AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons021_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240815
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0534	163	flavoprotein (fprA)
#1	MJ0732	78	flavoprotein (fprA)
#2	MJ0733	35	M. jannaschii predicted coding region MJ0733
#3	MJ0734	39	rubrerythrin (rr)
#4	MJ0735	89	rubredoxin 1 (rd1)
#5	MJ0736	75	alkyl hydroperoxide reductase
#6	MJ0737	39	rubredoxin-like non-heme iron protein
#7	MJ0738	25	conserved hypothetical protein
#8	MJ0739	71	M. jannaschii predicted coding region MJ0739
#9	MJ0740	171	rubredoxin 2 (rd2)
#10	MJ0741	104	desulfoferrodoxin, putative (rbo)
#11	MJ0748	212	flavoprotein (fpaA)

Motif 1
TAATTAATTTAATCAATTAAAACAAATTATAA	2	13	1
AAACAATTACAATTAATTAAAAAGATTTAGAA	4	53	0
AGTAAAAAATAATAAACTAAAAACTAATAACT	9	26	1
ATATTTGAAAAATAAAATTAAAACAATTTATA	11	23	1
CGCATAATATAATGAAATTAAAGACGATTATC	9	81	0
GAAAAGCAAATATAAAATAAAAACCAATAAAA	5	12	1
ATCCCATTTTTATAAAGTAAAAAATAATAAAC	9	11	1
AAGGGTATGAAATAAATTAAATTAATAAATAA	10	26	0
TAATTGATTAAATTAATTAAAT          	2	0	0
CTACTTACACAATAAAATAAATAACTGATAAT	11	158	1
ATATAAATAAAATTTACTTAAAGATTTATATA	11	51	0
AATAACTACAAATATAATTAAAG         	11	199	1
ATAAACAAAAGATAAAATAAAAAGGAGGGGAG	5	49	1
TGGTAAATAATATAAAAATAAATATAGAATAA	1	45	0
CTATGCTGTTAATCAAACTAAAACATTTATAA	0	23	1
CAAAAAGTTTAATTAAAATAATTTTATTATT 	6	9	0
ATATATCATTAATCACTTAAATTTCGCATAAT	9	105	0
AAATTAAAACAATTTATATAAATCTTTAAGTA	11	37	1
AATTTCAACATATCTATTTAAATACCTCTGCT	11	106	0
     AAAAATATTAATTATAAGAACCCAAAA	0	146	0
ATATAGATAGGATAAATATAAAAACAGATTAG	1	13	0
GATTACTATGTATAACGAAAAATCGTGGGGAC	10	79	1
         TAATCACCTTTAATAAACTGACT	7	12	0
TAAGATAAATAATGACAAAAATAGCACAAAG 	9	150	1
TCCAATGTTAATTTAAGTAAAATAACAACTAA	0	62	0
GCGATAGTAATATATAATAAATGTCCAATGTT	0	85	0
AATAAAAACCAATAAAACTTAAATAAACAAAA	5	27	1
CTGATAATAAAATAACTAATAACTACAAATAT	11	182	1
          *** ** *****
MAP Score: 41.382

Motif 2
TGTTAATCAAACTAAAACATTTATAAAGATTACTTAGTT	0	29	1
AATAAAATTTACTTAAAGATTTATATAAATTGTTTTAAT	11	39	0
TTCTTATACTACTTACACAATAAAATAAATAACTGATAA	11	150	1
TACATGAACTATTTACATACTTACATATAGACATATACT	8	30	0
TAAAGTAAAAAATAATAAACTAAAAACTAATAACTTGCA	9	23	1
AGTAGTGGTAAATAATATAAAAATAAATATAGAATAAAT	1	43	0
CACATATTTGAAAAATAAAATTAAAACAATTTATATAAA	11	20	1
 AAGAAAAGCAAATATAAAATAAAAACCAATAAAACTTA	5	9	1
TAAATAAACAAAAGATAAAATAAAAAGGAGGGGAGAAAA	5	46	1
AATAACTTGCATATAAAAAATCACAAATACGATAATCGT	9	51	1
TAACTGACTAAGATAAATAATGACAAAAATAGCACAAAG	9	142	1
AAAATAAATAACTGATAATAAAATAACTAATAACTACAA	11	171	1
GTATGAAATAAATTAAATTAATAAATAAAAGATTATCTA	10	15	0
TAGCAGAGGTATTTAAATAGATATGTTGAAATTCGAATA	11	105	1
TTAAATTTCGCATAATATAATGAAATTAAAGACGATTAT	9	82	0
ACAATTAATTAAAAAGATTTAGAAATTTATAATATGTGT	4	38	0
          AATAATAAAATTATTTTAATTAAACTTTT	6	0	1
TAAATATAGAATAAATATAGATAGGATAAATATAAAAAC	1	20	0
         TAATCACACCTTTACATGAACTATTTACAT	8	51	0
TATATTGTGAAATAGTATTTTCAAATTTAGCAGAGGTAT	11	78	1
ATTTCCACCTCAAAAAACAATTACAATTAATTAAAAAGA	4	60	0
 ATTTAATTAATTTAATCAATTAAAACAAATTATAA   	2	9	1
GATAGGATAAATATAAAAACAGATTAGTAA         	1	1	0
AAAATAACTAATAACTACAAATATAATTAAAG       	11	190	1
          * * * * * * * **  *
MAP Score: 33.5447

Motif 3
TGTTAATCAAACTAAAACATTTATAAAGATTACTTA	0	29	1
GTCCAATGTTAATTTAAGTAAAATAACAACTAAGTA	0	59	0
AAATTAACATTGGACATTTATTATATATTACTATCG	0	80	1
AACTCTAAAGATTACAACATTAAATATTCTGGCGAT	0	112	0
         AAAAATATTAATTATAAGAACCCAAAA	0	146	0
AAATATAGATAGGATAAATATAAAAACAGATTAGTA	1	11	0
TATAAAAATAAATATAGAATAAATATAGATAGGATA	1	31	0
TGAGTAGTGGTAAATAATATAAAAATAAATATAGAA	1	48	0
GTTTTAATTGATTAAATTAATTAAAT          	2	0	0
ATTTAATCAATTAAAACAAATTATAA          	2	19	1
TTAAATATGTTGAATAAAATTTTTAA          	3	0	0
   AACTTTCAATGAAATTACTATATATTTAACACA	4	7	1
TACTATATATTTAACACATATTATAAATTTCTAAAT	4	25	1
TCAAAAAACAATTACAATTAATTAAAAAGATTTAGA	4	54	0
         AAGAAAAGCAAATATAAAATAAAAACC	5	1	1
AATAAAAACCAATAAAACTTAAATAAACAAAAGATA	5	27	1
ACTTAAATAAACAAAAGATAAAATAAAAAGGAGGGG	5	43	1
AAGTTTAATTAAAATAATTTTATTATT         	6	1	0
          TAATCACCTTTAATAAACTGACTTT 	7	9	0
TAATCACACCTTTACATGAACTATTTACATACTTAC	8	45	0
   AATCCCATTTTTATAAAGTAAAAAATAATAAAC	9	7	1
ATTATCGTATTTGTGATTTTTTATATGCAAGTTATT	9	51	0
ATTAATAAATAAAAGATTATCTATAAGT        	10	2	0
ATCTTTTATTTATTAATTTAATTTATTTCATACCCT	10	21	1
TAACTTAGTTTGATTACTATGTATAACGAAAAATCG	10	68	1
ATATACACATATTTGAAAAATAAAATTAAAACAATT	11	15	1
AAATAAAATTAAAACAATTTATATAAATCTTTAAGT	11	32	1
CACAATATAAATAAAATTTACTTAAAGATTTATATA	11	51	0
TTTATTTATATTGTGAAATAGTATTTTCAAATTTAG	11	72	1
TTCGAATTTCAACATATCTATTTAAATACCTCTGCT	11	106	0
TTTATTTTATTGTGTAAGTAGTATAAGAACTTAACT	11	143	0
ATATTTGTAGTTATTAGTTATTTTATTATCAGTTAT	11	178	0
AACTAATAACTACAAATATAATTAAAG         	11	195	1
          *  * *  ** *****
MAP Score: 10.2031

Motif 4
TCCAATGTTAATTTAAGTAAAATAACAACTAAGTAATCTTTA	0	52	0
ATATAGAATAAATATAGATAGGATAAATATAAAAACAGATTA	1	14	0
GTAGTGGTAAATAATATAAAAATAAATATAGAATAAATATAG	1	39	0
          ATTTAATTAATTTAATCAATTAAAACAAATTA	2	0	1
TAAAAATTTTATTCAACATATTTAACATTTCATTATTA    	3	11	1
   AACTTTCAATGAAATTACTATATATTTAACACATATTAT	4	7	1
ACATATTATAAATTTCTAAATCTTTTTAATTAATTGTAATTG	4	40	1
 AAGAAAAGCAAATATAAAATAAAAACCAATAAAACTTAAAT	5	9	1
AACCAATAAAACTTAAATAAACAAAAGATAAAATAAAAAGGA	5	33	1
          AATAATAAAATTATTTTAATTAAACTTTTTGG	6	0	1
TCTATATGTAAGTATGTAAATAGTTCATGTAAAGGTGTGATT	8	38	1
    AATCCCATTTTTATAAAGTAAAAAATAATAAACTAAAA	9	6	1
AATCGTCTTTAATTTCATTATATTATGCGAAATTTAAGTGAT	9	84	1
CCTCTAACTGACTAAGATAAATAATGACAAAAATAGCACAAA	9	138	1
AATTAAATTAATAAATAAAAGATTATCTATAAGT        	10	2	0
ATTTATATAAATTGTTTTAATTTTATTTTTCAAATATGTGTA	11	18	0
CACAATATAAATAAAATTTACTTAAAGATTTATATAAATTGT	11	45	0
ACCTCTGCTAAATTTGAAAATACTATTTCACAATATAAATAA	11	73	0
AAAATAAATAACTGATAATAAAATAACTAATAACTACAAATA	11	171	1
          * * *  ***   **    * *
MAP Score: 9.09706