AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons025_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240968 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0005 87 formate dehydrogenase, beta subunit #1 MJ0006 300 formate dehydrogenase, alpha subunit #2 MJ0030 300 coenzyme F420-reducing hydrogenase, delta subunit (frcD) #3 MJ0252 57 conserved hypothetical protein #4 MJ0725 168 coenzyme F420-reducing hydrogenase, beta subunit #5 MJ0726 123 coenzyme F420-reducing hydrogenase, gamma subunit #6 MJ0727 45 coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit #7 MJ0728 219 carbon monoxide dehydrogenase, catalytic subunit (cooS) #8 MJ1349 232 coenzyme F420-reducing hydrogenase, beta subunit #9 MJ1350 114 formylmethanofuran dehydrogenase, subunt C (tungsten) #10 MJ1351 300 glutamate synthase (gltB) Motif 1 CCTTGAGGATATATAAACTGTGAAAGTCCTGTTTA 0 39 1 AACTAAACCATTAAAAATTTTGAAGATAAGA 1 6 0 TTAGTTGATATTAGAAAATCTAATAATAGTAGTAA 1 35 1 CTTAAATAAGATAGAATTTTAAATAAGTATTACTA 1 64 0 CAACTATCATATATAAAATTTACTACTTAATTTAA 1 109 0 CATTGACATAATAAATATTAAAAAAGGTATCAAAA 1 171 1 GAAATCAAAATTAAAACTTAGACAAAAATAAACAC 1 236 1 AAAAGAGATTATAGAAGTTAGAAAAATGTTATAAG 2 107 1 CAAAGTGCATATATAAACTGCGAAAGTCCTGTTTC 2 239 1 GAAGCTTAAATTAAACCCTTAAAAAACTTAAA 2 278 1 ACCAATAAATTCACAATATATAAAATATTCTTAAT 3 16 1 CCTCAAACTTTTAAATTATGCAAAAATTAATTATA 4 134 0 TTAAAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAGAATTTAA 6 8 0 AATTAATAAATTATAAAATACAATAGCAAAATTTT 7 59 0 TCACATTAAAATAGAAGATTTGAATTAATAAATTA 7 81 0 CTAAATAGTTTTAAAAATTGATAAAAATTTCTATT 8 183 0 ATAGAACTTTCACAAATAAAAATAC 9 0 1 TGCCTTTGGCATCTAAATTCCAAAATCAGCATATA 9 50 1 CAAAATCAGCATATAAACTGTGAAAGTTCTATTTA 9 70 1 CTTTAAAAATTAAAAAATTTAAATAGA 9 97 0 TAAACAAAGATTAAAAGATTAAAAATAAAAACATG 10 262 1 *** ** * **** MAP Score: 22.7152 Motif 2 AATTTTATATATGATAGTTGAAAATAGTATTAATATATTA 1 124 1 CATTGACATAATAAATATTAAAAAAGGTATCAAAAATCTA 1 171 1 AGAAATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTTAGAAGAAACA 8 186 1 TAAATTCTTTTTAAACTTTTAAAACATTTTAAAAAGGTGG 6 11 1 ATAGAACTTTCACAAATAAAAATACTTTATTGAAGGGT 9 8 1 CTTTAAAAATTAAAAAATTTAAATAGAACTT 9 93 0 GAAGCTTAAATTAAACCCTTAAAAAACTTAAA 2 278 1 AAATCAGCATATAAACTGTGAAAGTTCTATTTAAATTTTT 9 72 1 TTGAGGATATATAAACTGTGAAAGTCCTGTTTAAAAGAAA 0 41 1 ATTAACTGTAATTAATATTAAGAATATTTTATATATTGTG 3 27 0 TAAATGTTCTATTTGTCATAAAAATTCTCTGTGTTTATTT 1 261 0 TGATTATCGTAAAACAAGTTAAAAATATGTTTGGTGATAG 7 187 1 TATTTTATAATTTATTAATTCAAATCTTCTATTTTAATGT 7 74 1 CGTCTTTAAGTTTTGCAATGAAAACGATATTCACATTAAA 7 106 0 ATGGACATTAATTAGGGTTGAAAGCCCTAACTTAATGGAC 5 51 1 AATAGTAGTAATACTTATTTAAAATTCTATCTTATTTAAG 1 59 1 CTTGGAAATAAACAAAGATTAAAAGATTAAAAATAAAAAC 10 254 1 CCTCAAACTTTTAAATTATGCAAAAATTAATTATAAAGCT 4 129 0 TAATATCAACTAAACCATTAAAAATTTTGAAGATAAGA 1 8 0 CAAGTGAAGAATCTGCTATAAGAAGAATCTGCCCTGACTT 10 167 1 TCTATAATTATTTTTTCATGCAAAAATTTTGCTATTGTAT 7 37 1 CAAAAGAGATTATAGAAGTTAGAAAAATGTTATAAGCCTC 2 106 1 ** * * **** * * MAP Score: 22.3356 Motif 3 TATAAACTGTGAAAGTCCTGTTTAAAAGAAATAACT 0 50 1 AATAATAGTAGTAATACTTATTTAAAATTCTATCTT 1 56 1 TCTTATTTAAGTAATAATAATTTAAATTAAGTAGTA 1 88 1 TATGATAGTTGAAAATAGTATTAATATATTAGTAAT 1 133 1 TAATAAATATTAAAAAAGGTATCAAAAATCTAAGAT 1 179 1 AGGAAAGCTAGAAATCAAAATTAAAACTTAGACAAA 1 226 1 GTAATTAATATTAAGAATATTTTATATATTGTGAAT 3 24 0 ATTAACTGTAATTAATATTAAGAATAT 3 40 0 TGTATAAGGGTAAAAGAAGCTTTATAATTAATTTTT 4 112 1 CTAATGGACATTAATTAGGGTTGAAAGCCCTAACTT 5 48 1 TTAAATTCTTTTTAAACTTTTAAAAC 6 0 1 TTCCACCTTTTTAAAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAG 6 17 0 AAGATTTGAATTAATAAATTATAAAATACAATAGCA 7 66 0 AATGATTATCGTAAAACAAGTTAAAAATATGTTTGG 7 185 1 GAGTTTTGATGAAACTTTTACTAAAAGTT 8 3 0 ATAATGGACATTAATTAGGACTGAAAGTCTAACTTA 8 45 0 ACTCCCCGACTTAATGTAATTTAATAGAAATTTTTA 8 161 1 CTAAATAGTTTTAAAAATTGATAAAAATTTCTATTA 8 182 0 TATAAACTGTGAAAGTTCTATTTAAATTTTTTAATT 9 81 1 GTTAAGACCATTAATTGCAGCTGAAAAGGATGATAT 10 120 1 ACCTTGGAAATAAACAAAGATTAAAAGATTAAAAAT 10 252 1 **** * ** *** MAP Score: 21.7249 Motif 4 TCTTATCTTCAAAATTTTTAATGGTTTAGTTGATATTA 1 8 1 TTTAAGTTTTTTAAGGGTTTAATTTAAGCTT 2 279 0 TAAAAATTGATAAAAATTTCTATTAAATTACATTAAGTCG 8 167 0 TCCAAAGATGTCAAAGTTCCAAAGTGCATATATAAACTGC 2 220 1 GTTTTTATTTTTAATCTTTTAATCTTTGTTTATTTCCAAG 10 254 0 ATTTAAAATTCTAAGAGGCATTGCCGAGCGTA 4 2 1 AAATTAATTATAAAGCTTCTTTTACCCTTATACAGTTGAA 4 106 0 TAAATTCTTTTTAAACTTTTAAAACATTTTAAAAAGGTGG 6 11 1 TTCCAAACCGTTAATGTTATTTATTCGTTAATATATTAAT 7 148 1 AATATCACCTAAATGTTCTATTTGTCATAAAAATTCTCT 1 271 0 TAATACTTATTTAAAATTCTATCTTATTTAAGTAATAATA 1 67 1 CTATCATATATAAAATTTACTACTTAATTTAAATTATTAT 1 101 0 ATATAAACTGTGAAAGTTCTATTTAAATTTTTTAATTTTT 9 80 1 ATTTATTATGTCAATGATATTACTAATATATTAATACTAT 1 147 0 AAAAAAGGTATCAAAAATCTAAGATTAGTAAGATAAAGGA 1 190 1 GAAATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTTAGAAGAAACAC 8 187 1 TTCGCAGGAATAAATATTCAATGGAATATAGACATCCAAA 2 186 1 TCAGCTGCAATTAATGGTCTTAACTTAATTCTATCTGTTA 10 104 0 ATACATCACCTCAAACTTTTAAATTATGCAAAAATTAATT 4 137 0 ATATTACTGCTCAATAATTCTATAATTATTTTTTCATGCA 7 19 1 GTAATTAATATTAAGAATATTTTATATATTGTGAATTTAT 3 20 0 TGTCTAAGTTTTAATTTTGATTTCTAGCTTTCCTTTATCT 1 220 0 ATGCTAAATGGTCCTTTCGCAATAGCAGTTGGAA 10 4 1 TGAGGATATATAAACTGTGAAAGTCCTGTTTAAAAGAAAT 0 42 1 * ** ** *** ** MAP Score: 19.8708 Motif 5 GAAGAGACAAAAGAGATTATAGAAGTTAGAAAAATGTTAT 2 99 1 AGCTTAAATTAAACCCTTAAAAAACTTAAA 2 280 1 CTTTAAAAATTAAAAAATTTAAATAGAACTTTC 9 91 0 GCTTTATAATTAATTTTTGCATAATTTAAAAGTTTGAGGT 4 130 1 AACTTTTAGTAAAAGTTTCATCAAAACTCG 8 0 1 TACGCTCGGCAATGCCTCTTAGAATTTTAAAT 4 2 0 CCACCTTTTTAAAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAGAATTTA 6 11 0 ATATTAATGATTATCGTAAAACAAGTTAAAAATATGTTTG 7 180 1 GTGAATATCGTTTTCATTGCAAAACTTAAAGACGATTTCC 7 112 1 GAAAGCTAGAAATCAAAATTAAAACTTAGACAAAAATAAA 1 228 1 AAAATAGAAGATTTGAATTAATAAATTATAAAATACAATA 7 69 0 TCTATCTTATTTAAGTAATAATAATTTAAATTAAGTAGTA 1 84 1 TAATATCAACTAAACCATTAAAAATTTTGAAGATAAGA 1 8 0 ATAGAACTTTCACAAATAAAAATACTTTATT 9 1 1 TTAGACAAAAATAAACACAGAGAATTTTTATGACAAATAG 1 253 1 AAAATTGATAAAAATTTCTATTAAATTACATTAAGTCGGG 8 165 0 GTTTCATCAAAACTCGTCCATTAAGTTAGACTTTCAGTCC 8 24 1 AATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTTAGAAGAAACACCA 8 189 1 ATATATAAAATATTCTTAATATTAATTACAGTTAAT 3 31 1 AAAATTTAAATAGAACTTTCACAGTTTATATGCTGATTTT 9 71 0 AGTAATATCATTGACATAATAAATATTAAAAAAGGTATCA 1 163 1 TCCTTTATCTTACTAATCTTAGATTTTTGATACCTTTTTT 1 190 0 AATCATTAATATATTAACGAATAAATAACATTAACGGTTT 7 152 0 TAGCAGATTCTTCACTTGAAATAAATATCATATCATCCTT 10 145 0 GATATTACTAATATATTAATACTATTTTCAACTATCATAT 1 132 0 ** * * ** *** * MAP Score: 18.4697 Motif 6 CTTGAGGATATATAAACTGTGAAAGTCCTGTTTAAAAGAAA 0 40 1 TCCTGTTTAAAAGAAATAACTAAGGTGATATC 0 65 1 TCTTATCTTCAAAATTTTTAATGGTTTAGTTGATATTAG 1 8 1 TCATTGACATAATAAATATTAAAAAAGGTATCAAAAATCTA 1 170 1 CTTTCGCAGGAATAAATATTCAATGGAATATAGACATCCAA 2 184 1 AAAGTGCATATATAAACTGCGAAAGTCCTGTTTCTTTGGAA 2 240 1 GGAAGCTTAAATTAAACCCTTAAAAAACTTAAA 2 277 1 ATTTAAAATTCTAAGAGGCATTGCCGAGCGTA 4 1 1 TTTTGCATAATTTAAAAGTTTGAGGTGATGTATA 4 144 1 TCAAGCTTTTACTAAAAGGTTGAGGGTGATTTT 5 100 1 TTAAAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAGAATTTAA 6 2 0 TTTTTGCATGAAAAAATAATTATAGAATTATTGAGCAGTAA 7 22 0 ATCGTTTTCATTGCAAAACTTAAAGACGATTTCCAAACCGT 7 118 1 AAAGACGATTTCCAAACCGTTAATGTTATTTATTCGTTAAT 7 139 1 ATGATTATCGTAAAACAAGTTAAAAATATGTTTGGTGATAG 7 186 1 TAGAAATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTTAGAAGAAACA 8 185 1 ATAGAACTTTCACAAATAAAAATACTTTATTGAAGGGT 9 7 1 AAAATCAGCATATAAACTGTGAAAGTTCTATTTAAATTTTT 9 71 1 CTTTAAAAATTAAAAAATTTAAATAGAACTTT 9 92 0 CAATAGCAGTTGGAACTCCTCAAGGTTTAATCTTTATGAAT 10 29 1 CTTGGAAATAAACAAAGATTAAAAGATTAAAAATAAAAACA 10 254 1 * *** * ** * * * MAP Score: 12.2882 Motif 7 GACGCTTTTAGGCATCTAAATACCTTGAGG 0 17 1 TATTAAAAAAGGTATCAAAAATCTAAGATT 1 186 1 ATGGAATATAGACATCCAAAGATGTCAAAG 2 206 1 GTTTAATTTAAGCTTCCAAAGAAACAGGAC 2 264 0 ATGCATCCGTGGTATCCCAATAGGAGGTAT 4 50 1 ACTTAAAGACGATTTCCAAACCGTTAATGT 7 135 1 TGATGCCTTTGGCATCTAAATTCCAAAATC 9 47 1 TCCAGCGTCAGGCATCCAAACTCTATCTAA 10 205 0 ********** MAP Score: 8.3737 Motif 8 TCCTGTTTAAAAGAAATAACTAAGGTGATATC 0 65 1 ACTAAACCATTAAAAATTTTGAAGATAAGA 1 0 0 TTCTATCTTATTTAAGTAATAATAATTTAAATTAAGTAGT 1 83 1 AATAATTTAAATTAAGTAGTAAATTTTATATATGATAGTT 1 103 1 AAATCAAAATTAAAACTTAGACAAAAATAAACACAGAGAA 1 237 1 AAAGAGATTATAGAAGTTAGAAAAATGTTATAAGCCTCGA 2 108 1 CTTTCGCAGGAATAAATATTCAATGGAATATAGACATCCA 2 184 1 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