AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons017_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240649
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0274	65	conserved hypothetical protein
#1	MJ0275.1	60	M. jannaschii predicted coding region MJ0275.1
#2	MJ0276	119	2-ketoglutarate ferredoxin oxidoreductase, subunit alpha (korA)
#3	MJ0277	183	acetolactate synthase large subunit (ilvB)
#4	MJ0278	82	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type rotamase (slyD)
#5	MJ0662	27	M. jannaschii predicted coding region MJ0662
#6	MJ0865	160	conserved hypothetical protein
#7	MJ0867	87	conserved hypothetical protein
#8	MJ0868_MJ0869	119	MJ0868: inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (guaB), MJ0869: DNA repair protein RAD51 (radA)
#9	MJ1136	217	conserved hypothetical protein
#10	MJ1487	109	conserved hypothetical protein
#11	MJ1620	74	conserved hypothetical protein

Motif 1
          ATTTTCATTTTATTTTTAATTTTAAT	0	0	1
TTATTTTTAATTTTAATTTTCTAATTTTTGTTCAAT	0	19	1
   TGAGGCGATTTATAGTTTAAATTGAACAAAAAT	0	42	0
GAGTTATTCCATATTAAAATATTTCTATCGAGTG  	1	8	0
TAACTCATAGATATACTAATATTTTTTTCTTT    	1	38	1
TGCTTCTATTTTTTTAAATTGTTATTTTCTTCTCTA	2	23	1
TTCTTCTCTATTATATTATAGTCGTTAAATATTAAC	2	49	1
TAGTCGTTAAATATTAACACAAGGTTATATTATATA	2	67	1
CAAGGTTATATTATATAAAAGTAGCTTAGAAGGAGG	2	86	1
TTAATTCTATTTTTTATTTTTAGTCTTTAAGATTAG	3	19	1
GGTATTTAATATTTAATTACTAATCTTAAAGACTAA	3	38	0
TACCAACACTTTTTTATATCAAACTTTTTAAAGTTC	3	70	1
TAGTATAAAAATTTTTATATATGATTTCAATTTTAT	3	123	1
TATGATTTCAATTTTATCATTACTTTACCCTTAACA	3	142	1
TATAAATAGTTTTTTGTTATTATTTTTTATGGACAA	4	21	0
TTGGTTATATATATAGTTAGAAACTTCGAATGTTAG	6	37	1
TAAAATTTATTTATAATGAGGTATTTTACAAGTGTC	6	78	0
TTATAAATAAATTTTAAAATTTAATTTAAAGAGAAA	6	98	1
CCCCCTCATGTTTTTAATTTCTCTTTAAATTAAATT	6	115	0
CATGAGGGGGTTATTTTATTTAACTTCTT       	6	141	1
        GTTTATAAACTCTAACTTGCTATTGCTA	7	2	1
TGCTATTGCTATTTTATTTTCTATTTCTTATTTGGT	7	27	1
          ATTTAAATTTTATGTTGTGCATTATT	7	71	0
TATTCTTAGGTTTTTATAAATTCTCTTCTTTTTGAA	8	65	0
CTCCTCAATTATATATTTACTATTCTTAGGTTTTTA	8	85	0
CAACTTATATTTTTAAAAAGGTATTTGGATGCCTTT	9	130	0
TAAAAATGATTTATATATAGAACTTTCGCAACTTAT	9	158	0
ATATAAATCATTTTTATAAATATATTCATATATGTA	9	178	1
AGCATTAAAATTTTATTCTATACTTTAGCTTTTAAA	10	19	1
TTAATATAGTTTTTTGTTAATTATCTCATTTGAGAT	10	62	1
TTTCCACCCAATTTAAATATCATCCTAAATAATATT	11	13	1
          ***** * *  *  **
MAP Score: 32.2824

Motif 2
TAAAGGAATCATTAATATAGTTTTTTGTTAATTA	10	51	1
GCTATTGCTATTTTATTTTCTATTTCTTATTTGG	7	28	1
        ATTTAAATTTTATGTTGTGCATTATT	7	71	0
        ATTTTCATTTTATTTTTAATTTTAAT	0	2	1
CTTTCTTTAATTCTATTTTTTATTTTTAGTCTTT	3	13	1
TCTTAGGTTTTTATAAATTCTCTTCTTTTTGAAA	8	64	0
CTCCTAACCTTTCCAAATACTTTTTGTGAAGGGT	4	58	0
AATTTTTAGCATTAAAATTTTATTCTATACTTTA	10	12	1
CTCCTCAATTATATATTTACTATTCTTAGGTTTT	8	87	0
CTCATTTGAGATAAATATTGTTTAGGGAGCAAT 	10	86	1
CCTGCGAAAGTTCTATATAGTTTATTCGGCAATG	9	66	0
TCTAAGCTACTTTTATATAATATAACCTTGTGTT	2	82	0
AGTGTTGGTATTTAATATTTAATTACTAATCTTA	3	46	0
TGTGAAGGGTATATAAATAGTTTTTTGTTATTAT	4	34	0
AATTTTAATTTTCTAATTTTTGTTCAATTTAAAC	0	27	1
CCCCTCATGTTTTTAATTTCTCTTTAAATTAAAT	6	116	0
GGAATAACTCATAGATATACTAATATTTTTTTCT	1	34	1
AATCATTTTTATAAATATATTCATATATGTAAGT	9	183	1
AGGGTTTTGGTTATATATATAGTTAGAAACTTCG	6	31	1
TATATATGATTTCAATTTTATCATTACTTTACCC	3	138	1
GCTTCTATTTTTTTAAATTGTTATTTTCTTCTCT	2	24	1
AATCCTTAGTATAAAAATTTTTATATATGATTTC	3	117	1
TAAATTAAATTTTAAAATTTATTTATAATGAGGT	6	92	0
CTATGAGTTATTCCATATTAAAATATTTCTATCG	1	14	0
TTATTCGGCAATGATTATAATGTTATTGTATAAT	9	45	0
GTTGCGAAAGTTCTATATATAAATCATTTTTATA	9	162	1
GCCTTTAGGCATCAATATTCAATAAAACATTTTA	9	102	0
TGTTATTTTCTTCTCTATTATATTATAGTCGTTA	2	42	1
CTTTAAAAAGTTTGATATAAAAAAGTGTTGGTAT	3	69	0
          **  ***** * **
MAP Score: 32.032