AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons028_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241138
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0216	46	H+-transporting ATP synthase, subunit B (atpB)
#1	MJ0217	39	H+-transporting ATP synthase, subunit A (atpA)
#2	MJ0219	103	H+-transporting ATP synthase, subunit C (atpC)
#3	MJ0220	56	H+-transporting ATP synthase, subunit E (atpE)
#4	MJ0221	103	H+-transporting ATP synthase, subunit K (atpK)
#5	MJ0223	88	M. jannaschii predicted coding region MJ0223
#6	MJ0224	300	conserved hypothetical protein
#7	MJ0615	71	H+-transporting ATP synthase, subunit D (atpD)
#8	MJ0616	108	phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, (purE)

Motif 1
TTCTTTGAATTTAAAAATTTTTATAAAAAT	3	23	1
          TTAAAAATTTCGTTTTTAAA	6	0	1
ATTCCTTTCCTTAAAACTTTACAAACTCTT	0	10	1
AAAAATTTTTATAAAAATTTAATTTTAACA	3	35	1
ACGTTATAACATAAAAATTTAATGGTTATA	7	11	0
AATCTCTTACATAAAAATTTAGACCTTTTT	8	79	1
GGTTATGTATATAAAATTTTTTATCTCTGA	5	31	0
TCAAGATTATTTAAATCTTTCCAATACTCA	4	16	1
        TATTAAAAATATTTGATAGAGT	5	2	1
AAAATACAACTTAAAACTTAGACAAAAATG	4	71	1
TAACCCTATTTTAAAATATTACCAATAACT	5	56	1
AATTTCGTTTTTAAAATTGTAATCTTTATT	6	15	1
GTAAGAGATTTTAAAACTAATTATAAATAA	8	59	0
CGTGCAAAAGATAAATATATATTAATAAGT	6	221	1
ATTTAAATTAATAAATATTATTACCTAAAA	6	46	1
CAATATAACAATAAAATATAAAAACAAAAA	4	44	1
ATTTATTAATTTAAATTAATAAAGATTACA	6	32	0
AAAACTAATTATAAATAAATTATGGTTTTG	8	47	0
          **********
MAP Score: 23.7128

Motif 2
      TATTAAAAATATTTGATAGAGTCAGAGATA	5	4	1
TAATTATGGGAAAACTTATTAATATATATTTATCTT	6	228	0
GTCAGAGATAAAAAATTTTATATACATAACCCTATT	5	30	1
      TTAAAAATTTCGTTTTTAAAATTGTAATCT	6	4	1
ATTAGTTTTAAAATCTCTTACATAAAAATTTAGACC	8	68	1
AACGTTGCTAATAATTTTTACTTATAAAAGTGGAGA	7	36	1
TTTTGTTTTTATATTTTATTGTTATATTGAGTATTG	4	37	0
CCTCAGGAGGAAATATGTTTCCTATTTAAATAGGTT	6	268	0
TATAACATAAAAATTTAATGGTTATAG         	7	1	0
TAAATTAATAAATATTATTACCTAAAATAAAAATGG	6	49	1
TATAAAAACAAAAAATACAACTTAAAACTTAGACAA	4	60	1
AATCAAAACCATAATTTATTTATAATTAGTTTTAAA	8	44	1
AATTTTTATAAAAATTTTTAAATTCAAAGAAGGAGC	3	18	0
ATCACCTCAAATAAAGAGTTTGTAAAGTTTTAAGGA	0	17	0
    CTGTTAAAATTAAATTTTTATAAAAATTTTTA	3	34	0
AATATTTATTAATTTAAATTAATAAAGATTACAATT	6	29	0
          **** *  **  ** *
MAP Score: 13.6424

Motif 3
CCTCCATAGGAAAACCCTATTGAAATACCGAATTCA	2	38	0
CCTTCTTTGAATTTAAAAATTTTTATAAAAATTTAA	3	21	1
AATTTTTATAAAAATTTAATTTTAACAG        	3	38	1
    CTTCTTTCAAGATTATTTAAATCTTTCCAATA	4	6	1
TTTTTGTTTTTATATTTTATTGTTATATTGAGTATT	4	38	0
     ATAATATCACCTCATTTTTGTCTAAGTTTTA	4	82	0
CTCTGACTCTATCAAATATTTTTAATA         	5	1	0
AGAGTCAGAGATAAAAAATTTTATATACATAACCCT	5	27	1
TTTTATATACATAACCCTATTTTAAAATATTACCAA	5	45	1
TACAATTTTAAAAACGAAATTTTTAA          	6	0	0
TTTTTAAAATTGTAATCTTTATTAATTTAAATTAAT	6	22	1
TTTTTATTTTAGGTAATAATATTTATTAATTTAAAT	6	46	0
TATAGAATAGATGAACTCATATATATACTTTTCGGT	6	183	1
CGTGCAAAAGATAAATATATATTAATAAGTTTTCCC	6	221	1
CCATAATTATAAAAACCTATTTAAATAGGAAACATA	6	255	1
     CTATAACCATTAAATTTTTATGTTATAACGT	7	5	1
TATAATCAAAACCATAATTTATTTATAATTAGTTTT	8	41	1
TTCACCAAAAAGGTCTAAATTTTTATGTAAGAGATT	8	79	0
          *  *    ********
MAP Score: 11.1319

Motif 4
     ACTTCCACCTGCAGTTATTGGTAAT	5	73	0
CAAATCCCCTCCCCTGCACCATTTTTATTT	6	73	0
GGGATTTGAACCCCCGAACCCCTACGGGAC	6	95	1
GGCTTGGCGACCCCTGCACCGCAAGCGAAT	6	153	1
   GTAAATCCCTCTCCACTTTTATAAGTA	7	54	0
          **********
MAP Score: 5.06567

Motif 5
CAAATCCCCTCCCCTGCACCATTTTTATTT	6	73	0
GGGATTTGAACCCCCGAACCCCTACGGGAC	6	95	1
CCCCGAACCCCTACGGGACCGGATCTTAAG	6	106	1
CGGATCTTAAGTCCGGCGCCTTTGGCCAGG	6	125	1
GGCTTGGCGACCCCTGCACCGCAAGCGAAT	6	153	1
TTTATCTTTTGCACGAAACCGAAAAGTATA	6	206	0
          **********
MAP Score: 3.36049

Motif 6
          ATCATCACCTCAAATAAAGAG	0	35	0
TAACAAGATACTAATTGCCTCTCTAATGAAT	2	12	1
        ATAATATCACCTCATTTTTGTCT	4	90	0
ATTAATAAATATTATTACCTAAAATAAAAAT	6	52	1
TTCGGGGGTTCAAATCCCCTCCCCTGCACCA	6	82	0
AAATAGGAAACATATTTCCTCCTGAGGTAAA	6	277	1
          ****** ****
MAP Score: 2.93996

Motif 7
AAATAAAGAGTTTGTAAAGTTTTAAGGAAAGGA	0	12	0
    TTAACGTTTTTATTGGTTTTATCGTAATC	1	20	0
TCCTTCTTTGAATTTAAAAATTTTTATAAAAAT	3	20	1
TATTGGAAAGATTTAAATAATCTTGAAAGAAG 	4	9	0
TTGTTTTTATATTTTATTGTTATATTGAGTATT	4	38	0
         TATTAAAAATATTTGATAGAGTCA	5	1	1
TGTATATAAAATTTTTTATCTCTGACTCTATCA	5	23	0
TACATAACCCTATTTTAAAATATTACCAATAAC	5	52	1
AAAAATTTCGTTTTTAAAATTGTAATCTTTATT	6	12	1
TTGTAATCTTTATTAATTTAAATTAATAAATAT	6	31	1
TTATTTTAGGTAATAATATTTATTAATTTAAAT	6	46	0
GATGAACTCATATATATACTTTTCGGTTTCGTG	6	192	1
CTTATTAATATATATTTATCTTTTGCACGAAAC	6	217	0
GATAAATATATATTAATAAGTTTTCCCATAATT	6	230	1
TTTAAATAGGTTTTTATAATTATGGGAAAACTT	6	247	0
ATAACATAAAAATTTAATGGTTATAG       	7	3	0
CGTTGCTAATAATTTTTACTTATAAAAGTGGAG	7	38	1
CCCTCCTGATATTTTATAGCTTACTCTATAATC	8	15	1
TCAAAACCATAATTTATTTATAATTAGTTTTAA	8	46	1
TATGTAAGAGATTTTAAAACTAATTATAAATAA	8	59	0
AAAAGGTCTAAATTTTTATGTAAGAGATTTTAA	8	75	0
          ********  * *
MAP Score: 2.60933