AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons023_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240872 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0058_MJ0059 215 MJ0058: ammonium transporter (amtB), MJ0059: nitrogen regulatory protein P-II (glnB) #1 MJ1266 189 high-affinity branched-chain amino acid transport protein (braC) #2 MJ1267 96 high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein (braF) #3 MJ1268 158 high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein (braG) #4 MJ1269 32 high-affinity branched-chain amino acid transport protein (braD) #5 MJ1270 21 high-affinity branched-chain amino acid transport protein (braE) #6 MJ1271 205 3-isopropylmalate dehydratase (leuD) #7 MJ1343 27 ammonium transporter (amt) #8 MJ1344_MJ1345 432 MJ1344: nitrogen regulatory protein P-II (glnB), MJ1345: O-linked GlnNAc transferase #9 MJ1346 87 glutamine synthetase (glnA) #10 MJ1347 80 ExsB #11 MJ1642 300 conserved hypothetical protein #12 MJ1644 147 M. jannaschii predicted coding region MJ1644 Motif 1 CTCAACCTCATTTTTATAATTTTACAAATTT 0 13 1 TATAATTAAATTTTTATATTTATAATTATAT 8 228 0 ATTTCCTACATTTTTATACTTGGCTCTATAA 8 304 1 ATTTTTATATTTTAATTTAAAT 9 1 1 AAATAACTCTTTTTTAAATTTTTAAGATATG 2 27 1 TGAAATTTAATTTTTAAAATTAAGATAAAAT 6 165 1 ATATGAGCAATATTTAAATTTTTCGAGATAG 1 116 0 AAAAAAGAGTTATTTAAAGTTTTAGGAATTT 2 11 0 CACATTAGTTTATTTAAAGTTAATAAGATTG 8 163 1 AATTTATGGACTTTTATAATTAAATTTTTAT 8 242 0 ATGATATTATTTATTAAAATTATTTTAGTGT 8 72 1 CTAAGAGGCTTATTTTTAGTTTATTTTTAG 12 127 1 TCCTAAAGAATATTTTTATTTGAACATTTTC 6 126 1 AAACATTAGTTTTATATACTTGAAATTAGTA 11 120 1 CTTTTAAAATTATATTAAAAT 10 69 0 TTAAATTACATAATTAAATTT 7 0 0 TCAGCCTCCATATATATACTTGGAAACGGAA 8 406 0 TACTTCCATATATATATAATTTACGGTATAT 9 35 0 TTCTTTAAACTTTTTATCATTTTT 2 82 1 AGAATAAATGTTTTTATCATTCTGAAGTAAA 6 33 1 GCAATTTCATTTTTTATATATGAGCAATATT 1 133 0 CGGGAGAATTCTATTATATTTAG 6 2 0 CGTTTTTAAAAATGTGGATTTTC 3 145 0 TACCGAAAAGTTTTTATACTATTTTTAGAGT 8 337 1 AAGATTCCAATTATTTAATTTTAATATAATT 10 52 1 TGGTAGTAATCATTTTTATTTTTATCTAAAA 0 69 1 TTTTATATTTTAATTTAAATTGAATATACCG 9 12 1 ATAATACCCATTAATAAATTTTATTAATTTC 6 79 1 GGAGTTTCTATATATTTACTTCAGAATGATA 6 47 0 CAGATAGAAAAATTTATATTTTACACTAAAA 8 94 0 GATACGGAAGTTATTAAAAATAATGATAATA 1 72 1 AGCGTTTAGATTTTTTACTTTTATCATATTA 3 27 0 CTCTTTTACCTTTTTTTATTACAGCAAAATT 10 18 1 TTTATATTTATAATTATATTATAGCGTATAA 8 216 0 TTCATTAGGTTTTATAAAAATTATACC 4 6 0 ******** ** MAP Score: 41.425 Motif 2 TCTCAACCTCATTTTTATAATTTTACAAATTTG 0 12 1 TTTGGTGGTTTTTAGATTAATTTGAATTTGGTA 0 41 1 GGTAGTAATCATTTTTATTTTTATCTAAAAGGA 0 70 1 ATAAAGAATCTTTTTTCCTTTTAGATAAAAATA 0 85 0 AAGCTTTTCCATTAGGGGAATTAGGAAGATGGG 0 166 1 TTTTATAGGAATTATCTTACCTAC 0 201 0 ATATTATATAATTACTATTATTATTACTAATAC 1 26 1 TTACTAATACTTTAAAGCTTTTTGATACGGAAG 1 49 1 TGTTATGGCAATTTCATTTTTTATATATGAGCA 1 138 0 AGGTGATACCATTAAAAGAATAA 1 176 1 TTATTTAAAGTTTTAGGAATTTT 2 0 0 TAAATAACTCTTTTTTAAATTTTTAAGATATGC 2 26 1 AAGTTCTAAGATTATAAATTTTATTCTTTAAAC 2 59 1 AATTTTATTCTTTAAACTTTTTATCATTTTT 2 75 1 GATTTTTTACTTTTATCATATTAATCACCAAGG 3 17 0 ATAACCAGCGTTTAGATTTTTTACTTTTATCAT 3 31 0 TTCATTAGGTTTTATAAAAATTATACC 4 4 0 AGAATAAATGTTTTTATCATTCTGAAGTAAATA 6 33 1 TATAATACCCATTAATAAATTTTATTAATTTCT 6 78 1 AATATGGTATCTTTCAGAAATTAATAAAATTTA 6 93 0 GAATATTTTTATTTGAACATTTTCAGCTCTTTT 6 133 1 ATTTTCAGCTCTTTTGAAATTTAATTTTTAAAA 6 151 1 TTGAAATTTAATTTTTAAAATTAAGATAAAATA 6 164 1 CTCTCTTTAAATTACATAATTAAATTT 7 4 0 TAATCCCCCTATTTTACGAATTTCGTTAAATTA 8 31 1 TATGATATTATTTATTAAAATTATTTTAGTGTA 8 71 1 ATACTGGATATTTTCTTTTATTTCCATATTATT 8 128 1 TTATTTCCACATTAGTTTATTTAAAGTTAATAA 8 156 1 AGATTGGGGTATTAATTGTTTTATGACATTATA 8 188 1 TTATAATTAAATTTTTATATTTATAATTATATT 8 227 0 AAGTCCATAAATTACTTGTTTATCCCAATATTT 8 260 1 TTATCCCAATATTTGTTTATTTTGCATTTCCTA 8 279 1 GTATAAAAACTTTTCGGTAATTTATAGAGCCAA 8 323 0 ACCGAAAAGTTTTTATACTATTTTTAGAGTAGT 8 338 1 ATTTTTATATTTTAATTTAAATT 9 0 1 TATACCGTAAATTATATATATATGGAAGTAGGA 9 36 1 AATTTCTTCTCTTTTACCTTTTTTTATTACAGC 10 10 1 AAAGATTCCAATTATTTAATTTTAATATAATTT 10 51 1 CGAGACAAACATTAGTTTTATATACTTGAAATT 11 114 1 TACGGGAGTATTTAGGAATTTTAACTGATCTTC 11 270 0 TACAACTTTACTTAATCCATTTTCACACCATAG 12 76 0 TAAGAGGCTTATTTTTAGTTTATTTTTAG 12 128 1 **** * ***** MAP Score: 20.2467 Motif 3 ACCACCAAATTTGTAAAATTATAAAAATGAGGTTGA 0 14 0 TGGTGGTTTTTAGATTAATTTGAATTTGGTAGTAAT 0 43 1 GGGTAGTAGGTAAGATAATTCCTATAAAA 0 196 1 GCTTTTGATATTATATAATTACTATTATTATTACTA 1 19 1 CCAACAATATTATCATTATTTTTAATAACTTCCGTA 1 74 0 ATATGAGCAATATTTAAATTTTTCGAGATAGATTTA 1 111 0 ATTAATAAATTTTATTAATTTCTGAAAGATACCATA 6 88 1 TTCTGAAAGATACCATATTTCCTAAAGAATATTTTT 6 107 1 TCCTAAAGAATATTTTTATTTGAACATTTTCAGCTC 6 126 1 TTATCTTAATTTTAAAAATTAAATTTCAAAAGAGCT 6 157 0 AAATTTAATTATGTAATTTAAAGAGAG 7 8 1 AATAATAATTTAACGAAATTCGTAAAATAGGGGGAT 8 33 0 TATTTTACACTAAAATAATTTTAATAAATAATATCA 8 73 0 TATTCACAGATAGAAAAATTTATATTTTACACTAAA 8 95 0 ACTGGATATTTTCTTTTATTTCCATATTATTTCCAC 8 130 1 TTATACGCTATAATATAATTATAAATATAAAAATTT 8 216 1 TATCCCAATATTTGTTTATTTTGCATTTCCTACATT 8 280 1 ATAAAAACTTTTCGGTAATTTATAGAGCCAAGTATA 8 318 0 ATTTTTATATTTTAATTTAAATTGAATATACCG 9 7 1 CTCTTTTACCTTTTTTTATTACAGCAAAATTCCAAA 10 18 1 AAGATTCCAATTATTTAATTTTAATATAATTTTAAA 10 52 1 AATAAAGCATTATACTAATTTCAAGTATATAAAACT 11 127 0 ** ****** * * MAP Score: 7.47774 Motif 4 ATTTTACAAATTTGGTGGTTTTTAGATTAATTTGAA 0 31 1 GCTTTTCCATTAGGGGAATTAGGAAGATGGGTAGTA 0 168 1 AGCTTTTTGATACGGAAGTTATTAAAAATAATGATA 1 64 1 ATTTTTAAGATATGCAAGTTCTAAGATTATAAATTT 2 44 1 AAACGCTGGTTATGGAAAATTGCAGATACTATTTGA 3 51 1 CTTTAGGAAATATGGTATCTTTCAGAAATTAATAAA 6 98 0 GATAAAATATTTTTGTGGTGATAAGAA 6 188 1 AAATTTAATTATGTAATTTAAAGAGAG 7 8 1 ATAAAAACTTTTCGGTAATTTATAGAGCCAAGTATA 8 318 0 CAAGTATATATATGGAGGCTGAAAAAA 8 415 1 TAGTTGTTGCTAAGGAAGCTCCAAGCTTTAGCTCGG 11 10 1 CGCTCGAAGATAGGGAGGCGGCGAGACAAACATTAG 11 93 1 CCTCCACCCTTTAGGTGGAGAGAAGATCAGTTAAAA 11 249 1 ** ** ** * *** MAP Score: 5.63805 Motif 5 GTATTAGTAATAATAATAGTAATTATATAATAT 1 26 0 AAGTTATTAAAAATAATGATAATATTGTTGGTT 1 79 1 TATATATGAGCAATATTTAAATTTTTCGAGATA 1 117 0 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