	206	1
AATAAAAGATTTACAATTAAGAGATTTTTTGACTTTTTG	0	170	1
      GACTTCACCATAAATAGACTTTTGTATATGCTC	0	208	0
TAAAATATAGTGTCTTTCAAAGTTGTTAAAATTAATATT	11	56	1
TAAATTTTATTAATTTTGAAAAACACTATAATTTTTAGT	8	172	1
TTTTTATCCTTTTTGATGATCATGATTTTGACACAAAAA	2	138	0
AAGTTTTTAGTTTTTATTATTTTATTTTTAGTTTTTAAT	9	27	1
TATTTATATTTTACCCTAAATAGGACTTTCGCAGTTCAT	10	94	0
          TTTTCATAAGTAAATTTTATTAATTTTGA	14	0	1
TTTAGGCATCAGTTCCTTAAAAAATTTTTATCTCTGCGA	10	30	0
TTAATAACAATTACAATTAAATTTTTTAATCAAATAAAA	1	168	0
TTATTAATTTTAATTTTTAGGGGATTTTT          	13	10	1
ACAATTATTGTATTAGTTAGAAGTTCTATAAAAACTTTT	2	87	1
TTATCTAATTTTTTATTAATTCTTTCTAAAATTTCAGTA	0	37	0
ATAGTGTGTATTTCTATAATGTTTTCTTAATTTTTAATT	3	84	1
AGCGTTCAAATATCCATTATTAATATTAATTTTAACAAC	11	77	0
          * **  * **     ****
MAP Score: 33.6934

Motif 4
AAATTAGATAAATTAGATGATATTTATGAAAT	0	65	1
TCTAAAAGGGATTAAGGACAAACTTTAAAGCT	0	97	1
AAGCTTTTTTATTGAGGCGAAATTTTTTATTG	0	124	1
TTTATTTTCTTTTTAAGAGAAAGTTATTCTCA	1	41	1
TTAAATAATAAAAGAGGGGATAGT        	2	2	0
TTAAGATTAAATGTAGGGGATAAC        	8	210	1
AAATTTTATAATTCAGGTGATATT        	9	69	1
CGAAAGTCCTATTTAGGGTAAAATATAAATAT	10	102	1
ACTAATAAAATATAAGGTGATAAA        	11	286	1
ATAAAATTTATATAAGTTGATATCAAACATAC	12	16	1
CAAATTCTTTTTTGTGGTGAAATT        	12	66	1
TAATTTTAATTTTTAGGGGATTTTT       	13	14	1
          *** *** ****
MAP Score: 0.78425