AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons020_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240768
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0150	65	M. jannaschii predicted coding region MJ0150
#1	MJ0669	59	ATP-dependent RNA helicase, DEAD-family (deaD)
#2	MJ0671	56	riboflavin-specific deaminase (ribG)
#3	MJ0672	263	membrane bound transport protein, putative
#4	MJ0723	150	transcriptional regulatory protein, AsnC family
#5	MJ1123	70	conserved hypothetical protein
#6	MJ1401	116	putative ATP dependent RNA helicase
#7	MJ1505	178	ATP dependent RNA helicase, putative 
#8	MJ1572.1	109	M. jannaschii predicted coding region MJ1572.1
#9	MJ1574	300	ATP-dependent RNA helicase, eIF-4A family, putative

Motif 1
   TAAAATTTAATTTTTAAAGATGCTAAAAA	1	40	0
GTTTAGTTAATAAAATTTAAGTTTTATATTCT	2	26	0
TTTATTAACTAAACATTTAAAA          	2	44	1
ATCCAGTTAAAAAATATTAAAAACAATTATTA	3	21	0
TGGAAATAATAAAATAATAAGAAAGAAATCCA	3	48	0
ACTTAAAGTAAAAATTATAGAATTTATGAAGT	3	106	0
AGTCTATGAATAATGAATAAACATACAAGAGA	3	174	1
TAAACATACAAGAGATATAAAAACTTAACTAT	3	191	1
TTAACATACCTAAGTTATAAAGTAAAGAAATA	3	222	1
GTTATAAAGTAAAGAAATAAATCTGGTGGGGG	3	235	1
TATTTAGTTGAAATATATAAAAATTTTGGAGG	4	16	0
GTTCATTGCAAAATGATTAAAATTAAATATGA	4	54	1
TTGCAAAATATAAGGTATAAAAAGGAATTATA	4	118	0
ATAATATTACAAAATTATAAAATATTATCATT	5	13	0
ATAATTTTGTAATATTATAAAAATGTTAGAAT	5	27	1
ATGAATAAAATAAGTTATAAATAATTATAACT	6	57	0
AGAACTCTCGTAATGAATAAATAATTTATTGG	7	12	1
ATATTTTTGTAAAGTTATAAATTTAATATTCT	7	60	1
TTGTTCTTTAAAAATTATAAAAGTAGCAAAAA	7	138	0
GTGTCTTTTTTAACGTTTAAGTGCTTTTTAAC	8	17	0
GTTGAAGAGCTAACCTATAAGATAAAAAAGCT	8	56	1
TGAAAGACACTATATTTTAAAATTTCTTTTAT	9	56	1
TGAAATCATTTAAAATTTAAATAACCATAAGC	9	161	0
TATTTAGCATTAATCATTAAAAATTTATTTCC	9	231	1
          ***  *******
MAP Score: 30.4736

Motif 2
CTATAATTTTTACTTTAAGTTTTGTTTTGTAAAAGAG	3	118	1
AAAGACACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTATGATT	9	58	1
TTAGCATTAATCATTAAAAATTTATTTCCCAGTATAA	9	234	1
TTCATAGCTTTATTTGAATGTTTATTTGAACGGTGAT	6	84	1
     TTTCTTCCTCCAAAATTTTTATATATTTCAAC	4	5	1
CTTTTTAGCATCTTTAAAAATTAAATTTTA       	1	39	1
AAGTTATAATTATTTATAACTTATTTTATTCATAGCT	6	56	1
ACTGGTGAAATCATTTAAAATTTAAATAACCATAAGC	9	161	0
TTACTAAATTTACTAATAAGTTATTATAAAGTTATAA	6	28	1
TGGATTTCTTTCTTATTATTTTATTATTTCCATGCCT	3	48	1
TTCTATTAGATACTAAAAACTATTTTTTGCTACTTTT	7	115	1
AATGTTTAGTTAATAAAATTTAAGTTTTATATTCTAA	2	24	0
TTATAATTCCTTTTTATACCTTATATTTTGCAATGAA	4	117	1
TTTTAGTATCTAATAGAACTTTTGTGTTTGCATATGA	7	96	0
CATTGCAAAATGATTAAAATTAAATATGAAAATTGAA	4	57	1
     CTCAATGATAATATTTTATAATTTTGTAATAT	5	5	1
TCTTTCAAAGTTGTTAAAATTAATATTAATAATGGAT	9	26	0
AACTTAGGTATGTTAATAGTTAAGTTTTTATATCTCT	3	201	0
TTTTAGTGTCTTTTTTAACGTTTAAGTGCTTTTTAAC	8	17	0
AGATTTGTAATCTTGGATATTTAATATTGGGTAAACT	9	195	0
TTGTTGAGGATGCTAAAATCTCTTTTTAGCATCTTTA	1	18	1
TATTAATGAATAATCCTACATTTGTTATATAAATCTT	0	31	1
CTTCAATTGTTCTTTAAAAATTATAAAAGTAGCAAAA	7	139	0
ATATCCATATTTTTGTAAAGTTATAAATTTAATATTC	7	54	1
ATTCTAACATTTTTATAATATTACAAAATTATAAAAT	5	22	0
TTAACACCTGTAATAATTGTTTTTAATATTTTTTAAC	3	11	1
TCCAAATACTTCATAAATTCTATAATTTTTACTTTAA	3	99	1
ATTATGATTATCCTCCAAATTTATTGAAGTCAGTTTT	9	86	1
          *  *  **  *** ***
MAP Score: 27.4774

Motif 3
ATCAGAATAAACAAGCTTTATTAATGAATAATCCTACATTT	0	13	1
ATCTCTTTTTAGCATCTTTAAAAATTAAATTTTA       	1	35	1
AATATAAAACTTAAATTTTATTAACTAAACATTTAAAA   	2	28	1
AATCCAGTTAAAAAATATTAAAAACAATTATTACAGGTGTT	3	13	0
CTATTAACATACCTAAGTTATAAAGTAAAGAAATAAATCTG	3	219	1
AGTTCATTGCAAAATGATTAAAATTAAATATGAAAATTGAA	4	53	1
TTTATAATATTACAAAATTATAAAATATTATCATTGAG   	5	7	0
TTTATAATTTTGTAATATTATAAAAATGTTAGAATTTGTAA	5	24	1
ATAACTTATTAGTAAATTTAGTAAAACTTTTTTGGGGATAT	6	11	0
TATAAATAATTATAACTTTATAATAACTTATTAGTAAATTT	6	33	0
GCTATGAATAAAATAAGTTATAAATAATTATAACTTTATAA	6	51	0
TCCATATTTTTGTAAAGTTATAAATTTAATATTCTAATGTC	7	57	1
CAATTGTTCTTTAAAAATTATAAAAGTAGCAAAAAATAGTT	7	132	0
         AAATAGAGTTAAAAAGCACTTAAACGTTAAAA	8	1	1
TAAAAAGCACTTAAACGTTAAAAAAGACACTAAAAAGGTTG	8	19	1
AGAGCTAACCTATAAGATAAAAAAGCTTATTGATAGCAAAG	8	61	1
AGTTGTTAAAATTAATATTAATAATGGATATTTGAACGCTC	9	14	0
TCATAATAAAAGAAATTTTAAAATATAGTGTCTTTCAAAGT	9	52	0
CATAAAAGGAAATATGATTATAAAACTGACTTCAATAAATT	9	103	0
GTGAAATCATTTAAAATTTAAATAACCATAAGCTACCGCTC	9	153	0
TTTGTAATCTTGGATATTTAATATTGGGTAAACTGGTGAAA	9	188	0
ATATTAAATATCCAAGATTACAAATCTATTTAGCATTAATC	9	205	1
CTATTTAGCATTAATCATTAAAAATTTATTTCCCAGTATAA	9	230	1
          *  *   *** ***    * *
MAP Score: 27.0443

Motif 4
CCTACATTTGTTATATAAATCTTTGACTGT    	0	45	1
AAATTTAATTTTTAAAGATGCTAAAAAGAGATTT	1	33	0
 ATTAACACCTGTAATAATTGTTTTTAATATTTT	3	9	1
ATAATTGTTTTTAATATTTTTTAACTGGATTTCT	3	23	1
CTGGATTTCTTTCTTATTATTTTATTATTTCCAT	3	47	1
TCCATGCCTTTTGGTTAGTTTATTCCAAATACTT	3	76	1
TTCCAAATACTTCATAAATTCTATAATTTTTACT	3	98	1
TAATTTTTACTTTAAGTTTTGTTTTGTAAAAGAG	3	121	1
ATATAGTTCATTGCAAAATGATTAAAATTAAATA	4	49	1
     CTCAATGATAATATTTTATAATTTTGTAA	5	5	1
TTTTGTAATATTATAAAAATGTTAGAATTTGTAA	5	31	1
TAATAAGTTATTATAAAGTTATAATTATTTATAA	6	41	1
GTTATAATTATTTATAACTTATTTTATTCATAGC	6	58	1
ATCCATATTTTTGTAAAGTTATAAATTTAATATT	7	56	1
GCATATGACATTAGAATATTAAATTTATAACTTT	7	70	0
TTTTTGCTACTTTTATAATTTTTAAAGAACAATT	7	138	1
CAAATATCCATTATTAATATTAATTTTAACAACT	9	21	1
ATATAGTGTCTTTCAAAGTTGTTAAAATTAATAT	9	37	0
GACACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTATGATT	9	61	1
GAAGTCAGTTTTATAATCATATTTCCTTTTATGG	9	111	1
GGTGAAATCATTTAAAATTTAAATAACCATAAGC	9	161	0
ATATCCAAGATTACAAATCTATTTAGCATTAATC	9	212	1
GCATTAATCATTAAAAATTTATTTCCCAGTATAA	9	237	1
          **  *** ** ***
MAP Score: 1.68003