AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons019_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240718
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0370	273	cell division protein ftsZ
#1	MJ0372	155	LSU ribosomal protein L24A
#2	MJ0622_MJ0623	385	MJ0622: cell division protein ftsZ, MJ0623: conserved hypothetical protein
#3	MJ0625	49	M. jannaschii predicted coding region MJ0625
#4	MJ0626	92	conserved hypothetical protein
#5	MJ0627	30	M. jannaschii predicted coding region MJ0627
#6	MJ0633	137	leucyl-tRNA synthetase (leuS)
#7	MJ0948	25	M. jannaschii predicted coding region MJ0948
#8	MJ0949	43	conserved hypothetical protein
#9	MJ0950	184	conserved hypothetical protein
#10	MJ1007	101	valyl-tRNA synthetase (valS)
#11	MJ1109	300	orotate phosphoribosyl transferase (pyrE)
#12	MJ1113	300	N-acetylglucosamine-1-phosphate transferase

Motif 1
TTGAAATTATTGAACATTAAAAAATTATAAAA	0	29	0
AACTAAGTATTGAACATTAAAAATGAAAGGAT	6	115	1
AAATTTAAAATTAATATTAAAAAACACGTTTA	8	12	1
TCACCTTAAATAAATTTTAAAAAATAAAATAG	1	129	0
TTATTATTATTCAATTTTAAAATGAGGTATAA	0	102	0
     AATTATGAAATATAAAAATATCCTAAT	12	5	1
CTTTTAAAGCTGAAAATTATAAATTTGAAAGT	11	141	1
CTTACTTCCCTAAGCAATAAAAGTAGATTAAT	12	185	0
TGCACACCAATTAATAATATAATAGGACTTTT	2	251	1
TATATATAATTGAAAAATATAAAGTAAATTTT	2	339	1
AATTTTAAAATGAGGTATAAAAATCTATTGGT	0	90	0
ATTCTGTAGCTTAAGATAAAAAAAGTTTTGTC	11	211	0
TATATATACTTTAACTTAAAAATTAATGTGAT	2	315	0
ACTATTTTTATTAAATTAAAAACTCTTCAAAA	10	60	1
TTCAAAGCATTAAGATTTATAAGCAACTATAT	9	90	0
TTTTAATCACTAAAAATAATAATCTATCTA  	11	8	0
ATCTTACTATTAAGGTTAAAAATTATTCTTAC	11	171	0
TGCAAAAGGGTTAAATTAATAAATGGAGTTTT	6	31	1
TAGTTGAGGTTTAAATAAATAACTCTCTAATA	10	32	0
AGATTCAAATTCAGAATAATAATACGGAGGTC	0	246	1
GGAAGTAAGGAAAATAATAAAAGAATTTCTAT	12	208	1
TTTAATCCCTAAAAATATAAAACTTTTTTTAT	1	78	1
TCAGCCTCTTAGAAGTATAAAACGGGATTTTA	11	106	1
        AGTTAAGATTTTAAGGCTAAACCT	4	2	1
ATGAAACCATTAAGGTTTTAAAATACTCAAAA	4	54	1
TAAAATACTCAAAACAATATAAATGCTATT  	4	72	1
TTCAGCTTTAAAAGATATAAAATCCCGTTTTA	11	123	0
ACCTTAATAGTAAGATATTAAATAGACAAAAC	11	187	1
ATTTCACCAAAAAGTATTATAAAAAATTA   	5	7	0
TACATATTTGTAAATTTATAAATC        	10	2	0
TATCACCAAAAAAGATATATAATGTTTGTTTA	3	25	0
TTAATGTCTCTTAGTATATAAATAGGTAAATA	9	53	1
ATGGGTTTGCATAATAAAATAATTTAGGTTGA	0	57	0
ATTACATTATTAAAATAATTAAGGTATATTAA	6	73	0
AATACTTTTCAAAATATTTAAAAACAAATAGA	12	91	0
AAACTTTTTTAAAAGAATTAAACAAATCTTAA	11	248	1
AAGGATAACTAAAACTATTAAAAAAATTGCAC	12	147	0
   GAGCTAAACAGATTTTAAACAAACATTAT	3	7	1
AAAATCAGTAAAAAGATATTAATTAGGATATT	12	26	0
          * ** *******
MAP Score: 42.2472

Motif 2
TTTAATTCTTTTAAAAAAGTTTCTATAATTCT	11	238	0
ACTATTAAGGTTAAAAATTATTCTTACTTTCA	11	166	0
TTTTGAGTATTTTAAAACCTTAATGGTTTCAT	4	54	0
TATGATGGACTTTAAAAGCATTGGTGCAATTT	12	124	1
TAGCTTAAGATAAAAAAAGTTTTGTCTATTTA	11	205	0
AAACGTGATATAAAAAAAGTTTTATATTTTTA	1	87	0
CATTACATAATAAAAAATCTTTTAGGTTTAGC	4	25	0
ATTAAAAAATTATAAAAAATTACTTGGTGAGG	0	14	0
TGTTTTTTGCTAAAAAATTATAGAAATTCTTT	12	227	0
TAGTTAGTTGTAAAAAACTATACAAAATTTAC	2	362	0
CAAAAAGTATTATAAAAAATTA          	5	0	0
ATTTTATTTTTTAAAATTTATTTAAGGTGAGA	1	131	1
TCTATTTGTTTTTAAATATTTTGAAAAGTATT	12	91	1
AGTATTAGCGTTAAAATCTATTATTGTATTTA	0	213	1
CATTACATTATTAAAATAATTAAGGTATATTA	6	74	0
    GAAAATTTAAAATTAATATTAAAAAACA	8	6	1
ATAGTTGAGGTTTAAATAAATAACTCTCTAAT	10	33	0
AAATGAGGTATAAAAATCTATTGGTTATGGGT	0	83	0
AATTTTCAGCTTTAAAAGATATAAAATCCCGT	11	127	0
ATACTTTAACTTAAAAATTAATGTGATAAACT	2	310	0
        GATTTATAAATTTACAAATATGTA	10	2	1
AGTTTTTAATTTAATAAAAATAGTTGAGGTTT	10	52	0
GTATTGAACATTAAAAATGAAAGGAT      	6	121	1
CCAAAAAAGATATATAATGTTTGTTTAAAATC	3	20	0
TATAAATAGGTAAATAACGATATATAGTTGCT	9	69	1
AAAATATTCATATATAATTATTTGGTTAATAG	0	183	1
AATATCCTAATTAATATCTTTTTACTGATTTT	12	26	1
AGGTTTAGCCTTAAAATCTTAACT        	4	2	0
ATACCTCATTTTAAAATTGAATAATAATAATA	0	104	1
   AATAGCATTTATATTGTTTTGAGTATTTT	4	73	0
ATTTTTCAATTATATATACTTTAACTTAAAAA	2	325	0
TTTTAATCACTAAAAATAATAATCTATCTA  	11	8	0
TTTTAGGGATTAAATATAGATTCAAATATGTT	1	60	0
TAGGACTTTTTATATATAGTTTGTGGTGGTGC	2	273	1
AAGTTTAGGATATATATGTTTTTTGCTAAAAA	12	243	0
TATAGTTGCTTATAAATCTTAATGCTTTGAAT	9	91	1
AATTTGAATCTATAAATACAATAATAGATTTT	0	225	0
TGCACACCAATTAATAATATAATAGGACTTTT	2	251	1
AAGGGAATACTATATAAAATATTCATATATAA	0	168	1
TATTTACCTATTTATATACTAAGAGACATTAA	9	53	0
TCTATTGAAATTTATATCTAAAAAGTTTCGCT	9	153	0
ATATGTTGTATAAATATCTTATCTATGTTGAA	1	35	0
          *******  ***
MAP Score: 35.5606

Motif 3
CATAACCAATAGATTTTTATACCTCATTTTAAAATTGAATAAT	0	86	1
TTTAATCCCTAAAAATATAAAACTTTTTTTATATCACGTTTCA	1	78	1
ACGTTTCACTAAACCTCTATTTTATTTTTTAAAATTTATTTAA	1	113	1
CTTAAGCTACAGAATTATAGAAACTTTTTTAAAAGAATTAAAC	11	228	1
CAAAAGGGTTAAATTAATAAATGGAGTTTTAAACGCCTTATTA	6	33	1
ATAGGTAAATAACGATATATAGTTGCTTATAAATCTTAATGCT	9	74	1
CTAAACTTTAACTTCTTTTATCTTCATTATAAAGGGGATAGTT	12	267	1
ATTAGCGTTAAAATCTATTATTGTATTTATAGATTCAAATTCA	0	216	1
TAACTCTCTAATACATATTTGTAAATTTATAAATC        	10	2	0
ACCAATTAATAATATAATAGGACTTTTTATATATAGTTTGTGG	2	256	1
CAGTAAAAAGATATTAATTAGGATATTTTTATATTTCATAATT	12	10	0
TCAGCTTTAAAAGATATAAAATCCCGTTTTATACTTCTAAGAG	11	111	0
 GAGCTAAACAGATTTTAAACAAACATTATATATCTTTTTTGG	3	9	1
AACTATTAAAAAAATTGCACCAATGCTTTTAAAGTCCATCATA	12	124	0
GGTTGAAATTATTGAACATTAAAAAATTATAAAAAATTACTTG	0	20	0
TTAAAAGTTCAACATAGATAAGATATTTATACAACATATTTGA	1	28	1
TAACCAAATAATTATATATGAATATTTTATATAGTATTCCCTT	0	168	0
TACAAAATTTACTTTATATTTTTCAATTATATATACTTTAACT	2	331	0
TTGAATATGAAATCCTATAATTTTCATTTAATAGAAAGCGAAA	9	117	1
TCCATCATAAAATACTTTTCAAAATATTTAAAAACAAATAGAT	12	90	0
         AATTTCACCAAAAAGTATTATAAAAAATTA    	5	6	0
GTTTTGTAAAAACTAAGTATTGAACATTAAAAATGAAAGGAT 	6	105	1
TTTAAACCTCAACTATTTTTATTAAATTAAAAACTCTTCAAAA	10	49	1
GCTTAAGATAAAAAAAGTTTTGTCTATTTAATATCTTACTATT	11	192	0
      AACTATCCCTAAACGTGTTTTTTAATATTAATTTTAA	8	16	0
TTATTATGTAATGAAACCATTAAGGTTTTAAAATACTCAAAAC	4	44	1
ACGCCTTATTAATATACCTTAATTATTTTAATAATGTAATGTT	6	65	1
GGAAGTAAGGAAAATAATAAAAGAATTTCTATAATTTTTTAGC	12	208	1
          *    * **       ***** *
MAP Score: 32.5998

Motif 4
AAGGACTGGAGGACATGCCGCCCCCAAGTTTTCG	2	159	1
CTCCCCTACAGGAGATGCTCCCCCACCGCCGAGC	2	88	1
GGGTTACAGGGGACGCCCAACCCCCCGGCCTAGC	2	215	1
TGCATTAAATGGACTTTCAGTCCCTTAATGTCTC	9	29	1
CTCCTGTAGGGGAGATGTAACCCCCTTTACCTGC	2	68	0
GACTCCTCGATGAGGTCTCGTCCCGTGGGGCTCG	2	117	0
          **** * *  ****
MAP Score: 5.13164