AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons019_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240739 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0370 273 cell division protein ftsZ #1 MJ0372 155 LSU ribosomal protein L24A #2 MJ0622_MJ0623 385 MJ0622: cell division protein ftsZ, MJ0623: conserved hypothetical protein #3 MJ0625 49 M. jannaschii predicted coding region MJ0625 #4 MJ0626 92 conserved hypothetical protein #5 MJ0627 30 M. jannaschii predicted coding region MJ0627 #6 MJ0633 137 leucyl-tRNA synthetase (leuS) #7 MJ0948 25 M. jannaschii predicted coding region MJ0948 #8 MJ0949 43 conserved hypothetical protein #9 MJ0950 184 conserved hypothetical protein #10 MJ0951 244 conserved hypothetical protein #11 MJ0952 180 conserved hypothetical protein #12 MJ1000 202 histidyl-tRNA synthetase (hisS) #13 MJ1001 36 ribosomal protein S6 modification protein 2 (rimK) #14 MJ1002 87 conserved hypothetical protein #15 MJ1003 101 3-isopropylmalate dehydratase (leuC) #16 MJ1004 90 conserved hypothetical protein #17 MJ1007 101 valyl-tRNA synthetase (valS) #18 MJ1109 300 orotate phosphoribosyl transferase (pyrE) #19 MJ1113 300 N-acetylglucosamine-1-phosphate transferase Motif 1 AATAGCATTTATATTGTTTTGAGTATTT 4 74 0 AGATATAAGTATTTATATATTTACAGTTATTG 12 102 0 TAAAATTAAAATTTTTATCCTTTTTTATCTTA 10 15 1 ATCTTTATAAATTTTTATTTTTGGG 13 21 1 TAATTAGGATATTTTTATATTTCATAATT 19 7 0 GATTTATAAATTTACAAATATGT 17 1 1 TTACTTTCAAATTTATAATTTTCAGCTTTAAA 18 143 0 TTATTTACCTATTTATATACTAAGAGACATTA 9 54 0 ATAAAAAAAGTTTTATATTTTTAGGGATTAAA 1 78 0 TAAAACGGGATTTTATATCTTTTAAAGCTGAA 18 123 1 AGTAAGAATAATTTTTAACCTTAATAGTAAGA 18 170 1 ATCCTTTCATTTTTAATGTTCAATACTTAG 6 117 0 TGGGCCCACTATTTTTATTTTAGACATAAACA 10 109 0 CACCAAGTAATTTTTTATAATTTTTTAATGTT 0 17 1 TGAAACAAAGATTTATAAGATAGCTTTGCTAT 12 150 1 TATATGAATATTTTATATAGTATTCCCTTACA 0 165 0 TATCACATTAATTTTTAAGTTAAAGTATATAT 2 314 1 AAATATCCTAATTAATATCTTTTTACTGATTT 19 25 1 AAAGTTTAGGATATATATGTTTTTTGCTAAAA 19 244 0 CTCTATTTTATTTTTTAAAATTTATTTAAGGT 1 127 1 CCTAAACGTGTTTTTTAATATTAATTTTAAAT 8 14 0 AGACAAAACTTTTTTTATCTTAAGCTACAGAA 18 210 1 TAATTTTTTATAATACTTTTTGGTG 5 3 1 GGTGTTGCATATTATTATTATTCAATTTTAAA 0 113 0 TAGATAGATTATTATTTTTAGTGATTAAA 18 7 1 CCCCAATTTAAATCTTTATAAATTTTT 13 5 1 TTAACTCATCATATATAAAGTTT 10 231 1 ACCAAAAAAGATATATAATGTTTGTTTAAAAT 3 21 0 ATAGTAAGAGATATATATTTTAATGCCTTAAT 11 51 0 ATAGGACTTTTTATATATAGTTTGTGGTGGTG 2 272 1 TATTTTTCAATTATATATACTTTAACTTAAAA 2 326 0 ATCACAAAGAATATTTATGATAAAATAATATT 16 65 0 ATCTATTTGTTTTTAAATATTTTGAAAAGTAT 19 90 1 TTTAATATTAATTTTAAATTTTC 8 1 0 ATGCACACCAATTAATAATATAATAGGACTTT 2 250 1 TGGTGCAATTTTTTTAATAGTTTTAGTTATCC 19 145 1 GTTTTGTCTATTTAATATCTTACTATTAAGGT 18 187 0 AGTAATTCCTATATTTAAACTAACAAATGTTT 10 82 1 TATCCTTGCCATTATTAATCTACTTTTATTGC 19 172 1 AAAACATTACATTATTAAAATAATTAAGGTAT 6 78 0 GTTTTGAGTATTTTAAAACCTTAATGGTTTCA 4 55 0 AATATGTTGTATAAATATCTTATCTATGTTGA 1 36 0 CTCAACTATTTTTATTAAATTAAAAACTCTTC 17 56 1 TAAAACTCCATTTATTAATTTAACCCTTTTGC 6 32 0 ******** ** MAP Score: 51.4956 Motif 2 CCAAAAATAAAAATTTATAAAGATTTAAAT 13 15 0 ACATATTTGTAAATTTATAAATC 17 3 0 TCTTACTTTCAAATTTATAATTTTCAGCTT 18 147 0 CAAAGCATTAAGATTTATAAGCAACTATAT 9 90 0 GATGAAACAAAGATTTATAAGATAGCTTTG 12 148 1 GAAAATTTAAAATTAATATTAA 8 2 1 CAATAACTGTAAATATATAAATACTTATAT 12 102 1 CAAAAGGGTTAAATTAATAAATGGAGTTTT 6 33 1 TGAACATTAAAAAATTATAAAAAATTACTT 0 21 0 TCACCAAAAAAGATATATAATGTTTGTTTA 3 25 0 CAATAAAAGTAGATTAATAATGGCAAGGAT 19 173 0 TAATCCCTAAAAATATAAAACTTTTTTTAT 1 80 1 TATTTTTATTAAATTAAAAACTCTTCAAAA 17 62 1 GTTGAGGTTTAAATAAATAACTCTCTAATA 17 32 0 AATTATGAAATATAAAAATATCCTAAT 19 7 1 AAATGTAAAATTAAAATTTTTATCCT 10 6 1 CTTTTTTGCAAAAAATATAACCAAAC 15 6 0 GGAAGTAAGGAAAATAATAAAAGAATTTCT 19 208 1 TATATAATTGAAAAATATAAAGTAAATTTT 2 341 1 TTAATCACTAAAAATAATAATCTATCTA 18 8 0 CAGCTTTAAAAGATATAAAATCCCGTTTTA 18 123 0 ATTCAAATTCAGAATAATAATACGGAGGTC 0 248 1 GTTTATGTCTAAAATAAAAATAGTGGGCCC 10 110 1 ATAAATTTTAAAAAATAAAATAGAGGTTTA 1 122 0 ACAAAAAATAAGATAAAAAAGGATAAAAAT 10 25 0 CTGTAGCTTAAGATAAAAAAAGTTTTGTCT 18 210 0 CTAAAGAGATAGAAATAAAAACATTAAGCA 16 30 1 TAATTAAGGTATATTAATAAGGCGTTTAAA 6 60 0 ACTTTTCAAAATATTTAAAAACAAATAGAT 19 90 0 ACCACAAACTATATATAAAAAGTCCTATTA 2 270 0 TTTAAAATTAATATTAAAAAACACGTTTAG 8 15 1 TTAAAATTGAATAATAATAATATGCAACAC 0 114 1 GTGAAACGTGATATAAAAAAAGTTTTATAT 1 92 0 GTTTCATTACATAATAAAAAATCTTTTAGG 4 31 0 ********** MAP Score: 49.0687 Motif 3 ACCTTAAATAAATTTTAAAAAATAAAATAGAGGTTTA 1 122 0 TCTTTTGAAGAGTTTTTAATTTAATAAAAATAGTTGA 17 57 0 TTTACTTTATATTTTTCAATTATATATACTTTAACTT 2 330 0 TGAAAATTATAAATTTGAAAGTAAGAATAATTTTTAA 18 151 1 GAGCTAAACAGATTTTAAACAAACATTATATATCTT 3 9 1 GAAAATTTAAAATTAATATTAAAAAACAC 8 2 1 AAAAGGATAAAAATTTTAATTTTACATTT 10 2 0 TCATCAGCATAATTTTGTAAGATATAAGTATTTATAT 12 116 0 AAGGTGTTCAAATTTTCTATCAAATAACCTAATAACT 15 34 0 TAATTAGGATATTTTTATATTTCATAATT 19 2 0 GAATTTCTATAATTTTTTAGCAAAAAACATATATATC 19 230 1 GTTTCTATTGAAATTTATATCTAAAAAGTTTCGCTTT 9 151 0 CATAGATAAGATATTTATACAACATATTTGAATCTAT 1 40 1 AAGTAAGAATAATTTTTAACCTTAATAGTAAGATATT 18 169 1 ACTTTTCAAAATATTTAAAAACAAATAGATAGTATGG 19 83 0 ATACAATAATAGATTTTAACGCTAATACTATTAACCA 0 205 0 AATTATAGAAACTTTTTTAAAAGAATTAAACAAATCT 18 240 1 TAACCAATAGATTTTTATACCTCATTTTAAAATTGAA 0 88 1 TAATTTTTTATAATACTTTTTGGTGAAA 5 1 1 CAAAGCATTAAGATTTATAAGCAACTATATATCGTTA 9 83 0 TAAGAGATATATATTTTAATGCCTTAATAAAACTTAT 11 42 0 TAATAAATGGAGTTTTAAACGCCTTATTAATATACCT 6 47 1 AATTTTTTATAATTTTTTAATGTTCAATAATTTCAAC 0 25 1 AAAAAGTTTTATATTTTTAGGGATTAAATATAGATTC 1 69 0 TCTTTTTCATAAATTTCTATTGATTAAAATCAGCCTC 18 77 1 CCAAAAATAAAAATTTATAAAGATTTAAATTGGGG 13 8 0 TCTCTAATACATATTTGTAAATTTATAAATC 17 4 0 CATTGGTGCAATTTTTTTAATAGTTTTAGTTATCCTT 19 142 1 ATATAAAGTAAATTTTGTATAGTTTTTTACAACTAAC 2 355 1 CTTAATAGTAAGATATTAAATAGACAAAACTTTTTTT 18 189 1 GTTTGGTTATATTTTTTGCAAAAAAGTTATTAGGT 15 8 1 TGGGCCCACTATTTTTATTTTAGACATAAACATTTGT 10 104 0 ATTGGTTAATTTTCATTAGTATTAG 7 7 1 ATCCTTTCATTTTTAATGTTCAATACTTAGTTTTT 6 112 0 ATATAATAGGACTTTTTATATATAGTTTGTGGTGGTG 2 267 1 * **** ** * ** MAP Score: 37.2186 Motif 4 AAAAAAGGATAAAAATTTTAATTTTACATTT 10 9 0 ATACTTTTCAAAATATTTAAAAACAAATAGAT 19 90 0 AAAAATTTATAAAGATTTAAATTGGGG 13 5 0 AGAATTATAGAAACTTTTTTAAAAGAATTAAA 18 238 1 AAGGATAACTAAAACTATTAAAAAAATTGCAC 19 147 0 AAATCAGTAAAAAGATATTAATTAGGATATTT 19 25 0 GTGATATAAAAAAAGTTTTATATTTTTAGGGA 1 83 0 CTGATGAAACAAAGATTTATAAGATAGCTTTG 12 146 1 TGAACATTAAAAAATTATAAAAAATTACTTGG 0 19 0 TTCAGCTTTAAAAGATATAAAATCCCGTTTTA 18 123 0 TCGCAGGAATAAATGTTTTATTGCATATTGAC 11 90 1 CAATAACTGTAAATATATAAATACTTATATCT 12 102 1 CACAAAACCGAAAGGTTTATATAGAATTTCAT 12 53 0 ACATATTTGTAAATTTATAAATC 17 1 0 TTTAAAGCTGAAAATTATAAATTTGAAAGTAA 18 143 1 ACAAAAAACAAAACGTATTTAAGG 12 188 1 TTATTTTTTAAAATTTATTTAAGGTGAGATT 1 134 1 TAAATAGACAAAACTTTTTTTATCTTAAGCTA 18 205 1 GCTAAACCTAAAAGATTTTTTATTATGTAATG 4 25 1 AATTTCACCAAAAAGTATTATAAAAAATTA 5 8 0 TATCACCAAAAAAGATATATAATGTTTGTTTA 3 25 0 ATTAGCGTTAAAATCTATTATTGTATTTATAG 0 216 1 ATGAAACCATTAAGGTTTTAAAATACTCAAAA 4 54 1 TTTTAGCAAAAAACATATATATCCTAAACTTT 19 244 1 AAATCTTTATAAATTTTTATTTTTGGG 13 19 1 AAATATTTTGAAAAGTATTTTATGATGGACTT 19 104 1 ACCTTAATAGTAAGATATTAAATAGACAAAAC 18 187 1 AAATTGCACCAATGCTTTTAAAGTCCATCATA 19 124 0 TATACTTGCTTAATGTTTTTATTTCTATCTCT 16 34 0 AATATACCTTAATTATTTTAATAATGTAATGT 6 75 1 TTCAAAGCATTAAGATTTATAAGCAACTATAT 9 90 0 TATGATGAGTTAAATTTTTATTGATGCTAAAG 10 212 0 TGAAAGTAAGAATAATTTTTAACCTTAATAGT 18 166 1 TCAACATAGATAAGATATTTATACAACATATT 1 36 1 TTTCAACCTAAATTATTTTATTATGCAAACCC 0 55 1 AAATTATAGAAATTCTTTTATTATTTTCCTTA 19 213 0 ATTTTTAAGTTAAAGTATATATAATTGAAAAA 2 324 1 ATTAAGGCATTAAAATATATATCTCTTACTAT 11 51 1 ATGCTTACAATAAGTTTTATTAAGGCATTAAA 11 33 1 ATTATATATGAATATTTTATATAGTATTCCCT 0 169 0 TTTATGATAAAATAATATTATACTTGCTTAAT 16 52 0 CACACCAATTAATAATATAATAGGACTTTTTA 2 253 1 TTATCACCTAAATACTTTATTTACAAAACATC 15 78 0 TTGAATATGAAATCCTATAATTTTCATTTAAT 9 117 1 AAAGAATTTCTATAATTTTTTAGCAAAAAACA 19 227 1 GTAAATTTTGTATAGTTTTTTACAACTAACTA 2 362 1 TATCCTTTTTTATCTTATTTTTTGTACTCAGA 10 30 1 ACTAAACCTCTATTTTATTTTTTAAAATTTAT 1 120 1 *** ******* MAP Score: 34.9408 Motif 5 TTAATATACCTTAATTATTTTAATAATGTAATGTT 6 73 1 CTATTTGTTTTTAAATATTTTGAAAAGTATTTTAT 19 92 1 ATATCGTTATTTACCTATTTATATACTAAGAGACA 9 57 0 TCAACATAGATAAGATATTTATACAACATATTTGA 1 36 1 AATTTCAACCTAAATTATTTTATTATGCAAACCCA 0 53 1 ATATGATGAGTTAAATTTTTATTGATGCTAAAGGT 10 210 0 AATAACCTAATAACTTTTTTGCAAAAAATATAACC 15 14 0 ATTAGGATATTTTTATATTTCATAATT 19 2 0 ATAAGATAGCTTTGCTATTTATTTACAAAAAACAA 12 164 1 TAAAATCTATTATTGTATTTATAGATTCAAATTCA 0 224 1 TAAACCTCTATTTTATTTTTTAAAATTTATTTAAG 1 122 1 TTCTATCTCTTTAGGAATTTTAATACCTATTCCA 16 9 0 GATTTATAAATTTACAAATATGTATTAG 17 3 1 TTTGTAAGATATAAGTATTTATATATTTACAGTTA 12 105 0 ATATTCATATATAATTATTTGGTTAATAGTATTAG 0 186 1 TAGATAGATTATTATTTTTAGTGATTAAAATCAG 18 9 1 AAACATTATATATCTTTTTTGGTGATATT 3 30 1 TTAGGATATATATGTTTTTTGCTAAAAAATTATAG 19 236 0 TATTTTTGGCTTATCTTTTACCATACTATCTATTT 19 63 1 TGTTCAATACTTAGTTTTTACAAAACATTACATTA 6 96 0 ATCCTAATTAATATCTTTTTACTGATTTTTTGGAT 19 29 1 AGAAATTCTTTTATTATTTTCCTTACTTCCCTAAG 19 203 0 CTAAAAATATAAAACTTTTTTTATATCACGTTTCA 1 86 1 CAAGTAATTTTTTATAATTTTTTAATGTTCAATAA 0 20 1 TTTTGAAGAGTTTTTAATTTAATAAAAATAGTTGA 17 57 0 GTTTATCACATTAATTTTTAAGTTAAAGTATATAT 2 311 1 GGGCCCACTATTTTTATTTTAGACATAAACATTTG 10 105 0 ATATTATTATTATTCAATTTTAAAATGAGGTATAA 0 102 0 TAATTTTTTATAATACTTTTTGGTG 5 0 1 ATGAAACCATTAAGGTTTTAAAATACTCAAAACAA 4 54 1 ACCTAAAAGATTTTTTATTATGTAATGAAACCATT 4 30 1 GAAAGGTTTATATAGAATTTCATTAACATATACAT 12 41 0 GAGCAGAGTATATACAATTTGGTGATATT 18 281 1 AAGCAAGTATAATATTATTTTATCATAAATATTCT 16 55 1 CCCAAAAATAAAAATTTATAAAGATTTAAATT 13 14 0 AACTTTTTAGATATAAATTTCAATAGAAACTAAAT 9 158 1 AAGGATAACTAAAACTATTAAAAAAATTGCACCAA 19 144 0 AAAATTTAAAATTAATATTAAAAAACACGTTTAGG 8 11 1 AATCCTATAATTTTCATTTAATAGAAAGCGAAACT 9 127 1 *** ***** * * MAP Score: 24.8724