AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons014_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240481 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0552 231 cobalamin biosynthesis protein (cbiJ) #1 MJ0553 300 M. jannaschii predicted coding region MJ0553 #2 MJ0634 300 conserved hypothetical protein #3 MJ0635 219 M. jannaschii predicted coding region MJ0635 #4 MJ0636 239 dihydrolipoamide dehydrogenase #5 MJ0649 172 NADH oxidase (nox) #6 MJ0654 169 dihydroorotase dehydrogenase (pyrD) #7 MJ0815 28 conserved hypothetical protein #8 MJ0818 162 M. jannaschii predicted coding region MJ0818 #9 MJ0820 263 M. jannaschii predicted coding region MJ0820 #10 MJ0821 70 M. jannaschii predicted coding region MJ0821 #11 MJ0822 300 S-layer structural protein #12 MJ0965 38 uroporphyrin-III C-methyltransferase (cobA) #13 MJ0995 57 VAR1 protein isolog #14 MJ1424 202 tRNA intron endonuclease (endA) #15 MJ1425 25 malate dehydrogenase #16 MJ1427 97 M. jannaschii predicted coding region MJ1427 #17 MJ1430 88 phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase (hisIE) #18 MJ1432 21 conserved hypothetical protein #19 MJ1435 85 M. jannaschii predicted coding region MJ1435 #20 MJ1436 140 conserved hypothetical protein #21 MJ1440 131 conserved hypothetical protein #22 MJ1441 144 magnesium chelatase subunit (chlH) #23 MJ1442 168 M. jannaschii predicted coding region MJ1442 #24 MJ1443 36 conserved hypothetical protein #25 MJ1444 224 DNA repair protein RAD2 (rad2) #26 MJ1446 83 cytochrome-c3 hydrogenase, gamma chain #27 MJ1537 148 M. jannaschii predicted coding region MJ1537 #28 MJ1575 300 GMP synthase (guaA) #29 MJ1576 80 LemA protein #30 MJ1577 29 M. jannaschii predicted coding region MJ1577 #31 MJ1578 66 cobalamin biosynthesis precorrin-3 methylase (cbiF) Motif 1 TGCGCAATTGATAAAAATTAGATAAAATAA 3 34 0 TTTTAAATGGATAAAAATTAATTTTGATAT 11 81 0 CCCATAAAAATTAGTATTAGAAG 12 3 1 CTAATAATAAAATTTATATAAGTTGA 29 6 1 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