AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons028_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241127
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0216	46	H+-transporting ATP synthase, subunit B (atpB)
#1	MJ0217	39	H+-transporting ATP synthase, subunit A (atpA)
#2	MJ0219	103	H+-transporting ATP synthase, subunit C (atpC)
#3	MJ0220	56	H+-transporting ATP synthase, subunit E (atpE)
#4	MJ0221	103	H+-transporting ATP synthase, subunit K (atpK)
#5	MJ0223	88	M. jannaschii predicted coding region MJ0223
#6	MJ0224	300	conserved hypothetical protein
#7	MJ0615	71	H+-transporting ATP synthase, subunit D (atpD)
#8	MJ0616	108	phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, (purE)

Motif 1
TTCTTTGAATTTAAAAATTTTTATAAAAAT	3	23	1
          TTAAAAATTTCGTTTTTAAA	6	0	1
ACGTTATAACATAAAAATTTAATGGTTATA	7	11	0
AATCTCTTACATAAAAATTTAGACCTTTTT	8	79	1
AAAAATTTTTATAAAAATTTAATTTTAACA	3	35	1
ATTCCTTTCCTTAAAACTTTACAAACTCTT	0	10	1
        TATTAAAAATATTTGATAGAGT	5	2	1
AAAATACAACTTAAAACTTAGACAAAAATG	4	71	1
TCAAGATTATTTAAATCTTTCCAATACTCA	4	16	1
GGTTATGTATATAAAATTTTTTATCTCTGA	5	31	0
GTAAGAGATTTTAAAACTAATTATAAATAA	8	59	0
ACTTTTATAAGTAAAAATTATTAGCAACGT	7	37	0
ATTTAAATTAATAAATATTATTACCTAAAA	6	46	1
CGTGCAAAAGATAAATATATATTAATAAGT	6	221	1
ATAACCCTATTTTAAAATATTACCAATAAC	5	55	1
ATTTAAATTAATAAAGATTACAATTTTAAA	6	24	0
          **********
MAP Score: 24.4794

Motif 2
CTTTGAATTTAAAAATTTTTATAAAAATTTAATTTTA	3	25	1
AGTCAGAGATAAAAAATTTTATATACATAACCCTATT	5	29	1
TATAGAATAGATGAACTCATATATATACTTTTCGGTT	6	183	1
CGTGCAAAAGATAAATATATATTAATAAGTTTTCCCA	6	221	1
TCCCATAATTATAAAAACCTATTTAAATAGGAAACAT	6	253	1
TATAATCAAAACCATAATTTATTTATAATTAGTTTTA	8	41	1
TAACGTTGCTAATAATTTTTACTTATAAAAGTGGAGA	7	35	1
ACTCAATATAACAATAAAATATAAAAACAAAAAATAC	4	41	1
AATTAGTTTTAAAATCTCTTACATAAAAATTTAGACC	8	67	1
AATAATATTTATTAATTTAAATTAATAAAGATTACAA	6	31	0
AATAAATATTATTACCTAAAATAAAAATGGTGCAGGG	6	55	1
       ATCATCACCTCAAATAAAGAGTTTGTAAAG	0	26	0
       TTAAAAATTTCGTTTTTAAAATTGTAATCT	6	3	1
CTCTGACTCTATCAAATATTTTTAATA          	5	0	0
AACAAAAAATACAACTTAAAACTTAGACAAAAATGAG	4	66	1
         AATAACAAGATACTAATTGCCTCTCTAA	2	1	1
          *  *  *  ****** *
MAP Score: 17.8012

Motif 3
ATTCCTTTCCTTAAAACTTTACAAACTCTTTATTTG	0	10	1
TAAATTTTTATAAAAATTTTTAAATTCAAAGAAGGA	3	20	0
TCAAGATTATTTAAATCTTTCCAATACTCAATATAA	4	16	1
TTTTTTGTTTTTATATTTTATTGTTATATTGAGTAT	4	39	0
AAGTTTTAAGTTGTATTTTTTGTTTTTATATTTTAT	4	54	0
AAAATACAACTTAAAACTTAGACAAAAATGAGGTGA	4	71	1
TCTGACTCTATCAAATATTTTTAATA          	5	0	0
GTTATGTATATAAAATTTTTTATCTCTGACTCTATC	5	24	0
CAGTTATTGGTAATATTTTAAAATAGGGTTATGTAT	5	51	0
          TTAAAAATTTCGTTTTTAAAATTGTA	6	0	1
ATTGTAATCTTTATTAATTTAAATTAATAAATATTA	6	30	1
ATAGATGAACTCATATATATACTTTTCGGTTTCGTG	6	189	1
AAACTTATTAATATATATTTATCTTTTGCACGAAAC	6	217	0
AAATATATATTAATAAGTTTTCCCATAATTATAAAA	6	233	1
CCTCAGGAGGAAATATGTTTCCTATTTAAATAGGTT	6	268	0
CGTTATAACATAAAAATTTAATGGTTATAG      	7	4	0
ATAACGTTGCTAATAATTTTTACTTATAAAAGTGGA	7	34	1
ATATCCCTCCTGATATTTTATAGCTTACTCTATAAT	8	11	1
AACTAATTATAAATAAATTATGGTTTTGATTATAGA	8	39	0
ATCTCTTACATAAAAATTTAGACCTTTTTGGTGAAA	8	80	1
          * **** ***    **
MAP Score: 12.3971

Motif 4
CGATAAAACCAATAAAAACGTTAA        	1	25	1
TCCTTCTTTGAATTTAAAAATTTTTATAAAAA	3	20	1
TAAAAATTTTTATAAAAATTTAATTTTAACAG	3	34	1
CTTTCAAGATTATTTAAATCTTTCCAATACTC	4	13	1
TTTTATATTTTATTGTTATATTGAGTATTGGA	4	35	0
ATTTTTGTCTAAGTTTTAAGTTGTATTTTTTG	4	68	0
TAGGGTTATGTATATAAAATTTTTTATCTCTG	5	32	0
TTATTGGTAATATTTTAAAATAGGGTTATGTA	5	52	0
TCGTTTTTAAAATTGTAATCTTTATTAATTTA	6	19	1
AGGTAATAATATTTATTAATTTAAATTAATAA	6	40	0
GATGAACTCATATATATACTTTTCGGTTTCGT	6	192	1
CTTATTAATATATATTTATCTTTTGCACGAAA	6	218	0
GATAAATATATATTAATAAGTTTTCCCATAAT	6	230	1
TTCCCATAATTATAAAAACCTATTTAAATAGG	6	252	1
ATAACCATTAAATTTTTATGTTATAACGTTGC	7	12	1
CGTTGCTAATAATTTTTACTTATAAAAGTGGA	7	38	1
TAAAACTAATTATAAATAAATTATGGTTTTGA	8	46	0
AAAAGGTCTAAATTTTTATGTAAGAGATTTTA	8	76	0
          ********  **
MAP Score: 9.58883

Motif 5
TAAAACTTTACAAACTCTTTATTTGAGGTGATGAT 	0	21	1
AATTTTTATAAAAATTTTTAAATTCAAAGAAGGAGC	3	18	0
    CTGTTAAAATTAAATTTTTATAAAAATTTTTA	3	34	0
TTTTGTTTTTATATTTTATTGTTATATTGAGTATTG	4	37	0
AATAAAATATAAAAACAAAAAATACAACTTAAAACT	4	53	1
      TATTAAAAATATTTGATAGAGTCAGAGATA	5	4	1
GAGTCAGAGATAAAAAATTTTATATACATAACCCTA	5	28	1
TTTTATATACATAACCCTATTTTAAAATATTACCAA	5	45	1
TACAATTTTAAAAACGAAATTTTTAA          	6	0	0
AATATTTATTAATTTAAATTAATAAAGATTACAATT	6	29	0
GGTTTCGTGCAAAAGATAAATATATATTAATAAGTT	6	216	1
GTTTCCTATTTAAATAGGTTTTTATAATTATGGGAA	6	252	0
TATAACCATTAAATTTTTATGTTATAACGTTGCTAA	7	11	1
AACGTTGCTAATAATTTTTACTTATAAAAGTGGAGA	7	36	1
TAAGAGATTTTAAAACTAATTATAAATAAATTATGG	8	52	0
ATTAGTTTTAAAATCTCTTACATAAAAATTTAGACC	8	68	1
          ****    ** *** *
MAP Score: 4.35564