AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons031_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241215
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0033	254	succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit (sdhA)
#1	MJ0085	134	iron transport periplasmic binding protein, putative (ceuE)
#2	MJ0086	36	unspecified methyltransferase
#3	MJ0087	23	hemin permease (hemU)
#4	MJ0090	80	collagenase (prtC)
#5	MJ0091	95	Na+/Ca+ exchanger protein, putative
#6	MJ0406	154	ribokinase (rbsK)
#7	MJ0493	119	nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase (nadC)
#8	MJ0743	48	heterodisulfide reductase, subunit B1 (hdrB1)
#9	MJ0744	218	heterodisulfide reductase, subunit C (hdrC)
#10	MJ0863	70	heterodisulfide reductase, subunit B2 (hdrB2)
#11	MJ0864	160	heterodisulfide reductase, subunit C2 (hdrC2)

Motif 1
CTTTTTTCTATTTTTTATATAATTTTTATGAATAT	1	10	1
TATTACAATATTTTAAATGTAAAGTTCGATAATCG	9	103	0
TATTGTTTAATTTTAATTCTAATTTTATTGGAT  	10	8	0
TTAGAAATTTTTTTAAATTTTAAATTATATTTGAA	4	55	0
TAGGATTATTTTTTTCATCAAAGCTATTTTGATTT	0	181	1
TTCTTGTTCTTTTTTTATTTATACTATGCCAATTT	0	139	1
TAAAGTTTGTTTTTGAATATATTCTGCAATAATAT	5	49	0
AACAAAAATTTTTAATATCTAATATATATTTTTCG	1	80	0
ATAAATAAATTTTAAAATTTAATTTAAAGAGAAAT	11	45	0
AACAAAAGTTTTTATTATTTAAGTTTTATTAAATT	7	61	1
TTATTTTTATTTTTGGTTTTTATTTC         	8	1	0
    ACAAAATTTTCTTTCTATTTTCGGAGGAAAT	9	6	1
CTATATATCGTTTTCCATTATACTTTATTACAATA	9	128	0
          TTTTTAATTTTTTATAATTTTTATT	2	0	1
CTACACATATTTTTTAACAAAAGTTTTTATTATTT	7	46	1
CAATTCCCATTTTATTATTTTACTTAAATACTACA	9	65	1
GTTATTGCTATTTTATACTTCAAATATAATTTAAA	4	37	1
CCCCCTCATGTTTTTAATTTCTCTTTAAATTAAAT	11	29	1
GATTTATAAGTTTTAAATATCTGATGAGGGTATCC	0	211	1
AGGAAATATCTTTTTCTCATTATTTCTTTTTCAAT	9	34	1
ATTATTAAGTTTTTAATTTTTTAATTTAATAAAAC	7	83	0
TATTAAAAATTTTTGTTCATATCATATAGCCTAAA	1	98	1
TTTTGTCATTTTTATGTTTTTATTTGAAACTATAT	9	157	0
GTTCAATAATTTTAACTTTAAAGTTACTCTATATA	6	30	1
        TCTTTTTTATATAATGAGGTCATATTG	4	2	1
        TTTTTATCACCAAAAATAGGATACCCT	0	237	0
ATTTAGAAATTTTTATACTACACATATTTTTTAAC	7	29	1
TATTGATGTATTTTTAACGATTATTTTTGATAAAC	1	42	1
GAGGGGGTTATTTTATTTAACTTCTT         	11	1	0
TAAGGTAGGGTTTTGGTTATATATATAGTTAGAAA	11	120	0
AACACCTTTCTTTACTTTTATTTTTATTTTTGGTT	8	18	0
          ****  ** ***  *
MAP Score: 43.9074

Motif 2
TTATTAAAAATATTACTATTTTCTTGTTCTTTTTTTATTTA	0	119	1
TTTACTTTTATTTTTATTTTTGGTTTTTATTTC        	8	2	0
TCATTATTTCTTTTTCAATTCCCATTTTATTATTTTACTTA	9	50	1
TTGGGACTATTTTTGTCATTTTTATGTTTTTATTTGAAACT	9	161	0
AAAATCTTATTATTTCCTTTAATTTTTTATTGTTTAATTTT	10	29	0
TAACAAAAGTTTTTATTATTTAAGTTTTATTAAATTAAAAA	7	60	1
         TTTTTAATTTTTTATAATTTTTATTTTGGTGA	2	1	1
TATCCCCCATTATTAAGTTTTTAATTTTTTAATTTAATAAA	7	85	0
GTTATTGCTATTTTATACTTCAAATATAATTTAAAATTTAA	4	37	1
       CTTTTTTCTATTTTTTATATAATTTTTATGAATA	1	3	1
TCATCAAAGCTATTTTGATTTATAAGTTTTAAATATCTGAT	0	195	1
AAACTTCGAATGTTAGTATTAGACACTTGTAAAATACCTCA	11	82	0
ATAAATAGTGTGTTGTATTTAGAAATTTTTATACTACACAT	7	13	1
ACTATGCCAATTTTTTCATTTAGGATTATTTTTTTCATCAA	0	161	1
        ACTATCACATTTTTTGAATTATT          	3	0	0
ATGTTCAATTTATTCAAATCATTAAGTTATTCTTAAAAATT	6	123	1
CTGAAAATTTTGCTTAAGTTTAAATATTATTGCAGAATATA	5	26	1
TTTATTGTTTAATTTTAATTCTAATTTTATTGGAT      	10	4	0
TTTCTCTTTAAATTAAATTTTAAAATTTATTTATAATGAGG	11	46	1
GATTATCGAACTTTACATTTAAAATATTGTAATAAAGTATA	9	104	1
ATATAATTTTTATGAATATTGATGTATTTTTAACGATTATT	1	26	1
          * **    **    * ** **
MAP Score: 40.5056

Motif 3
CAATATTCATAAAAATTATATAAAAAATAGAAA	1	14	0
TCACCAAAATAAAAATTATAAAAAATTAAAAA 	2	9	0
TAGTATAAATAAAAAAAGAACAAGAAAATAGTA	0	132	0
TTATTAAATTAAAAAATTAAAAACTTAATAATG	7	86	1
AATATAATTTAAAATTTAAAAAAATTTCTAA  	4	59	1
ATAAAAACCAAAAATAAAAATAAAAGTAAAGAA	8	13	1
ATTTCCTCCGAAAATAGAAAGAAAATTTTGT  	9	8	0
AATTATATAAAAAATAGAAAAAAG         	1	1	0
TTTGAAGTATAAAATAGCAATAACCAATATGAC	4	28	0
AATAATCGTTAAAAATACATCAATATTCATAAA	1	34	0
GTGCCTTATTAAAAATATTACTATTTTCTTGTT	0	114	1
AGTATTTAAGTAAAATAATAAAATGGGAATTGA	9	64	0
TAGTTTCAAATAAAAACATAAAAATGACAAAAA	9	160	1
 CTTATCACCAAAAATCTTATTATTTCCTTTAA	10	48	0
AAATTAGAATTAAAATTAAACAATAAAAAATTA	10	18	1
GATATGAACAAAAATTTTTAATATCTAATATAT	1	88	0
AAACTACCGAAAAATATATATTAGATATTAAAA	1	73	1
TAATAAAACTTAAATAATAAAAACTTTTGTTAA	7	59	0
         CTAAAAATCTTTAAGTAGTAGTTC	6	1	1
ACTTTAAAGTTAAAATTATTGAACTACTACTTA	6	21	0
      ATCCAATAAAATTAGAATTAAAATTAA	10	4	1
          AATAATTCAAAAAATGTGATAGT	3	0	1
TTATCCCTACTAAATTAATTAAAGTTTGTTTTT	5	70	0
TAGATTAGCAAAAATTGTTTATATAGAGTAACT	6	51	0
AATAAATTTTAAAATTTAATTTAAAGAGAAATT	11	44	0
TTACATTTAAAATATTGTAATAAAGTATAATGG	9	116	1
TATATTCTGCAATAATATTTAAACTTAAGCAAA	5	34	0
TTTGGTTATATATATAGTTAGAAACTTCGAATG	11	111	0
          ******  ** **
MAP Score: 34.5577