AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons022_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240858
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0389	90	tyrosyl-tRNA synthetase (trS)
#1	MJ0884	300	activator 1 (replication factor C), 53 KD subunit
#2	MJ1156	119	cell division control protein 48 (cdc48), AAA family
#3	MJ1176	121	proteasome regulatory AAA-ATPase
#4	MJ1415	66	tryptophanyl-tRNA synthetase (trpS)
#5	MJ1422	30	activator 1 (replication factor C), 35 KD subunit
#6	MJ1423	202	vanadium nitrogenase-associated protein N
#7	MJ1494	151	AAA superfamily ATPase, similar to FtsH

Motif 1
TACCATAGCTTATATAATAAAGTTTTGCATGAA	0	44	1
TAAATGATAATCCATAATAAAATAAAATGATTA	3	58	1
TTAAGAGGTGTTGATAATAAATTCAACCAAATA	1	166	1
AAATTTATTGTGGATAATAAAATAAATAACATA	6	32	1
ATTTTATCTTTTTATAATAATTTTCTCACTGGA	2	80	0
TAATTCATTTTTAATAATAATCTTCTCATTCTT	1	37	0
TTAAAGAGAATACATAATAAATATATTACAACT	4	11	1
 AGTATCACCAAAATAATAAAGTAAATTTATAA	0	9	1
GAACAGAAGATTGAAAATAAATTTAAGAATGAG	1	13	1
ACCATATGGAATTATAATAAAAATTCTTATATT	3	22	0
AAATTATTAATCCATAAAAAATT          	5	17	1
       TTGTGTATAATTATTTCACAAATATG	2	3	1
GTGTCAATATTCAATAAAAATATTTTTCCTGCG	7	50	0
TATTATTTGGATTAAAATAATTAGCTATAAAAG	1	268	1
TATTGCAAATAAAACAATAATTATCAATATTTT	1	199	0
TGAAGGGAATATTATAATCATTTTATTTTATTA	3	72	0
AAGTTTTGCATGAACAAAAATGTTGTGGTGATA	0	63	1
       AGTTTAAAAATTATTAATCCATAAAA	5	3	1
ATTTTAAGATTTTATAAATAATAACT       	6	3	0
CTTCGCAGTTTTTATATTAAAAAGGTATTTAGA	6	110	1
          *  ******** *
MAP Score: 24.5912

Motif 2
 AGTATCACCAAAATAATAAAGTAAATTTATAAATTACC	0	9	1
TATAATAAAGTTTTGCATGAACAAAAATGTTGTGGTGAT	0	56	1
GAACAGAAGATTGAAAATAAATTTAAGAATGAGAAGATT	1	13	1
TAAGAATGAGAAGATTATTATTAAAAATGAATTAAAGGA	1	36	1
AAAAATGAATTAAAGGATGAACTAAAAAAAGAATTGGCT	1	58	1
TTAAGAGGTGTTGATAATAAATTCAACCAAATAAAAATA	1	166	1
TATTTGCAATACAAATAACAAATCAAACGTAGTTGAGTT	1	221	1
TCCAAATAATAGTTTTATTAACTCAACTACGTTTGATTT	1	240	0
TAATTATTTCACAAATATGAACAAAACCGAAAGGTTTAT	2	17	1
TGAGAAAATTATTATAAAAAGATAAAATAAACGGAGGGA	2	85	1
        ACATAAAATTTAAATATAAGAATTTTTATTA	3	2	1
TAAATGATAATCCATAATAAAATAAAATGATTATAATAT	3	58	1
CATTTTGATATAAAGATTTAAATACATCAGTTGTAATAT	4	33	0
TATTATTTATAAAATCTTAAAATTTATTGTGGATAATAA	6	13	1
AAATTTATTGTGGATAATAAAATAAATAACATATGGTTT	6	32	1
TCATTAATTTTGTTAAATAACATAAACCATATGTTATTT	6	55	0
          TTCATGAATATAAATATAGTTGCCTTATT	7	0	1
TCAAAGAGTGTCAATATTCAATAAAAATATTTTTCCTGC	7	51	0
GAAAGTCCTATTTATCATCACTTAAACTGGTGATTGACT	7	122	1
          *  *  ** *  ****  *
MAP Score: 2.51822

Motif 3
 AGTATCACCAAAATAATAAAGTAAATTTATAAAT	0	9	1
ATAAAGTAAATTTATAAATTACCATAGCTTATATA	0	25	1
TACCATAGCTTATATAATAAAGTTTTGCATGAACA	0	44	1
GAATGAGAAGATTATTATTAAAAATGAATTAAAGG	1	39	1
TTAAGAGGTGTTGATAATAAATTCAACCAAATAAA	1	166	1
TCAACCAAATAAAAATATTGATAATTATTGTTTTA	1	188	1
TTATTTGGATTAAAATAATTAGCTATAAAAGGGAT	1	270	1
CAGTGAGAAAATTATTATAAAAAGATAAAATAAAC	2	82	1
       ACATAAAATTTAAATATAAGAATTTTTA	3	3	1
ACCATATGGAATTATAATAAAAATTCTTATATTTA	3	20	0
GATAATCCATAATAAAATAAAATGATTATAATATT	3	63	1
TTAAAGAGAATACATAATAAATATATTACAACTGA	4	11	1
    AGTTTAAAAATTATTAATCCATAAAAAATT 	5	6	1
AATAAATTTTAAGATTTTATAAATAATAACT    	6	6	0
TTTATTGTGGATAATAAAATAAATAACATATGGTT	6	35	1
GTTATTTAACAAAATTAATGAATGAATTAATATAG	6	73	1
TAATGAATGAATTAATATAGAACTTCGCAGTTTTT	6	88	1
TCGCAGTTTTTATATTAAAAAGGTATTTAGATGCC	6	112	1
GCATCATTATTCAATAAATCATTTATTCCTGCGAA	6	152	1
       TTCATGAATATAAATATAGTTGCCTTAT	7	3	1
AGTGTCAATATTCAATAAAAATATTTTTCCTGCGA	7	49	0
          ** ****** *   *
MAP Score: 1.09062