AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons026_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241036
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0047	189	putative mRNA 3'-end processing factor 1
#1	MJ0162	300	putative mRNA 3'-end processing factor 3
#2	MJ0591	300	proteasome, subunit alpha (psmA)
#3	MJ0592	134	conserved hypothetical protein
#4	MJ0861	131	conserved hypothetical protein
#5	MJ0862	176	carotenoid biosynthetic gene ERWCRTS isolog
#6	MJ0863	70	heterodisulfide reductase, subunit B2 (hdrB2)
#7	MJ0864	160	heterodisulfide reductase, subunit C2 (hdrC2)
#8	MJ1236	239	putative mRNA 3'-end processing factor 2
#9	MJ1237	120	proteasome, subunit beta (psmB)
#10	MJ1238	90	prolyl-tRNA synthetase (proS)

Motif 1
GTTATATTCAAATATATTGATAAAGATAAAAAC	0	93	0
TTATCCAAATAAAATATATATAAATTTTTGGGA	1	270	1
AATTTTAAGAAAAATATAGATAAAAATCTATAA	8	74	1
AATAAAATAAAAATTATGAATAATAAAAAATAT	5	32	0
TAAGACTATAAAAATAAAAATAAAAAAGAAAAG	2	182	1
TAAATTTTAAAATTTATTTATAATGAGGTATTT	7	59	1
AGATAAAAACAAAATAACAATAAGCTGATTTTA	0	70	0
CCTAACATCTAAGATAAAAATAAAAATCATAAA	4	37	0
TTTTAAATTGAAAATTTTGATAATATTTTGTAA	8	177	0
GCTTTCTAATAATATTTCAATAAATAAAAATTT	9	50	0
CCTTAGCCGAAACATTTATATAAT         	3	120	1
AGTCAATACTAACTTTTTTATAATGTGTCTATT	5	88	1
GACTTTATCAAAAATATTAAAAAAAGAAATAAA	5	59	0
TGGATTTAAAAATTTTACTATAAT         	3	1	0
AAAGGCTAATAAGTTTAATATAAGATTAAAAAT	8	44	1
ATAAACATTAAAATTATAAAAAATTAAAGGATG	4	101	1
TTTAATTTATAAGATAATTAAAATCAGACCGTT	0	14	1
TTAGGCTGTAAATTTATTTAAAATAATTAAATA	4	65	1
       AAGAAGTTAAATAAAATAACCCCCTC	7	3	1
TTATCTTTAGAATATTTGCAAAAACCAATAATT	1	98	0
TAAATTTAACAACTTTACGAAAAACTATGAAAA	1	179	1
AAAAATAAAAAAGAAAAGAATAAAAATAATAAG	2	197	1
TTAGAATTAAAATTAAACAATAAAAAATTAAAG	6	21	1
AACAGAAATTAAAAATTGAATAAAAATGGTGGT	0	163	1
AAATTTTAATAACAAATTAAAAATAGACACATT	5	109	0
TTAAAATTAAAAATATAGCATAAAATAGAGATA	8	127	0
AATACTCTAAAAATAATTTAAAATAGTTGGATT	3	28	0
CCAATTAATTAACAAAAGAAAAATTAAGCCTTG	1	59	0
TTTTTTCATAAACAATTACAAAATATTATCAAA	8	162	1
ACATAACCATAAATTATATATATGAGATATAGG	2	124	0
TTATATAGCAAATATTTATATAGTATTTGGTGA	5	149	1
AGATTAAAAGAAAATTTTCATAGTTTTTCGTAA	1	193	0
ATCTTAACCTAAAAATAAGAAAAGAT       	9	3	0
AATAATAAAAAATATTTAAATATAAAATGCTAA	5	14	0
TTTAAAATTTAATTTAAAGAGAAATTAAAAACA	7	37	0
TATCCTATCAAAAATATGCAAATCAAAAATTTC	1	23	0
AAGGGTTTTGAATTTATAAAAATTACTTTAGTG	3	91	0
CATCTTAGATAAGTTAAAGAAAGCTAATCAGGA	2	28	0
AAAATCTCTTAATTTAACTAAATATCTCTATTT	8	105	1
CCTCCTCCTTAACTTTTAAAAATCTCTGCCGTG	8	210	0
TTTTATAGCAAATTAATAAATATTAATTTTTAT	10	53	0
GCTTAATTCTAACAATTCCATATCTAATTTATT	8	10	0
      ATCCAATAAAATTAGAATTAAAATTAA	6	4	1
ATTTTATAAAAAGTATTTAATAGCAAAAATAAC	0	133	1
AAAGAATAAAAATAATAAGATATTATAATGAGA	2	211	1
AGCTGATTTTAATTAAAACAGAATCCCATTCCG	0	48	0
ATTTAATAGCAAAAATAACAGAAATTAAAAATT	0	147	1
AAGATTTATGAACAAAATAAAATTTTTATTTAT	9	31	1
AACAATAAAAAATTAAAGGAAATAATAAGATTT	6	36	1
TCACCATTATAAGTATTTTAAAGTAGTTAAATA	2	271	0
          ** ****  ****
MAP Score: 71.4887

Motif 2
ATATCCTATCAAAAATATGCAAATCAAAAATTTCAGGTA	1	18	0
TTACCCAGGCAAAGAATAGGAAACCAAAAATTAAGTTAA	1	225	0
AAAATATTAAAAAAAGAAATAAAATAAAAATTATGAATA	5	43	0
AAATAAGACTATAAAAATAAAAATAAAAAAGAAAAGAAT	2	179	1
TTGTTTATGAAAAAATGTTAAAATTAAAAATATAGCATA	8	138	0
TTAGATGCCAATTAATTAACAAAAGAAAAATTAAGCCTT	1	60	0
CCAAAAATTAAGTTAAGATTAAAAGAAAATTTTCATAGT	1	202	0
TTAAAATTTAATTTAAAGAGAAATTAAAAACATGAGGGG	7	30	0
TTAGGTTAAGATTTATGAACAAAATAAAATTTTTATTTA	9	24	1
AACATCTAAGATAAAAATAAAAATCATAAATGGGATAAC	4	28	0
TTAAATATTTATAAACATTAAAATTATAAAAAATTAAAG	4	91	1
ATAAAATTAGAATTAAAATTAAACAATAAAAAATTAAAG	6	15	1
TATATATGAGATATAGGATTATAATAAAAGTGGTGATAT	2	102	0
AAAAGAATAAAAATAATAAGATATTATAATGAGATGAAT	2	210	1
TCAATACTTAACACAACCATATAAAATAAGACTATAAAA	2	156	1
  TGCTTTTAATTTATAAGATAATTAAAATCAGACCGTT	0	8	1
CTTTCTAATAATATTTCAATAAATAAAAATTTTATTTTG	9	43	0
TTTAATAGCAAAAATAACAGAAATTAAAAATTGAATAAA	0	148	1
AATATTTATTAATTTGCTATAAAATAAAAGGTGATATC 	10	62	1
TATGAATAATAAAAAATATTTAAATATAAAATGCTAATG	5	12	0
TGATAAAGATAAAAACAAAATAACAATAAGCTGATTTTA	0	70	0
CCCAAATAATATTAATACTCTAAAAATAATTTAAAATAG	3	35	0
AAACAATAAAAAATTAAAGGAAATAATAAGATTTTTGGT	6	35	1
TTAATATAAGATTAAAAATTTTAAGAAAAATATAGATAA	8	58	1
TGAATATAACAATTAATATTTTATAAAAAGTATTTAATA	0	116	1
TTAAGTATTGACATAACCATAAATTATATATATGAGATA	2	128	0
GAAGTTTCTAACTATATATATAACCAAAACCCTACCTTA	7	116	1
TAAATAACCAACTGTCATTTTAAATAAAAATTAATATTT	10	30	1
TTAAAATTTCACAAAGTTATATAGCAAATATTTATATAG	5	133	1
AAATAATTTAAAATAGTTGGATTTAAAAATTTTACTATA	3	12	0
AACAAATTAAAAATAGACACATTATAAAAAAGTTAGTAT	5	93	0
GGGTAATAGGATTTATCCAAATAAAATATATATAAATTT	1	258	1
TAAAAAAGTTAGTATTGACTTTATCAAAAATATTAAAAA	5	69	0
TCACTAAAGTAATTTTTATAAATTCAAAACCCTTAGCCG	3	90	1
AAAGCTATTAAAAGTGAGAAATAGGAAATAGGTAATTAT	9	78	1
          * * *     ***  ****
MAP Score: 55.5084

Motif 3
CTTCATTCCATATCACCACTTTTATTATAATCCTAT	2	93	1
TAAATCCAACTATTTTAAATTATTTTTAGAGTATTA	3	26	1
TGTTTAATTTTAATTCTAATTTTATTGGAT      	6	4	0
TATAGATTTTTATCTATATTTTTCTTAAAATTTTTA	8	70	0
        GATATCACCTTTTATTTTATAGCAAATT	10	72	0
ATTCAATTTTTAATTTCTGTTATTTTTGCTATTAAA	0	148	0
TGACAAGGCTTAATTTTTCTTTTGTTAATTAATTGG	1	56	1
TTATTATTCATAATTTTTATTTTATTTCTTTTTTTA	5	39	1
TTTTATAAAATATTAATTGTTATATTCAAATATATT	0	108	0
TATCTTATTATTTTTATTCTTTTCTTTTTTATTTTT	2	197	0
TAAAATCAGCTTATTGTTATTTTGTTTTTATCTTTA	0	70	1
GTTATCCCATTTATGATTTTTATTTTTATCTTAGAT	4	28	1
TCCCAAAAATTTATATATATTTTATTTGGATAAATC	1	267	0
CATTTTATATTTAAATATTTTTTATTATTCATAATT	5	18	1
TATTTTTATTTTTATAGTCTTATTTTATATGGTTGT	2	168	0
TTTCTTAAAATTTTTAATCTTATATTAAACTTATTA	8	50	0
TTTAACTACTTTAAAATACTTATAATGGTGATATTT	2	273	1
AAATTTTTGATTTGCATATTTTTGATAGGATATGAC	1	24	1
ATCCTTTAATTTTTTATAATTTTAATGTTTATAAAT	4	97	0
TTATTTCTTTTTTTAATATTTTTGATAAAGTCAATA	5	60	1
GCTATATAACTTTGTGAAATTTTAATAACAAATTAA	5	122	0
TATTTTTAATTTTAACATTTTTTCATAAACAATTAC	8	145	1
TTTATGAACAAAATAAAATTTTTATTTATTGAAATA	9	35	1
CAAATTAATAAATATTAATTTTTATTTAAAATGACA	10	42	0
AATGTTTATAAATATTTAATTATTTTAAATAAATTT	4	74	0
TAAAAATCTATAAAATCTCTTAATTTAACTAAATAT	8	94	1
TCACTCTCACTAAAGTAATTTTTATAAATTCAAAAC	3	84	1
CATGAGGGGGTTATTTTATTTAACTTCTT       	7	3	0
TATAAATAAATTTTAAAATTTAATTTAAAGAGAAAT	7	45	0
TTCCTTTAATTTTTTATTGTTTAATTTTAATTCTAA	6	21	0
GTTAAAAACATTAAGCTAATTATTTAACTACTTTAA	2	251	1
AGTTAAGATTAAAAGAAAATTTTCATAGTTTTTCGT	1	195	0
CCGTGTTTTAAATTGAAAATTTTGATAATATTTTGT	8	179	0
GAATAAAAATAATAAGATATTATAATGAGATGAATT	2	214	1
GTAAAGTTGTTAAATTTAGTTATGAAAAATTGAACA	1	161	0
ATCTCTATTTTATGCTATATTTTTAATTTTAACATT	8	128	1
CCTATTTCCTATTTCTCACTTTTAATAGCTTTCTAA	9	74	0
TATTTTTGCTATTAAATACTTTTTATAAAATATTAA	0	128	0
ATTTTCTTTTAATCTTAACTTAATTTTTGGTTTCCT	1	211	1
CGGTCTGATTTTAATTATCTTATAAATTAAAAGCA 	0	9	0
AGAAATAGGAAATAGGTAATTATTTAAGGTGAAAGA	9	94	1
TGATAAAGTCAATACTAACTTTTTTATAATGTGTCT	5	82	1
ATAGCATAAAATAGAGATATTTAGTTAAATTAAGAG	8	110	0
GCTAATCAGGATAAAGTAGTTATATACTT       	2	3	0
AATAGTTGGATTTAAAAATTTTACTATAAT      	3	4	0
          ***    * **** **
MAP Score: 34.2554