AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons015_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240530
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0128	145	conserved hypothetical protein
#1	MJ0436	300	queuine tRNA-ribosyltransferase (tgtA)
#2	MJ1217	41	conserved hypothetical protein
#3	MJ1219	69	M. jannaschii predicted coding region MJ1219
#4	MJ1220	69	type I restriction-modification enzyme 1, M subunit
#5	MJ1378	184	carbamoyl-phosphate synthase, medium subunit (carB1)
#6	MJ1379	196	conserved hypothetical protein

Motif 1
AGGGATTCACAAATTAATTGGCTTTGATAAAGTAATTGTT	1	216	1
AACAAGGAAAAACTTAAATTCTTAAAATAAAATTTTATTA	0	93	1
ACTTAACTTTAAGTATCCTTTTCCTAATAATCAGTTAAGG	5	44	0
       AATAAAATTTTTATTGTTAATAAAATTTTGCTG	2	3	1
 GGTATCACCAACTTAGATAGTTATTTTAATGTTTTCACT	4	40	0
TAATATTTAAAATTTTTCTCTAATTGTTAAAGTTGGAAAA	0	55	1
TTGTAGCATTAACATTATTGGCTTTAATAACTGGAAGAAT	6	68	1
TAAATATATTAATTTTGATGAATCTTATATTTGTAGCATT	6	38	1
GAATATTGGTAACTTTAGTTGGAATTATATGTGTAATTAA	6	104	1
AAACAAATTAAATTAACTTCCAGCTCTTAAAATCCCTCAA	3	18	0
AGGATACTTAAAGTTAAGTAACATAAATATAGTTATGCAA	5	65	1
GAAAAATTTTAAATATTATGTAGTAATTAACTTAAAATAA	0	33	0
ATTAACTTAAAATAAAGTTTCTTTATATAAATGGTGCT  	0	8	0
TAATCTGAATAATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAAA	5	133	1
CTTAAAATAAAATTTTATTATTAATAAAAATTTGGTGAAA	0	113	1
CAATGGGAAGAATAGGGATCTTAAACATAAATGGAAAGAA	1	24	1
          ** **   *     * ****
MAP Score: 18.2757

Motif 2
AGGGATCTTAAACATAAATGGAAAGAAGATT	1	37	1
AGGGATTCACAAATTAATTGGCTTTGATAAA	1	216	1
TTGTAGCATTAACATTATTGGCTTTAATAAC	6	68	1
TGGCTTTGATAAAGTAATTGTTACAGATAGT	1	234	1
AATATTGTAAAATATTATTGTGGTGGATATT	5	162	1
GCTGGAAGTTAATTTAATTTGTTTGATTGAT	3	34	1
TGGATTTAATAAATAAATTGGCAGATGTTAT	1	126	1
TAAGGTTTTTAAAGTTAATGGTAGGTAAATG	5	18	0
TAATAACTGGAAGAATATTGGTAACTTTAGT	6	92	1
AAAGTTTCTTTATATAAATGGTGCT      	0	4	0
ATGTTTTCACTATGTAATTGGATGTAGGGTG	4	20	0
AAGTTAATGGTAGGTAAATGGTGATAAT   	5	7	0
AAATTCTTAAAATAAAATTTTATTATTAATA	0	108	1
          AATAAAATTTTTATTGTTAAT	2	0	1
TTTTATTGTTAATAAAATTTTGCTGGTGAAA	2	18	1
TTTTATTATTAATAAAAATTTGGTGAAACT 	0	125	1
TATATAAAGAAACTTTATTTTAAGTTAATTA	0	19	1
AAAAGAAACCAAAATAAATATATTAATTTTG	6	24	1
AAAGTTAAGTAACATAAATATAGTTATGCAA	5	74	1
CAAAACATTTAAGAGAAATTGCTGAAGAAAA	1	185	1
CTTAGATAGTTATTTTAATGTTTTCACTATG	4	37	0
AGATAATCTGAATAATAATAGTTAAATATAT	5	130	1
AATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAATAT	5	146	1
          ** ********
MAP Score: 17.8606

Motif 3
TAACAATTAGAGAAAAATTTTAAATATTATGTAGTAATTA	0	44	0
ACAAGGAAAAACTTAAATTCTTAAAATAAAATTTTATTAT	0	94	1
AATGGGAAGAATAGGGATCTTAAACATAAATGGAAAGAAG	1	25	1
TGCTGAAGAAAAAGGGATTCACAAATTAATTGGCTTTGAT	1	204	1
TTAGGAGTTTATGGAGATGTTGAAGTTGAACCA       	1	277	1
          AATAAAATTTTTATTGTTAATAAAATTTTG	2	0	1
GGTATCACCAACTTAGATAGTTATTTTAATGTTTTCACTA	4	39	0
TTTTAAAGTTAATGGTAGGTAAATGGTGATAAT       	5	3	0
GATTATTAGGAAAAGGATACTTAAAGTTAAGTAACATAAA	5	52	1
GAGCTTTTAAAATTGCATAACTATATTTATGTTACTTAAC	5	77	0
GCAATTTTAAAAGCTCATCCTCAATATTAAGATAATCTGA	5	101	1
TATTAAGATAATCTGAATAATAATAGTTAAATATATAAAT	5	125	1
AGAAACCAAAATAAATATATTAATTTTGATGAATCTTATA	6	27	1
TGAATCTTATATTTGTAGCATTAACATTATTGGCTTTAAT	6	56	1
          *   * **  * **  * **
MAP Score: 15.2665

Motif 4
 AGCACCATTTATATAAAGAAACTTTATTTTAAGTTAATTAC	0	9	1
TTATTTTAAGTTAATTACTACATAATATTTAAAATTTTTCTC	0	33	1
TTGTTAAAGTTGGAAAACAAGGAAAAACTTAAATTCTTAAAA	0	78	1
CAAATTTTTATTAATAATAAAATTTTATTTTAAGAATTTAAG	0	105	0
AATAGGGATCTTAAACATAAATGGAAAGAAGATTGAGACACC	1	34	1
CAGTTAGGAGTTTATGGAGATGTTGAAGTTGAACCA      	1	274	1
CCAGCAAAATTTTATTAACAATAAAAATTTTATT        	2	2	0
TTATTTCTAATCAATCAAACAAATTAAATTAACTTCCAGCTC	3	32	0
TAAGATAATCTGAATAATAATAGTTAAATATATAAATATTGT	5	128	1
TGGGAAATTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAATATATTAATT	6	10	1
CTTTAATAACTGGAAGAATATTGGTAACTTTAGTTGGAATTA	6	89	1
TTAAAGAGGGTTAAAGAAGAATAAGAAATATAGTATATAGTG	6	157	1
          *  ** *  *     ** ** *
MAP Score: 12.1819

Motif 5
CCATTTATATAAAGAAACTTTATTTTAAGTTAATTACTACATAATA	0	14	1
TCTAATTGTTAAAGTTGGAAAACAAGGAAAAACTTAAATTCTTAAA	0	73	1
 AGTTTCACCAAATTTTTATTAATAATAAAATTTTATTTTAAGAAT	0	110	0
TGGGAAGAATAGGGATCTTAAACATAAATGGAAAGAAGATTGAGAC	1	27	1
CACAACTCATACATAACCTATAAAACAAAACATTTAAGAGAAATTG	1	160	1
TTCACCAGCAAAATTTTATTAACAATAAAAATTTTATT        	2	2	0
ACATCCAATTACATAGTGAAAACATTAAAATAACTATCTAAGTTGG	4	26	1
AAGGTTTTTAAAGTTAATGGTAGGTAAATGGTGATAAT        	5	2	0
TTATTAGGAAAAGGATACTTAAAGTTAAGTAACATAAATATAGTTA	5	54	1
CTCATCCTCAATATTAAGATAATCTGAATAATAATAGTTAAATATA	5	114	1
      TGGGAAATTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAATATATTAA	6	4	1
AATGCTACAAATATAAGATTCATCAAAATTAATATATTTATTTTGG	6	32	0
GGCATTAAAGAGGGTTAAAGAAGAATAAGAAATATAGTATATAGTG	6	153	1
          * ***      *    **   *  **
MAP Score: 8.90687

Motif 6
TGTTAAAGTTGGAAAACAAGGAAAAACTTAA	0	79	1
GATGCAATGGGAAGAATAGGGATCTTAAACA	1	20	1
TAAATGGAAAGAAGATTGAGACACCAACAAT	1	51	1
ATTGAGACACCAACAATAATGCCTGTTATCC	1	65	1
AGAAATTGCTGAAGAAAAAGGGATTCACAAA	1	198	1
TTTTCAGTTAGGAGTTTATGGAGATGTTGAA	1	270	1
TTTTTTTGAGGGATTTTAAGAGCTGGAAGTT	3	13	1
AGCTCATCCTCAATATTAAGATAATCTGAAT	5	112	1
AAGATAATCTGAATAATAATAGTTAAATATA	5	129	1
        TGGGAAATTATGAAAAAAGAAAC	6	2	1
TAAGATTCATCAAAATTAATATATTTATTTT	6	34	0
GTTAATGCTACAAATATAAGATTCATCAAAA	6	50	0
TTAATAACTGGAAGAATATTGGTAACTTTAG	6	91	1
ACTTTAGTTGGAATTATATGTGTAATTAATG	6	115	1
GAGGGTTAAAGAAGAATAAGAAATATAGTAT	6	162	1
          *** *******
MAP Score: 4.70799