AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons032_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241284
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0124	288	type I restriction-modification enzyme 2, R subunit
#1	MJ0128	145	conserved hypothetical protein
#2	MJ0131	26	M. jannaschii predicted coding region MJ0131
#3	MJ0132	300	type I restriction-modification enzyme 2, M subunit
#4	MJ1214	49	type I restriction-modification enzyme 1, R subunit
#5	MJ1217	41	conserved hypothetical protein
#6	MJ1219	69	M. jannaschii predicted coding region MJ1219
#7	MJ1220	69	type I restriction-modification enzyme 1, M subunit
#8	MJ1530	178	ribosomal protein S18 alanine acetyltransferase

Motif 1
GAAAAACTTAAATTCTTAAAATAAAATTTTATT	1	99	1
TACATAGTGAAAACATTAAAATAACTATCTAAG	7	35	1
CTCTATAAAAAGAATTTAAAATAATACTAAAAT	8	77	1
ATTACTACATAATATTTAAAATTTTTCTCTAAT	1	46	1
CACAACATTCATTGATTAAAATTATTCAAAGGC	8	132	1
TATGTAGTAATTAACTTAAAATAAAGTTTCTTT	1	24	0
AAAATAATACTAAAATTAAAATAGAATTTAATA	8	94	1
     AATCCATACATTAAAAAATCCATTGAGG	4	5	1
TATATTGGAGATAGCTTAAAAAATCCCAAAATT	3	237	1
ATTTTTCTCTAATTGTTAAAGTTGGAAAACAAG	1	66	1
GATTATTGATATTCTTTAAAGTTAATGTATTTC	0	121	0
AATCAATCAAACAAATTAAATTAACTTCCAGCT	6	33	0
TAACTCCAAAAGAGGTTAAAGAAGTTATTGATT	0	224	1
GTCTTTTAAAACATTTTGAAATACTAAGGACCA	8	45	0
TTATAAAAAATGAACTTAAAAATGCAGATGAAA	0	257	1
GAAGTTATTGATTTTATAAAAAATGAACTTAAA	0	244	1
AAATTTTTATTGTTAATAAAATTTTGCTGGTGA	5	14	1
AAATTTTTATTAATAATAAAATTTTATTTTAAG	1	113	0
GTTTTATTTATCTCCTTAAATTTTTCTTCAAAA	0	177	0
TTAAAATAGAATTTAATAAATTACACAACATTC	8	109	1
 ATTTTCACCAAAAAATAAATTTTTAA      	2	4	0
CTCCCATCCAATTTCTTGAAGTTTTTCTTTTAT	0	80	0
   AGCACCATTTATATAAAGAAACTTTATTTT	1	7	1
          * *  ********
MAP Score: 23.523

Motif 2
AACTTTTTTGAAGAAAAATTTAAGGAGATAA	0	172	1
TTTTATTATTAATAAAAATTTGGTGAAACT 	1	125	1
TTTTATTAACAATAAAAATTTTATT      	5	4	0
TAAATTCTTAAAATAAAATTTTATTATTAAT	1	107	1
GAGAATATAAAAGAAAAACTTCAAGAAATTG	0	74	1
AAGACTCTATAAAAAGAATTTAAAATAATAC	8	73	1
TTTTATTGTTAATAAAATTTTGCTGGTGAAA	5	18	1
ACTAAAATTAAAATAGAATTTAATAAATTAC	8	102	1
TTTCACCAAAAAATAAATTTTTAA       	2	3	0
CTGAAATAAAAATTAAATCTTCCTCAATGGA	4	28	0
TTGGAAAACAAGGAAAAACTTAAATTCTTAA	1	87	1
AATTAACTTAAAATAAAGTTTCTTTATATAA	1	18	0
TAACAATTAGAGAAAAATTTTAAATATTATG	1	53	0
TTAAGGAGATAAATAAAACTCTACTAAGTTA	0	191	1
AATTTTGGCAAAGTTGAATTTGATATTACAT	3	179	1
GATTTTATAAAAAATGAACTTAAAAATGCAG	0	253	1
CTGCCCATAGAGATAAATCTCCCCCCCATAG	3	128	0
          ** ********
MAP Score: 22.6234

Motif 3
AATTTCTTGAAGTTTTTCTTTTATATTCTCAACATCT	0	67	0
GAGGATGGAAAGAAATACATTAACTTTAAAGAATATC	0	110	1
AAAGAGGTTAAAGAAGTTATTGATTTTATAAAAAATG	0	232	1
TTTCATCTGCATTTTTAAGTTCATTTTTTATAAAATC	0	253	0
TTATATAAAGAAACTTTATTTTAAGTTAATTACTACA	1	18	1
TTAATAATAAAATTTTATTTTAAGAATTTAAGTTTTT	1	100	0
 AGTTTCACCAAATTTTTATTAATAATAAAATTTTAT	1	119	0
AGAGGTTGTTAGGTTGATAGTGAATTTGTTGGATATT	3	11	1
TTGGATATTGAAAAAGATAGTGAGGTTTTAGACCCTG	3	39	1
TCTCCCCCCCATAGTTATCTTTAACATACCTATAAGA	3	105	0
AATTTTGGCAAAGTTGAATTTGATATTACATGGAGTT	3	179	1
GATAGTGAGGAGTATGAGATTTATATTGGAGATAGCT	3	216	1
TCCATTGAGGAAGATTTAATTTTTATTTCAG      	4	28	1
      AATAAAATTTTTATTGTTAATAAAATTTTGC	5	4	1
ACCAACTTAGATAGTTATTTTAATGTTTTCACTATGT	7	36	0
ATTTTAATTTTAGTATTATTTTAAATTCTTTTTATAG	8	79	0
GTAATTTATTAAATTCTATTTTAATTTTAGTATTATT	8	96	0
ATTACACAACATTCATTGATTAAAATTATTCAAAGGC	8	128	1
          * * ***  ** *  **
MAP Score: 5.85722

Motif 4
CTTTGATTATTCTAATGTGGGGATTATTATGATAAGA	0	19	1
AGAGAAGAATATTTAGATGTTGAGAATATAAAAGAAA	0	53	1
AAACTTCAAGAAATTGGATGGGAGGATGGAAAGAAAT	0	89	1
GTTTGGTANATAGTAGTCAGGGATTATTGATATTCTT	0	138	0
AAAGAGGTTAAAGAAGTTATTGATTTTATAAAAAATG	0	232	1
TATTATTAATAAAAATTTGGTGAAACT          	1	128	1
 TTAAAAATTTATTTTTTGGTGAAAAT          	2	9	1
AGAGGTTGTTAGGTTGATAGTGAATTTGTTGGATATT	3	11	1
TTGGATATTGAAAAAGATAGTGAGGTTTTAGACCCTG	3	39	1
GTTAAAGATAACTATGGGGGGGAGATTTATCTCTATG	3	117	1
AATTTTGGCAAAGTTGAATTTGATATTACATGGAGTT	3	179	1
ATCCCAAAATTTGGAGAGGTTGATTATACCATTGCCA	3	259	1
TGTTAATAAAATTTTGCTGGTGAAATT          	5	24	1
       ATATTTTTTTGAGGGATTTTAAGAGCTGGA	6	3	1
GGTATCACCAACTTAGATAGTTATTTTAATGTTTTCA	7	42	0
GAACGCTTTCATAAAGGGGGTGTTTATTGGTCCTTAG	8	18	1
TTTTAATCAATGAATGTTGTGTAATTTATTAAATTCT	8	116	0
          *   **  *****  **
MAP Score: 5.78068