AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons023_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240865
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0058_MJ0059	215	MJ0058: ammonium transporter (amtB), MJ0059: nitrogen regulatory protein P-II (glnB)
#1	MJ1271	205	3-isopropylmalate dehydratase (leuD)
#2	MJ1343	27	ammonium transporter (amt)
#3	MJ1344_MJ1345	432	MJ1344: nitrogen regulatory protein P-II (glnB), MJ1345: O-linked GlnNAc transferase
#4	MJ1346	87	glutamine synthetase (glnA)
#5	MJ1347	80	ExsB
#6	MJ1644	147	M. jannaschii predicted coding region MJ1644

Motif 1
TTATAATTAAATTTTTATATTTATAATTATAT	3	228	0
          ATTTTTATATTTTAATTTAAAT	4	0	1
TTATCCCAATATTTGTTTATTTTGCATTTCCT	3	279	1
CATTTCCTACATTTTTATACTTGGCTCTATAA	3	303	1
TATAATACCCATTAATAAATTTTATTAATTTC	1	78	1
GGTAGTAATCATTTTTATTTTTATCTAAAAGG	0	70	1
TTCCTAAAGAATATTTTTATTTGAACATTTTC	1	125	1
TTATTTCCACATTAGTTTATTTAAAGTTAATA	3	156	1
AAAGATTCCAATTATTTAATTTTAATATAATT	5	51	1
TTCAGCCTCCATATATATACTTGGAAACGGAA	3	406	0
TTTAAATTACATAATTAAATTT          	2	0	0
AAACCACCAAATTTGTAAAATTATAAAAATGA	0	20	0
TTGAAATTTAATTTTTAAAATTAAGATAAAAT	1	164	1
AGGAGTTTCTATATATTTACTTCAGAATGATA	1	47	0
TGAATACTGGATATTTTCTTTTATTTCCATAT	3	125	1
         AATTTCTTCTCTTTTACCTTTTT	5	1	1
AGATTGGGGTATTAATTGTTTTATGACATTAT	3	188	1
CTACTTCCATATATATATAATTTACGGTATAT	4	35	0
AGATAGAAAAATTTATATTTTACACTAAAATA	3	92	0
TAAGAGGCTTATTTTTAGTTTATTTTTAG   	6	128	1
CACCACAAAAATATTTTATCTTAATTTTAAAA	1	176	0
TTCCTTAGTAAGTTATATATTTAAGCTTTTCC	0	144	1
TTTTATATTTATAATTATATTATAGCGTATAA	3	216	0
AAGTCCATAAATTACTTGTTTATCCCAATATT	3	260	1
          **** ** ****
MAP Score: 33.9752

Motif 2
TCAACCTCATTTTTATAATTTTACAAATTTGGT	0	14	1
TGGTGGTTTTTAGATTAATTTGAATTTGGTAGT	0	43	1
GGTAGTAATCATTTTTATTTTTATCTAAAAGGA	0	70	1
TTATAGGAGTTTCTATATATTTACTTCAGAATG	1	50	0
ATAATACCCATTAATAAATTTTATTAATTTCTG	1	79	1
ATATTTCCTAAAGAATATTTTTATTTGAACATT	1	121	1
ATATTTTTATTTGAACATTTTCAGCTCTTTTGA	1	135	1
TTTTCAGCTCTTTTGAAATTTAATTTTTAAAAT	1	152	1
AAAATATTTTATCTTAATTTTAAAAATTAAATT	1	168	0
  AAATTTAATTATGTAATTTAAAGAGAG    	2	8	1
ATATCATAGTAATAATAATTTAACGAAATTCGT	3	46	0
TATTTTACACTAAAATAATTTTAATAAATAATA	3	76	0
AGATAGAAAAATTTATATTTTACACTAAAATAA	3	91	0
ATTTCCACATTAGTTTATTTAAAGTTAATAAGA	3	158	1
TTATACGCTATAATATAATTATAAATATAAAAA	3	216	1
TAATTATAAATATAAAAATTTAATTATAAAAGT	3	231	1
ATCCCAATATTTGTTTATTTTGCATTTCCTACA	3	281	1
ATTTTGCATTTCCTACATTTTTATACTTGGCTC	3	297	1
GAAAAGTTTTTATACTATTTTTAGAGTAGTTAG	3	341	1
        ATTTTTATATTTTAATTTAAATTGA	4	2	1
AATTTACGGTATATTCAATTTAAATTAAAATAT	4	16	0
ACTTCCATATATATATAATTTACGGTATATTCA	4	32	0
AAGATTCCAATTATTTAATTTTAATATAATTTT	5	52	1
CAACTTTACTTAATCCATTTTCACACCATAGGG	6	74	0
GGCTTATTTTTAGTTTATTTTTAG         	6	133	1
          ** * ****** *
MAP Score: 26.7529