AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons016_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240553
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0146	288	2-ketoglutarate ferredoxin oxidoreductase, subunit delta (korD)
#1	MJ0266	27	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit beta (porB)
#2	MJ0267	21	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit alpha (porA)
#3	MJ0269	283	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit gamma (porG)
#4	MJ0276	119	2-ketoglutarate ferredoxin oxidoreductase, subunit alpha (korA)
#5	MJ0537	276	2-ketoglutarate ferredoxin oxidoreductase, subunit beta (korB)
#6	MJ0623	300	conserved hypothetical protein
#7	MJ0722	150	ferredoxin (fdxA)

Motif 1
          ATAATTTTATTTAAATAATTTTTTAAG   	1	0	1
TTATGCCTAAACTATTTTCGTTAATTGCTTAAATCTCCAA	3	192	1
ATAGTAAATAATATCCTTTGATAATTGGTTATAAGTTGGG	0	24	0
ACACTATAGCAGTTCCTTTTTTAACTCCTTCAATATAATA	3	78	0
TTATTTAATTAAAAACTTTGATAATTGGTTAAATGGACGA	0	99	1
TAGCCCATGCTTCTATTTTTTTAAATTGTTATTTTCTTCT	4	16	1
ATAATATAATAGGACTTTTTATATATAGTTTGTGGTGGTG	6	16	0
GAGTTTTTGTTCAACTTTTACTAAAAGTTTCTTTTAAAAC	0	185	1
GTTGTTCGAGTAACCTTTTACTAAAAGGTTGGGAGCAATG	5	129	1
TAAGTTTTGATCAACCTTTTCTAAAAGGTTGTTCGAGTAA	5	102	1
TAAGAAGGCGTTCAATTTTCATATTTAATTTTAATCATTT	7	66	1
TTAAATCTCCAAAACTTTATATATTACTTTTAATAATTGT	3	220	1
TTAAATTGTTATTTTCTTCTCTATTATATTATAGTCGTTA	4	36	1
CTATTGGGATACCTATTTAACTAAGTTTTGATCAACCTTT	5	81	1
TTTATATAATATAACCTTGTGTTAATATTTAACGACTATA	4	65	0
          *    ***   *** *  **
MAP Score: 16.7453

Motif 2
AATGCATCTGTTTTGATCAACGCACCATAGC	5	44	1
TTTAACTAAGTTTTGATCAACCTTTTCTAAA	5	96	1
AATGGACGAGTTTTGATGAAACCGAAGCGTT	0	130	1
TTATCAAAGTTTTTAATTAAATAAGGCACAT	0	92	0
TTAAGCCCTATTTTAATCAAACGAACTCATC	5	200	0
TAAAAGAAACTTTTAGTAAAAGTTGAACAAA	0	190	0
GCTCCCAACCTTTTAGTAAAAGGTTACTCGA	5	134	0
CTCGAAGAGTTTTTGTTCAACTTTTACTAAA	0	179	1
      ATAATTTTATTTAAATAATTTTTTA	1	4	1
TAAAAAGGAATTATAATGAACGCCTTCTATA	7	37	1
ACAACATCATTTTTAGAGAAAGACTATGTAA	3	135	1
          ******* ***
MAP Score: 13.8633

Motif 3
AGGCATTACCGAGCGTAGCGAGGTAATGCATCTGTTTT	5	20	1
TATCCCAATAGGGCGAAGCTATGGTGCGTTGATCAAAA	5	54	0
AGCAATGTTTGAGCTTAGCCATGCGGTAGTTATGAGGA	5	162	1
ATTAATTGGTGTGCATGGCTAGGCCGGGGGGTTGGGCG	6	54	1
CCTCATCGAGGAGTCTGGGAAGGAAGGACTGGAGGACA	6	146	0
TCGTCCCGTGGGGCTCGGCGGTGGGGGAGCATCTCCTG	6	186	1
GCTCCCTTCCGGGCCTGGCGGGGTTCGGCAGGTAAAGG	6	241	0
GCCCGGAAGGGAGCAACGGTAGGCAGGACGTCGGCGCT	6	265	1
          * **   ** ***  * *
MAP Score: 12.2889

Motif 4
TTATAACACATCAAAAACTACTTGGAGGGATAATA    	0	263	1
AAAAGGTTGATCAAAACTTAGTTAAATAGGTATCCCAAT	5	83	0
AATATAAGGTATAAAAAGGAATTATAATGAACGCCTTCT	7	26	1
ATAAGAAAAAATAAAATTAATTTACATGGATTACATAGT	3	157	0
        CTTAAAAAATTATTTAAATAAAATTAT    	1	6	0
CTCTGTGGTTTTAAAAGAAACTTTTAGTAAAAGTTGAAC	0	193	0
TTAACAATTATTAAAAGTAATATATAAAGTTTTGGAGAT	3	224	0
CCATTATAAATTAAAAATTATTTGAGGTGGTAAA     	5	252	1
TGCAAAATGATTAAAATTAAATATGAAAATTGAACGCCT	7	71	0
TGAAGGAGTTAAAAAAGGAACTGCTATAGTGTCATTCTC	3	86	1
GTTATATTATATAAAAGTAGCTTAGAAGGAGGGGGTTTA	4	90	1
AATAACAATTTAAAAAAATAGAAGCATGGGCTAATTTAT	4	10	0
TGGAATGCTATAAAAAGAGTGTTATAACACATCAAAAAC	0	242	1
ATAAAGCTGTTTAAAAATCAAATCGGCTATTATATTGAA	3	51	1
AAGCCCCAACTTATAACCAATTATCAAAGGATATTATTT	0	20	1
AGTGTCATTCTCAAAAATAAATACAACATCATTTTTAGA	3	113	1
          * ****   * **  *  *
MAP Score: 10.9781

Motif 5
ATCCTTTGATAATTGGTTATAAGTTGGGGCT	0	21	0
TATGTGCCTTATTTAATTAAAAACTTTGATA	0	91	1
AAACTTTGATAATTGGTTAAATGGACGAGTT	0	111	1
   CTTAAAAAATTATTTAAATAAAATTAT 	1	9	0
TATTATATTGAAGGAGTTAAAAAAGGAACTG	3	78	1
AATCCATGTAAATTAATTTTATTTTTTCTTA	3	164	1
TATTTTCGTTAATTGCTTAAATCTCCAAAAC	3	204	1
AATCATTAACAATTATTAAAAGTAATATATA	3	237	0
AATAATTGTTAATGATTGATAATGACAGTTT	3	251	1
GTTGATCAAAACTTAGTTAAATAGGTATCCC	5	86	0
CATGCACACCAATTAATAATATAATAGGACT	6	40	0
TATATTTTGCAATGAACTATAA         	7	1	0
AAGGTATAAAAAGGAATTATAATGAACGCCT	7	31	1
TTCATTGCAAAATGATTAAAATTAAATATGA	7	84	0
ATCATTTTGCAATGAACTATATGTATTTAGT	7	99	1
          ***** *****
MAP Score: 8.87904

Motif 6
GGACGCCCAACCCCCCGGCCTAGCCATGCACACCAATTA	6	56	0
GACATGCCGCCCCCAAGTTTTCGGCCCCCGCATAAGGGC	6	111	0
GGCGGCATGTCCTCCAGTCCTTCCTTCCCAGACTCCTCG	6	139	1
TTCCCAGACTCCTCGATGAGGTCTCGTCCCGTGGGGCTC	6	163	1
GGAGATGCTCCCCCACCGCCGAGCCCCACGGGACGAGAC	6	183	0
GGAGATGTAACCCCCTTTACCTGCCGAACCCCGCCAGGC	6	228	1
GCCTACCGTTGCTCCCTTCCGGGCCTGGCGGGGTTCGGC	6	250	0
 CCCCGTGAGCGCCGACGTCCTGCCTACCGTTGCTCCCT	6	272	0
AATTGAACGCCTTCTTATAGAAGGCGTTCATTATAATTC	7	44	0
          ****   * *  ***   *
MAP Score: 4.86939

Motif 7
AAACCGAAGCGTTAGCTTCGGGCTACAAAAAC	0	148	1
ATCAACGCACCATAGCTTCGCCCTATTGGGAT	5	59	1
AATTGGTGTGCATGGCTAGGCCGGGGGGTTGG	6	57	1
TGGCTAGGCCGGGGGGTTGGGCGTCCCCTGTA	6	69	1
GGGCCGAAAACTTGGGGGCGGCATGTCCTCCA	6	123	1
GTCTCGTCCCGTGGGGCTCGGCGGTGGGGGAG	6	183	1
TCGGCGGTGGGGGAGCATCTCCTGTAGGGGAG	6	200	1
TCCGGGCCTGGCGGGGTTCGGCAGGTAAAGGG	6	240	0
AGGCCCGGAAGGGAGCAACGGTAGGCAGGACG	6	263	1
CAACGGTAGGCAGGACGTCGGCGCTCACGGGG	6	278	1
          * **** *****
MAP Score: 3.4687

Motif 8
TATAAAAGTAGCTTAGAAGGAGGGGGTTTA      	4	99	1
ACGCACCATAGCTTCGCCCTATTGGGATACCTATTT	5	63	1
TAATTGGTGTGCATGGCTAGGCCGGGGGGTTGGGCG	6	56	1
CATAAGGGCGATTTCGGGTTACAGGGGACGCCCAAC	6	84	0
TCATCGAGGAGTCTGGGAAGGAAGGACTGGAGGACA	6	146	0
CCTCGATGAGGTCTCGTCCCGTGGGGCTCGGCGGTG	6	173	1
CGGTGGGGGAGCATCTCCTGTAGGGGAGATGTAACC	6	204	1
GCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGTA	6	250	1
CCGGAAGGGAGCAACGGTAGGCAGGACGTCGGCGCT	6	267	1
          ** ***   **  ***
MAP Score: 2.94069

Motif 9
ACGCACCATAGCTTCGCCCTATTGGGATACCTATT	5	63	1
GGTGTGCATGGCTAGGCCGGGGGGTTGGGCGTCCC	6	61	1
CTCGATGAGGTCTCGTCCCGTGGGGCTCGGCGGTG	6	174	1
GTCCCGTGGGGCTCGGCGGTGGGGGAGCATCTCCT	6	188	1
CGGTGGGGGAGCATCTCCTGTAGGGGAGATGTAAC	6	204	1
GTTGCTCCCTTCCGGGCCTGGCGGGGTTCGGCAGG	6	247	0
AGGCAGGACGTCGGCGCTCACGGGG          	6	285	1
          **  **** *  ***
MAP Score: 2.47782

Motif 10
TTTACTAAAAGGTTGGGAGCAATGTTTGAGCTTAGCCA	5	145	1
TGCATGGCTAGGCCGGGGGGTTGGGCGTCCCCTGTAAC	6	65	1
CCTTATGCGGGGGCCGAAAACTTGGGGGCGGCATGTCC	6	113	1
GAGGAGTCTGGGAAGGAAGGACTGGAGGACATGCCGCC	6	139	0
CGTCCCGTGGGGCTCGGCGGTGGGGGAGCATCTCCTGT	6	187	1
CGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGTAGGCAGGACGTC	6	259	1
          **  *****    **  *
MAP Score: 2.34941