AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons029_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944241170 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0121 300 SN-glycerol-3-phosphate transport ATP-binding protein (ugpC) #1 MJ0200 136 hydrogenase expression/formation protein (hypC) #2 MJ0201 56 lipoprotein B (lppB) #3 MJ0210 86 succinyl-CoA synthetase, beta subunit #4 MJ0210.1 43 M. jannaschii predicted coding region MJ0210.1 #5 MJ0212 126 conserved hypothetical protein #6 MJ0213 114 M. jannaschii predicted coding region MJ0213 #7 MJ0214 89 hydrogenase expression/formation protein (hypA) #8 MJ0443 43 conserved hypothetical protein #9 MJ0444 265 conserved hypothetical protein #10 MJ0445 300 translation initiation factor aIF-1A #11 MJ0676 108 hydrogenase expression/formation protein (hypE) #12 MJ0677 69 ethylene-inducible protein #13 MJ0678 62 conserved hypothetical protein #14 MJ0679 39 transketolase'' #15 MJ0680 23 pentose-5-phosphate-3-epimerase #16 MJ0681 156 transketolase' #17 MJ0682 26 conserved hypothetical protein #18 MJ0683 29 conserved hypothetical protein #19 MJ0684 68 aspartate aminotransferase (aspB2) #20 MJ0713 146 hydrogenase expression regulatory protein (hypF) #21 MJ0995 57 VAR1 protein isolog Motif 1 TGTAAATATATATATCAATTTTTCTTATAAGAAAAAA 0 254 1 ATATAAACTTTATCATAAAATTTAATATGTATATTAA 20 45 1 TTAATATGTATATTAAAAATTTTAATAATATCAATTA 20 66 1 TTCATCGGATTTTAAAAAAGTTTCATTAAAAGTTAAT 5 31 0 TGTTTGTTGATATTAATAGTTTTGTTATCCTATCAAA 10 235 0 TTTATCACCTTTTTTTTATTTTTAATATTTTTATTTT 10 273 0 AGGTGTTTTCTTTTTTTATCTTTTATATTTATTAATT 0 132 1 TTTTTAATTTTGTTTTAAAATTTTATTGAAAGATTGT 11 29 1 TACTTAAATATTTTGATATATTTTTTACAATCTTTCA 11 55 0 TTCTTTTTTATAAGGTAAGTTTTGATAATACATTATA 6 19 1 TATAAATTTATCACCAAATTTTTTATATGATAATTTT 3 16 1 ATTATTAAGATTTTTATAGTTTTGATTAAACCTTTTT 7 11 1 TTAGAATTCTTATTTCTAATTTTTATTTTATATGGTT 8 11 1 TTTTAGTATTAATAAAAATGTTTTTTATTGCTTTTTA 1 48 0 TTATAATAATAGTTAAAATATTTTATAAAAAGTATTT 21 29 0 AAAACACTCAATTTTGAAATTTTGATAGGATAACAAA 10 215 1 TATTCTATTTTCAAATAAACTTTTATTGTTGGGATT 13 36 1 ATAAACAGTTTTATATAATTTTTGATTTTTTGCAGAA 0 189 0 ATTTTATAATTCTTTTTTATAAGGTAAGT 6 2 1 ATTTGATTATTATTTAATTTTTTAATATGTAGTTTTG 20 109 0 TTTTATATTATTTCCCATAATTTTTTAAT 4 24 1 ATTGTTTAAGAGTTTGAAGATTTATTTATAACTTATC 2 17 0 GAAATTTAAATAACACTAAATTTTATTGTCAATCAAC 10 12 1 TTAATTTTAAATTTGATTATTATTTAAT 20 128 0 ATAGACACAAAAATCTAAGGTTTATTAAATAGGACTT 10 92 1 CCAATATTCAATAGAAAAGATTTATTACTGCGTAAGA 10 172 1 GATTTTTTGTTTTTGCTTTTTTTATTAATTCATTGAG 16 91 1 TTTAATTATGTTTGAATTTGTTTTATATAAACTTTAT 20 21 1 AAAATAATTAATTTATTATTTTTGTTT 14 0 0 AATTTTTTACGTTTAATTATGTTTGAAT 20 1 1 AATCTCACTCTTTAACTTTTATTGAATACTTAA 11 85 0 AGAATAATAATTTTATTTTATTTATTTTATTT 13 5 0 ATTTGAATTTTACTTCATTTTTTTAATTTTGTTT 11 7 1 TTCATTGAGTAATGATATTATTTTTTAAATCTTAAAA 16 119 1 CTATCACCTTAAATGATAAATTTCTTTTTAATGCAAA 3 58 0 TTCCAAGGGTAGATACATCTTTTTTTAGAAATAAATT 0 86 1 TTAATACTAAAAACAGATAATTTCATAAACAGAATTT 1 73 1 TCCCATCCTAAAAATTATTTTTTCTTATAAGAAAAAT 0 271 0 CAAAATAATTTTTATTTTATATTATTTCCCA 4 4 1 * * ** *** *** MAP Score: 53.9379 Motif 2 AATTTATTTCTAAAAAAAGATGTATCTACCCTT 0 90 0 ATATAAAAGATAAAAAAAGAAAACACCTCTTAG 0 127 0 AATTTAAATTAATAAATATAAAAGATAAAAAAA 0 142 0 ATATTTATTAATTTAAATTAATAGATTAAATTA 0 156 1 AAATTAATAGATTAAATTATTCTGCAAAAAATC 0 170 1 AAACAGTTTTATATAATTTTTGATTTTTTGCAG 0 191 0 TTCTTATAAGAAAAAATAATTTTTAGGATGGGA 0 275 1 GTGCAGTTTATATTAATTAGATTTAGTTAAATA 1 13 1 CTTAAAAAGCAATAAAAAACATTTTTATTAATA 1 46 1 AAAACATTTTTATTAATACTAAAAACAGATAAT 1 61 1 AGTCTTTTAATATAAAATTCTGTTTATGAAATT 1 91 0 TATCACCAAAAATAAATTACAGTCTTTTAATAT 1 111 0 TAAGATAAGTTATAAATAAATCTTCAAACTCTT 2 14 1 TAAACCTATAAATTTATCACCAAATTTTT 3 6 1 TAAAATTATCATATAAAAAATTTGGTGATAAAT 3 21 0 AAAATTTTGCATTAAAAAGAAATTTATCATTTA 3 53 1 TAATATAAAATAAAAATTATTTTG 4 1 0 ATTAAAAAATTATGGGAAATAAT 4 30 0 TTCATCGGATTTTAAAAAAGTTTCATTAAAAGT 5 35 0 CGATGAAAGGTTTAAATAGATGATGAAATTATT 5 61 1 AACTTACCTTATAAAAAAGAATTATAAAAT 6 7 0 TAATCAAAACTATAAAAATCTTAATAATT 7 6 0 AATCCAACTTTTTAAAAAGGTTTAATCAAAACT 7 28 0 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CTTATAATAATAGTTAAAATATTT 21 43 0 ******** * * MAP Score: 14.8986 Motif 3 AGTTTTATATAATTTTTGATTTTTTGCAGAA 0 189 0 TATTTACATTATAAGGTTATTTACAATTACT 0 231 0 TGTAATTTATTTTTGGTGATAAA 1 123 1 CATATAAAAAATTTGGTGATAAATTTATAGG 3 14 0 AATTTATCATTTAAGGTGATAGG 3 73 1 CAAAATAATTTTTATTTTATATTATT 4 5 1 CCTCATATTGTGATATATCCTATTA 5 4 1 TTTATAAGGTAAGTTTTGATAATACATTATA 6 25 1 CATAAATCTCAAAAGGTGTTGAT 6 101 1 TGGATTAAGGAAATTGTTATTAAAGGGCTAA 7 55 1 TTCTTATTTCTAATTTTTATTTTATATGGTT 8 17 1 CACTATATATATGTGTTGATTGACAATAAAA 10 32 0 AAAAATAAAAAAAAGGTGATAAA 10 287 1 GAATACTTAAATATTTTGATATATTTTTTAC 11 64 0 TCCCAACAATAAAAGTTTATTTGAAAATAGA 13 39 0 AATTTTATTTTTTGGTGATTTAA 15 9 1 AAAAACACATTAATGGTGATGCATA 17 11 1 TAATTCCTTTTAGTGTTTATAAATGGTGATG 19 45 1 TAGTGTTTATAAATGGTGATGTC 19 55 1 AATTTTATGATAAAGTTTATATAAAACAAAT 20 36 0 ATATACATATTAAATTTTATGATAAAGTTTA 20 48 0 TTAATTTTAAATTTGATTATTATTTAAT 20 128 0 GACATTAAAATACTTTTTATAAAATATTTTA 21 22 1 ** ******** MAP Score: 5.08207 Motif 4 AATTTAAATTAATAGATTAAATTATTCTGCAAAAAATCAAAA 0 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* * MAP Score: 0.938384