AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons024_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240908 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0206 95 conserved hypothetical protein #1 MJ0245 44 SSU ribosomal protein S17E #2 MJ0246 300 chorismate mutase/prephenate dehydratase (pheA) #3 MJ0422 65 dihydrodipicolinate reductase (dapB) #4 MJ0571 300 aspartate kinase (lysC) #5 MJ1105 251 TRK system potassium uptake protein (trkA) #6 MJ1107 86 M. jannaschii predicted coding region MJ1107 #7 MJ1108 300 phenylalanyl-tRNA synthetase, subunit beta (pheT) #8 MJ1465 300 threonine synthase (thrC) #9 MJ1600 77 conserved hypothetical protein Motif 1 AACTAAAAATATAAAAGGTTAATAAAAAGATGCTCC 4 172 1 CTTTATTATCACAAAATGTTTATATACGAGTCTGTA 7 201 0 GTCTCACAGAATAATATTTTTATATATAAAGGATAA 9 11 1 TCTTTATACTAAAAATATTTGAAAAAATAGTGAAAT 4 42 0 TCCCCAATAAAGAAAAATTTTAAATATACATGGTCT 4 221 1 CTTCAGTAAAATAAAATTTTTAAAAATTTTTAAGGA 6 40 1 TTAAAAATTTAGAATCTATAAATAGAGTAAACACGA 8 15 0 TATTTTTAGTATAAAGAATAAAAATAATTAAACTTC 4 61 1 GTTTTTATACATAAACAATACAAATAATATGGCGGA 2 224 1 TATTTAATGCATAAAGATTTAATAATACATGGTTAC 8 77 1 CAAAAGATGGACAATACCTAAAAATATAGAAGAAGT 2 189 0 TTAAAAATTAATAGAAAAATAATAAAAAA 1 3 1 AAGAAGTATAAAAATGTTTTTATAATCCTAATGGAT 2 160 0 ACTTACACCAAAAATTATTTTATAATTGATAAGATT 4 273 0 TAAGTTTTTGAAAAATGCTACATATTATTAAACATG 8 120 0 AAATAAATAAATAATTCCTAAATACTCTCATTTCTA 7 39 1 AAAAACTTAAATAAAATATATAAAGTTATCCGCCAT 2 252 0 TAAAACCCTAATAATGTAATGATAGAATAACGATAG 7 132 1 TGTAACCCCAGAATGTTATTATAAAAACTTAAATA 2 275 0 TATTTATAAATAGTTGATGCAATATAAATGA 3 44 0 GTTTGACATAAAAAGGTATTTATAAAACCTCAAATA 2 78 0 GAATAACGATAGAATATTATTAAACAAACTATAATT 7 156 1 CAAAAACTTAATAAAATTTTAAAGAATTAATATAAG 8 146 1 AATTAAATTTAAAACCTCTAAATAAATAAATAATTC 7 20 1 TTCATAAGCTAAAAAGAGAATATAATGTTCTATTTT 4 138 0 TATCCCTCATAAAATTATTTAAAGGTATATAATATT 0 66 0 * *** ** *** * MAP Score: 32.8013 Motif 2 TTTCTGAGGGAATAAATATAAAACCTATTTGAG 2 53 1 AAAAATATAGAAGAAGTATAAAAATGTTTTTAT 2 173 0 GCTTATGAACTAAAAATATAAAAGGTTAATAAA 4 165 1 TATTTAGCATTAAAAATTTAGAATCTATAAATA 8 27 0 ATTAATTCTTTAAAATTTTATTAAGTTTTTGAA 8 144 0 AAAAACTTAAATAAAATATATAAAGTTATCCGC 2 255 0 AATGCTGTTGATAAAGTATAATACTTAGCCTAC 3 10 1 AAATTAATAGAAAAATAATAAAAAAGGATAAGA 1 14 1 GGTTAATCTTATCAATTATAAAATAATTTTTGG 4 269 1 ACCCTTAGAAATTAAATTTAAAACCTCTAAATA 7 11 1 AATAGTTTTAATCAAATTTAAAAATAGAACATT 4 118 1 ATCCTTTATATATAAAAATATTATTCTGTGAGA 9 12 0 ATTCCTTATATTGAATTATAAAACTGTGAAAGT 5 146 1 AGAATAACGATAGAATATTATTAAACAAACTAT 7 155 1 TATTTTTAGTATAAAGAATAAAAATAATTAAAC 4 61 1 GTTTTTATACATAAACAATACAAATAATATGGC 2 224 1 GAAATTCCTTAAAAATTTTTAAAAATTTTATTT 6 48 0 GAAAACTAAGAAAAATTATATTTCACTATTTTT 4 23 1 TAGTTGCCAAAATAAATATACTTTTCTGAGGGA 2 31 1 TAGGTATTGCTATAAATATTTAATGCATAAAGA 8 61 1 TATATATGATTATAAATATTATATACCTTTAAA 0 52 1 ATATCCCTCATAAAATTATTTAAAGGTATATAA 0 70 0 CTTTCTCTTAAAGAAGTTTAATTATTTTTATTC 4 76 0 CCCAATAAAGAAAAATTTTAAATATACATGGTC 4 223 1 TTTGACACCAAAAAACTTTAATTATAGGATTAT 5 226 0 TTAAAAATTAATAGAAAAATAAT 1 0 1 TCTTTATACTAAAAATATTTGAAAAAATAGTGA 4 45 0 TGTAGATAATTTTAATTATAGTTTGTTTAATAA 7 172 0 AATTTAAAAATAGAACATTATATTCTCTTTTTA 4 132 1 TGCATAAAGATTTAATAATACATGGTTACATAG 8 84 1 TTTATATTGCATCAACTATTTATAAATA 3 47 1 ** ** **** ** MAP Score: 28.4403 Motif 3 TAAAATTATTTAAAGGTATATAATATTTATAA 0 61 0 TTAAAAATTAATAGAAAAATAAT 1 1 1 AAATTAATAGAAAAATAATAAAAAAGGATAAG 1 14 1 GGTAGTTGCCAAAATAAATATACTTTTCTGAG 2 29 1 GTTTGACATAAAAAGGTATTTATAAAACCTCA 2 82 0 ATTTATAATAAAAAAGTAAATAGTAATTTATC 2 131 1 AAGAAGTATAAAAATGTTTTTATAATCCTAAT 2 164 0 AAACTTAAATAAAATATATAAAGTTATCCGCC 2 254 0 ATGTTATTATAAAAACTTAAATAAAATATATA 2 266 0 ATGCTGTTGATAAAGTATAATACTTAGCCTAC 3 11 1 GAAAACTAAGAAAAATTATATTTCACTATTTT 4 23 1 ATTTTTAGTATAAAGAATAAAAATAATTAAAC 4 62 1 TAAATTTGATTAAAACTATTTAGGAAAAGCTT 4 106 0 GCTTATGAACTAAAAATATAAAAGGTTAATAA 4 165 1 CCCAATAAAGAAAAATTTTAAATATACATGGT 4 223 1 AACTTACACCAAAAATTATTTTATAATTGATA 4 278 0 TTGACACCAAAAAACTTTAATTATAGGATTAT 5 226 0 CCTACTTCAGTAAAATAAAATTTTTAAAAATT 6 36 1 AAATTCCTTAAAAATTTTTAAAAATTTTATTT 6 48 0 TTAGAGGTTTTAAATTTAATTTCTAAGGGTT 7 9 0 TTAAAACCTCTAAATAAATAAATAATTCCTAA 7 28 1 TTATTATCACAAAATGTTTATATACGAGTCTG 7 203 0 ATTGACTTAATAAAGCTTTATTATCACAAAAT 7 220 0 TTATAGATTCTAAATTTTTAATGCTAAATATT 8 30 1 CTTTATGCATTAAATATTTATAGCAATACCTA 8 61 0 ATTTAATGCATAAAGATTTAATAATACATGGT 8 78 1 AGCATTTTTCAAAAACTTAATAAAATTTTAAA 8 137 1 AATAAAATTTTAAAGAATTAATATAAGCCTAA 8 155 1 CTTTATATATAAAAATATTATTCTGTGAGACC 9 10 0 **** ****** MAP Score: 24.5904 Motif 4 TTGTATTCTTGCGAAAGTCCTATTAGGCACT 8 188 0 ATTTATTCCTGTGAAAGTCCTGTGGTATACC 5 80 0 TTATAAAACTGTGAAAGTCCTGTGCCAATAG 5 161 1 TCTATAAACTGCAAAAGTCCTATTCAATGTT 8 266 1 ATTAACAAAATTGAAAATCCTAAAACCCTAA 7 112 1 GCTATAGACATCATAATTCCTTATATTGAAT 5 131 1 TTTAGAATTTAGGAAATTCCTTAAAAATTTT 6 62 0 ****** **** MAP Score: 5.88027 Motif 5 TATAGGAAGATATATATGATTATAAATATTAT 0 42 1 TATTTAAAGGTATATAATATTTATAATCATAT 0 55 0 ATATCCCTCATAAAATTATTTAAAGGTATATA 0 71 0 ATTATTTTTCTATTAATTTTTAA 1 1 0 GTTGCCAAAATAAATATACTTTTCTGAGGGAA 2 33 1 GATAAATTACTATTTACTTTTTTATTATAAAT 2 131 0 ATTAGGATTATAAAAACATTTTTATACTTCTT 2 164 1 AATACCTAAAAATATAGAAGAAGTATAAAAAT 2 181 0 TTAAATAAAATATATAAAGTTATCCGCCATAT 2 250 0 AGAATGTTATTATAAAAACTTAAATAAAATAT 2 269 0 TATTTATAAATAGTTGATGCAA 3 53 0 GGATGAAAACTAAGAAAAATTATATTTCACTA 4 19 1 TTCTTTATACTAAAAATATTTGAAAAAATAGT 4 47 0 GTATAAAGAATAAAAATAATTAAACTTCTTTA 4 69 1 AAGCTTTTCCTAAATAGTTTTAATCAAATTTA 4 106 1 AGCATCTTTTTATTAACCTTTTATATTTTTAG 4 174 0 AGACCATGTATATTTAAAATTTTTCTTTATTG 4 225 0 TTATCAATTATAAAATAATTTTTGGTGTAAGT 4 277 1 CATAATTCCTTATATTGAATTATAAAACTGTG 5 142 1 AATAATCCTATAATTAAAGTTTTTTGGTGTCA 5 225 1 CCTACTTCAGTAAAATAAAATTTTTAAAAATT 6 36 1 ATAAAATTTTTAAAAATTTTTAAGGAATTTCC 6 50 1 ATATTTAGAATTTAGGAAATTCC 6 73 0 TTAGAGGTTTTAAATTTAATTTCTAAGGGTT 7 9 0 ATTATTTATTTATTTAGAGGTTTTAAATTTAA 7 22 0 TAGATAATTTTAATTATAGTTTGTTTAATAAT 7 171 0 CAGACTCGTATATAAACATTTTGTGATAATAA 7 203 1 CATTTTGTGATAATAAAGCTTTATTAAGTCAA 7 219 1 TAATTAGTTGTAATAATAGGATAATTGACTTA 7 243 0 ATCTTAGTTGTAATAATTAGTTGTAATAATAG 7 256 0 TTAGAATCTATAAATAGAGTAAACACGAGATG 8 11 0 TAGGTATTGCTATAAATATTTAATGCATAAAG 8 61 1 TGAAAAATGCTACATATTATTAAACATGCCAC 8 116 0 TTCAAAAACTTAATAAAATTTTAAAGAATTAA 8 144 1 CCTTTATATATAAAAATATTATTCTGTGAGAC 9 11 0 ****** * *** MAP Score: 4.41073