AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons021_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240832 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0534 163 flavoprotein (fprA) #1 MJ0732 78 flavoprotein (fprA) #2 MJ0733 35 M. jannaschii predicted coding region MJ0733 #3 MJ0734 39 rubrerythrin (rr) #4 MJ0735 89 rubredoxin 1 (rd1) #5 MJ0736 75 alkyl hydroperoxide reductase #6 MJ0737 39 rubredoxin-like non-heme iron protein #7 MJ0738 25 conserved hypothetical protein #8 MJ0739 71 M. jannaschii predicted coding region MJ0739 #9 MJ0740 171 rubredoxin 2 (rd2) #10 MJ0741 104 desulfoferrodoxin, putative (rbo) #11 MJ0742 128 conserved hypothetical protein #12 MJ0743 48 heterodisulfide reductase, subunit B1 (hdrB1) #13 MJ0744 218 heterodisulfide reductase, subunit C (hdrC) #14 MJ0745 205 M. jannaschii predicted coding region MJ0745 #15 MJ0746 109 conserved hypothetical protein #16 MJ0747 217 hemerythrin sipunculid #17 MJ0748 212 flavoprotein (fpaA) #18 MJ0749 105 conserved hypothetical protein #19 MJ0750 81 ferredoxin-type protein (napH) #20 MJ0751 83 conserved hypothetical protein #21 MJ0752 200 M. jannaschii predicted coding region MJ0752 #22 MJ0754 286 M. jannaschii predicted coding region MJ0754 #23 MJ0755 241 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase #24 MJ0756 124 M. jannaschii predicted coding region MJ0756 #25 MJ0760 197 conserved hypothetical protein #26 MJ0762 23 C4-dicarboxylate transporter (mae1) #27 MJ0764 197 M. jannaschii predicted coding region MJ0764 #28 MJ0765 270 [6Fe-6S] prismane-containing protein #29 MJ0766 170 M. jannaschii predicted coding region MJ0766 #30 MJ0767 84 conserved hypothetical protein Motif 1 TTTTATTGGTTTTTATTTTATATTTGCTTTTCTT 5 9 0 CTCCCCTCCTTTTTATTTTATCTTTTGTTTATTTA 5 46 0 ATTAATTTTTATTTTTATTTTTGCACTATA 28 5 1 AGTTATTAGTTTTTAGTTTATTATTTTTTACTTTA 9 23 0 TTTATTTAATTTTTATTTTTTAATTCTGTATTGAA 14 25 1 TTAATCCTTTTTTTACTTTTTTATTTTTTTAAGAA 16 12 1 TTATTTTTATTTTTGGTTTTTATTTC 12 1 0 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