AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons018_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240703
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0567	104	conserved hypothetical protein
#1	MJ0921	289	conserved hypothetical protein
#2	MJ0922	191	conserved hypothetical protein
#3	MJ1126	300	GTP-binding protein, member of GTP1/OBG-family
#4	MJ1260	300	SSU ribosomal protein S6E
#5	MJ1261	205	translation initiation factor aIF-2, subunit gamma (aif2G)
#6	MJ1262	163	conserved hypothetical protein
#7	MJ1263	130	methionyl-tRNA synthetase (metS)
#8	MJ1324	94	molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B (mobB)
#9	MJ1325	139	cadmium resistance protein
#10	MJ1326	199	GTP-binding protein, member of GTP1/OBG-family
#11	MJ1332	92	GTP-binding protein, member of GTP1/OBG-family
#12	MJ1352	300	NH(3)-dependent NAD+ synthetase (nadE)
#13	MJ1404	300	M. jannaschii predicted coding region MJ1404
#14	MJ1405	47	M. jannaschii predicted coding region MJ1405
#15	MJ1406	89	aspartate carbamoyltransferase regulatory chain (pyrI)
#16	MJ1407	226	conserved hypothetical protein
#17	MJ1408	84	GTP-binding protein, member of GTP1/OBG-family
#18	MJ1464	156	hypothetical GTP-binding protein (SP:P40010)

Motif 1
ATCCAAAACTTTTAAAATTTTTTAGGTGTTAT	2	167	1
TTAACTACGGTTAAAAATTTTAACTATAATTA	0	49	1
AAATATATACTTAAACATTTTAATAGAAATAA	9	95	1
GCAATATATATTGAATATTTTAGTCTTCAATA	3	102	1
ATGAAAATAGTTTAATATTTATTAATAATGC 	1	9	0
TATGAGCTTATTAAAAATTTATTAATGAGATA	3	54	1
TTATATCACATTTAATATTTAAAGTTTAACAG	13	250	0
ATATTTTTTATTGAAAATTTAACTATTTGTAA	18	28	1
ATTTTAACAATTTAAAATTTAAAAATTAAATG	3	252	1
TGTGTTACTATTTAATATTTAACCAAACTAAG	2	89	1
CTTTTTTTATTACAAAATTTTTTACAAGAAAC	3	22	1
TTATCGATTATAGAAAATTTTTTATAGAACTT	18	69	0
ATGAGAGGAATATAACATTTTT          	18	144	1
AAAGATATTTTAAAATATTTTAAAGTTTTCTT	13	160	1
AGTATGGTGTTAAAATATTTATATGACTTTAT	11	49	0
ATTCTTTTATTAGAAGATTTATTTTAATTTTA	17	21	1
TAACACCATACTCAATATTTTTATGGTGAGAA	11	69	1
GTATTTAAACCTAAAAATTTTTGATCCAAAAC	2	144	1
AAATCACCACTACAATATTTAAACACAGATAA	5	45	0
   AATAATTTTATATATTTTTTATTAATTTG	13	7	1
AACCTACAGTTTTTATATTTATGGTGATAAC 	8	73	1
ATCGATAAATTTATAAATTTATTTTGTCATAT	18	93	1
CCCTACGGGCTTTTATATTTATTCCTTAATTT	5	174	0
GTTTAACATATTTAAATTTTATGCATTAATTA	8	44	0
ATTATTGAGACATAATATTTTAAATAATTTTT	4	47	0
TTAATTTTAATAATATATTTTTTATTATTTTA	14	16	1
     AATACCACAACATTTATATATGGTTAA	0	87	0
GAACAAAAGCTTTAAATTTTAA          	15	77	1
TGAATTTCCATAATATATTTTAACAATTTAAA	3	236	1
   ACAAAACCAAAATATTTAAATACTAGTAA	9	7	1
AAGTTCCAAATAGAACTTTTTTGTAGTTTAAA	1	159	0
AAAAAGTTTTTAATAGATTTATCGATAAAATA	17	51	0
AATAGTGTCTTTCAAAATATTTTGTAATAACT	7	89	0
 ATACTATCCCTCAAATTTTTATTTTGTGATA	8	9	1
ATTATGGAAATTCAATATATAAATCTTGTCCT	3	218	0
ATATTTATTCCTTAATTTTTATTAACTTTGAA	5	160	0
CCAAATGTAATATAAAATATTTTCTATTACCT	2	43	1
CAAATAATGATAAAAGATATTTTAAAATATTT	13	148	1
TTCCTCTCATTTATATTTTTTATCAATGAATA	18	122	0
TTTGTTTGGTTTCTAATTTTTAAATTAACTTT	4	249	0
AATCACCATTCTCAATTTTTAATGATTTGGCA	12	45	0
TAGCTCCTAATTTTATTTTTATTTTATTTATC	5	18	1
TACGATTTTTTAAAAAATATTATTACTCAAAT	13	103	1
      TTCCTTTTAATTTTAATAATATATTT	14	4	1
AATAAAAATGCTAAAAATATTAGAGAAAATTG	15	46	1
AGGTAAATTTTATTATTTTTTATTATCATTAT	1	231	0
ATTACTCAAATATTAATTTTTAAACAAATAAT	13	124	1
GTGGTGATTTCTGTAGTTTTTTGACTATTTTG	5	67	1
ATAGGACTTTCTGTAGTTTTTTATAATATCAT	1	69	1
          ** ** ******
MAP Score: 57.436

Motif 2
TTAACAATTTAAAATTTAAAAATTAAATGG	3	255	1
        TTAAAATTTAAAGCTTTTGTTC	15	77	0
ATTAATGCATAAAATTTAAATATGTTAAAC	8	46	1
TATCACATTTAATATTTAAAGTTTAACAGC	13	249	0
ACAAAACCAAAATATTTAAATACTAGTAAT	9	10	1
TCACCACTACAATATTTAAACACAGATAAA	5	44	0
ATATATTATTAAAATTAAAAGGAA      	14	4	0
TCGATAAAATAAAATTAAAATAAATCTTCT	17	32	0
TCATTGATAAAAAATATAAATGAGAGGAAT	18	125	1
ATGGAAATTCAATATATAAATCTTGTCCTT	3	217	0
ATTAATAAAAAATATATAAAATTATT    	13	6	0
ATGCCAAAATAATATATAAATCTTACGATT	13	80	1
          ATAATTTAAAAGTGGTATTA	16	0	1
AACACCTAAAAAATTTTAAAAGTTTTGGAT	2	167	0
CTCAAATATTAATTTTTAAACAAATAATGA	13	128	1
AAAACCAAAAATTATTTAAAATATTATGTC	4	41	1
TTTGGTTTCTAATTTTTAAATTAACTTTTA	4	247	0
ACAAATAACAAAAATAAAAATAGGAGGGAA	4	276	1
ACAGATAAATAAAATAAAAATAAAATTAGG	5	23	0
ATTCTATCACAAAATAAAAATTTGAGGGAT	8	15	0
TATCACCATAAATATAAAAACTGTAGGTTT	8	72	0
TGATACTCATATTATTAAAA          	6	0	0
TTATAAGCTAAAATTATAAAAATGTGAAAA	5	116	1
TATGATTCCTATTATATAAACAATTCTATA	12	273	0
TGACAAAATAAATTTATAAATTTATCGATT	18	92	0
AGTCTAAGTCAATTTATAAAAGACTCATCT	3	170	0
ATGATAAAAGATATTTTAAAATATTTTAAA	13	154	1
ATATTTTAAAATATTTTAAAGTTTTCTTTA	13	164	1
GAGTAATAATATTTTTTAAAAAATCGTAAG	13	101	0
      AAATAATAATAAAATAATAAAAAA	14	33	0
GATAATAAAAAATAATAAAATTTACCTCTG	1	236	1
AAACAATTCTATAAATTAAATTCGTTCAAT	12	256	0
TAGTTTGGTTAAATATTAAATAGTAACACA	2	89	0
CATTATTAATAAATATTAAACTATTTTCAT	1	11	1
CAAAGATGATATTATAAAAAACTACAGAAA	1	76	0
TGTAGTAATGATATTTAAAATTACACAATA	11	20	0
AAAATTTTGTAATAAAAAAAGGCATAAATG	3	13	0
ATTAAGGAATAAATATAAAAGCCCGTAGGG	5	176	1
ACCTACACAAATTAATAAAAAATATATAAA	13	16	0
CGTTTGCTACATTAAATAAAATAGTTAAAA	10	146	0
ATTTTAATAGAAATAAAAAATAATCACGAG	9	111	1
AAATAAAGATATTTATAAAAATGCCCTTAA	4	196	1
          **********
MAP Score: 54.18

Motif 3
TTTAATTCTATCTCCCCCATTTAATTTTTAA	3	270	0
CCAGTGGAGTTCTGCCCCTTTACCCCAAAGG	4	129	1
AATATCTTTATTTCACCCTATGCCTCCCCAG	4	178	0
 TAAAATAATTCTCCCTCAATCGTTCCAATA	6	143	0
        CCTCTCCCTCCTTTTGACTAATA	7	117	0
CAATAGGAGGTCTCCTCCTATGG        	10	2	0
GTTGGGGCTTTCAGCCCCAATTAATGTCCAA	10	53	1
GTTTCTTTTATCTCATTCAATACCTCTAATT	15	12	0
CAATAGAGGCTTTGCCTCTATGCTTTGAAAT	16	50	0
ATAGAAGGGCTTTGCCCCTCTATTGGGATAC	16	132	0
          ******** **
MAP Score: 4.39856