AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons017_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240628 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0274 65 conserved hypothetical protein #1 MJ0275.1 60 M. jannaschii predicted coding region MJ0275.1 #2 MJ0276 119 2-ketoglutarate ferredoxin oxidoreductase, subunit alpha (korA) #3 MJ0662 27 M. jannaschii predicted coding region MJ0662 #4 MJ0865 160 conserved hypothetical protein #5 MJ0867 87 conserved hypothetical protein #6 MJ0868_MJ0869 119 MJ0868: inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (guaB), MJ0869: DNA repair protein RAD51 (radA) #7 MJ1136 217 conserved hypothetical protein #8 MJ1487 109 conserved hypothetical protein #9 MJ1620 74 conserved hypothetical protein Motif 1 TTTATTTTTAATTTTAATTTTCTAATTTTTGTTCAATT 0 18 1 CTAACTTGCTATTGCTATTTTATTTTCTATTTCTTATT 5 21 1 ATTTAAATTTTATGTTGTGCATTATTTA 5 69 0 TTCGGCAATGATTATAATGTTATTGTATAATTGTAGTA 7 38 0 AATTTTTAGCATTAAAATTTTATTCTATACTTTAGCTT 8 12 1 ATTTTTTTAAATTGTTATTTTCTTCTCTATTATATTAT 2 30 1 ATTTTCATTTTATTTTTAATTTTAATTT 0 0 1 CACTCGATAGAAATATTTTAATATGGAATAACTC 1 6 1 ACTCATAGATATACTAATATTTTTTTCTTT 1 40 1 ACATCAATTGTCATATTTGACTATATAAAGATTT 6 6 1 TAAAGGAATCATTAATATAGTTTTTTGTTAATTATCTC 8 51 1 TATATTTACTATTCTTAGGTTTTTATAAATTCTCTTCT 6 72 0 ATTTGACTATATAAAGATTTTGGTTTATAACTACAGTA 6 24 1 AATCATTTTTATAAATATATTCATATATGTAAGTTTAA 7 183 1 TTTCCACCCAATTTAAATATCATCCTAAATAATATTTT 9 13 1 CTTTCGCAGGAATAAAATGTTTTATTGAATATTGATGC 7 90 1 TATAAAAATGATTTATATATAGAACTTTCGCAACTTAT 7 158 0 TGAGGCGATTTATAGTTTAAATTGAACAAAAATTA 0 40 0 TTTAAATTAAATTTTAAAATTTATTTATAATGAGGTAT 4 90 0 TAGTTAGAAACTTCGAATGTTAGTATTAGACACTTGTA 4 50 1 *** ** ** * * * MAP Score: 32.4734 Motif 2 AATACCTTTTTAAAAATATAAGTTGCGAAAG 7 141 1 CTAAGAATAGTAAATATATAATTGAGGAGGT 6 92 1 AAATTAAAATTAAAAATAAAATGAAAAT 0 7 0 AGTTTCTAACTATATATATAACCAAAACCCT 4 31 0 TTGCGAAAGTTCTATATATAAATCATTTTTA 7 163 1 AATAAGAAATAGAAAATAAAATAGCAATAGC 5 28 0 TAAATAAATTTTAAAATTTAATTTAAAGAGA 4 101 1 TAACAATTTAAAAAAATAGAAGCATGGGCTA 2 16 0 TAACCTTGTGTTAATATTTAACGACTATAAT 2 63 0 AATGCACAACATAAAATTTAAAT 5 74 1 CAAAAAGAAGAGAATTTATAAAAACCTAAGA 6 67 1 ACAAGGTTATATTATATAAAAGTAGCTTAGA 2 85 1 CATATATGAATATATTTATAAAAATGATTTA 7 181 0 AATTTTAAAATTTATTTATAATGAGGTATTT 4 88 0 TGCCGAATAAACTATATAGAACTTTCGCAGG 7 69 1 TTGTCATATTTGACTATATAAAGATTTTGGT 6 17 1 AACAAAAATTAGAAAATTAAAATTAAAAATA 0 20 0 TAATTTAAAGAGAAATTAAAAACATGAGGGG 4 119 1 ATCTAAACTAACAAAATATTATTTAGGATGA 9 32 0 AAAGAAAAAAATATTAGTATATCTAT 1 44 0 AAGTATAGAATAAAATTTTAATGCTAAAAAT 8 13 0 TTCCACCCAATTTAAATATCATCCTAAATAA 9 14 1 CGATTTATAGTTTAAATTGAACAAAAATTAG 0 39 0 ATAATAGAGAAGAAAATAACAATTTAAAAAA 2 32 0 AATTATACAATAACATTATAATCATTGCCGA 7 44 1 TTTAACGACTATAATATAATAGAGAAGAAAA 2 47 0 AGGCATCAATATTCAATAAAACATTTTATTC 7 99 0 AATTAACAAAAAACTATATTAATGATTCCTT 8 53 0 * ********* MAP Score: 24.8631 Motif 3 TTAGAAAATTAAAATTAAAAATAAAATGAAAAT 0 2 0 TTTATAGTTTAAATTGAACAAAAATTAGAAAATTAAAATTA 0 26 0 CACTCGATAGAAATATTTTAATATGGAATAACTCATAGATA 1 10 1 AAAGAAAAAAATATTAGTATATCTATGAGTT 1 39 0 ATAGAGAAGAAAATAACAATTTAAAAAAATAGAAGCATGGG 2 19 0 CTAACATTCGAAGTTTCTAACTATATATATAACCAAAACCC 4 32 0 GACACTTGTAAAATACCTCATTATAAATAAATTTTAAAATT 4 78 1 AATAAATTTTAAAATTTAATTTAAAGAGAAATTAAAAACAT 4 103 1 TTATAAACCAAAATCTTTATATAGTCAAATATGACAATTGA 6 13 0 TCTTCTTTTTGAAACATACTGTAGTTATAAACCAAAATCTT 6 37 0 AGTATGTTTCAAAAAGAAGAGAATTTATAAAAACCTAAGAA 6 58 1 CTACTTTATTAAACCAAATACTACAATTATACAATAACATT 7 20 1 AAAGGCATCCAAATACCTTTTTAAAAATATAAGTTGCGAAA 7 130 1 TATATTTATAAAAATGATTTATATATAGAACTTTCGCAACT 7 161 0 TAAACTTTAAACTTACATATATGAATATATTTATAAAAA 7 188 0 TGATTCCTTTAAAAGCTAAAGTATAGAATAAAATTTTAATG 8 21 0 ATTTATCTCAAATGAGATAATTAACAAAAAACTATATTAAT 8 61 0 CTAAACTAACAAAATATTATTTAGGATGATATTTAAATTGG 9 20 0 *** * ** * *** MAP Score: 21.8576 Motif 4 TAAATCATTTTTATAAATATATTCATATATGTAAGTTTAA 7 181 1 TGTTTTTAATTTCTCTTTAAATTAAATTTTAAAATTTATT 4 103 0 TAAGGTAGGGTTTTGGTTATATATATAGTTAGAAACTTCG 4 25 1 AAATTTCCACCCAATTTAAATATCATCCTAAAT 9 3 1 TTTCTATTTCTTATTTGGTTATTATTAAATAATGCACAAC 5 44 1 TTTTTATAAATTCTCTTCTTTTTGAAACATACTGTAGTTA 6 51 0 TCGGCAATGATTATAATGTTATTGTATAATTGTAGTATTT 7 35 0 ATTTTCTAATTTTTGTTCAATTTAAACTATAAATCGCCTC 0 34 1 ATCAATTGTCATATTTGACTATATAAAGATTTTGGTTTAT 6 12 1 ATTAATATAGTTTTTTGTTAATTATCTCATTTGAGATAAA 8 61 1 GAAAATAACAATTTAAAAAAATAGAAGCATGGGCTAATTT 2 12 0 ATTTTCATTTTATTTTTAATTTTAATTTTCT 0 1 1 TATATAGAACTTTCGCAGGAATAAAATGTTTTATTGAATA 7 81 1 AAATTGTTATTTTCTTCTCTATTATATTATAGTCGTTAAA 2 38 1 CTAAATAATATTTTGTTAGTTTAGATATTTATGGGTTAAG 9 37 1 CACTTGTAAAATACCTCATTATAAATAAATTTTAAAATTT 4 80 1 TATCTATGAGTTATTCCATATTAAAATATTTCTATCGAGT 1 11 0 TAACTTGCTATTGCTATTTTATTTTCTATTTCTTATTTGG 5 22 1 AATCTCACCGTTTAAATCAATATTTTT 3 6 0 AAAATTTTTAGCATTAAAATTTTATTCTATACT 8 3 1 TAATATAACCTTGTGTTAATATTTAACGACTATAATATAA 2 59 0 ACTCATAGATATACTAATATTTTTTTCTTT 1 40 1 ** * **** * ** MAP Score: 15.0004 Motif 5 ATTTTCATTTTATTTTTAATTTTAATTTT 0 9 1 TAATTTTTGTTCAATTTAAACTATAAATCG 0 40 1 CTCGATAGAAATATTTTAATATGGAATAAC 1 12 1 AGATATACTAATATTTTTTTCTTT 1 46 1 CCATGCTTCTATTTTTTTAAATTGTTATTT 2 20 1 TTTAACGACTATAATATAATAGAGAAGAAA 2 48 0 TTATAGTCGTTAAATATTAACACAAGGTTA 2 64 1 ACACAAGGTTATATTATATAAAAGTAGCTT 2 83 1 ACCGTTTAAATCAATATTTTT 3 1 0 GGGTTTTGGTTATATATATAGTTAGAAACT 4 32 1 GTAAAATACCTCATTATAAATAAATTTTAA 4 85 1 CATTATAAATAAATTTTAAAATTTAATTTA 4 96 1 ATTTTAAAATTTAATTTAAAGAGAAATTAA 4 108 1 TGAGGGGGTTATTTTATTTAACTTCTT 4 143 1 TGCTATTGCTATTTTATTTTCTATTTCTTA 5 27 1 TCTTATTTGGTTATTATTAAATAATGCACA 5 52 1 ATTTAAATTTTATGTTGTGCATT 5 74 0 GTCATATTTGACTATATAAAGATTTTGGTT 6 19 1 AAAAGAAGAGAATTTATAAAAACCTAAGAA 6 69 1 CCTCCTCAATTATATATTTACTATTCTTAG 6 92 0 AATCACCACTACTTTATTAAACCAAATACT 7 12 1 TTATACAATAACATTATAATCATTGCCGAA 7 46 1 ATTCAATAAAACATTTTATTCCTGCGAAAG 7 90 0 TCGCAACTTATATTTTTAAAAAGGTATTTG 7 139 0 TATATATAAATCATTTTTATAAATATATTC 7 175 1 AAAATTTTTAGCATTAAAAT 8 0 1 GTATAGAATAAAATTTTAATGCTAAAAATT 8 12 0 TTAACAAAAAACTATATTAATGATTCCTTT 8 52 0 TGCTCCCTAAACAATATTTATCTCAAATGA 8 87 0 AACTAACAAAATATTATTTAGGATGATATT 9 28 0 ********** MAP Score: 10.4013 Motif 6 AATTAAAATTAAAAATAAAATGAAAAT 0 1 0 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ACCCAATTTAAATATCATCCTAAATAATATTTTGTT 9 18 1 ** * * ****** MAP Score: 8.17317 Motif 7 ATTTTCATTTTATTTTTAATTTTAATTTTCTAA 0 7 1 TGAGGCGATTTATAGTTTAAATTGAACAAAAAT 0 42 0 CACTCGATAGAAATATTTTAATATGGAATAACTC 1 8 1 GGAATAACTCATAGATATACTAATATTTTTTTCTTT 1 34 1 TAGCCCATGCTTCTATTTTTTTAAATTGTTATTTTC 2 16 1 TGTTATTTTCTTCTCTATTATATTATAGTCGTTAAA 2 42 1 TAAGCTACTTTTATATAATATAACCTTGTGTTAATA 2 78 0 AATGAGGTATTTTACAAGTGTCTAATACTAACATTC 4 64 0 ATTTTAAAATTTATTTATAATGAGGTATTTTACAAG 4 82 0 CTAACTTGCTATTGCTATTTTATTTTCTATTTCTTA 5 21 1 TATTTCTTATTTGGTTATTATTAAATAATGCACAAC 5 48 1 ATTTAAATTTTATGTTGTGCATTATTTA 5 69 0 ACCAAAATCTTTATATAGTCAAATATGACAATTGAT 6 12 0 ATTTTGGTTTATAACTACAGTATGTTTCAAAAAGAA 6 40 1 TCTTAGGTTTTTATAAATTCTCTTCTTTTTGAAACA 6 62 0 CAATTATATATTTACTATTCTTAGGTTTTTATAAAT 6 80 0 TTATTCGGCAATGATTATAATGTTATTGTATAATTG 7 43 0 CCTGCGAAAGTTCTATATAGTTTATTCGGCAATGAT 7 64 0 AGGCATCCAAATACCTTTTTAAAAATATAAGTTGCG 7 132 1 TATAAAAATGATTTATATATAGAACTTTCGCAACTT 7 160 0 TATATAAATCATTTTTATAAATATATTCATATATGT 7 177 1 AATTTTTAGCATTAAAATTTTATTCTATACTTTAGC 8 12 1 TAAAGGAATCATTAATATAGTTTTTTGTTAATTATC 8 51 1 CTCATTTGAGATAAATATTGTTTAGGGAGCAAT 8 86 1 TTTTGTTAGTTTAGATATTTATGGGTTAAGTGAGAA 9 47 1 ** ***** * * * MAP Score: 2.3461 Motif 8 AGAAAATTAAAATTAAAAATAAAATGAAAAT 0 0 0 TTTAATTTTAATTTTCTAATTTTTGTTCAATTTAAACTATA 0 24 1 CACTCGATAGAAATATTTTAATATGGAATAACTCATAGA 1 8 1 AAAGAAAAAAATATTAGTATATCTATGAGTTATTCC 1 34 0 AATAGAGAAGAAAATAACAATTTAAAAAAATAGAAGCATGG 2 20 0 TTTCTTCTCTATTATATTATAGTCGTTAAATATTAACACAA 2 48 1 AGTATTAGACACTTGTAAAATACCTCATTATAAATAAATTT 4 71 1 ACCTCATTATAAATAAATTTTAAAATTTAATTTAAAGAGAA 4 92 1 CCAAATAAGAAATAGAAAATAAAATAGCAATAGCAAGTTAG 5 21 0 TCTATTTCTTATTTGGTTATTATTAAATAATGCACAACATA 5 46 1 GTTATAAACCAAAATCTTTATATAGTCAAATATGACAATTG 6 14 0 AAAAGAAGAGAATTTATAAAAACCTAAGAATAGTAAATATA 6 69 1 GTTATTGTATAATTGTAGTATTTGGTTTAATAAAGTAGTGG 7 17 0 CGAATAAACTATATAGAACTTTCGCAGGAATAAAATGTTTT 7 72 1 AAAGTTCTATATATAAATCATTTTTATAAATATATTCATAT 7 168 1 GGAATCATTAATATAGTTTTTTGTTAATTATCTCATTTGAG 8 55 1 CATTTGAGATAAATATTGTTTAGGGAGCAAT 8 88 1 ATTTAGGATGATATTTAAATTGGGTGGAAATTT 9 2 0 * ** * *** *** MAP Score: 1.95367