AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons029_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241151
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0121	300	SN-glycerol-3-phosphate transport ATP-binding protein (ugpC)
#1	MJ0200	136	hydrogenase expression/formation protein (hypC)
#2	MJ0213	114	M. jannaschii predicted coding region MJ0213
#3	MJ0214	89	hydrogenase expression/formation protein (hypA)
#4	MJ0443	43	conserved hypothetical protein
#5	MJ0444	265	conserved hypothetical protein
#6	MJ0676	108	hydrogenase expression/formation protein (hypE)
#7	MJ0713	146	hydrogenase expression regulatory protein (hypF)
#8	MJ0995	57	VAR1 protein isolog

Motif 1
TTAAAAAGGTTTAATCAAAACTATAAAAATCTTAATAA	3	12	0
TTTACAATCTTTCAATAAAATTTTAAAACAAAATTAAA	6	31	0
TATTTAAGTATTCAATAAAAGTTAAAGAGTGAGATT  	6	82	1
CTAATTGATATTATTAAAATTTTTAATATACATATTAA	7	66	0
GATTAAATTATTCTGCAAAAAATCAAAAATTATATAAA	0	179	1
TAAAACAAAATTAAAAAAATGAAGTAAAATTCAAAT  	6	8	0
AAAACTTACCTTATAAAAAAGAATTATAAAAT      	2	4	0
       AACTTTAAGAAAGTTACATGAAAACTCTTAA	5	3	1
AAAAGTTGGATTAAGGAAATTGTTATTAAAGGGCTAAA	3	49	1
TTTTAAGTATTTAACTAAATCTAATTAATATAAACTGC	1	15	0
GTTAAAATATTTTATAAAAAGTATTTTAATGTCTTTGG	8	17	0
ATGATAAAGTTTATATAAAACAAATTCAAACATAATTA	7	23	0
TAATATGTAGTTTTGAAAATCTAATTGATATTATTAAA	7	86	0
ATACATCTTTTTTTAGAAATAAATTTCATCTAAGAGGT	0	98	1
ATATCAATTTTTCTTATAAGAAAAAATAATTTTTAGGA	0	265	1
TATATAAACTTTATCATAAAATTTAATATGTATATTAA	7	44	1
         CTTATAATAATAGTTAAAATATTTTATAA	8	38	0
TAAAAAACATTTTTATTAATACTAAAAACAGATAATTT	1	58	1
ATTAATTTAAATTAATAAATATAAAAGATAAAAAAAGA	0	140	0
AAATTCAAACATAATTAAACGTAAAAAATT        	7	2	0
ATTTATTAATTTAAATTAATAGATTAAATTATTCTGCA	0	158	1
ATAAGGTAAGTTTTGATAATACATTATATTTTCTCAAC	2	28	1
TCAAAACTACATATTAAAAAATTAAATAATAATCAAAT	7	108	1
       TTTATCACCAAAAATAAATTACAGTCTTTTA	1	115	0
AAATAACCTTATAATGTAAATATATATATCAATTTTTC	0	240	1
TTTAGTTAAATACTTAAAAAGCAATAAAAAACATTTTT	1	34	1
AAAATCAAAAATTATATAAAACTGTTTATCCAATAGTA	0	197	1
TCTCGCTAAATAATCATAAATCTCAAAAGGTGTTGAT 	2	87	1
          ** *  ***   * ** *
MAP Score: 37.1311

Motif 2
ATACATCTTTTTTTAGAAATAAATTTCATCTAAGAGGTGTTT	0	98	1
TGTTTTCTTTTTTTATCTTTTATATTTATTAATTTAAATTAA	0	135	1
TGCAGAATAATTTAATCTATTAATTTAAATTAATAAATATAA	0	154	0
TAGGTGCAGTTTATATTAATTAGATTTAGTTAAATACTTAAA	1	10	1
TAAAAATGTTTTTTATTGCTTTTTAAGTATTTAACTAAATCT	1	31	0
AATTATCTGTTTTTAGTATTAATAAAAATGTTTTTTATTGCT	1	53	0
GAATTTTATATTAAAAGACTGTAATTTATTTTTGGTGATAAA	1	104	1
         ATTTTATAATTCTTTTTTATAAGGTAAGTTTTG	2	1	1
ATAAGGTAAGTTTTGATAATACATTATATTTTCTCAACATTA	2	28	1
TTATTAAGATTTTTATAGTTTTGATTAAACCTTTTTAAAAAG	3	12	1
ATTAAACCTTTTTAAAAAGTTGGATTAAGGAAATTGTTATTA	3	35	1
TTATCCCAATTTTAGCCCTTTAATAACAATTTCCTTAATCCA	3	55	0
  ATTAGAATTCTTATTTCTAATTTTTATTTTATATGGTTTT	4	8	1
ATGAAAACTCTTTAAGAGTTTTCATGTAACTTTCTTAAAGTT	5	10	0
TCCACAGAACTTTCACAGCTTTATAATATTCAGTTTGGAACT	5	133	1
CTTTGACGCCTTTTAGGCGTCCATATCAATAAGGATACTTTC	5	173	1
   ATTTGAATTTTACTTCATTTTTTTAATTTTGTTTTAAAA	6	7	1
TTTAATTTTGTTTTAAAATTTTATTGAAAGATTGTAAAAAAT	6	31	1
ACTTAAATATTTTGATATATTTTTTACAATCTTTCAATAAAA	6	49	0
TATCAAAATATTTAAGTATTCAATAAAAGTTAAAGAGTGAGA	6	74	1
      AATTTTTTACGTTTAATTATGTTTGAATTTGTTTTA	7	4	1
ATGATAAAGTTTATATAAAACAAATTCAAACATAATTAAACG	7	19	0
TATCATAAAATTTAATATGTATATTAAAAATTTTAATAATAT	7	55	1
ATATTAAAAATTTTAATAATATCAATTAGATTTTCAAAACTA	7	75	1
TCAATTAGATTTTCAAAACTACATATTAAAAAATTAAATAAT	7	96	1
      TTAATTTTAAATTTGATTATTATTTAATTTTTTAAT	7	120	0
ACCAAAGACATTAAAATACTTTTTATAAAATATTTTAACTAT	8	16	1
         CTTATAATAATAGTTAAAATATTTTATAAAAAG	8	34	0
          *** *    *   *** *   *
MAP Score: 27.7868

Motif 3
AATGTAAATATATATATCAATTTTTCTTATAAGAAAAAA	0	252	1
ATTTTTATAGTTTTGATTAAACCTTTTTAAAAAGTTGGA	3	20	1
AATCTATTAATTTAAATTAATAAATATAAAAGATAAAAA	0	144	0
AAATTTAATATGTATATTAAAAATTTTAATAATATCAAT	7	62	1
ATTAAAATACTTTTTATAAAATATTTTAACTATTATTAT	8	25	1
TTAATAAAAATGTTTTTTATTGCTTTTTAAGTATTTAAC	1	38	0
TACGTTTAATTATGTTTGAATTTGTTTTATATAAACTTT	7	17	1
          ATTTTATAATTCTTTTTTATAAGGTAAGT	2	0	1
TTTTACTTCATTTTTTTAATTTTGTTTTAAAATTTTATT	6	17	1
TATCACCAAAAATAAATTACAGTCTTTTAATATAAAATT	1	105	0
GATTGTAAAAAATATATCAAAATATTTAAGTATTCAATA	6	60	1
TGTTTTAAAATTTTATTGAAAGATTGTAAAAAATATATC	6	39	1
TTTTATATAAACTTTATCATAAAATTTAATATGTATATT	7	41	1
ATCAATTAGATTTTCAAAACTACATATTAAAAAATTAAA	7	95	1
TAAAACTGTTTATCCAATAGTAATTGTAAATAACCTTAT	0	213	1
TTGCTTTTTAAGTATTTAACTAAATCTAATTAATATAAA	1	19	0
AAACAGATAATTTCATAAACAGAATTTTATATTAAAAGA	1	83	1
          AATTATTAAGATTTTTATAGTTTTGATTA	3	0	1
          * *  ** * *   * ***
MAP Score: 22.5838

Motif 4
AGGTGTTTTCTTTTTTTATCTTTTATATTTATTAAT	0	132	1
TTTTATATTTATTAATTTAAATTAATAGATTAAATT	0	152	1
GATAAACAGTTTTATATAATTTTTGATTTTTTGCAG	0	191	0
AAATTGATATATATATTTACATTATAAGGTTATTTA	0	239	0
CATCCTAAAAATTATTTTTTCTTATAAGAAAAATTG	0	269	0
AATAAAAATGTTTTTTATTGCTTTTTAAGTATTTAA	1	39	0
ATTCTTTTTTATAAGGTAAGTTTTGATAATACATTA	2	18	1
ATACATTATATTTTCTCAACATTAAAATGTCTTCAT	2	46	1
AATTATTAAGATTTTTATAGTTTTGATTAAACCTTT	3	10	1
TAATCCAACTTTTTAAAAAGGTTTAATCAAAACTAT	3	26	0
ATTAGAATTCTTATTTCTAATTTTTATTTTATATGG	4	10	1
CTAATTTTTATTTTATATGGTTTTTAT         	4	26	1
ACTTCATTTTTTTAATTTTGTTTTAAAATTTTATTG	6	21	1
TTTGATATATTTTTTACAATCTTTCAATAAAATTTT	6	45	0
TGTAAAAAATATATCAAAATATTTAAGTATTCAATA	6	63	1
TATTTAAGTATTCAATAAAAGTTAAAGAGTGAGATT	6	82	1
ATTTTTTACGTTTAATTATGTTTGAATTTGTTTTAT	7	11	1
TATATAAACTTTATCATAAAATTTAATATGTATATT	7	44	1
ATTTAATATGTATATTAAAAATTTTAATAATATCAA	7	64	1
TTTAATTTTTTAATATGTAGTTTTGAAAATCTAATT	7	98	0
TTAAATTTGATTATTATTTAATTTTTTAATATGTAG	7	114	0
          TTAATTTTAAATTTGATTATTATTTA	7	130	0
TAAAATACTTTTTATAAAATATTTTAACTATTATTA	8	27	1
          ** * * **  *** *
MAP Score: 4.0894

Motif 5
TAGATACATCTTTTTTTAGAAATAAATTTCATCTAAGAG	0	95	1
CTAAGAGGTGTTTTCTTTTTTTATCTTTTATATTTATTA	0	127	1
TTATCTTTTATATTTATTAATTTAAATTAATAGATTAAA	0	147	1
ATAATTTTTGATTTTTTGCAGAATAATTTAATCTATTAA	0	173	0
GTAAATAACCTTATAATGTAAATATATATATCAATTTTT	0	238	1
AAAAATTATTTTTTCTTATAAGAAAAATTGATATATATA	0	260	0
AAAACAGATAATTTCATAAACAGAATTTTATATTAAAAG	1	82	1
ATAAGGTAAGTTTTGATAATACATTATATTTTCTCAACA	2	28	1
ATTTTTATAGTTTTGATTAAACCTTTTTAAAAAGTTGGA	3	20	1
TTTAATAACAATTTCCTTAATCCAACTTTTTAAAAAGGT	3	40	0
TTATTTCTAATTTTTATTTTATATGGTTTTTAT      	4	20	1
ATTTTACTTCATTTTTTTAATTTTGTTTTAAAATTTTAT	6	16	1
TGTTTTAAAATTTTATTGAAAGATTGTAAAAAATATATC	6	39	1
TTTAACTTTTATTGAATACTTAAATATTTTGATATATTT	6	69	0
TTACGTTTAATTATGTTTGAATTTGTTTTATATAAACTT	7	16	1
TTATTAAAATTTTTAATATACATATTAAATTTTATGATA	7	55	0
AAAAATTTTAATAATATCAATTAGATTTTCAAAACTACA	7	80	1
TTATTATTTAATTTTTTAATATGTAGTTTTGAAAATCTA	7	101	0
    TTAATTTTAAATTTGATTATTATTTAATTTTTTAA	7	121	0
ATTAAAATACTTTTTATAAAATATTTTAACTATTATTAT	8	25	1
          ****  *  *   *  ***
MAP Score: 0.817406