AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons018_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240665
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0567	104	conserved hypothetical protein
#1	MJ0921	289	conserved hypothetical protein
#2	MJ1126	300	GTP-binding protein, member of GTP1/OBG-family
#3	MJ1263	130	methionyl-tRNA synthetase (metS)
#4	MJ1326	199	GTP-binding protein, member of GTP1/OBG-family
#5	MJ1332	92	GTP-binding protein, member of GTP1/OBG-family
#6	MJ1352	300	NH(3)-dependent NAD+ synthetase (nadE)
#7	MJ1407	226	conserved hypothetical protein
#8	MJ1408	84	GTP-binding protein, member of GTP1/OBG-family
#9	MJ1464	156	hypothetical GTP-binding protein (SP:P40010)

Motif 1
ATGAAAATAGTTTAATATTTATTAATAATGC 	1	9	0
TATGAGCTTATTAAAAATTTATTAATGAGATA	2	54	1
AGTATGGTGTTAAAATATTTATATGACTTTAT	5	49	0
ATTCTTTTATTAGAAGATTTATTTTAATTTTA	8	21	1
TTATCGATTATAGAAAATTTTTTATAGAACTT	9	69	0
ATGAGAGGAATATAACATTTTT          	9	144	1
ATTTTAACAATTTAAAATTTAAAAATTAAATG	2	252	1
CTTTTTTTATTACAAAATTTTTTACAAGAAAC	2	22	1
ATATTTTTTATTGAAAATTTAACTATTTGTAA	9	28	1
GCAATATATATTGAATATTTTAGTCTTCAATA	2	102	1
TTAACTACGGTTAAAAATTTTAACTATAATTA	0	49	1
     AATACCACAACATTTATATATGGTTAA	0	87	0
CAAAATAAATTTATAAATTTATCGATTATAGA	9	87	0
AAAAAGTTTTTAATAGATTTATCGATAAAATA	8	51	0
ATTATGGAAATTCAATATATAAATCTTGTCCT	2	218	0
TAATAGTTATTACAAAATATTTTGAAAGACAC	3	85	1
TATTCATTGATAAAAAATATAAATGAGAGGAA	9	122	1
TAACACCATACTCAATATTTTTATGGTGAGAA	5	69	1
TTTAAATTGTTAAAATATATTATGGAAATTCA	2	236	0
TAACTATAATTAAATCATTTAACCATATATAA	0	69	1
AGAGGTAAATTTTATTATTTTTTATTATCATT	1	233	0
CTACATTAAATAAAATAGTTAAAAAAAGAGAA	4	138	0
TTGCAATTGTTACAATAGTTTATCTCATTAAT	2	74	0
 AATTATCACCAAAAAAGTTTTTAATAGATTT	8	63	0
          ** ** ******
MAP Score: 27.8992

Motif 2
TCTCATTAATAAATTTTTAATAAGCTCATAG	2	53	0
CGATTATAGAAAATTTTTTATAGAACTTCAA	9	66	0
ATCACCAAAAAAGTTTTTAATAGATTTATCG	8	59	0
TCACCATTCTCAATTTTTAATGATTTGGCAT	6	44	0
CACCATACTCAATATTTTTATGGTGAGAAC 	5	72	1
CCTCTCATTTATATTTTTTATCAATGAATAT	9	121	0
CTTTTTATTCATATTTTTTATTGAAAATTTA	9	18	1
TTTAATTTTTAAATTTTAAATTGTTAAAATA	2	251	0
TCCATAATACCACTTTTAAATTAT       	7	3	0
TTTTATTACAAAATTTTTTACAAGAAACTAT	2	26	1
ATTATAGTTAAAATTTTTAACCGTAGTTAAA	0	48	0
GGACTTTCTGTAGTTTTTTATAATATCATCT	1	72	1
TTCATTTATGCCTTTTTTTATTACAAAATTT	2	11	1
AAATACAACTCCTTTTTTAATGTCTTCAGTT	6	126	0
TTCCAAATAGAACTTTTTTGTAGTTTAAAAC	1	157	0
AACATTAGGTCACTTTTTTGTGCAATGATAA	1	129	0
     AATATCACCTTTTTATTCATATTTTT	9	5	1
TAATAAAAGAATGATTTTTATTT        	8	2	0
TAATAAGGACAAGATTTATATATTGAATTTC	2	213	1
  AATACCACAACATTTATATATGGTTAAAT	0	85	0
ATGGTGTTAAAATATTTATATGACTTTATGT	5	47	0
GTAAATTTTATTATTTTTTATTATCATTATT	1	230	0
ACCTATTGTGTAATTTTAAATATCATTACTA	5	17	1
ATAAATTTCTCTTTTTTTAACTATTTTATTT	4	132	1
GACTCTATTTTCTTTTTTAATAAGGACAAGA	2	196	1
ATATATATTGAATATTTTAGTCTTCAATAAC	2	105	1
      TGCCCTTCTTTTAATTCTATCTCCC	2	285	0
TATTAGAAGATTTATTTTAATTTTATTTTAT	8	28	1
CTGCGAAAGTCCTATTTAAATATCACAGGTG	1	263	1
AAGTGACCTAATGTTTTAAACTACAAAAAAG	1	145	1
ATTTCCATAATATATTTTAACAATTTAAAAT	2	239	1
TGTGCAATGATAAATTTTAGTCTACGAACGT	1	111	0
GAAATACTTCTTCCTTTTAATTCCATAATAC	7	24	0
          ** ********
MAP Score: 25.0653

Motif 3
ACCGAAAGGTTTTTATACCCTGCATGTTATTATTTAACTACGGTTA	0	16	1
ACCACAACATTTATATATGGTTAAATGATTTAATTATAGTTAAAAT	0	65	0
TATTTGAATTTTATGAAAATTGTAATAAGATATGAAAATAGTTTAA	1	26	0
TTTCTGTAGTTTTTTATAATATCATCTTTGATAGAACGTTCGTAGA	1	76	1
ATTATCATTATTGTATAGGACGTAATTGTATATGGATGTACAAAGG	1	196	0
GTAAAAAATTTTGTAATAAAAAAAGGCATAAATGAAT         	2	1	0
TTACAATAGTTTATCTCATTAATAAATTTTTAATAAGCTCATAGTT	2	51	0
CTAAGTCAATTTATAAAAGACTCATCTTTATAAACAAGCGTTTAAG	2	151	0
TATATAAATCTTGTCCTTATTAAAAAAGAAAATAGAGTCTAAGTCA	2	189	0
CCCCATTTAATTTTTAAATTTTAAATTGTTAAAATATATTATGGAA	2	241	0
TTTCAAAATATTTTGTAATAACTATTAATGTATTAATGAACGCCTT	3	66	0
AACTATAAATTTCTCTTTTTTTAACTATTTTATTTAATGTAGCAAA	4	128	1
CAAACGCAATTTATAATAAATGCATGCGTAAAATTATAA       	4	170	1
TTATATGACTTTATGTAGTAATGATATTTAAAATTACACAATAGGT	5	17	0
TACTTCTTCCTTTTAATTCCATAATACCACTTTTAAATTAT     	7	5	0
GGCAAAGCCCTTCTATAGTGAGGATACCTCTTAACACTCCCCTTGC	7	147	1
ATAAAAATCATTCTTTTATTAGAAGATTTATTTTAATTTTATTTTA	8	12	1
TTTATTTTAATTTTATTTTATCGATAAATCTATTAAAAACTTTTTT	8	38	1
AATAGTTAAATTTTCAATAAAAAATATGAATAAAAAGGTGATATT 	9	9	0
AGAAAATTTTTTATAGAACTTCAAACACATTTACAAATAGTTAAAT	9	44	0
CTATAAAAAATTTTCTATAATCGATAAATTTATAAATTTATTTTGT	9	74	1
TCATTTATATTTTTTATCAATGAATATGACAAAATAAATTTATAAA	9	102	0
          ** *  *      *    * ***  *
MAP Score: 21.9161

Motif 4
TTTCATATCTTATTACAATTTTCATAAAATTCAAA	1	35	1
ACCTCTGCGAAAGTCCTATTTAAATATCACAGGTG	1	259	1
TTAATGTAGCAAACGCAATTTATAATAAATGCATG	4	161	1
AAACTACAGAAAGTCCTATTTGAATTTTATGAAAA	1	53	0
AACTACAAAAAAGTTCTATTTGGAACTTTAACACC	1	163	1
AAATAGAGTCTAAGTCAATTTATAAAAGACTCATC	2	171	0
GCATAAATACAACTCCTTTTTTAATGTCTTCAGTT	6	126	0
CTAAATCACCATTCTCAATTTTTAATGATTTGGCA	6	45	0
   ATTCATTTATGCCTTTTTTTATTACAAAATTT	2	7	1
AATAAACTTTAATACCTTTTTTGAAAGACA     	3	5	0
TTAATAAATATTAAACTATTTTCATATCTTATTAC	1	16	1
CATAATATATTTTAACAATTTAAAATTTAAAAATT	2	244	1
TGCCAGAGGCAACCCCACTTTCTATCTGGGGAGTA	7	100	1
TTATTGAAAATTTAACTATTTGTAAATGTGTTTGA	9	35	1
TTAATTCCATAATACCACTTTTAAATTAT      	7	4	0
TGAATATGACAAAATAAATTTATAAATTTATCGAT	9	93	0
TAAAGTTTATTAAGGAAATTTGAATGCCTTCTATA	3	29	1
CTTAGACTCTATTTTCTTTTTTAATAAGGACAAGA	2	192	1
CTTTATGTAGTAATGATATTTAAAATTACACAATA	5	20	0
AAACTATAAATTTCTCTTTTTTTAACTATTTTATT	4	127	1
TTATCGATTATAGAAAATTTTTTATAGAACTTCAA	9	66	0
TTTATCTCATTAATAAATTTTTAATAAGCTCATAG	2	53	0
CTATTGTAACAATTGCAATATATATTGAATATTTT	2	88	1
TATATTATGGAAATTCAATATATAAATCTTGTCCT	2	218	0
GAGTATGGTGTTAAAATATTTATATGACTTTATGT	5	47	0
          **   ******  **
MAP Score: 21.5493

Motif 5
AAAAGTGACCTAATGTTTTAAACTACAAAAAAGTTCTATTT	1	143	1
TAAATATCATTACTACATAAAGTCATATAAATATTTTAACA	5	33	1
TATTTTCATATCTTATTACAATTTTCATAAAATTCAAATAG	1	32	1
TCAAAGATGATATTATAAAAAACTACAGAAAGTCCTATTTG	1	66	0
TAATTTTATTTTATCGATAAATCTATTAAAAACTTTTTTGG	8	45	1
TATGTAGTAATGATATTTAAAATTACACAATAGGTGAAATG	5	11	0
AATGAACGCCTTCTTATAGAAGGCATTCAAATTTCCTTAAT	3	37	0
TATACAATAATGATAATAAAAAATAATAAAATTTACCTCTG	1	225	1
        TGTCTTTCAAAAAAGGTATTAAAGTTTATTAAG	3	2	1
AATAGTTAAATTTTCAATAAAAAATATGAATAAAAAGGTGA	9	14	0
TTTGTCATATTCATTGATAAAAAATATAAATGAGAGGAATA	9	115	1
ATAAATCTTGTCCTTATTAAAAAAGAAAATAGAGTCTAAGT	2	191	0
        AATAATCCCTCAATCATAAGAAAATTTACACCT	7	203	0
TGAGATAAACTATTGTAACAATTGCAATATATATTGAATAT	2	79	1
TAAAAAATTTTGTAATAAAAAAAGGCATAAATGAAT     	2	5	0
CATTTAATTTTTAAATTTTAAATTGTTAAAATATATTATGG	2	243	0
CTATTTGTAAATGTGTTTGAAGTTCTATAAAAAATTTTCTA	9	50	1
ACATTAAATAAAATAGTTAAAAAAAGAGAAATTTATAGTTT	4	127	0
GGACAAGATTTATATATTGAATTTCCATAATATATTTTAAC	2	219	1
TAATTGTATATGGATGTACAAAGGTGTTAAAGTTCCAAATA	1	179	0
AAATTTTCTATAATCGATAAATTTATAAATTTATTTTGTCA	9	81	1
ACATTAATAGTTATTACAAAATATTTTGAAAGACACTATTA	3	81	1
TAAACAATTCTATAAATTAAATTCGTTCAATCTTTACAGCA	6	246	0
AGATGATGCCAAATCATTAAAAATTGAGAATGGTGATTTAG	6	39	1
TTAATGTCCAAGCTCTATAAAGAACAAGAATGTGACTTCTT	4	73	1
TTAAAATAAATCTTCTAATAAAAGAATGATTTTTATTT   	8	7	0
CATCTGGATTTATTTCAATAAATGGTTCATTAAT       	6	3	0
ATCTCATTAATAAATTTTTAATAAGCTCATAGTTTCTTGTA	2	44	0
TATGGTTTCGAAGTTATTGAAGACTAAAATATTCAATATAT	2	107	0
TTATGGAATTAAAAGGAAGAAGTATTTCAAAGCATAGAGGC	7	27	1
GGTTAAAAATTTTAACTATAATTAAATCATTTAACCATATA	0	57	1
          *  *  ** **     * ***
MAP Score: 17.2826

Motif 6
AAAGAAAATAGAGTCTAAGTCAATTTATAAA	2	180	0
    CCATAGGAGGAGACCTCCTATTGGGAT	4	6	1
GACCTCCTATTGGGATACCTCCCGTCCATTA	4	21	1
CCACTTCGTTGAGGCAAATCCTAACGTATTA	6	165	1
TCAAAGCATAGAGGCAAAGCCTCTATTGCTA	7	53	1
GGGGTTGCCAGAGGCAACCCCACTTTCTATC	7	95	1
GCCCCTCTATTGGGATACTCCCCAGATAGAA	7	119	0
TCCCAATAGAGGGGCAAAGCCCTTCTATAGT	7	135	1
CTTCTATAGTGAGGATACCTCTTAACACTCC	7	156	1
          ***** *****
MAP Score: 7.01278