AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons024_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240878
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0206	95	conserved hypothetical protein
#1	MJ0245	44	SSU ribosomal protein S17E
#2	MJ0246	300	chorismate mutase/prephenate dehydratase (pheA)
#3	MJ0422	65	dihydrodipicolinate reductase (dapB)
#4	MJ0571	300	aspartate kinase (lysC)
#5	MJ1105	251	TRK system potassium uptake protein (trkA)
#6	MJ1465	300	threonine synthase (thrC)
#7	MJ1600	77	conserved hypothetical protein

Motif 1
GGACAATACCTAAAAATATAGAAGAAGTAT	2	187	0
TTCTTTATACTAAAAATATTTGAAAAAATA	4	49	0
GCTTATGAACTAAAAATATAAAAGGTTAAT	4	165	1
CCTTTATATATAAAAATATTATTCTGTGAG	7	13	0
TATATATGATTATAAATATTATATACCTTT	0	52	1
TAGGTATTGCTATAAATATTTAATGCATAA	6	61	1
ACTTTTTTATTATAAATATAATCTGCTGTC	2	118	0
ATATCCCTCATAAAATTATTTAAAGGTATA	0	73	0
TATTTAGCATTAAAAATTTAGAATCTATAA	6	30	0
TAATCAAATTTAAAAATAGAACATTATATT	4	126	1
      TATTTATAAATAGTTGATGCAATA	3	51	0
ATTTAGAATCTATAAATAGAGTAAACACGA	6	15	0
GTATAAAGAATAAAAATAATTAAACTTCTT	4	69	1
TAGTTGCCAAAATAAATATACTTTTCTGAG	2	31	1
TTTCTGAGGGAATAAATATAAAACCTATTT	2	53	1
ATTAGGATTATAAAAACATTTTTATACTTC	2	164	1
AAAAACTTAATAAAATTTTAAAGAATTAAT	6	147	1
CATGTATATTTAAAATTTTTCTTTATTGGG	4	223	0
GAAAACTAAGAAAAATTATATTTCACTATT	4	23	1
AACTTACACCAAAAATTATTTTATAATTGA	4	280	0
AAAATATTTGAAAAAATAGTGAAATATAAT	4	37	0
         TTAAAAATTAATAGAAAAATA	1	1	1
GAATATTATGAAAAAATAATCCTATAATTA	5	211	1
AAAATAATCCTATAATTAAAGTTTTTTGGT	5	223	1
AATGTTATTATAAAAACTTAAATAAAATAT	2	269	0
TGTTTATGTATAAAAACAAAAGATGGACAA	2	211	0
          **********
MAP Score: 36.5141

Motif 2
TATATAATATTTATAATCATATATATCTTCCTATA	0	42	0
TGATTATAAATATTATATACCTTTAAATAATTTTA	0	58	1
TTTATTATTTTTCTATTAATTTTTAA         	1	1	0
ATTTGAGGTTTTATAAATACCTTTTTATGTCAAAC	2	79	1
ATGGATAAATTACTATTTACTTTTTTATTATAAAT	2	131	0
TCCATTAGGATTATAAAAACATTTTTATACTTCTT	2	161	1
TTTTTATACTTCTTCTATATTTTTAGGTATTGTCC	2	182	1
ACTTTATATATTTTATTTAAGTTTTTATAATAACA	2	262	1
GAAAAAATAGTGAAATATAATTTTTCTTAGTTTTC	4	23	0
AAAAGCTTTCTCTTAAAGAAGTTTAATTATTTTTA	4	79	0
TCCTAAATAGTTTTAATCAAATTTAAAAATAGAAC	4	113	1
AAATAGAACATTATATTCTCTTTTTAGCTTATGAA	4	139	1
TGGAGCATCTTTTTATTAACCTTTTATATTTTTAG	4	174	0
CATGTATATTTAAAATTTTTCTTTATTGGGGAGTT	4	218	0
ATCTTATCAATTATAAAATAATTTTTGGTGTAAGT	4	274	1
TCATAATTCCTTATATTGAATTATAAAACTGTGAA	5	141	1
AAAATAATCCTATAATTAAAGTTTTTTGGTGTCAA	5	223	1
TAGCAATACCTAATATTTAGCATTAAAAATTTAGA	6	38	0
TATTAGGTATTGCTATAAATATTTAATGCATAAAG	6	58	1
TGTAACCATGTATTATTAAATCTTTATGCATTAAA	6	79	0
TTCTTTAAAATTTTATTAAGTTTTTGAAAAATGCT	6	137	0
ACTTTTAGGCTTATATTAATTCTTTAAAATTTTAT	6	156	0
ACTGCAAAAGTCCTATTCAATGTTATGAGGTGGCA	6	273	1
TCTCACAGAATAATATTTTTATATATAAAGGATAA	7	12	1
TCTATGGTAGTTAAATTATCCTTTATATATAAAAA	7	27	0
          *  **** *  ****
MAP Score: 29.9658

Motif 3
AAAAACTTAAATAAAATATATAAAGTTATCCGCC	2	254	0
AATAGTTTTAATCAAATTTAAAAATAGAACATTA	4	118	1
TATTTTTAGTATAAAGAATAAAAATAATTAAACT	4	61	1
GTTTTTATACATAAACAATACAAATAATATGGCG	2	224	1
AAGTAACCTTAACAAATCTATAAACTGCAAAAGT	6	250	1
AAAAATATAGAAGAAGTATAAAAATGTTTTTATA	2	172	0
AAATTAATAGAAAAATAATAAAAAAGGATAAGAA	1	14	1
ATATATGATTATAAATATTATATACCTTTAAATA	0	53	1
TTAGGCTTATATTAATTCTTTAAAATTTTATTAA	6	153	0
CCCAATAAAGAAAAATTTTAAATATACATGGTCT	4	223	1
CTCTAAGAGGATGAAAACTAAGAAAAATTATATT	4	11	1
CCCTATGGTGATGAATATTATGAAAAAATAATCC	5	199	1
TTTATATTGCATCAACTATTTATAAATA      	3	47	1
ATCTTTATGCATTAAATATTTATAGCAATACCTA	6	61	0
TCTTTATACTAAAAATATTTGAAAAAATAGTGAA	4	44	0
TATTTAATGCATAAAGATTTAATAATACATGGTT	6	77	1
TTAAAATTTTATTAAGTTTTTGAAAAATGCTACA	6	134	0
GGTTAATCTTATCAATTATAAAATAATTTTTGGT	4	269	1
TTTTTAGCTTATGAACTAAAAATATAAAAGGTTA	4	159	1
AGCAGATTATATTTATAATAAAAAAGTAAATAGT	2	121	1
TTTCTGAGGGAATAAATATAAAACCTATTTGAGG	2	53	1
TTCATAAGCTAAAAAGAGAATATAATGTTCTATT	4	140	0
TAATTTATCCATTAGGATTATAAAAACATTTTTA	2	154	1
          ** ** * ** ***
MAP Score: 27.1428

Motif 4
TACCTAAAAATATAGAAGAAGTATAAAAATGTTTTT	2	175	0
     AATGCTGTTGATAAAGTATAATACTTAGCCT	3	5	1
TTTTAGCTTATGAACTAAAAATATAAAAGGTTAATA	4	160	1
TATTTACTTTTTTATTATAAATATAATCTGCTGTCA	2	117	0
TCATAATTCCTTATATTGAATTATAAAACTGTGAAA	5	141	1
TATTTAAAGGTATATAATATTTATAATCATATATAT	0	51	0
TATAAAAACTTAAATAAAATATATAAAGTTATCCGC	2	255	0
AACTCCCCAATAAAGAAAAATTTTAAATATACATGG	4	218	1
AAAAGCTTTCTCTTAAAGAAGTTTAATTATTTTTAT	4	78	0
TCCTAAATAGTTTTAATCAAATTTAAAAATAGAACA	4	113	1
ATAATATTTTTATATATAAAGGATAATTTAACTACC	7	21	1
AATAGAAAAATAATAAAAAAGGATAAGAAGGTGAG 	1	19	1
GTTCATAAGCTAAAAAGAGAATATAATGTTCTATTT	4	139	0
ATATTATTTGTATTGTTTATGTATAAAAACAAAAGA	2	218	0
AGAATACAATTCTAATTGAATGATAACACCGTTAGA	6	210	1
TAGTAATTTATCCATTAGGATTATAAAAACATTTTT	2	151	1
CACACAAAATTTTAGACCATGTATATTTAAAATTTT	4	234	0
TGTGTGGTTAATCTTATCAATTATAAAATAATTTTT	4	264	1
ATCATTATGTTCAATAAGAAATTTATTCCTGTGAAA	5	95	0
ATTTTTAGTATAAAGAATAAAAATAATTAAACTTCT	4	62	1
TTTATTATTTTTCTATTAATTTTTAA          	1	0	0
TATTAGGTATTGCTATAAATATTTAATGCATAAAGA	6	58	1
CTTATATTAATTCTTTAAAATTTTATTAAGTTTTTG	6	146	0
TAGCATTAAAAATTTAGAATCTATAAATAGAGTAAA	6	20	0
TGGTGATGAATATTATGAAAAAATAATCCTATAATT	5	204	1
          *  * *  ** *****
MAP Score: 26.0265

Motif 5
ATCCTTTTTTATTATTTTTCTATTAATTTTTA	1	11	0
TTTTTATGTCAAACTTTTGACAGCAGATTATA	2	100	1
TAAATTACTATTTACTTTTTTATTATAAATAT	2	129	0
TAGGATTATAAAAACATTTTTATACTTCTTCT	2	166	1
ATTATATTTCACTATTTTTTCAAATATTTTTA	4	37	1
CTTTAAGAGAAAGCTTTTCCTAAATAGTTTTA	4	96	1
TAAAGTGGGGTTGCCTTTGGCAACCCCGCTCT	5	46	1
GGTATACCACAGGACTTTCACAGGAATAAATT	5	80	1
CTATTGGCACAGGACTTTCACAGTTTTATAAT	5	160	0
TAATTATAGGATTATTTTTTCATAATATTCAT	5	209	0
AGTGCCTAATAGGACTTTCGCAAGAATACAAT	6	188	1
AACATTGAATAGGACTTTTGCAGTTTATAGAT	6	265	0
CTCACAGAATAATATTTTTATATATAAAGGAT	7	13	1
          * ******* **
MAP Score: 3.50535

Motif 6
TATTTATTTTGGCAACTACCTAAAATATTGG	2	18	0
         GGGCATAACCCCATATTGGTTA	5	1	1
GGTTGCCAAAGGCAACCCCACTTTAATAGAG	5	40	0
GGTTGCCTTTGGCAACCCCGCTCTTGGGTAT	5	54	1
ATCACCATAGGGCTTCGCCCTATTGGCACAG	5	180	0
          ****** ****
MAP Score: 0.233996