AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons027_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241067
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0376	300	conserved hypothetical protein
#1	MJ0378	165	conserved hypothetical protein
#2	MJ0380	108	M. jannaschii predicted coding region MJ0380
#3	MJ0386	300	conserved hypothetical protein
#4	MJ1235	284	ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit (rbcL)

Motif 1
GATCCCTCGGGGAATGGAAATACCGTATTA	3	38	1
GATCCCTCAGGGAATGGAAATCTTAAATAA	3	104	1
TTTTTTTTATTGAATGTAAAATCAGATCCC	3	149	1
GATCCCTCGGGGAATGGAAATAAATCGACA	3	173	1
GATCCCTCAGGGAATGGAAACAACAGATGA	3	241	1
TAGGGAGAAGGGAATGGAAACTCATTAGAA	3	272	1
AAATCAATTCGGAATGAAAATTTATTAATT	4	76	1
TAAAAAAGGATGAATGTAAAATTAATGAAT	4	103	0
          **********
MAP Score: 27.8019

Motif 2
CTTTTCAATCTTTACTTTATTTTCATATACTT	0	79	1
AATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTATTG	3	129	1
TACGTTTATATATAGGTTATTTCAAAATATCT	0	169	1
AAGCTTTACCTTTAGTTTATATATTTAAATTA	4	179	0
       AATTTTATGTTACTTCGAAGATACG	1	3	1
TTTATTTTCATATACTTTATATATAAGCTTTA	0	94	1
TTCTTATGTATATATTTTACTTCGAAGTAATA	2	16	1
ACAAAGTATTTATATATTACTTCGAAGTAAAA	2	30	0
TTTTCCCATATTAATATTATGTA         	2	95	1
          TTAATTTTATGTGCCTTTCAAA	4	0	1
AATTCCTTAGTAAAGTTTATATTTTCCCATAT	2	74	1
TATTATGAGTTATGTTTTATTTAATTTGGTGA	1	139	1
TATTAATTCATTAATTTTACATTCATCCTTTT	4	98	1
AAATAAGCCTTTAGCATTATTTTACTGTTCAA	4	143	1
AATAGGTTGTTATGAGTTATGTAGTATGATTA	0	24	0
AGTTTATATATTTAAATTAATTATTGAACAGT	4	166	0
TTTATTTAAATCTAGATTATATCGATACGTTT	0	144	1
ACTTTATATATAAGCTTTACATATAAATGTTA	0	107	1
TATCTATTATTTAAAATTAAATTTGTTAAAAA	0	196	1
GCTTTACATATAAATGTTAGTTTATTTATTTA	0	120	1
TCAAAACTGTTTAATTCTATTTGTTAAATTTT	4	27	1
          ****  ******
MAP Score: 24.2701

Motif 3
GATATGACTTTTTAACAAATTTAATTTTAAATAATAGATATTT	0	193	0
AATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTATTGAATGTAAAATC	3	129	1
AAATTGTGCTTATTATGAGTTATGTTTTATTTAATTTGGTGAT	1	129	1
TTAGTTTATTTATTTAAATCTAGATTATATCGATACGTTTATA	0	136	1
AATGAAAATTTATTAATTCATTAATTTTACATTCATCCTTTTT	4	88	1
ATCTTTACTTTATTTTCATATACTTTATATATAAGCTTTACAT	0	86	1
ACATTCATCCTTTTTTATATTTGGTTAAAATAAGCCTTTAGCA	4	116	1
AAAGTTTATATTTTCCCATATTAATATTATGTA          	2	85	1
GTATACAAAGTATTTATATATTACTTCGAAGTAAAATATATAC	2	23	0
ACAACCTATTTATACACTTCTATCTTTTAACAACTTTTCAATC	0	46	1
TCGATACGTTTATATATAGGTTATTTCAAAATATCTATTATTT	0	165	1
ATTAATTTTTTGTATGGTCGTTTCTAATATAAATAGTGTTAGA	4	211	0
ATTATTTTACTGTTCAATAATTAATTTAAATATATAAACTAAA	4	158	1
CCCCACGAATTCTTTGGTATTAAGTATTATTAATTTTTTGTAT	4	239	0
TCACTATACCTCTTGATAATTTTATAAAACAAAGAATACTTTT	0	255	1
TGATTTTACGTCATCTTCTATTTGTTGTATGTATTTTAATACG	3	61	0
TTCAAAACTGTTTAATTCTATTTGTTAAATTTTTTCAAAATAT	4	26	1
ATAAATAGGTTGTTATGAGTTATGTAGTATGATTAATAAATGA	0	16	0
ATAAGCACAATTTTGCAGATTTTCTGATACCATAGGGCTTCGC	1	99	0
TAATAAATTTTCATTCCGAATTGATTTGATTTTAATATTTTGA	4	60	0
          * **      **  ** **   *
MAP Score: 19.9479

Motif 4
ATACAAAGTATTTATATATTACTTCGAAGT	2	34	0
TTACCTTTAGTTTATATATTTAAATTAATT	4	176	0
CTTAGTAAAGTTTATATTTTCCCATATTAA	2	79	1
TAAATGTTAGTTTATTTATTTAAATCTAGA	0	130	1
TGAGTTATGTTTTATTTAATTTGGTGATAC	1	144	1
TGATTTGATTTTAATATTTTGAAAAAATTT	4	52	0
TTTTCCCATATTAATATTATGTA       	2	95	1
TTTCATATACTTTATATATAAGCTTTACAT	0	99	1
CATTCATCCTTTTTTATATTTGGTTAAAAT	4	117	1
TATCGATACGTTTATATATAGGTTATTTCA	0	163	1
ATACTTCTTATGTATATATTTTACTTCGAA	2	12	1
TTAAGTATTATTAATTTTTTGTATGGTCGT	4	233	0
TATTCTTTGTTTTATAAAATTATCAAGAGG	0	263	0
          TTAATTTTATGTGCCTTTCA	4	0	1
AATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTAT	3	129	1
TTATCTTATTTTTTTTTATTGAATGTAAAA	3	140	1
GGAATGAAAATTTATTAATTCATTAATTTT	4	86	1
CAAATTTAATTTTAAATAATAGATATTTTG	0	191	0
ATTCTATTTGTTAAATTTTTTCAAAATATT	4	40	1
          **********
MAP Score: 17.898

Motif 5
CAACCTATTTATACACTTCTATCTTTTAACAACTTTTCAATCTTTAC	0	47	1
TAACAACTTTTCAATCTTTACTTTATTTTCATATACTTTATATATAA	0	73	1
GCTTTACATATAAATGTTAGTTTATTTATTTAAATCTAGATTATATC	0	120	1
AATGGTAAAAAAAGTATTCTTTGTTTTATAAAATTATCAAGAGGTAT	0	260	0
TTATTATGAGTTATGTTTTATTTAATTTGGTGATACT          	1	138	1
CGTCATCTTCTATTTGTTGTATGTATTTTAATACGGTATTTCCATTC	3	49	0
AATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTATTGAATGTAAAATCAGAT	3	129	1
          TTAATTTTATGTGCCTTTCAAAACTGTTTAATTCTAT	4	0	1
TGCCTTTCAAAACTGTTTAATTCTATTTGTTAAATTTTTTCAAAATA	4	21	1
AAATTTTCATTCCGAATTGATTTGATTTTAATATTTTGAAAAAATTT	4	52	0
AAAGGATGAATGTAAAATTAATGAATTAATAAATTTTCATTCCGAAT	4	82	0
AATTTTACATTCATCCTTTTTTATATTTGGTTAAAATAAGCCTTTAG	4	110	1
CCTTTAGTTTATATATTTAAATTAATTATTGAACAGTAAAATAATGC	4	156	0
TTCTTTGGTATTAAGTATTATTAATTTTTTGTATGGTCGTTTCTAAT	4	226	0
          * *   **   *   ***    *   *
MAP Score: 14.7478

Motif 6
ATAACAACCTATTTATACACTTCTATCTTTTAACAACT	0	43	1
CTTCTATCTTTTAACAACTTTTCAATCTTTACTTTATT	0	62	1
TTACTTTATTTTCATATACTTTATATATAAGCTTTACA	0	90	1
TTAAATAAATAAACTAACATTTATATGTAAAGCTTATA	0	115	0
TCTAGATTATATCGATACGTTTATATATAGGTTATTTC	0	154	1
AAAATATCTATTATTTAAAATTAAATTTGTTAAAAAGT	0	192	1
TTATTATGAGTTATGTTTTATTTAATTTGGTGATACT 	1	138	1
CGTAGAAGTATACAAAGTATTTATATATTACTTCGAAG	2	35	0
ACGAAATTCCTTAGTAAAGTTTATATTTTCCCATATTA	2	70	1
GGATCTGATTTTACGTCATCTTCTATTTGTTGTATGTA	3	71	0
TGGAAATCTTAAATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTT	3	118	1
TTTTATCTTATTTTTTTTTATTGAATGTAAAATCAGAT	3	138	1
TGCCTTTCAAAACTGTTTAATTCTATTTGTTAAATTTT	4	21	1
TCATTCCGAATTGATTTGATTTTAATATTTTGAAAAAA	4	55	0
TTAATTTTACATTCATCCTTTTTTATATTTGGTTAAAA	4	108	1
TTTACTGTTCAATAATTAATTTAAATATATAAACTAAA	4	163	1
GGTATTAAGTATTATTAATTTTTTGTATGGTCGTTTCT	4	229	0
          **   *   *** *** *
MAP Score: 14.526

Motif 7
TATCGATACGTTTATATATAGGTTATTTCAAAATATCT	0	163	1
ATATCTATTATTTAAAATTAAATTTGTTAAAAAGTCAT	0	195	1
AAATACTTCTTATGTATATATTTTACTTCGAAGTAATA	2	10	1
TAAATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTATTGAATG	3	127	1
ACCTTTAGTTTATATATTTAAATTAATTATTGAACAGT	4	166	0
AAGCTTTACATATAAATGTTAGTTTATTTATTTAAATC	0	118	1
CTTTACTTTATTTTCATATACTTTATATATAAGCTTTA	0	88	1
AGTTTATTTATTTAAATCTAGATTATATCGATACGTTT	0	138	1
TTTATGTGCCTTTCAAAACTGTTTAATTCTATTTGTTA	4	15	1
TTCGAAGTAATATATAAATACTTTGTATACTTCTACGA	2	36	1
AATTCTTTGGTATTAAGTATTATTAATTTTTTGTATGG	4	237	0
ATCAATTCGGAATGAAAATTTATTAATTCATTAATTTT	4	78	1
TAACAACCTATTTATACACTTCTATCTTTTAACAACTT	0	44	1
TTCCGAATTGATTTGATTTTAATATTTTGAAAAAATTT	4	52	0
          ***  *  **  **  **
MAP Score: 10.3882