AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons015_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240510
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0128	145	conserved hypothetical protein
#1	MJ0436	300	queuine tRNA-ribosyltransferase (tgtA)
#2	MJ1217	41	conserved hypothetical protein
#3	MJ1219	69	M. jannaschii predicted coding region MJ1219
#4	MJ1220	69	type I restriction-modification enzyme 1, M subunit
#5	MJ1379	196	conserved hypothetical protein

Motif 1
AAATTGCTGAAGAAAAAGGGATTCACAAATTAATTGGCTTTGATA	1	200	1
AATTCTTAAAATAAAATTTTATTATTAATAAAAATTTGGTGAAAC	0	109	1
ACATCCAATTACATAGTGAAAACATTAAAATAACTATCTAAGTTG	4	26	1
TACATAACCTATAAAACAAAACATTTAAGAGAAATTGCTGAAGAA	1	169	1
AATCCATTAATTACACATATAATTCCAACTAAAGTTACCAATATT	5	105	0
        AATAAAATTTTTATTGTTAATAAAATTTTGCTGGTGA	2	2	1
TTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAATATATTAATTTTGATGAATC	5	17	1
TTTCCAACTTTAACAATTAGAGAAAAATTTTAAATATTATGTAGT	0	49	0
ATGCAATGGGAAGAATAGGGATCTTAAACATAAATGGAAAGAAGA	1	21	1
ATTGTTAAAGTTGGAAAACAAGGAAAAACTTAAATTCTTAAAATA	0	77	1
CCATTTATATAAAGAAACTTTATTTTAAGTTAATTACTACATAAT	0	14	1
TTGGCATTAAAGAGGGTTAAAGAAGAATAAGAAATATAGTATATA	5	151	1
TGAGGGATTTTAAGAGCTGGAAGTTAATTTAATTTGTTTGATTGA	3	19	1
TTGATGAATCTTATATTTGTAGCATTAACATTATTGGCTTTAATA	5	52	1
          * * *     *     ** * ** *
MAP Score: 12.6989

Motif 2
GTAATTAACTTAAAATAAAGTTTCTTTATATAAATGGTGCT  	0	8	0
AGAGAAAAATTTTAAATATTATGTAGTAATTAACTTAAAATAA	0	33	0
ACATAATATTTAAAATTTTTCTCTAATTGTTAAAGTTGGAAAA	0	52	1
GAAAACAAGGAAAAACTTAAATTCTTAAAATAAAATTTTATTA	0	90	1
ATTCTTAAAATAAAATTTTATTATTAATAAAAATTTGGTGAAA	0	110	1
ATGCAATGGGAAGAATAGGGATCTTAAACATAAATGGAAAGAA	1	21	1
AAATTGCTGAAGAAAAAGGGATTCACAAATTAATTGGCTTTGA	1	200	1
          AATAAAATTTTTATTGTTAATAAAATTTTGCTG	2	0	1
ATCAAACAAATTAAATTAACTTCCAGCTCTTAAAATCCCTCAA	3	18	0
    GGTATCACCAACTTAGATAGTTATTTTAATGTTTTCACT	4	40	0
TTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAATATATTAATTTTGATGAA	5	17	1
TATTAAAGCCAATAATGTTAATGCTACAAATATAAGATTCATC	5	54	0
AACTAAAGTTACCAATATTCTTCCAGTTATTAAAGCCAATAAT	5	81	0
          *  **      *  *  * ****
MAP Score: 11.2646

Motif 3
AAATTCTTAAAATAAAATTTTATTATTAATA	0	108	1
          AATAAAATTTTTATTGTTAAT	2	0	1
TTTTATTGTTAATAAAATTTTGCTGGTGAAA	2	18	1
TTTTATTATTAATAAAAATTTGGTGAAACT 	0	125	1
TAATGCTACAAATATAAGATTCATCAAAATT	5	48	0
CCATTTATATAAAGAAACTTTATTTTAAGTT	0	14	1
TAACAATTAGAGAAAAATTTTAAATATTATG	0	53	0
TGAAAACATTAAAATAACTATCTAAGTTGGT	4	42	1
AAAAGAAACCAAAATAAATATATTAATTTTG	5	24	1
TAACCTATAAAACAAAACATTTAAGAGAAAT	1	173	1
CCAAATCCAAAAAAACAGATTGTATCGATGG	1	98	1
TTATTTTAAGAATTTAAGTTTTTCCTTGTTT	0	92	0
TAAAATCCCTCAAAAAAATAT          	3	0	0
          ******* ***
MAP Score: 10.6836

Motif 4
CTCCTAACTGAAAAGAACCACTATCTGTAACAATTACTTT	1	244	0
          AATAAAATTTTTATTGTTAATAAAATTTTG	2	0	1
CAATGGGAAGAATAGGGATCTTAAACATAAATGGAAAGAA	1	24	1
TAAATTCTTAAAATAAAATTTTATTATTAATAAAAATTTG	0	107	1
TGGCTTTAATAACTGGAAGAATATTGGTAACTTTAGTTGG	5	86	1
TAACCTATAAAACAAAACATTTAAGAGAAATTGCTGAAGA	1	173	1
GGAAATTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAATATATTAATT	5	12	1
ATTGCTGAAGAAAAAGGGATTCACAAATTAATTGGCTTTG	1	202	1
TGGATTTAATAAATAAATTGGCAGATGTTATCATCACAAC	1	126	1
CAAACAAATTAAATTAACTTCCAGCTCTTAAAATCCCTCA	3	19	0
CTAATTGTTAAAGTTGGAAAACAAGGAAAAACTTAAATTC	0	74	1
ATTAACTTAAAATAAAGTTTCTTTATATAAATGGTGCT  	0	8	0
ACTTTATTTTAAGTTAATTACTACATAATATTTAAAATTT	0	30	1
GTTAAAGAAGAATAAGAAATATAGTATATAGTGTGAAACC	5	166	1
 GGTATCACCAACTTAGATAGTTATTTTAATGTTTTCACT	4	40	0
TCTTCCAGTTATTAAAGCCAATAATGTTAATGCTACAAAT	5	66	0
ATGGAAAGAAGATTGAGACACCAACAATAATGCCTGTTAT	1	54	1
          ** * **    **    ***
MAP Score: 10.1825

Motif 5
CTTAAAATAAAGTTTCTTTATATAAATGGTGCT      	0	4	0
ATAAAATTTTATTATTAATAAAAATTTGGTGAAACT   	0	119	1
GGAAGAATAGGGATCTTAAACATAAATGGAAAGAAGATT	1	29	1
TTGTATCGATGGATTTAATAAATAAATTGGCAGATGTTA	1	117	1
GTTTTGTTTTATAGGTTATGTATGAGTTGTGATGATAAC	1	152	0
TTCTTCAGCAATTTCTCTTAAATGTTTTGTTTTATAGGT	1	175	0
CAAATTAATTGGCTTTGATAAAGTAATTGTTACAGATAG	1	225	1
TTTTCAGTTAGGAGTTTATGGAGATGTTGAAGTTGAACC	1	270	1
TAAAATTTTTATTGTTAATAAAATTTTGCTGGTGAAATT	2	12	1
ATTAATTTTGATGAATCTTATATTTGTAGCATTAACATT	5	45	1
ATTGGCTTTAATAACTGGAAGAATATTGGTAACTTTAGT	5	84	1
AATTATATGTGTAATTAATGGATTATTGGCATTAAAGAG	5	126	1
          **   *  ** *  * ***
MAP Score: 4.57856

Motif 6
     AGCACCATTTATATAAAGAAACTTT	0	5	1
GTAGTAATTAACTTAAAATAAAGTTTCTTT	0	24	0
TAAATTCTTAAAATAAAATTTTATTATTAA	0	107	1
TTTTATTATTAATAAAAATTTGGTGAAACT	0	125	1
GAATAGGGATCTTAAACATAAATGGAAAGA	1	33	1
CACCCAAATCCAAAAAAACAGATTGTATCG	1	95	1
TTTTATTAACAATAAAAATTTTATT     	2	5	0
TTTTTATTGTTAATAAAATTTTGCTGGTGA	2	17	1
TAAAATCCCTCAAAAAAATAT         	3	1	0
ACCCTACATCCAATTACATAGTGAAAACAT	4	21	1
ATAGTGAAAACATTAAAATAACTATCTAAG	4	38	1
AAGAAACCAAAATAAATATATTAATTTTGA	5	26	1
ATATAAGATTCATCAAAATTAATATATTTA	5	38	0
ATATTTGTAGCATTAACATTATTGGCTTTA	5	64	1
AAAGAAGAATAAGAAATATAGTATATAGTG	5	169	1
          **********
MAP Score: 0.445939

Motif 7
AGCACCATTTATATAAAGAAACTTTATTTTAAGTTAA	0	10	1
CAATTAGAGAAAAATTTTAAATATTATGTAGTAATTA	0	44	0
TTAAAGTTGGAAAACAAGGAAAAACTTAAATTCTTAA	0	81	1
ACTTAAATTCTTAAAATAAAATTTTATTATTAATAAA	0	104	1
GATCTTAAACATAAATGGAAAGAAGATTGAGACACCA	1	40	1
TACATAACCTATAAAACAAAACATTTAAGAGAAATTG	1	169	1
AATTACTTTATCAAAGCCAATTAATTTGTGAATCCCT	1	216	0
AATTTTATTAACAATAAAAATTTTATT          	2	0	0
AATCAATCAAACAAATTAAATTAACTTCCAGCTCTTA	3	29	0
GGAAATTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAATATATTA	5	12	1
ATAAGATTCATCAAAATTAATATATTTATTTTGGTTT	5	29	0
ATTGGCTTTAATAACTGGAAGAATATTGGTAACTTTA	5	84	1
CAATAATCCATTAATTACACATATAATTCCAACTAAA	5	117	0
AGAGGGTTAAAGAAGAATAAGAAATATAGTATATAGT	5	161	1
          * ** *  **  ** **
MAP Score: 0.00995899