AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons030_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241199
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0310	39	conserved hypothetical protein
#1	MJ0311	243	M. jannaschii predicted coding region MJ0311
#2	MJ0312	300	M. jannaschii predicted coding region MJ0312
#3	MJ0446	300	conserved hypothetical protein
#4	MJ0714	146	conserved hypothetical protein
#5	MJ0715	41	H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein (hmd)
#6	MJ0783	140	conserved hypothetical protein
#7	MJ0784	275	H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenease (hmd)
#8	MJ0785	221	biotin synthetase, putative (bioB)
#9	MJ0786	62	M. jannaschii predicted coding region MJ0786
#10	MJ0787	149	conserved hypothetical protein
#11	MJ1335	214	phosphoheptose isomerase (gmhA)
#12	MJ1336	67	M. jannaschii predicted coding region MJ1336
#13	MJ1337	238	M. jannaschii predicted coding region MJ1337
#14	MJ1338	76	H(2)-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase related protein
#15	MJ1339	31	protein with ATP/GTP-binding site
#16	MJ1340	71	conserved hypothetical protein

Motif 1
TACATATTAAAAAATTAAATAATAATCAAATT	4	19	0
TAATAATAAGAAAAATAAATAATAAAGTATTT	14	29	1
TTATCTTATAAAAAATAAAAAATTAGAAATTA	8	57	0
TAAAAATATTAAAAATAAAAAA          	3	0	0
GCCAATATCAAAAATTAAATATAGGCTAAAAG	7	114	0
AAAGTTTTCGAAAACTATATATAGTAGTTATG	6	45	0
ATAAATTTAAAAAATTATATATAGCAAAAACG	16	13	1
TTAGATTTTCAAAACTACATATTAAAAAATTA	4	34	0
AAGATATCGAAAAAATACAAATTTTTATAAAA	2	98	0
TTATCCTATCAAAATTTCAAAATTGAGTGTTT	3	61	1
GAAGATGAGGAAAAGTTAAAAAAAGCTATTGA	11	150	1
ATAGTTTTCGAAAACTTTATATATATGTGGAT	6	59	1
GGAAAAACCAAAAATTTTATATAGTCGATTAT	2	198	1
ACTTTATCATAAAATTTAATATGTATATTAAA	4	83	0
ACTTTCTACTAAATTTATATAATATTGAATTC	1	17	1
AATATTGAAGAAATTTAAATAACACTAAATTT	3	274	0
AAATACATTTAAATATATAAAACTGAAGTGAA	6	115	1
TAATGCAAAATAAAATATAAAAGT        	8	207	1
TGTATATTAAAAATTTTAATAATATCAATTAG	4	62	0
TTTTTTGCAAAAAAATACATTAAAAATATTAA	8	143	1
TGAGAGTATATAAAGTAGATATTACAAACCCA	3	216	0
TAAAGTCAGAAAATATTAAAAATTATTATTAA	8	172	1
TTGGCTATTAAAAAATATAATATCATTGATAA	7	141	1
TATAAAAGTAAAAACTATAATACATTCATATA	2	35	1
AATCTCCCCTAAAAATAAAATATTATAAGT  	15	8	0
ATGGTTTTCAAAATGTTAAAATTCTTAATGCT	1	60	1
AAGGAGATAAAATAATAAATAACAAGGAATTT	13	191	1
CTACTATATTAATACTATATAATTGTAACATA	11	44	0
TTTTTTCTATAAAAATTCATTAAAAAATTTAC	8	96	1
AATTTTATGATAAAGTTTATATAAAACAAATT	4	99	1
CAAAAACGCATAATTTACATAAGCCAGAGTAT	16	37	1
AAGGGATAGGTAAAATTTAAATCAAAATAAAT	8	13	1
TTATGTTTGGTAATATATAAAATTATCTATTT	7	205	0
       ATTAAAATTTTATTTCCATTTTTTA	11	199	0
CAACTTGTTCAATATTTTATAAAAATTTGTAT	2	84	1
TACATTCATATAATATATAAATGTAAATCCAA	2	55	1
TATTTTGCATTAATATTAATAATAATTTTTAA	8	187	0
AATAATAATCAAATTTAAAATTAA        	4	2	0
GTATATATAGAATTATATATAAGAGCATTATG	1	145	0
TCCCTTTAGTAAATTTTTATTAAATTAATTTA	11	14	1
GAAATTAAGTTAAATTACAATTTATTTTGATT	8	32	0
          **** ** ****
MAP Score: 54.0679

Motif 2
ATTTCTTTCCATTTTTTATTTCAAC     	0	5	0
TTAATTTCTAATTTTTTATTTTTTATAAGA	8	56	1
    ACTTTTATATTTTATTTTGCATTAAT	8	205	0
   ACTTATAATATTTTATTTTTAGGGGAG	15	7	1
CCCTTTAGTAAATTTTTATTAAATTAATTT	11	15	1
      ATTAAAATTTTATTTCCATTTTTT	11	200	0
AAATAACACTAAATTTTATTGTCAATCAAC	3	260	0
TTATTATTTAATTTTTTAATATGTAGTTTT	4	26	1
ATGATATTATATTTTTTAATAGCCAATATC	7	137	0
TTTCCTGTAAATTTTTTAATGAATTTTTAT	8	104	0
TTTTATTTCCATTTTTTAATGCATTATATA	11	187	0
ATTCCTTGTTATTTATTATTTTATCTCCTT	13	191	0
CTTTTAGCCTATATTTAATTTTTGATATTG	7	114	1
ATATTATTAAAATTTTTAATATACATATTA	4	69	1
TATTAATAATAATTTTTAATATTTTCTGAC	8	176	0
AACTTGTTCAATATTTTATAAAAATTTGTA	2	85	1
ATTTCTAAAAAAATATTATTTGTGGTATTT	1	112	0
TCAGTTTTATATATTTAAATGTATTTTCAT	6	111	0
TAATGCTCTTATATATAATTCTATATATAC	1	147	1
CGTTTTTGCTATATATAATTTTTTAAATTT	16	15	0
TTTTTTAATGAATTTTTATAGAAAAAATGA	8	93	0
GAAAAACCAAAAATTTTATATAGTCGATTA	2	199	1
    TTTTTTATTTTTAATATTTTTATTTT	3	6	1
ACAACAAAGTATTTATTATATGAAAGTCTC	1	199	1
        TTAATTTTAAATTTGATTATTA	4	2	1
ATTTACATTTATATATTATATGAATGTATT	2	53	0
GGGATAGGTAAAATTTAAATCAAAATAAAT	8	15	1
AATATTGAAGAAATTTAAATAACACTAAAT	3	276	0
GGGGGGGNGGAATTTTTTTTATAGGATAAT	2	135	0
  ACTATCCCATTTTTATTTCTTTCCATTT	0	21	0
ATACTTTATTATTTATTTTTCTTATTATTA	14	29	0
CTTTATCATAAAATTTAATATGTATATTAA	4	84	0
          **********
MAP Score: 36.6462

Motif 3
CAACTTTCTACTAAATTTATATAATATTGAATT	1	15	1
GCTCTTATATATAATTCTATATATACTCCTATA	1	151	1
GTTTTAAACATGTATTTTATAAAAGTAAAAACT	2	18	1
AATACATTCATATAATATATAAATGTAAATCCA	2	53	1
CAACTTGTTCAATATTTTATAAAAATTTGTATT	2	84	1
GGAAAAACCAAAAATTTTATATAGTCGATTATA	2	198	1
ATTATATTAACTCATATTATTAACAAACTATAC	2	225	1
ATAGGACTTTCACAGTTTATATATTAAGTGTTT	2	275	1
GTTTGTAATATCTACTTTATATACTCTCACTAT	3	219	1
TTTATATACTCTCACTATATATATGTGTTGATT	3	234	1
GAAAATCTAATTGATATTATTAAAATTTTTAAT	4	56	1
AAATTTAATATGTATATTAAAAATTTTAATAAT	4	71	0
AATTTTATGATAAAGTTTATATAAAACAAATTC	4	99	1
TTTATTCATAACTACTATATATAGTTTTCGAAA	6	39	1
ATAGTTTTCGAAAACTTTATATATATGTGGATT	6	59	1
GAAAATACATTTAAATATATAAAACTGAAGTGA	6	113	1
CAAAACTATTCACAATTTATTAAGGAATGGATA	7	17	1
AACCAAATAGATAATTTTATATATTACCAAACA	7	201	1
TTTGCAAAAAAATACATTAAAAATATTAAAGTC	8	146	1
ATATTAAAGTCAGAAAATATTAAAAATTATTAT	8	168	1
TTATTTTGCATTAATATTAATAATAATTTTTAA	8	187	0
TCCCTTTAGTAAATTTTTATTAAATTAATTTAT	11	14	1
TTATATAAATACTTTATTATTTATTTTTCTTAT	14	34	0
       CAAATAAATTTAAAAAATTATATATA	16	3	1
          *  * ********
MAP Score: 5.81781