AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons020_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240799
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0150	65	M. jannaschii predicted coding region MJ0150
#1	MJ0669	59	ATP-dependent RNA helicase, DEAD-family (deaD)
#2	MJ0671	56	riboflavin-specific deaminase (ribG)
#3	MJ0672	263	membrane bound transport protein, putative
#4	MJ0723	150	transcriptional regulatory protein, AsnC family
#5	MJ1123	70	conserved hypothetical protein
#6	MJ1401	116	putative ATP dependent RNA helicase
#7	MJ1505	178	ATP dependent RNA helicase, putative 
#8	MJ1572.1	109	M. jannaschii predicted coding region MJ1572.1
#9	MJ1574	300	ATP-dependent RNA helicase, eIF-4A family, putative

Motif 1
CTTTTTAGCATCTTTAAAAATTAAATTTTA   	1	39	1
CTTCAATTGTTCTTTAAAAATTATAAAAGTAGC	7	143	0
AGCTTATGGTTATTTAAATTTTAAATGATTTCA	9	160	1
GGGAAATAAATTTTTAATGATTAATGCTAAATA	9	231	0
TTTTAGTGTCTTTTTTAACGTTTAAGTGCTTTT	8	21	0
AAAGACACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTAT	9	58	1
TATTTTATAATTTTGTAATATTATAAAAATGTT	5	21	1
ATATCCATATTTTTGTAAAGTTATAAATTTAAT	7	54	1
GTAATAATTGTTTTTAATATTTTTTAACTGGAT	3	20	1
CTTCATAAATTCTATAATTTTTACTTTAAGTTT	3	107	1
TAAAATTTCTTTTATTATGATTATCCTCCAAAT	9	73	1
TCTTTCTTATTATTTTATTATTTCCATGCCTTT	3	54	1
TTTTTATATCTCTTGTATGTTTATTCATTATTC	3	181	0
TTAGTTGAAATATATAAAAATTTTGGAGGAAGA	4	12	0
CTACATTTGTTATATAAATCTTTGACTGT    	0	46	1
TTATAATTCCTTTTTATACCTTATATTTTGCAA	4	117	1
AAGTTATAATTATTTATAACTTATTTTATTCAT	6	56	1
TATCATTTAGAATATAAAACTTAAATTTTATTA	2	18	1
GCCAATAAATTATTTATTCATTACGAGAGTTCT	7	12	0
AATCATCTTCTATTGAATCTTTTCCATAAACGT	9	274	0
TCAAATATCCATTATTAATATTAATTTTAACAA	9	20	1
ATGACATTAGAATATTAAATTTATAACTTTACA	7	67	0
ACTAATAAGTTATTATAAAGTTATAATTATTTA	6	39	1
TTCATATTTAATTTTAATCATTTTGCAATGAAC	4	54	0
TCATAGCTTTATTTGAATGTTTATTTGAACGGT	6	85	1
          TTTTAAATGTTTAGTTAATAAAA	2	43	0
TTATTTCTTTACTTTATAACTTAGGTATGTTAA	3	222	0
ATAATAACTTATTAGTAAATTTAGTAAAACTTT	6	22	0
          * ******  ***
MAP Score: 35.0793

Motif 2
TGTAGGATTATTCATTAATAAAGCTTGTTTATTCTGAT	0	13	0
TAATCCTACATTTGTTATATAAATCTTTGACTGT    	0	41	1
TCTTTTTAGCATCTTTAAAAATTAAATTTTA       	1	38	1
TTAGAATATAAAACTTAAATTTTATTAACTAAACATTT	2	24	1
CCAGTTAAAAAATATTAAAAACAATTATTACAGGTGTT	3	13	0
ACTGGATTTCTTTCTTATTATTTTATTATTTCCATGCC	3	46	1
AAATTCTATAATTTTTACTTTAAGTTTTGTTTTGTAAA	3	113	1
TTAACATACCTAAGTTATAAAGTAAAGAAATAAATCTG	3	222	1
TCATTGCAAAATGATTAAAATTAAATATGAAAATTGAA	4	56	1
ATAGAAGGCGTTCATTATAATTCCTTTTTATACCTTAT	4	103	1
TTCCTTTTTATACCTTATATTTTGCAATGAACTATAA 	4	123	1
ATAATATTACAAAATTATAAAATATTATCATTGAG   	5	7	0
ATAATTTTGTAATATTATAAAAATGTTAGAATTTGTAA	5	27	1
ACTTATTAGTAAATTTAGTAAAACTTTTTTGGGGATAT	6	11	0
AAATAATTATAACTTTATAATAACTTATTAGTAAATTT	6	33	0
ATGAATAAAATAAGTTATAAATAATTATAACTTTATAA	6	51	0
ATATTGCCAATAAATTATTTATTCATTACGAGAGTTCT	7	12	0
ATATTTTTGTAAAGTTATAAATTTAATATTCTAATGTC	7	60	1
TCTTCAATTGTTCTTTAAAAATTATAAAAGTAGCAAAA	7	139	0
      AAATAGAGTTAAAAAGCACTTAAACGTTAAAA	8	4	1
AAAGCACTTAAACGTTAAAAAAGACACTAAAAAGGTTG	8	22	1
TGTTAAAATTAATATTAATAATGGATATTTGAACGCTC	9	14	0
TAATAAAAGAAATTTTAAAATATAGTGTCTTTCAAAGT	9	52	0
AAAAGGAAATATGATTATAAAACTGACTTCAATAAATT	9	103	0
AAATCATTTAAAATTTAAATAACCATAAGCTACCGCTC	9	153	0
GTAATCTTGGATATTTAATATTGGGTAAACTGGTGAAA	9	188	0
TTAAATATCCAAGATTACAAATCTATTTAGCATTAATC	9	208	1
TTTAGCATTAATCATTAAAAATTTATTTCCCAGTATAA	9	233	1
          **  *** ***    * *
MAP Score: 27.1693