AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons030_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241181
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0310	39	conserved hypothetical protein
#1	MJ0311	243	M. jannaschii predicted coding region MJ0311
#2	MJ0446	300	conserved hypothetical protein
#3	MJ0714	146	conserved hypothetical protein
#4	MJ0715	41	H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein (hmd)
#5	MJ0784	275	H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenease (hmd)
#6	MJ0787	149	conserved hypothetical protein
#7	MJ1337	238	M. jannaschii predicted coding region MJ1337
#8	MJ1338	76	H(2)-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase related protein
#9	MJ1339	31	protein with ATP/GTP-binding site
#10	MJ1340	71	conserved hypothetical protein

Motif 1
CAGAATTCAATATTATATAAATTTAGTAGAAAGT	1	17	0
TAAAATTTAGTGTTATTTAAATTTCTTCAATATT	2	272	1
TTTGAATTTGTTTTATATAAACTTTATCATAAAA	3	101	0
TTATGTTTGGTAATATATAAAATTATCTATTTGG	5	203	0
TAAATTTGATTATTATTTAATTTTTTAATATGTA	3	17	1
ACCATAATGCTCTTATATATAATTCTATATATAC	1	143	1
TATGCGTTTTTGCTATATATAATTTTTTAAATTT	10	15	0
ATCTAATTGATATTATTAAAATTTTTAATATACA	3	60	1
AGTTTTGTTATCCTATCAAAATTTCAAAATTGAG	2	54	1
GGAAATTCCTTGTTATTTATTATTTTATCTCCTT	7	191	0
ATAAATACTTTATTATTTATTTTTCTTATTATTA	8	29	0
TTGTGTTTGTTGATATTAATAGTTTTGTTATCCT	2	34	1
CTGATGATTATTATATAAATACTTTATTATTTAT	8	43	0
TAAATAATAATCAAATTTAAAATTAA        	3	2	0
AATAAATCTTTTCTATTGAATATTGGTGCCTTTG	2	111	1
     ACTTATAATATTTTATTTTTAGGGGAGAT	9	5	1
TTTTTATTTTTAATATTTTTATTTTGTGTTTGTT	2	11	1
TTCTTTTAGCCTATATTTAATTTTTGATATTGGC	5	112	1
GTATTATCAATGATATTATATTTTTTAATAGCCA	5	142	0
GAGACTTTCATATAATAAATACTTTGTTGTTACG	1	195	0
TTTAATTTTTTAATATGTAGTTTTGAAAATCTAA	3	32	1
TTGGTGCCTTTGGTATCTAAATTCCAAATGTCCA	2	133	1
TCATAAAATTTAATATGTATATTAAAAATTTTAA	3	75	0
          *  *** **** **
MAP Score: 34.9519

Motif 2
TATTCACAATTTATTAAGGAATGGATATAAAAGCCCCT	5	23	1
TAAGTCCTATTTAATAAACCTTAGATTTTTGTGTCTAT	2	179	1
   TTTTTTATTTTTAATATTTTTATTTTGTGTTTGTT	2	7	1
TATAATATCATTGATAATACTTATTTATGGCTATTTAC	5	156	1
TGATCAACCTTTCTTAAAAGGTTGTTATAAATAAATTG	6	111	1
ATTATTTAATTTTTTAATATGTAGTTTTGAAAATCTAA	3	28	1
TTTTTTACGTTTAATTATGTTTGAATTTGTTTTATATA	3	116	0
TTTAGTGTTATTTAAATTTCTTCAATATTAAAG     	2	277	1
ATTGTTATGTTTGGTAATATATAAAATTATCTATTTGG	5	203	0
GCTATAATCATTAGTAATCCCTACAATTTATTCATTTT	7	100	0
AGAAAAATAAATAATAAAGTATTTATATAATAATCATC	8	37	1
CATAATGCTCTTATATATAATTCTATATATACTCCTAT	1	145	1
GACTATGGATTTCTTTTAGCCTATATTTAATTTTTGAT	5	102	1
ATTAATAGTTTTGTTATCCTATCAAAATTTCAAAATTG	2	48	1
     TTAATTTTAAATTTGATTATTATTTAATTTTTT	3	5	1
TTATGATGGTTTTCAAAATGTTAAAATTCTTAATGCTC	1	55	1
TTCTACTAAATTTATATAATATTGAATTCTGAAATTTA	1	20	1
AGCTAAGGAGTTAGTTAATACTCAAAATGAATAAATTG	7	77	1
   CAAATAAATTTAAAAAATTATATATAGCAAAAACG	10	7	1
        ACTTATAATATTTTATTTTTAGGGGAGATT	9	2	1
CCCATTTTTATTTCTTTCCATTTTTTATTTCAAC    	0	6	0
AAAAATTTTAATAATATCAATTAGATTTTCAAAACTAC	3	48	0
CCCTTGGTTTTTATAAATGCCTTTTAATACAGAACTTT	5	57	1
      ATAAATTCTAATCCTTCAAAATTTACAATGAG	4	4	1
TTATGGTGATTTCTAAAAAAATATTATTTGTGGTATTT	1	112	0
GCAGTAATAAATCTTTTCTATTGAATATTGGTGCCTTT	2	106	1
CTTGTTATTTATTATTTTATCTCCTTTTAAAATGGGTT	7	179	0
          **  ***    *  ****
MAP Score: 20.6244

Motif 3
ATCCCATTTTTATTTCTTTCCATTTTTTATTTCAAC     	0	5	0
AACTTTCTACTAAATTTATATAATATTGAATTCTGAAATTT	1	16	1
TGAATTCTGAAATTTATGATGGTTTTCAAAATGTTAAAATT	1	42	1
ATTTGTGGTATTTATATACCCCCTATACATAGGAGCATTAA	1	84	0
       TTTTTTATTTTTAATATTTTTATTTTGTGTTTGT	2	3	1
TATTTTTATTTTGTGTTTGTTGATATTAATAGTTTTGTTAT	2	24	1
AATAGTTTTGTTATCCTATCAAAATTTCAAAATTGAGTGTT	2	51	1
CTTACGCAGTAATAAATCTTTTCTATTGAATATTGGTGCCT	2	101	1
ACTTAAGCACTTTATATTGGACATTTGGAATTTAGATACCA	2	143	0
GTCTATGGGTTTGTAATATCTACTTTATATACTCTCACTAT	2	211	1
TGATTGACAATAAAATTTAGTGTTATTTAAATTTCTTCAAT	2	262	1
TTAAAAAATTAAATAATAATCAAATTTAAAATTAA      	3	4	0
TTATTTAATTTTTTAATATGTAGTTTTGAAAATCTAATTGA	3	29	1
AGTTTTGAAAATCTAATTGATATTATTAAAATTTTTAATAT	3	50	1
TTATCATAAAATTTAATATGTATATTAAAAATTTTAATAAT	3	71	0
ATATTAAATTTTATGATAAAGTTTATATAAAACAAATTCAA	3	93	1
  ATAAATTCTAATCCTTCAAAATTTACAATGAGGGATTTG	4	8	1
ATTCCTTAATAAATTGTGAATAGTTTTGAAAATGA      	5	4	0
GCCCCTTGGTTTTTATAAATGCCTTTTAATACAGAACTTTT	5	55	1
GACTATGGATTTCTTTTAGCCTATATTTAATTTTTGATATT	5	102	1
ATATTATATTTTTTAATAGCCAATATCAAAAATTAAATATA	5	123	0
TTATGTTTGGTAATATATAAAATTATCTATTTGGTTCTAAG	5	196	0
CAATAAAAGGTTTAGATTTAACTATTGGAAAACCCATTTTA	7	149	1
TTGTTATTTATTATTTTATCTCCTTTTAAAATGGGTTTTCC	7	175	0
GTGAATAGCATAATAATAAGAAAAATAAATAATAAAGTATT	8	19	1
   TTAGAGTTTCTGATGATTATTATATAAATACTTTATTA	8	48	0
       CAAATAAATTTAAAAAATTATATATAGCAAAAAC	10	3	1
ATTTTCACCCTTATACTCTGGCTTATGTAAATTATGCGTTT	10	40	0
          ** *  *      ***  ***
MAP Score: 16.8961

Motif 4
GAATTCAATATTATATAAATTTAGTAGAAAGT	1	17	0
TTTATGATGGTTTTCAAAATGTTAAAATTCTT	1	54	1
TAATGCTCTTATATATAATTCTATATATACTC	1	147	1
          TTTTTTATTTTTAATATTTTTA	2	0	1
GTGTTTGTTGATATTAATAGTTTTGTTATCCT	2	36	1
AAACACTCAATTTTGAAATTTTGATAGGATAA	2	61	0
TGTCTATGGGTTTGTAATATCTACTTTATATA	2	210	1
AAATTTAGTGTTATTTAAATTTCTTCAATATT	2	274	1
TAATAATCAAATTTAAAATTAA          	3	0	0
AATTTGATTATTATTTAATTTTTTAATATGTA	3	19	1
TAATATGTAGTTTTGAAAATCTAATTGATATT	3	42	1
ATATTAAAAATTTTAATAATATCAATTAGATT	3	59	0
ATTATTAAAATTTTTAATATACATATTAAATT	3	71	1
TTTAATATACATATTAAATTTTATGATAAAGT	3	83	1
TTTGAATTTGTTTTATATAAACTTTATCATAA	3	103	0
CAAATCCCTCATTGTAAATTTTGAAGGATTAG	4	17	0
TTGTGAATAGTTTTGAAAATGA          	5	0	0
GCCCCTTGGTTTTTATAAATGCCTTTTAATAC	5	55	1
ATCCATAGTCATTTTAAAAAGTTCTGTATTAA	5	80	0
CTTTTAGCCTATATTTAATTTTTGATATTGGC	5	114	1
TGATATTATATTTTTTAATAGCCAATATCAAA	5	134	0
ATATAATATCATTGATAATACTTATTTATGGC	5	155	1
TTAGAACCAAATAGATAATTTTATATATTACC	5	197	1
TGTGAGTGACTTTGGTAATATTATTGTTATGT	5	231	0
CTCTCACCTTTTTGTTAATATTGTGAGTGACT	5	252	0
TAAAAGGTTGTTATAAATAAATTGAGGGATTT	6	125	1
GGGTTTTCCAATAGTTAAATCTAAACCTTTTA	7	152	0
TCCTTGTTATTTATTATTTTATCTCCTTTTAA	7	187	0
CTCCATAGAAATAGGAAATTCCTTGTTATTTA	7	206	0
TATTATTTATTTTTCTTATTATTATGCTATTC	8	21	0
CTGATGATTATTATATAAATACTTTATTATTT	8	45	0
        ACTTATAATATTTTATTTTTAGGG	9	2	1
ATATATAATTTTTTAAATTTATTTG       	10	3	0
ATTATGCGTTTTTGCTATATATAATTTTTTAA	10	19	0
ATACTCTGGCTTATGTAAATTATGCGTTTTTG	10	37	0
          **** ***** *
MAP Score: 6.91782