AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons027_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944241095 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0376 300 conserved hypothetical protein #1 MJ0378 165 conserved hypothetical protein #2 MJ0380 108 M. jannaschii predicted coding region MJ0380 #3 MJ0386 300 conserved hypothetical protein #4 MJ1235 284 ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit (rbcL) #5 MJ1236 239 putative mRNA 3'-end processing factor 2 #6 MJ1237 120 proteasome, subunit beta (psmB) #7 MJ1238 90 prolyl-tRNA synthetase (proS) Motif 1 ATATATAGGTTATTTCAAAATATCTATTATTTAAAATTA 0 176 1 ATCTTTACTTTATTTTCATATACTTTATATATAAGCTTT 0 86 1 ATTTTGTAATTGTTTATGAAAAAATGTTAAAATTAAAAA 5 147 0 TTTATTGAAATATTATTAGAAAGCTATTAAAAGTGAGAA 6 59 1 AAAGTTTATATTTTCCCATATTAATATTATGTA 2 85 1 AATGAAAATTTATTAATTCATTAATTTTACATTCATCCT 4 88 1 AAATTTTTAATCTTATATTAAACTTATTAGCCTTTAGCT 5 40 0 AATATCTCTATTTTATGCTATATTTTTAATTTTAACATT 5 125 1 CCAACTGTCATTTTAAATAAAAATTAATATTTATTAATT 7 37 1 TACATATAAATGTTAGTTTATTTATTTAAATCTAGATTA 0 124 1 ATTATTTTACTGTTCAATAATTAATTTAAATATATAAAC 4 158 1 TTTATCTATATTTTTCTTAAAATTTTTAATCTTATATTA 5 59 0 AAATTGTGCTTATTATGAGTTATGTTTTATTTAATTTGG 1 129 1 CCCCACGAATTCTTTGGTATTAAGTATTATTAATTTTTT 4 243 0 ATTTGTTAAATTTTTTCAAAATATTAAAATCAAATCAAT 4 45 1 ATATCTATTATTTAAAATTAAATTTGTTAAAAAGTCATA 0 195 1 GGTAAAGCTTTCTAACACTATTTATATTAGAAACGACCA 4 201 1 ATTAATTTGCTATAAAATAAAAGGTGATATC 7 69 1 ATAAGCACAATTTTGCAGATTTTCTGATACCATAGGGCT 1 103 0 TAAACTAACATTTATATGTAAAGCTTATATATAAAGTAT 0 105 0 TTAAGAAAAATATAGATAAAAATCTATAAAATCTCTTAA 5 78 1 ATCTTCTATTTGTTGTATGTATTTTAATACGGTATTTCC 3 53 0 GTAAAAAAAGTATTCTTTGTTTTATAAAATTATCAAGAG 0 264 0 TTTTGACGTATCTTCGAAGTAACATAAAATT 1 2 0 TTCAAAACTGTTTAATTCTATTTGTTAAATTTTTTCAAA 4 26 1 AAATTGAAAATTTTGATAATATTTTGTAATTGTTTATGA 5 167 0 ACATTCATCCTTTTTTATATTTGGTTAAAATAAGCCTTT 4 116 1 AATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTATTGAATGTAA 3 129 1 TGTTCATAAATCTTAACCTAAAAATAAGAAAAGAT 6 6 0 * ** *** * *** MAP Score: 33.2105 Motif 2 TAATCTAGATTTAAATAAATAAACTAACATTTATA 0 128 0 ATCTATTATTTAAAATTAAATTTGTTAAAAAGTCA 0 197 1 TATCACCAAATTAAATAAAACATAACTCATAATAA 1 138 0 AGCAATATGGTAAAATCAGATCCCTCGGGGAATGG 3 20 1 GAAGATGACGTAAAATCAGATCCCTCAGGGAATGG 3 86 1 AATGGAAATCTTAAATAAGATTTTTTATCTTATTT 3 116 1 TTATTGAATGTAAAATCAGATCCCTCGGGGAATGG 3 155 1 TTCAACTCCGTAAAATCAGATCCCTCAGGGAATGG 3 223 1 ATTTAACAAATAGAATTAAACAGTTTTGAAAGGCA 4 21 0 TTCAAAATATTAAAATCAAATCAATTCGGAATGAA 4 59 1 AGGATGAATGTAAAATTAATGAATTAATAAATTTT 4 92 0 TGTTCAATAATTAATTTAAATATATAAACTAAAGG 4 168 1 AAGTTTAATATAAGATTAAAAATTTTAAGAAAAAT 5 54 1 GATATTTAGTTAAATTAAGAGATTTTATAGATTTT 5 96 0 GAAAAAATGTTAAAATTAAAAATATAGCATAAAAT 5 134 0 TGCCGTGTTTTAAATTGAAAATTTTGATAATATTT 5 182 0 GATTTATGAACAAAATAAAATTTTTATTTATTGAA 6 33 1 AACTGTCATTTTAAATAAAAATTAATATTTATTAA 7 39 1 TAATTTGCTATAAAATAAAAGGTGATATC 7 71 1 ****** *** * MAP Score: 31.3504 Motif 3 TAATACGGTATTTCCATTCCCCGAGGGATC 3 38 0 TTATTTAAGATTTCCATTCCCTGAGGGATC 3 104 0 GGGATCTGATTTTACATTCAATAAAAAAAA 3 149 0 TGTCGATTTATTTCCATTCCCCGAGGGATC 3 173 0 TCATCTGTTGTTTCCATTCCCTGAGGGATC 3 241 0 TTCTAATGAGTTTCCATTCCCTTCTCCCTA 3 272 0 AATTAATAAATTTTCATTCCGAATTGATTT 4 76 0 ATTCATTAATTTTACATTCATCCTTTTTTA 4 103 1 ********** MAP Score: 25.2104 Motif 4 TCTTTTAACAACTTTTCAATCTTTACTTTATTTTC 0 68 1 CCTATTTCCTATTTCTCACTTTTAATAGCTTTCTA 6 75 0 CTATTTATACACTTCTATCTTTTAACAACTTTTCA 0 51 1 AAAACTGTTTAATTCTATTTGTTAAATTTTTTCAA 4 29 1 TTTTATGCTATATTTTTAATTTTAACATTTTTTCA 5 135 1 TTTGATAATATTTTGTAATTGTTTATGAAAAAATG 5 160 0 AGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTATTGAATGTAA 3 133 1 CACGGCAGAGATTTTTAAAAGTTAAGGAGGAGGAT 5 210 1 TTAGATATGGAATTGTTAGAATTAAGCTAAAGGCT 5 16 1 TTTTTCTTAAAATTTTTAATCTTATATTAAACTTA 5 53 0 TGGTATTAAGTATTATTAATTTTTTGTATGGTCGT 4 233 0 TATTATTTAAAATTAAATTTGTTAAAAAGTCATAT 0 200 1 ATCTTCTATTTGTTGTATGTATTTTAATACGGTAT 3 57 0 GTAAAAAAAGTATTCTTTGTTTTATAAAATTATCA 0 268 0 TTTTATAGATTTTTATCTATATTTTTCTTAAAATT 5 74 0 TTGTTAAATTTTTTCAAAATATTAAAATCAAATCA 4 47 1 GCAAATTAATAAATATTAATTTTTATTTAAAATGA 7 44 0 CTTTACCTTTAGTTTATATATTTAAATTAATTATT 4 173 0 TATTTAGTTAAATTAAGAGATTTTATAGATTTTTA 5 94 0 AATTACAAAATATTATCAAAATTTTCAATTTAAAA 5 175 1 TATAAATGTTAGTTTATTTATTTAAATCTAGATTA 0 128 1 AAAATTTATTAATTCATTAATTTTACATTCATCCT 4 92 1 ATCTTTTCTTATTTTTAGGTTAAGAT 6 1 1 CTTTACTTTATTTTCATATACTTTATATATAAGCT 0 88 1 TAATTTAACTAAATATCTCTATTTTATGCTATATT 5 114 1 TTATTTCAAAATATCTATTATTTAAAATTAAATTT 0 185 1 TGGAAATCTTAAATAAGATTTTTTATCTTATTTTT 3 118 1 AAATACTTCTTATGTATATATTTTACTTCGAAGT 2 9 1 TTATTATGAGTTATGTTTTATTTAATTTGGTGATA 1 138 1 TTTATGAACAAAATAAAATTTTTATTTATTGAAAT 6 35 1 * ** * * * **** MAP Score: 23.2577 Motif 5 TCATAACAACCTATTTATACACTTCTATCTTTTAACAACTTTT 0 41 1 AAATGTTAGTTTATTTATTTAAATCTAGATTATATCGATACGT 0 131 1 CGATACGTTTATATATAGGTTATTTCAAAATATCTATTATTTA 0 166 1 CTTCACCAGTTTAGATATGACTTTTTAACAAATTTAATTTTAA 0 206 0 TGAAGATATGCTCACTATACCTCTTGATAATTTTATAAAACAA 0 244 1 TACTAAGGAATTTCGTAGAAGTATACAAAGTATTTATATATTA 2 43 0 TTCTACGAAATTCCTTAGTAAAGTTTATATTTTCCCATATTAA 2 66 1 AATGGAAATCTTAAATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTAT 3 116 1 TTTAATTCTATTTGTTAAATTTTTTCAAAATATTAAAATCAAA 4 36 1 TATTTTACTGTTCAATAATTAATTTAAATATATAAACTAAAGG 4 160 1 ATTATTAATTTTTTGTATGGTCGTTTCTAATATAAATAGTGTT 4 214 0 AATAAATTAGATATGGAATTGTTAGAATTAAGCTAAAGG 5 6 1 GGCTAATAAGTTTAATATAAGATTAAAAATTTTAAGAAAAATA 5 47 1 TTAAGAGATTTTATAGATTTTTATCTATATTTTTCTTAAAATT 5 74 0 ATCTCTTAATTTAACTAAATATCTCTATTTTATGCTATATTTT 5 108 1 TTTAACATTTTTTCATAAACAATTACAAAATATTATCAAAATT 5 155 1 TAGGTTAAGATTTATGAACAAAATAAAATTTTTATTTATTGAA 6 25 1 ATTTCTCACTTTTAATAGCTTTCTAATAATATTTCAATAAATA 6 57 0 TCTTTCACCTTAAATAATTACCTATTTCCTATTTCTCACTTT 6 88 0 TCACCTTTTATTTTATAGCAAATTAATAAATATTAATTTTTAT 7 53 0 ** ** * ** *** MAP Score: 19.9807 Motif 6 AATTGAAAATTTTGATAATATTTTGTAATTGTTTATGAAAAAAT 5 161 0 ATATATAAGCTTTACATATAAATGTTAGTTTATTTATTTAAATC 0 112 1 AAATATTAATTTTTATTTAAAATGACAGTTGGTTATTTAAAGTT 7 25 0 AATCTCTTAATTTAACTAAATATCTCTATTTTATGCTATATTTT 5 107 1 AAAATAAGCCTTTAGCATTATTTTACTGTTCAATAATTAATTTA 4 142 1 ATTGTGCTTATTATGAGTTATGTTTTATTTAATTTGGTGATACT 1 131 1 TTCAAAACTGTTTAATTCTATTTGTTAAATTTTTTCAAAATATT 4 26 1 AGCTTTACCTTTAGTTTATATATTTAAATTAATTATTGAACAGT 4 166 0 TAGATATGACTTTTTAACAAATTTAATTTTAAATAATAGATATT 0 194 0 TCTTAAAATTTTTAATCTTATATTAAACTTATTAGCCTTTAGCT 5 40 0 ATGTATATATTTTACTTCGAAGTAATATATAAATACTTTGTATA 2 21 1 AGGTTAAGATTTATGAACAAAATAAAATTTTTATTTATTGAAAT 6 26 1 CAATCTTTACTTTATTTTCATATACTTTATATATAAGCTTTACA 0 84 1 ATTTTATAGATTTTTATCTATATTTTTCTTAAAATTTTTAATCT 5 66 0 GTAAAGTTTATATTTTCCCATATTAATATTATGTA 2 83 1 TTAAATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTATTGAATGTAAAA 3 126 1 ATATAAATACTTTGTATACTTCTACGAAATTCCTTAGTAAAGTT 2 47 1 TTATTAGCCTTTAGCTTAATTCTAACAATTCCATATCTAATTTA 5 12 0 AGGGATCTGATTTTACGTCATCTTCTATTTGTTGTATGTATTTT 3 67 0 CACCTTTTATTTTATAGCAAATTAATAAATATTAATTTTTATTT 7 51 0 TATTTTATGCTATATTTTTAATTTTAACATTTTTTCATAAACAA 5 133 1 TAACAACCTATTTATACACTTCTATCTTTTAACAACTTTTCAAT 0 44 1 AATTCTTTGGTATTAAGTATTATTAATTTTTTGTATGGTCGTTT 4 231 0 GAATGTAAAATTAATGAATTAATAAATTTTCATTCCGAATTGAT 4 78 0 TCACCTTAAATAATTACCTATTTCCTATTTCTCACTTTTAATAG 6 82 0 GATACGTTTATATATAGGTTATTTCAAAATATCTATTATTTAAA 0 167 1 *** ** * * ** * MAP Score: 19.7859 Motif 7 AAGCTTTACATATAAATGTTAGTTTATTTATTTAAATCTAGA 0 118 1 TAAATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTATTGAATGTAAA 3 127 1 ACTGTTTAATTCTATTTGTTAAATTTTTTCAAAATATTAAAA 4 32 1 TTTTTATCTATATTTTTCTTAAAATTTTTAATCTTATATTAA 5 58 0 ATATGCTCACTATACCTCTTGATAATTTTATAAAACAAAGAA 0 249 1 TTTATACACTTCTATCTTTTAACAACTTTTCAATCTTTACTT 0 54 1 TATGCTATATTTTTAATTTTAACATTTTTTCATAAACAATTA 5 138 1 ATTTCCTATTTCTCACTTTTAATAGCTTTCTAATAATATTTC 6 65 0 AGTTATGTAGTATGATTAATAAATGATTTTGT 0 0 0 TTGTGCTTATTATGAGTTATGTTTTATTTAATTTGGTGATAC 1 132 1 CAAATTTAATTTTAAATAATAGATATTTTGAAATAACCTATA 0 179 0 TTTAGCATTATTTTACTGTTCAATAATTAATTTAAATATATA 4 152 1 CGTCATCTTCTATTTGTTGTATGTATTTTAATACGGTATTTC 3 54 0 ATCTTTTCTTATTTTTAGGTTAAGATTTATGAACA 6 3 1 CTTAGTAAAGTTTATATTTTCCCATATTAATATTATGTA 2 79 1 TTTAAATAAAAATTAATATTTATTAATTTGCTATAAAATAAA 7 48 1 TAAAATGACAGTTGGTTATTTAAAGTTTTTCATGGTGGGGCA 7 10 0 TGGTATTAAGTATTATTAATTTTTTGTATGGTCGTTTCTAAT 4 226 0 TCTAATAATATTTCAATAAATAAAAATTTTATTTTGTTCATA 6 37 0 * * * ** * *** * MAP Score: 17.8737 Motif 8 GTTATGTAGTATGATTAATAAATGATTTTGT 0 5 0 CAACTTTTCAATCTTTACTTTATTTTCATATACTTT 0 76 1 TTTACATATAAATGTTAGTTTATTTATTTAAATCTA 0 122 1 TTTCAAAATATCTATTATTTAAAATTAAATTTGTTA 0 188 1 TACCTCTTGATAATTTTATAAAACAAAGAATACTTT 0 261 1 ATTATGAGTTATGTTTTATTTAATTTGGTGATACT 1 140 1 TTCTACGAAATTCCTTAGTAAAGTTTATATTTTCCC 2 66 1 TAAGATAAAAAATCTTATTTAAGATTTCCATTCCCT 3 112 0 TAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTATTGAATGTA 3 131 1 ACTGTTTAATTCTATTTGTTAAATTTTTTCAAAATA 4 32 1 GTAAAATTAATGAATTAATAAATTTTCATTCCGAAT 4 82 0 TTTTACATTCATCCTTTTTTATATTTGGTTAAAATA 4 112 1 TTACTGTTCAATAATTAATTTAAATATATAAACTAA 4 164 1 TTTGGTATTAAGTATTATTAATTTTTTGTATGGTCG 4 234 0 TATTTTTCTTAAAATTTTTAATCTTATATTAAACTT 5 54 0 TAAAATAGAGATATTTAGTTAAATTAAGAGATTTTA 5 104 0 TATTTTATGCTATATTTTTAATTTTAACATTTTTTC 5 133 1 AATTTTGATAATATTTTGTAATTGTTTATGAAAAAA 5 162 0 ATCTTTTCTTATTTTTAGGTTAAGAT 6 0 1 TGAACAAAATAAAATTTTTATTTATTGAAATATTAT 6 39 1 AAAATGACAGTTGGTTATTTAAAGTTTTTCATGGTG 7 15 0 CAAATTAATAAATATTAATTTTTATTTAAAATGACA 7 42 0 * *** **** ** MAP Score: 12.4199 Motif 9 TCTTTTAACAACTTTTCAATCTTTACTTTATTTTCATATACTT 0 68 1 AAATAAACTAACATTTATATGTAAAGCTTATATATAAAGTATA 0 104 0 ATTTAAATCTAGATTATATCGATACGTTTATATATAGGTTATT 0 147 1 TATATATAGGTTATTTCAAAATATCTATTATTTAAAATTAAAT 0 175 1 ATTTAAAATTAAATTTGTTAAAAAGTCATATCTAAACTGGTGA 0 204 1 AAAATTGTGCTTATTATGAGTTATGTTTTATTTAATTTGGTGA 1 128 1 AAAGTATTTATATATTACTTCGAAGTAAAATATATACATAAGA 2 17 0 AGTAAAGTTTATATTTTCCCATATTAATATTATGTA 2 82 1 CTGAGGGATCTGATTTTACGTCATCTTCTATTTGTTGTATGTA 3 71 0 GGGAATGGAAATCTTAAATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTT 3 113 1 GGATGAATGTAAAATTAATGAATTAATAAATTTTCATTCCGAA 4 83 0 ATATTTGGTTAAAATAAGCCTTTAGCATTATTTTACTGTTCAA 4 132 1 AGCCTTTAGCTTAATTCTAACAATTCCATATCTAATTTATT 5 8 0 TTTTATCTATATTTTTCTTAAAATTTTTAATCTTATATTAAAC 5 56 0 AAATTAAGAGATTTTATAGATTTTTATCTATATTTTTCTTAAA 5 77 0 AAAATCTCTTAATTTAACTAAATATCTCTATTTTATGCTATAT 5 105 1 TGCCGTGTTTTAAATTGAAAATTTTGATAATATTTTGTAATTG 5 174 0 AATAAATAAAAATTTTATTTTGTTCATAAATCTTAACCTAAAA 6 22 0 TTTCTCACTTTTAATAGCTTTCTAATAATATTTCAATAAATAA 6 56 0 TTCACCTTAAATAATTACCTATTTCCTATTTCTCACTTTTAAT 6 84 0 TAACCAACTGTCATTTTAAATAAAAATTAATATTTATTAATTT 7 34 1 * *** ** *** * MAP Score: 5.73327 Motif 10 TTAACAACTTTTCAATCTTTACTTTATTTTCATATACTTTAT 0 72 1 TTCATATACTTTATATATAAGCTTTACATATAAATGTTAGTT 0 100 1 CATATAAATGTTAGTTTATTTATTTAAATCTAGATTATATCG 0 126 1 AAATCTAGATTATATCGATACGTTTATATATAGGTTATTTCA 0 151 1 ATATAGGTTATTTCAAAATATCTATTATTTAAAATTAAATTT 0 178 1 ATTGTGCTTATTATGAGTTATGTTTTATTTAATTTGGTGATA 1 131 1 TCTACGAAATTCCTTAGTAAAGTTTATATTTTCCCATATTAA 2 67 1 AAATAAGATTTTTTATCTTATTTTTTTTTATTGAATGTAAAA 3 128 1 TGTTTAATTCTATTTGTTAAATTTTTTCAAAATATTAAAATC 4 34 1 GAAAATTTATTAATTCATTAATTTTACATTCATCCTTTTTTA 4 91 1 TTTACATTCATCCTTTTTTATATTTGGTTAAAATAAGCCTTT 4 113 1 AATTAATTATTGAACAGTAAAATAATGCTAAAGGCTTATTTT 4 142 0 AGCTTTACCTTTAGTTTATATATTTAAATTAATTATTGAACA 4 168 0 TCTTAAAATTTTTAATCTTATATTAAACTTATTAGCCTTTAG 5 42 0 TTTTATAGATTTTTATCTATATTTTTCTTAAAATTTTTAATC 5 67 0 ATATCTCTATTTTATGCTATATTTTTAATTTTAACATTTTTT 5 126 1 AATTACAAAATATTATCAAAATTTTCAATTTAAAACACGGCA 5 175 1 ATCTTTTCTTATTTTTAGGTTAAGATTTATGAA 6 1 1 AAGATTTATGAACAAAATAAAATTTTTATTTATTGAAATATT 6 31 1 AATTAATAAATATTAATTTTTATTTAAAATGACAGTTGGTTA 7 34 0 * *** *** ** * MAP Score: 2.51051