AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons016_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240580 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0146 288 2-ketoglutarate ferredoxin oxidoreductase, subunit delta (korD) #1 MJ0149 65 M. jannaschii predicted coding region MJ0149 #2 MJ0266 27 pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit beta (porB) #3 MJ0267 21 pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit alpha (porA) #4 MJ0269 283 pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit gamma (porG) #5 MJ0270 300 M. jannaschii predicted coding region MJ0270 #6 MJ0276 119 2-ketoglutarate ferredoxin oxidoreductase, subunit alpha (korA) #7 MJ0277 183 acetolactate synthase large subunit (ilvB) #8 MJ0278 82 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type rotamase (slyD) #9 MJ0537 276 2-ketoglutarate ferredoxin oxidoreductase, subunit beta (korB) #10 MJ0538 24 M. jannaschii predicted coding region MJ0538 #11 MJ0539 267 tRNA synthetase, putative #12 MJ0541 89 conserved hypothetical protein #13 MJ0542 127 phosphoenolpyruvate synthase #14 MJ0543 132 ubiquinol-cytochrome C reductase complex, subunitVI requiring protein #15 MJ0544 103 dolichyl-phosphate mannose synthase #16 MJ0547 165 cell division inhibitor minD #17 MJ0548 111 conserved hypothetical protein #18 MJ0623 300 conserved hypothetical protein #19 MJ0722 150 ferredoxin (fdxA) Motif 1 ATCATATATAAAAATTTTTATACTAAGGATTT 7 116 0 TCTAAAATCTTTATATTACCTATTT 16 150 0 TTCTTCCTCCAAAATTTTTATATATTTCAACT 19 127 0 TAATAACAAAAAACTATTTATATACCCTTCAC 8 35 1 TCAATCATCAAAAGTTTTTATAGTTATATAAT 11 81 0 GCATCACAATAAATTTTATATATTGGGAATTG 14 51 1 GCACCACCACAAACTATATATAAAAAGTCCTA 18 15 1 TAAATCTCCAAAACTTTATATATTACTTTTAA 4 221 1 TTTTTATGAAAAATTTTATATACAAAAATGTT 5 136 0 GTCTAAAACTAAGTTATTTATATCATTTTGGT 11 131 1 ACAGTCAAAGATTTATATAACAAATGTAG 1 7 1 TTTAAAATAAAAGCTATATATAATCCCCTATA 13 103 1 TTTTTATATCAAACTTTTTAAAGTTCTTCAAA 7 80 1 ATTTTTCATAAAAATATTTAAATACTTAGAAT 5 154 1 CTTAAAAAATTATTTAAATAAAATTAT 2 9 0 TTCAACAATAAAGCTGTTTAAAAATCAAATCG 4 44 1 TTTAAATTCCAAATTCAATATATAAACTGTGG 5 259 1 AAATAACAGTAAGCTTTAAATATTAAGTTAAA 14 12 1 GAGCTTCTATAAGTTTATTATATAACTATAAA 11 65 1 TTATGAAACTTTTTTTAATTTTTTATA 13 5 1 AGTTATAGTTAAGTTAAATATATACTCTTCGG 16 108 0 TTATTACCATAAAATTTTAAAATTTTGTTAAA 15 46 1 TATATTATTTAAAATATAAAAATCAAAAAATC 11 206 0 AGTTCATTGCAAAATGATTAAAATTAAATATG 19 85 0 TGCAAAATATAAGGTATAAAAAGGAATTATAA 19 21 1 CAGAATAAACAAGCTTTATTAATGAATAATCC 1 38 0 AACATAATGTAAAGTATTATTAACATGATAGA 5 94 0 TTTAAATATTAAGTTAAAAATATTAGCATCAC 14 26 1 TAATCCATGTAAATTAATTTTATTTTTTCTTA 4 163 1 TCAAATATTTAAATTTATTTTAAAATAAAAGC 13 85 1 ATTACAAGTGAAAATGTTATAAAAAATTAAAA 13 22 0 ATATTAACACAAGGTTATATTATATAAAAGTA 6 77 1 *** * ****** MAP Score: 44.7693 Motif 2 ATGTGCCTTATTTAATTAAAAACTTTGATAATTGGTTA 0 92 1 CCAACACTTTTTTATATCAAACTTTTTAAAGTTCTTCA 7 72 1 TATTTAAATATTTTTATGAAAAATTTTATATACAAAAA 5 140 0 TTTAACTAAGTTTTGATCAACCTTTTCTAAAAGGTTGT 9 96 1 ATAATTTTATTTAAATAATTTTTTAAG 2 5 1 AATTCTATTTTTTATTTTTAGTCTTTAAGATTAGTAAT 7 21 1 AGTATAAAAATTTTTATATATGATTTCAATTTTATCAT 7 124 1 TGCTAATATTTTTAACTTAATATTTAAAGCTTACTGTT 14 16 0 CTCGAAGAGTTTTTGTTCAACTTTTACTAAAAGTTTCT 0 179 1 AATTTTAAAATTTTGTTAAAAATTTACTAGCATCCAAT 15 58 1 ATAATAGGACTTTTTATATATAGTTTGTGGTGGTGCGT 18 13 0 GCTCCCAACCTTTTAGTAAAAGGTTACTCGAACAACCT 9 127 0 CATGCTTCTATTTTTTTAAATTGTTATTTTCTTCTCTA 6 21 1 TATAAATAGTTTTTTGTTATTATTTTTTATGGACAAAA 8 19 0 CATCACCTATTTTGGCTGTTTCGTTTTATAGATAAAGA 14 102 0 TCTCCAAAACTTTATATATTACTTTTAATAATTGTTAA 4 225 1 AGGCGTTCAATTTTCATATTTAATTTTAATCATTTTGC 19 71 1 ATTTGGATTTTTTGATTTTTATATTTTAAATAATATAG 11 201 1 CCTCAAAATTTTTGTTTCTTCTATTTTATTGTCTATAT 11 233 0 CCTAAACTATTTTCGTTAATTGCTTAAATCTCCAAAAC 4 197 1 TTATGAAACTTTTTTTAATTTTTTATAACATTTTCAC 13 9 1 TATCTCTGCTTTTAATTCATCTATTATTAAAAACTCTG 5 20 1 ACCTTTAACTTTTAAGTTTTGTTTTTATGACTATTTTA 12 12 1 TATCATTACTTTACCCTTAACATTTTTTGGTGATTGG 7 156 1 CTTTTTCTTATTACCATAAAATTTTAAAATTTTGTTAA 15 39 1 TATGACTATTTTATCATTATATATTTTAACAATTCCAA 12 37 1 ACTATATGTATTTAGTTGAAATATATAAAAATTTTGGA 19 114 1 TTCCAAATACTTTTTGTGAAGGGTATATAAATAGTTTT 8 44 0 ATTATTATCGTTAATCTTATATATTAGTTATTAAATAG 17 46 0 AGAGTATATATTTAACTTAACTATAACTTTAGTGTTGT 16 112 1 TGAGGAAATATTTTATTATATAATAACACTCTTTGAGT 5 220 1 CATTCAAATATTTAAATTTATTTTAAAATAAAAGCTAT 13 82 1 *** * ** *** * MAP Score: 39.6211 Motif 3 TTTTTCATAAAAATATTTAAATACTTAGAA 5 155 1 ATTATCATTCAAATATTTAAATTTATTTTA 13 77 1 TATTTAGTTGAAATATATAAAAATTTTGGA 19 122 1 GGAATTGTTAAAATATATAATGATAAAATA 12 43 0 ATTTTTAACTTAATATTTAAAGCTTACTGT 14 17 0 AACCTTGTGTTAATATTTAACGACTATAAT 6 63 0 TGTTGGTATTTAATATTTAATTACTAATCT 7 48 0 ATTTAATAACTAATATATAAGATTAACGAT 17 48 1 ATATTATTTAAAATATAAAAATCAAAAAAT 11 207 0 TTATTAAAAGTAATATATAAAGTTTTGGAG 4 226 0 AAGCGTGTCCTAATATTAAACCGAAGAGTA 16 88 1 TCGCATGAGGAAATATTTTATTATATAATA 5 215 1 ACCGAAGAGTATATATTTAACTTAACTATA 16 107 1 TTTTGGTAGTTAATATTTTAACAAATTATT 11 156 1 AAATGTTATAAAAAATTAAAAAAAGTTTCA 13 13 0 ATTTGAATGATAATATTATAAATAAAATAG 13 61 0 TCAATTCCCAATATATAAAATTTATTGTGA 14 54 0 AGGCATAAGAAAAAATAAAATTAATTTACA 4 170 0 ACCACAAACTATATATAAAAAGTCCTATTA 18 20 1 CTTAAAGACTAAAAATAAAAAATAGAATTA 7 20 0 AATTGAAATCATATATAAAAATTTTTATAC 7 125 0 TTAACGACTATAATATAATAGAGAAGAAAA 6 47 0 CACCAATTAATAATATAATAGGACTTTTTA 18 35 0 GCAAAATGATTAAAATTAAATATGAAAATT 19 79 0 AAATTTATTTTAAAATAAAAGCTATATATA 13 95 1 CAAGGTTATATTATATAAAAGTAGCTTAGA 6 86 1 TATTTTTATGAAAAATTTTATATACAAAAA 5 140 0 ATATTAAGTTAAAAATATTAGCATCACAAT 14 31 1 CTTATTACCATAAAATTTTAAAATTTTGTT 15 45 1 TTTGTCCATAAAAAATAATAACAAAAAACT 8 20 1 GGTATCCATTATAAATTAAAAATTATTTGA 9 247 1 AAATATTTTATTATATAATAACACTCTTTG 5 225 1 GTTTTTATAGTTATATAATAAACTTATAGA 11 70 0 AAAAAATTATTTAAATAAAATTAT 2 4 0 ********** MAP Score: 37.9478 Motif 4 GTATATAAAATTTTTCATAAAAATATTTAAATACTTAG 5 145 1 ACCAACACTTTTTTATATCAAACTTTTTAAAGTTCTTC 7 71 1 GAAAGTCCTATTTTATTTCCAATTATTTATAATTCTAA 5 179 0 TTTCTTCCTCCAAAATTTTTATATATTTCA 19 130 0 ATATATTAGTTATTAAATAGTAATATTTGTTAGTTTGA 17 28 0 TTTCTTTCTTTAATTCTATTTTTTATTTTTAGTC 7 6 1 TATAAAAAAGTGTTGGTATTTAATATTTAATTACTAAT 7 50 0 TATAAATAGTTTTTTGTTATTATTTTTTATGGACAAAA 8 19 0 ATTTATATCATTTTGGTAGTTAATATTTTAACAAATTA 11 146 1 ATTTTAATCATTTTGCAATGAACTATATGTATTTAGTT 19 93 1 AAGAGTGTTATTATATAATAAAATATTTCCTCATGCGA 5 215 0 AAAATTGAAATCATATATAAAAATTTTTATACTAAGGA 7 119 0 AACTCTGTGGTTTTAAAAGAAACTTTTAGTAAAAGTTG 0 196 0 ATAATTTTATTTAAATAATTTTTTAAG 2 6 1 CCCATGCTTCTATTTTTTTAAATTGTTATTTTCTTCTC 6 19 1 AGACTAATAATATTAGTTAGTATTATTATTATCGTTAA 17 70 0 AGGCGTTCAATTTTCATATTTAATTTTAATCATTTTGC 19 71 1 TAAATTGTTATTTTCTTCTCTATTATATTATAGTCGTT 6 37 1 TTCTTCTATTTTATTGTCTATATTATTTAAAATATAAA 11 218 0 TTAAGTTTTGTTTTTATGACTATTTTATCATTATATAT 12 23 1 ATATGTGCCTTATTTAATTAAAAACTTTGATAATTGGT 0 90 1 TGCTAGTAAATTTTTAACAAAATTTTAAAATTTTATGG 15 52 0 GAAGAGTATATATTTAACTTAACTATAACTTTAGTGTT 16 110 1 ATACCTTATATTTTGCAATGAACTATAA 19 0 0 ATGAAAAATTTTATATACAAAAATGTTAAACATACTTA 5 125 0 TCATTAACAATTATTAAAAGTAATATATAAAGTTTTGG 4 228 0 ATACTTAACATAATGTAAAGTATTATTAACATGATAGA 5 94 0 ATCATTCAAATATTTAAATTTATTTTAAAATAAAAGCT 13 80 1 AATTTGGATTTTTTGATTTTTATATTTTAAATAATATA 11 200 1 CGTGTCCTAATATTAAACCGAAGAGTATATATTTAACT 16 91 1 GATGCTAATATTTTTAACTTAATATTTAAAGCTTACTG 14 18 0 AACTCTACTATTTTATTTATAATATTATCATTCAAATA 13 54 1 GGGGTATCCATTATAAATTAAAAATTATTTGAGGTGGT 9 245 1 * ** * ** * *** MAP Score: 36.4095 Motif 5 AATCATTAACAATTATTAAAAGTAATATATAAA 4 235 0 TTCATTGCAAAATGATTAAAATTAAATATGAAA 19 82 0 TCAATCATCAAAAATAGATAACATT 11 2 1 AATTATAGTCAATCATCAAAAGTTTTTATAGTT 11 88 0 TTCAATTCCCAATATATAAAATTTATTGTGATG 14 52 0 AGAAAATAACAATTTAAAAAAATAGAAGCATGG 6 20 0 ATTTAGTTGAAATATATAAAAATTTTGGAGGAA 19 123 1 TAATTCATCTATTATTAAAAACTCTGTTAAAAA 5 32 1 TGTTATAAAAAATTAAAAAAAGTTTCATAA 13 7 0 TAATTGCTTAAATCTCCAAAACTTTATATATTA 4 213 1 TATTACCATAAAATTTTAAAATTTTGTTAAAAA 15 47 1 GATTAAAATTAAATATGAAAATTGAACGCCTTC 19 69 0 CTTAAAGACTAAAAATAAAAAATAGAATTAAAG 7 17 0 ACAAGGTTATATTATATAAAAGTAGCTTAGAAG 6 85 1 TGAAAAATTTTATATACAAAAATGTTAAACATA 5 129 0 AACGCTTCGGTTTCATCAAAACTCGTCCATTTA 0 128 0 ATTTAAATATTTTTATGAAAAATTTTATATACA 5 144 0 GTAATAAGAAAAAGTAGAAAAATAGGAATTGGT 15 20 0 TATATTATTTAAAATATAAAAATCAAAAAATCC 11 205 0 AAAAGCAGAGATATTTAAAAAAT 5 0 0 TAGGCATAAGAAAAAATAAAATTAATTTACATG 4 168 0 AATTGAAATCATATATAAAAATTTTTATACTAA 7 122 0 GGTATCCATTATAAATTAAAAATTATTTGAGGT 9 247 1 ACCACAAACTATATATAAAAAGTCCTATTATAT 18 20 1 TGTATCACCAAAAATAGTGAAGATT 12 74 0 TAAAAAATTATTTAAATAAAATTAT 2 2 0 TTATCATTCAAATATTTAAATTTATTTTAAAAT 13 78 1 TTACATAGTCTTTCTCTAAAAATGATGTTGTAT 4 133 0 ATTCAGCTTTTTTGTCTAAAACTAAGTTATTTA 11 118 1 TTTGTTCAACTTTTACTAAAAGTTTCTTTTAAA 0 190 1 TGTGCCTTATTTAATTAAAAACTTTGATAATTG 0 93 1 AAAATAGTCATAAAAACAAAACTTAAAAGTTAA 12 16 0 AAGATTTGGAATTGTTAAAATATATAATGATAA 12 47 0 AGTGTTATTATATAATAAAATATTTCCTCATGC 5 217 0 TACATAATAATTTGTTAAAATATTAACTACCAA 11 158 0 TAAAAATCAAAAAATCCAAATTTCTTTAGGTTA 11 189 0 TCAAAGATTTATATAACAAATGTAGGATTATTC 1 14 1 *** ** **** * MAP Score: 34.5102 Motif 6 ATTATAGTCGTTAAATATTAACACAAGGTTATA 6 63 1 ATATTAGTTATTAAATAGTAATATTTGTTAGTT 17 31 0 ATAAAAATATTTAAATACTTAGAATTATAAATA 5 161 1 TAAAATAAATTTAAATATTTGAATGATAATATT 13 74 0 ACAGTAAGCTTTAAATATTAAGTTAAAAATATT 14 17 1 AGATTAGTAATTAAATATTAAATACCAACACTT 7 48 1 AAAAAATTATTTAAATAAAATTAT 2 1 0 AAGAGTGTTATTATATAATAAAATATTTCCTCA 5 220 0 TAAGCTACTTTTATATAATATAACCTTGTGTTA 6 81 0 TATTTTATCATTATATATTTTAACAATTCCAAA 12 43 1 TCCAAAATTTTTATATATTTCAACTAAATACAT 19 119 0 ATCGTTAATCTTATATATTAGTTATTAAATAGT 17 45 0 CTCCAAAACTTTATATATTACTTTTAATAATTG 4 226 1 CCTTATTTAATTAAAAACTTTGATAATTGGTTA 0 97 1 TTGAAGAACTTTAAAAAGTTTGATATAAAAAAG 7 78 0 CCATTATAAATTAAAAATTATTTGAGGTGGTAA 9 252 1 AATAATTTGTTAAAATATTAACTACCAAAATGA 11 153 0 ACTTAGAATTATAAATAATTGGAAATAAAATAG 5 177 1 ATGAAAAATTTTATATACAAAAATGTTAAACAT 5 130 0 CTATATTATTTAAAATATAAAAATCAAAAAATC 11 206 0 ATATAGACAATAAAATAGAAGAAACAAAAATTT 11 233 1 CACCAATTAATAATATAATAGGACTTTTTATAT 18 32 0 TATAGTTAAGTTAAATATATACTCTTCGGTTTA 16 104 0 GAAAATGTTATAAAAAATTAAAAAAAGTTTCAT 13 12 0 AATAACAATTTAAAAAAATAGAAGCATGGGCTA 6 16 0 TAAAATTTTGTTAAAAATTTACTAGCATCCAAT 15 63 1 TTTGTCCATAAAAAATAATAACAAAAAACTATT 8 20 1 ATATTAAGTTAAAAATATTAGCATCACAATAAA 14 31 1 AAGACTAAAAATAAAAAATAGAATTAAAGAAAG 7 13 0 TGAAGGGTATATAAATAGTTTTTTGTTATTATT 8 33 0 AAATTTATTTTAAAATAAAAGCTATATATAATC 13 95 1 ATTCTCAAAAATAAATACAACATCATTTTTAGA 4 119 1 AATCCTTAGTATAAAAATTTTTATATATGATTT 7 117 1 CCTACATTTGTTATATAAATCTTTGACTGT 1 7 0 AGGCATAAGAAAAAATAAAATTAATTTACATGG 4 167 0 AGGACTTTTTATATATAGTTTGTGGTGGTGCGT 18 13 0 CTTACCACCAAAAAAAGTAAAAAA 10 2 0 AATGATAATATTATAAATAAAATAGTAGAGTTA 13 53 0 TATAGTTATATAATAAACTTATAGAAGCTCAAA 11 62 0 TCAATTCCCAATATATAAAATTTATTGTGATGC 14 51 0 ******* ** * MAP Score: 30.7571 Motif 7 GTCTATATTATTTAAAATATAAAAATCAAAAA 11 209 0 TTAAATTTATTTTAAAATAAAAGCTATATATA 13 93 1 AATAAAGCTGTTTAAAAATCAAATCGGCTATT 4 50 1 TCTTTGAGTATTTAAATTCCAAATTCAATATA 5 249 1 AACAGTAAGCTTTAAATATTAAGTTAAAAATA 14 16 1 AAATATAAGGTATAAAAAGGAATTATAATGAA 19 25 1 AGTGTTGGTATTTAATATTTAATTACTAATCT 7 48 0 GGGTATCCATTATAAATTAAAAATTATTTGAG 9 246 1 AATATTACTATTTAATAACTAATATATAAGAT 17 39 1 AGAGTGTTATTATATAATAAAATATTTCCTCA 5 220 0 AAGCTACTTTTATATAATATAACCTTGTGTTA 6 81 0 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TTAATTCATCTATTATTAAAAACTCTGTTAAA 5 31 1 AGTTAAGCCCTATTTTAATCAAACGAACTCAT 9 201 0 CCCATGCTTCTATTTTTTTAAATTGTTATTTT 6 19 1 CTTATTACCATAAAATTTTAAAATTTTGTTAA 15 45 1 AAAATAAATTTAAATATTTGAATGATAATATT 13 74 0 AGTATTTAAATATTTTTATGAAAAATTTTATA 5 148 0 TTCCAATTATTTATAATTCTAAGTATTTAAAT 5 169 0 TTTCCACAGTTTATATATTGAATTTGGAATTT 5 262 0 TTAACGATAATAATAATACTAACTAATATTAT 17 70 1 ATTACATCATTAATTAATTGAATAAGGTTATC 16 44 0 ATTGTGATGCTAATATTTTTAACTTAATATTT 14 29 0 ******** ** MAP Score: 27.4211 Motif 8 TAATTGGTGTGCATGGCTAGGCCGGGGGGTTGGGCGTCC 18 56 1 GCCCTTATGCGGGGGCCGAAAACTTGGGGGCGGCATGTC 18 111 1 GTCTCGTCCCGTGGGGCTCGGCGGTGGGGGAGCATCTCC 18 183 1 GCCTGGCGGGGTTCGGCAGGTAAAGGGGGTTACATCTCC 18 228 0 GCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGTAGGC 18 250 1 AGGGAGCAACGGTAGGCAGGACGTCGGCGCTCACGGGG 18 272 1 * *** * * **** MAP Score: 2.14322 Motif 9 GCTAGGCCGGGGGGTTGGGCGTCCCCTGTAA 18 71 1 GCCGAAAACTTGGGGGCGGCATGTCCTCCAG 18 125 1 CTCGTCCCGTGGGGCTCGGCGGTGGGGGAGC 18 185 1 CGGGCCTGGCGGGGTTCGGCAGGTAAAGGGG 18 239 0 ACGGTAGGCAGGACGTCGGCGCTCACGGGG 18 280 1 **** ****** MAP Score: 1.41057 Motif 10 GAAGCCCTTTGGGCTTCTAAATTCCATAGTA 0 58 0 GAAGCCCAAAGGGCTTCTATATGTGCCTTAT 0 72 1 CTGCTATAGTGTCATTCTCAAAAATAAATAC 4 106 1 GGATTACATAGTCTTTCTCTAAAAATGATGT 4 138 0 AGTGGTTTTATAGGATTTTCCA 5 288 0 AAGCTCAAAAGGGCTTCTATACCAATAACCT 11 40 0 AAGCCCTTTTGAGCTTCTATAAGTTTATTAT 11 55 1 TATATAGGGGATTATATATAGCTTTTAT 13 109 0 AACACACATAGTCCTTCTCTTTATCTATAAA 14 85 1 TTATAATGAACGCCTTCTATAAGAAGGCGTT 19 47 1 *** ******* MAP Score: 1.18363 Motif 11 AATAAGGCACATATAGAAGCCCTTTGGGCTTCTA 0 70 0 ATCGGCTATTATATTGAAGGAGTTAAAAAAGGAA 4 72 1 ATTAAAAGTAATATATAAAGTTTTGGAGATTTAA 4 220 0 TTTCATAAAAATATTTAAATACTTAGAATTATAA 5 157 1 AATTGAAATCATATATAAAAATTTTTATACTAAG 7 121 0 AAGGTTATTGGTATAGAAGCCCTTTTGAGCTTCT 11 39 1 ATTTTAAAATAAATTTAAATATTTGAATGATAAT 13 77 0 AATAAAAGCTATATATAATCCCCTATATA 13 108 1 CACAAACTATATATAAAAAGTCCTATTATATTAT 18 22 1 AAAAGGAATTATAATGAACGCCTTCTATAAGAAG 19 39 1 TTTAGTTGAAATATATAAAAATTTTGGAGGAAGA 19 124 1 ***** ** *** MAP Score: 0.569275