AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons026_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241008
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0047	189	putative mRNA 3'-end processing factor 1
#1	MJ0162	300	putative mRNA 3'-end processing factor 3
#2	MJ0591	300	proteasome, subunit alpha (psmA)
#3	MJ0592	134	conserved hypothetical protein
#4	MJ0861	131	conserved hypothetical protein
#5	MJ1236	239	putative mRNA 3'-end processing factor 2
#6	MJ1237	120	proteasome, subunit beta (psmB)

Motif 1
TATAAACATTAAAATTATAAAAAATTAAAGGAT	4	100	1
ACAATTACAAAATATTATCAAAATTTTCAATTT	5	173	1
TTATCTTTAGAATATTTGCAAAAACCAATAATT	1	98	0
GCTTTCTAATAATATTTCAATAAATAAAAATTT	6	50	0
CCTTAGCCGAAACATTTATATAAT         	3	120	1
ATCTTAACCTAAAAATAAGAAAAGAT       	6	3	0
TTTAATTTATAAGATAATTAAAATCAGACCGTT	0	14	1
TAAGACTATAAAAATAAAAATAAAAAAGAAAAG	2	182	1
AGATAAAAACAAAATAACAATAAGCTGATTTTA	0	70	0
CCTAACATCTAAGATAAAAATAAAAATCATAAA	4	37	0
GTTATATTCAAATATATTGATAAAGATAAAAAC	0	93	0
TTATCCAAATAAAATATATATAAATTTTTGGGA	1	270	1
AATTTTAAGAAAAATATAGATAAAAATCTATAA	5	74	1
AACAGAAATTAAAAATTGAATAAAAATGGTGGT	0	163	1
AAATTAAGTTAAGATTAAAAGAAAATTTTCATA	1	204	0
CCAATTAATTAACAAAAGAAAAATTAAGCCTTG	1	59	0
TAAATTTAACAACTTTACGAAAAACTATGAAAA	1	179	1
AAAAATAAAAAAGAAAAGAATAAAAATAATAAG	2	197	1
AAAGGCTAATAAGTTTAATATAAGATTAAAAAT	5	44	1
TGGATTTAAAAATTTTACTATAAT         	3	1	0
ATTTAATAGCAAAAATAACAGAAATTAAAAATT	0	147	1
TTAAAATTAAAAATATAGCATAAAATAGAGATA	5	127	0
AAATTTATTTAAAATAATTAAATATTTATAAAC	4	74	1
AAAGAATAAAAATAATAAGATATTATAATGAGA	2	211	1
TATCCTATCAAAAATATGCAAATCAAAAATTTC	1	23	0
ATACTCTAAAAATAATTTAAAATAGTTGGATTT	3	27	0
GCTTAATTCTAACAATTCCATATCTAATTTATT	5	10	0
AAGATTTATGAACAAAATAAAATTTTTATTTAT	6	31	1
TCACTAAAGTAATTTTTATAAATTCAAAACCCT	3	90	1
CCTCCTCCTTAACTTTTAAAAATCTCTGCCGTG	5	210	0
AAAATCTCTTAATTTAACTAAATATCTCTATTT	5	105	1
TTGTTTATGAAAAAATGTTAAAATTAAAAATAT	5	144	0
ACATAACCATAAATTATATATATGAGATATAGG	2	124	0
AGCTGATTTTAATTAAAACAGAATCCCATTCCG	0	48	0
          ** ****  ****
MAP Score: 49.0366

Motif 2
TACCTGAAATTTTTGATTTGCATATTTTTGATAGGATAT	1	18	1
ATTTTTATTCTTTTCTTTTTTATTTTTATTTTTATAGTC	2	185	0
TTAACTTAATTTTTGGTTTCCTATTCTTTGCCTGGGTAA	1	225	1
TATGCTATATTTTTAATTTTAACATTTTTTCATAAACAA	5	138	1
GTTATCCCATTTATGATTTTTATTTTTATCTTAGATGTT	4	28	1
CTTTAATTTTTTATAATTTTAATGTTTATAAATATTTAA	4	91	0
AAGGCTTAATTTTTCTTTTGTTAATTAATTGGCATCTAA	1	60	1
ACTATGAAAATTTTCTTTTAATCTTAACTTAATTTTTGG	1	202	1
TAAATAAAAATTTTATTTTGTTCATAAATCTTAACCTAA	6	24	0
TTTATTCAATTTTTAATTTCTGTTATTTTTGCTATTAAA	0	148	0
CAAAATAAAATTTTTATTTATTGAAATATTATTAGAAAG	6	43	1
TAAAATCAGCTTATTGTTATTTTGTTTTTATCTTTATCA	0	70	1
ATCCTCCTCCTTAACTTTTAAAAATCTCTGCCGTGTTTT	5	206	0
ATATCACCACTTTTATTATAATCCTATATCTCATATATA	2	102	1
ATTCATCTCATTATAATATCTTATTATTTTTATTCTTTT	2	210	0
TTTTATAGTCTTATTTTATATGGTTGTGTTAAGTATTGA	2	156	0
       TGCTTTTAATTTATAAGATAATTAAAATCAGA	0	3	1
CTATTTTAAATTATTTTTAGAGTATTAATATTATTTGGG	3	35	1
AAAATTTTGATAATATTTTGTAATTGTTTATGAAAAAAT	5	161	0
AATAATTAGCTTAATGTTTTTAACTAATTCATCTCATTA	2	236	0
TATATATAATTTATGGTTATGTCAATACTTAACACAACC	2	135	1
GCATCTAAATTATTGGTTTTTGCAAATATTCTAAAGATA	1	91	1
AATATAACAATTAATATTTTATAAAAAGTATTTAATAGC	0	118	1
TAAGAGATTTTATAGATTTTTATCTATATTTTTCTTAAA	5	77	0
TTATCTATATTTTTCTTAAAATTTTTAATCTTATATTAA	5	58	0
TATAAATATTTAATTATTTTAAATAAATTTACAGCCTAA	4	65	0
          ****  ***     * * *
MAP Score: 38.1622

Motif 3
      TGCTTTTAATTTATAAGATAATTAAAATCAGAC	0	4	1
GTTTTAATTAAAATCAGCTTATTGTTATTTTGTTTTTAT	0	62	1
TGTTATTTTGTTTTTATCTTTATCAATATATTTGAATAT	0	84	1
AATACTTTTTATAAAATATTAATTGTTATATTCAAATAT	0	111	0
      GATACCACCATTTTTATTCAATTTTTAATTTCT	0	166	0
AATTAATTGGCATCTAAATTATTGGTTTTTGCAAATATT	1	82	1
TTTATTATGTCCTTTATCTTTAGAATATTTGCAAAAACC	1	105	0
CAATTTTTCATAACTAAATTTAACAACTTTACGAAAAAC	1	165	1
GTTAAGATTAAAAGAAAATTTTCATAGTTTTTCGTAAAG	1	191	0
TTTGCCTGGGTAATAGGATTTATCCAAATAAAATATATA	1	251	1
TTATCCAAATAAAATATATATAAATTTTTGGGATGGTAG	1	270	1
TAAAGAAAGCTAATCAGGATAAAGTAGTTATATACTT  	2	8	0
TGATTAGCTTTCTTTAACTTATCTAAGATGAATTTCTTA	2	31	1
TCATTCCATATCACCACTTTTATTATAATCCTATATCTC	2	95	1
TTCTTTTTTATTTTTATTTTTATAGTCTTATTTTATATG	2	173	0
TTATAATATCTTATTATTTTTATTCTTTTCTTTTTTATT	2	200	0
AATAATTAGCTTAATGTTTTTAACTAATTCATCTCATTA	2	236	0
GCTAATTATTTAACTACTTTAAAATACTTATAATGGTGA	2	265	1
ATAGTTGGATTTAAAAATTTTACTATAAT          	3	0	0
ATTTTTAAATCCAACTATTTTAAATTATTTTTAGAGTAT	3	21	1
CTACTCACTCTCACTAAAGTAATTTTTATAAATTCAAAA	3	80	1
GTTATCCCATTTATGATTTTTATTTTTATCTTAGATGTT	4	28	1
TATAAATATTTAATTATTTTAAATAAATTTACAGCCTAA	4	65	0
TTTTTTATAATTTTAATGTTTATAAATATTTAATTATTT	4	85	0
      TCTCTCACATCCTTTAATTTTTTATAATTTTAA	4	108	0
ATATTAAACTTATTAGCCTTTAGCTTAATTCTAACAATT	5	26	0
TATATTTTTCTTAAAATTTTTAATCTTATATTAAACTTA	5	53	0
AAGAGATTTTATAGATTTTTATCTATATTTTTCTTAAAA	5	76	0
TAGCATAAAATAGAGATATTTAGTTAAATTAAGAGATTT	5	106	0
TTATGCTATATTTTTAATTTTAACATTTTTTCATAAACA	5	137	1
TCTTTTCTTATTTTTAGGTTAAGATTTATGAACAAAATA	6	11	1
ATTTCAATAAATAAAAATTTTATTTTGTTCATAAATCTT	6	31	0
          * *  *  ****   * **
MAP Score: 8.97455