AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons031_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944241238 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0030 300 coenzyme F420-reducing hydrogenase, delta subunit (frcD) #1 MJ0033 254 succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit (sdhA) #2 MJ0081 300 methyl coenzyme M reductase II, subunit beta (mrtB) #3 MJ0084 261 CODH nickel-insertion accessory protein (cooC) #4 MJ0085 134 iron transport periplasmic binding protein, putative (ceuE) #5 MJ0086 36 unspecified methyltransferase #6 MJ0087 23 hemin permease (hemU) #7 MJ0090 80 collagenase (prtC) #8 MJ0091 95 Na+/Ca+ exchanger protein, putative #9 MJ0406 154 ribokinase (rbsK) #10 MJ0493 119 nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase (nadC) #11 MJ0743 48 heterodisulfide reductase, subunit B1 (hdrB1) #12 MJ0744 218 heterodisulfide reductase, subunit C (hdrC) #13 MJ0745 205 M. jannaschii predicted coding region MJ0745 #14 MJ0746 109 conserved hypothetical protein #15 MJ0747 217 hemerythrin sipunculid #16 MJ0748 212 flavoprotein (fpaA) #17 MJ0749 105 conserved hypothetical protein #18 MJ0750 81 ferredoxin-type protein (napH) #19 MJ0751 83 conserved hypothetical protein #20 MJ0752 200 M. jannaschii predicted coding region MJ0752 #21 MJ0754 286 M. jannaschii predicted coding region MJ0754 #22 MJ0755 241 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase #23 MJ0756 124 M. jannaschii predicted coding region MJ0756 #24 MJ0760 197 conserved hypothetical protein #25 MJ0762 23 C4-dicarboxylate transporter (mae1) #26 MJ0764 197 M. jannaschii predicted coding region MJ0764 #27 MJ0765 270 [6Fe-6S] prismane-containing protein #28 MJ0766 170 M. jannaschii predicted coding region MJ0766 #29 MJ0767 84 conserved hypothetical protein #30 MJ0863 70 heterodisulfide reductase, subunit B2 (hdrB2) #31 MJ0864 160 heterodisulfide reductase, subunit C2 (hdrC2) Motif 1 CTTTTTTCTATTTTTTATATAATTTT 4 2 1 TTTACTTTTATTTTTATTTTTGGTTTTTATTTC 11 9 0 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0 ATATAAATTGTTTTAATTTTATTTTTCAAATATG 16 22 0 ATTTTTTATTTTCATGGTTGTGCAA 23 1 1 CTTAGTAAAATTTATATATTTGTTTTCTTACACT 23 47 1 AAGTTTTTAATTTTTTAATTTAATAAAACTTAAA 10 78 0 TTTTAAAGATTTTTTTAATTTTATCATTTTAATA 2 161 1 TTGGTAGTATTTTTAGTAATATCTTCACTGGTCT 21 108 1 ACCAACAAATTTTTAATTATAATTTATAATTTAT 28 19 0 AAAAAACTATTTTTATTCTAACTTAAAACATTTA 29 50 0 CGATTAAAAGTTTTTAAAATTATTGAGGTTTTAC 24 65 0 TTAAAGTTTGTTTTTGAATATATTCTGCAATAAT 8 51 0 TTAAGTAAATTTTATTTATATTGTGAAATAGTAT 16 62 1 TTTTATTAGATTTATCTAATTTTTATCCTCCTAT 17 47 1 TTTTTATTGTTTTTAGTAAAACCTCAATAATTTT 24 50 1 TTGATGAACCTTTTACTAAAAGGTTCATGTGAAG 1 47 1 AGATATTAGGTTTTAATTAAATTTAAATCAGACT 3 226 1 ATAGCATAAATTTATTTGAATGGTTT 15 201 1 ATTAAAACAATTTATATAAATCTTTAAGTAAATT 16 39 1 ATCAACTCCTTTTTATAGTTTCTTTGAGTTTTTT 20 174 0 TATAAATAAATTTTAAAATTTAATTTAAAGAGAA 31 47 0 CTTTCACCTTTTTAACTTTTTAATTATTACATTA 14 84 0 ACTTTCAAAATTTAAATATATAATTAT 24 3 0 TTTTTTGGACTTTATTTTTAATTTTAAAATTTTA 3 36 1 TATCCTCCTATTTTTAAAATATCTGGCTAAAAAT 17 70 1 TTCCTCAAGTTTTACAAAATCTTTCTTAACTTC 19 60 0 TTTATAATTTTTTTATACAATCCTTGTGCATAAT 24 163 1 CTACACATATTTTTTAACAAAAGTTTTTATTATT 10 46 1 TTAATATTATTTTATCTAAAACTTTTGATAAAAT 3 98 0 CAAAATAACCTTTAATTTTTAATTTTATCTTTTA 26 25 1 ATTATCTTATTTTAAGTTTTATTTTTTGGACTTT 3 15 1 CAATTCCCATTTTATTATTTTACTTAAATACTAC 12 65 1 GGTATATAAAATTTTCTATTTTATCCTAAAAATT 2 218 0 ATTGTTTAATTTTAATTCTAATTTTATTGGAT 30 8 0 TCTCTTCATCTTTAACTATAACGTGTGTTGCACA 0 72 0 GTTCAATAATTTTAACTTTAAAGTTACTCTATAT 9 30 1 ATTACAATATTTTAAATGTAAAGTTCGATAATCG 12 103 0 CTTATATTCCTTTTAAACAAAAATAATATTTGAG 22 209 1 ATTTAATTAAAAATTTTTATTTAAT 13 1 1 AAAATCAGGATTTATCATAATAATTATATCAACT 27 94 1 ACTATCACATTTTTTGAATTATT 6 1 0 AACAAAAGTTTTTATTATTTAAGTTTTATTAAAT 10 61 1 GTTATTTTGGATTTTATATTATAT 26 0 0 ATAAATCCTGATTTTGTATTACCTACAATATTAT 27 75 0 TTTTTATTTTTTTAAGAATATATTTGTATATGTA 15 29 1 ATTTTATCATTTTAATATTATTATTTTAACATTT 2 178 1 ATTATCAGTTATTTATTTTATTGTGTAAGTAGTA 16 156 0 ATCACTTTATATTTACTAATTTTTTAATTTGTTT 13 110 1 TGAGGGGGTTATTTTATTTAACTTCTT 31 3 0 TTCAGTTGCATTTATAAAAAATATTCTTTAAATA 26 151 1 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