AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons032_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241266
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0124	288	type I restriction-modification enzyme 2, R subunit
#1	MJ0131	26	M. jannaschii predicted coding region MJ0131
#2	MJ0132	300	type I restriction-modification enzyme 2, M subunit
#3	MJ1214	49	type I restriction-modification enzyme 1, R subunit
#4	MJ1217	41	conserved hypothetical protein
#5	MJ1219	69	M. jannaschii predicted coding region MJ1219
#6	MJ1220	69	type I restriction-modification enzyme 1, M subunit
#7	MJ1530	178	ribosomal protein S18 alanine acetyltransferase

Motif 1
AGATGTTGAGAATATAAAAGAAAAACTTCAAG	0	67	1
GAAATACATTAACTTTAAAGAATATCAATAAT	0	121	1
AAAATTTAAGGAGATAAATAAAACTCTACTAA	0	186	1
AACTCCAAAAGAGGTTAAAGAAGTTATTGATT	0	225	1
AGAAGTTATTGATTTTATAAAAAATGAACTTA	0	243	1
TATAAAAAATGAACTTAAAAATGCAGATGAAA	0	258	1
AAATGCAGATGAAATAAAAATA          	0	276	1
GAATTTGTTGGATATTGAAAAAGATAGTGAGG	2	32	1
ATCTTATAGGTATGTTAAAGATAACTATGGGG	2	104	1
ATATTGGAGATAGCTTAAAAAATCCCAAAATT	2	238	1
    AATCCATACATTAAAAAATCCATTGAGG	3	6	1
        CTGAAATAAAAATTAAATCTTCCT	3	35	0
ACATAGTGAAAACATTAAAATAACTATCTAAG	6	36	1
TCTATAAAAAGAATTTAAAATAATACTAAAAT	7	78	1
AAATAATACTAAAATTAAAATAGAATTTAATA	7	95	1
AATTAAAATAGAATTTAATAAATTACACAACA	7	107	1
          **  ********
MAP Score: 17.8248

Motif 2
TTATGATAAGAGAAGAATATTTAGATGTTG	0	45	1
AGAATATAAAAGAAAAACTTCAAGAAATTG	0	75	1
ATTTTTCTTCAAAAAAGTTTGGTANATAGT	0	161	0
ACTTTTTTGAAGAAAAATTTAAGGAGATAA	0	173	1
TAAATAACTTAGTAGAGTTTTATTTATCTC	0	196	0
ATTTTATAAAAAATGAACTTAAAAATGCAG	0	254	1
TTTCACCAAAAAATAAATTTTTAA      	1	4	0
GGTATGTTAAAGATAACTATGGGGGGGAGA	2	112	1
CTGCCCATAGAGATAAATCTCCCCCCCATA	2	129	0
ATTTTGGCAAAGTTGAATTTGATATTACAT	2	180	1
CTGAAATAAAAATTAAATCTTCCTCAATGG	3	29	0
          AATAAAATTTTTATTGTTAA	4	0	1
TTTTATTGTTAATAAAATTTTGCTGGTGAA	4	18	1
AAAATCCCTCAAAAAAATAT          	5	0	0
GAAAACATTAAAATAACTATCTAAGTTGGT	6	43	1
AAAATGTTTTAAAAGACTCTATAAAAAGAA	7	61	1
AGACTCTATAAAAAGAATTTAAAATAATAC	7	74	1
CTAAAATTAAAATAGAATTTAATAAATTAC	7	103	1
          **********
MAP Score: 17.7679

Motif 3
        TGAATTTTGAACGCTTTCATAAAGGGGGTGTT	7	2	1
TGCTGATTGAATCTTATAGGTATGTTAAAGATAACTATGG	2	94	1
GTTGAATTTGATATTACATGGAGTTGATAGTGAGGAGTAT	2	191	1
TTTTAGTATTATTTTAAATTCTTTTTATAGAGTCTTTTAA	7	69	0
TATGAGATTTATATTGGAGATAGCTTAAAAAATCCCAAAA	2	228	1
TCACCAGCAAAATTTTATTAACAATAAAAATTTTATT   	4	7	0
     TTAAAAATTTATTTTTTGGTGAAAAT         	1	5	1
GTTGATAGTGAATTTGTTGGATATTGAAAAAGATAGTGAG	2	23	1
TAAGTTATTTAACTCCAAAAGAGGTTAAAGAAGTTATTGA	0	215	1
 CTGAAATAAAAATTAAATCTTCCTCAATGGATTTTTTAA	3	20	0
GTAATTTATTAAATTCTATTTTAATTTTAGTATTATTTTA	7	93	0
AGAATTTAATAAATTACACAACATTCATTGATTAAAATTA	7	116	1
GAAATACATTAACTTTAAAGAATATCAATAATCCCTGACT	0	121	1
CAACATCTAAATATTCTTCTCTTATCATAATAATCCCCAC	0	35	0
 GGTATCACCAACTTAGATAGTTATTTTAATGTTTTCACT	6	40	0
TTTTGAAGAAAAATTTAAGGAGATAAATAAAACTCTACTA	0	177	1
GGTCCTTAGTATTTCAAAATGTTTTAAAAGACTCTATAAA	7	46	1
GAGGTTAAAGAAGTTATTGATTTTATAAAAAATGAACTTA	0	235	1
        ATATTTTTTTGAGGGATTTTAAGAGCTGGAAG	5	2	1
TAAGAGCTGGAAGTTAATTTAATTTGTTTGATTGATTAGA	5	29	1
          ** **  *      * ****
MAP Score: 17.2689

Motif 4
          ATATTGATTCTTTGATTATTCTAATGTG	0	0	1
GAATATTTAGATGTTGAGAATATAAAAGAAAAACTTCA	0	59	1
ACTCCAAAAGAGGTTAAAGAAGTTATTGATTTTATAAA	0	226	1
GATTTTATAAAAAATGAACTTAAAAATGCAGATGAAAT	0	253	1
AGAGGTTGTTAGGTTGATAGTGAATTTGTTGGATATTG	2	11	1
AATTTGTTGGATATTGAAAAAGATAGTGAGGTTTTAGA	2	33	1
TCTTATAGGTATGTTAAAGATAACTATGGGGGGGAGAT	2	105	1
AATTTTGGCAAAGTTGAATTTGATATTACATGGAGTTG	2	179	1
GATAGTGAGGAGTATGAGATTTATATTGGAGATAGCTT	2	216	1
AAATTTGGAGAGGTTGATTATACCATTGCCAATCCACC	2	265	1
   AATCCATACATTAAAAAATCCATTGAGGAAGATTT	3	7	1
AAGTTAATTTAATTTGTTTGATTGATTAGAAATAAGTA	5	39	1
TTAGATAGTTATTTTAATGTTTTCACTATGTAATTGGA	6	29	0
ATTAAATTCTATTTTAATTTTAGTATTATTTTAAATTC	7	88	0
TAATCAATGAATGTTGTGTAATTTATTAAATTCTATTT	7	112	0
          * *****   *   * **
MAP Score: 9.9921

Motif 5
TATTCTAATGTGGGGATTATTATGATAAGA	0	26	1
AAAAATCCATTGAGGAAGATTTAATTTTTA	3	23	1
GAGTTGATAGTGAGGAGTATGAGATTTATA	2	211	1
TCCCAAAATTTGGAGAGGTTGATTATACCA	2	260	1
AAGAAATTGGATGGGAGGATGGAAAGAAAT	0	96	1
AAGATAACTATGGGGGGGAGATTTATCTCT	2	121	1
GCTTTCATAAAGGGGGTGTTTATTGGTCCT	7	22	1
TGATATTACATGGAGTTGATAGTGAGGAGT	2	199	1
TCTCCAAATTTTGGGATTTTTTAAGCTATC	2	246	0
TATTTAGATGTTGAGAATATAAAAGAAAAA	0	62	1
 ATATTTTTTTGAGGGATTTTAAGAGCTGG	5	9	1
GAAGAAAAATTTAAGGAGATAAATAAAACT	0	181	1
 TAGAGGTTGTTAGGTTGATAGTGAATTTG	2	9	1
CAGGAGAGAAATGAGATTATGGCAATTTTG	2	156	1
TTATGATAAGAGAAGAATATTTAGATGTTG	0	45	1
TCCAATTTCTTGAAGTTTTTCTTTTATATT	0	77	0
          **********
MAP Score: 5.01106

Motif 6
CCAATTTCTTGAAGTTTTTCTTTTATATTCTCA	0	73	0
GATATTCTTTAAAGTTAATGTATTTCTTTCCAT	0	114	0
TTTTTGAAGAAAAATTTAAGGAGATAAATAAAA	0	176	1
AACTCCAAAAGAGGTTAAAGAAGTTATTGATTT	0	225	1
TATAAAAAATGAACTTAAAAATGCAGATGAAAT	0	258	1
       TTAAAAATTTATTTTTTGGTGAAAAT	1	3	1
TAGAGGTTGTTAGGTTGATAGTGAATTTGTTGG	2	10	1
ACATACCTATAAGATTCAATCAGCATAGTTCCG	2	86	0
CAATTTTGGCAAAGTTGAATTTGATATTACATG	2	178	1
TGAGGAGTATGAGATTTATATTGGAGATAGCTT	2	221	1
AAAATTTGGAGAGGTTGATTATACCATTGCCAA	2	264	1
TCCATTGAGGAAGATTTAATTTTTATTTCAG  	3	28	1
       AATAAAATTTTTATTGTTAATAAAAT	4	3	1
TTTCACCAGCAAAATTTTATTAACAATAAAAAT	4	16	0
TTAAGAGCTGGAAGTTAATTTAATTTGTTTGAT	5	28	1
AAATAATACTAAAATTAAAATAGAATTTAATAA	7	95	1
GGCTTTACTAAAGGTTAAGTGAGAAC       	7	162	1
          ****** **  **
MAP Score: 3.17522

Motif 7
        ATATTGATTCTTTGATTATTCTAATGTGGGGATT	0	2	1
CTCAACATCTAAATATTCTTCTCTTATCATAATAATCCCCAC	0	35	0
NATAGTAGTCAGGGATTATTGATATTCTTTAAAGTTAATGTA	0	125	0
TTTTTTGAAGAAAAATTTAAGGAGATAAATAAAACTCTACTA	0	175	1
TTCATTTTTTATAAAATCAATAACTTCTTTAACCTCTTTTGG	0	229	0
      TATTTTTATTTCATCTGCATTTTTAAGTTCATTTTT	0	262	0
TTCAATATCCAACAAATTCACTATCAACCTAACAACCTCTA 	2	9	0
AATCAACCTCTCCAAATTTTGGGATTTTTTAAGCTATCTCCA	2	242	0
         AATAAAATTTTTATTGTTAATAAAATTTTGCTG	4	1	1
          ATATTTTTTTGAGGGATTTTAAGAGCTGGAAG	5	0	1
TACATAGTGAAAACATTAAAATAACTATCTAAGTTGGTGATA	6	35	1
          TGAATTTTGAACGCTTTCATAAAGGGGGTGTT	7	0	1
CTTTTTATAGAGTCTTTTAAAACATTTTGAAATACTAAGGAC	7	47	0
GACTCTATAAAAAGAATTTAAAATAATACTAAAATTAAAATA	7	75	1
CATTGATTAAAATTATTCAAAGGCTTTACTAAAGGTTAAGTG	7	141	1
          *   **** *     *   ***
MAP Score: 2.31552