AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons033_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241300
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0049	300	LSU ribosomal protein L31E
#1	MJ0595	265	LSU ribosomal protein LXA
#2	MJ0692	300	SSU ribosomal protein S19E
#3	MJ0952	180	conserved hypothetical protein

Motif 1
GGAGATAAAACATATCAATAAAAAGATAAA	0	47	1
AAATGAGCTAAAAATTAAAAGAGAAGAGTA	0	74	1
AAATAAATAACAAATAAATAATCTTACTCT	0	119	0
TAAATATTACCAAATAAATAACAAATAAAT	0	130	0
ATAAATAATAAATATAAATATTACCAAATA	0	144	0
GCTAAATGCTGTAATAAATAATAAATATAA	0	157	0
ACGTATATATGTTATAAAAATTGAAAACTT	0	188	1
AGAGATATTGAAAATAGATATTTAAAGATT	0	248	0
TTTAACTTCTCAAATAAAATCCTCCGCCAC	1	100	1
CGCCACAATGGAAATAAATAAAAATATAAT	1	124	1
AATAAATAAAAATATAATAACGATAAATGT	1	136	1
AGATGCCTTTAATATAGAAATATCTTTAGC	1	170	0
AAGAGAGTTAAATATAAAAAATGGAGCCGG	2	53	0
GTATCTATCGATAATAATAAGATATAAATA	2	119	1
ATAATAATAAGATATAAATATAACCTAATC	2	129	1
ATAACCTAATCAAATTAATACTAAGCTTGT	2	148	1
TCTTAAACACAAAATAAATAGATTAGAAAG	2	234	1
AAAGAAAATCAAAATAAATTAATTAAAAAA	2	260	1
AATTAATTAAAAAATAATTAAGAGAGGTGC	2	276	1
AACCTCCCCCCTTATAAAAACCATGCTTAC	3	11	1
TTAAGGCATTAAAATATATATCTCTTACTA	3	52	1
          **********
MAP Score: 22.1563

Motif 2
TCTCTTTTAATTTTTAGCTCATTTATCTTTTTATTGATATGTTT	0	54	0
TTAGAGAGTAAGATTATTTATTTGTTATTTATTTGGTAATATTT	0	115	1
TATTTATTATTTATTACAGCATTTAGCTACGTATATATGTTATA	0	160	1
CAACCTTAAGTTTTGAAAAGTTTTCAATTTTTATAACATATATA	0	191	0
GTCAGCGTAATCTTTAAATATCTATTTTCAATATCTCTATGGGT	0	240	1
  AGGGATTTTCATGAATTCTTTTGAGTTAATATTGGAGTTTGA	1	8	1
TTAACATTTATCGTTATTATATTTTTATTTATTTCCATTGTGGC	1	125	0
ACCTCCTCATTCTTTACAAATCTTATAAATGTTTTGTGCAACAC	1	225	0
       TTTTGATGAAACTTTTACTAAAAGTTTCGTTTAAATT	2	3	1
GGCTCCATTTTTTATATTTAACTCTCTTCTCTTTTTTATAGAGT	2	55	1
ACAAGCTTAGTATTAATTTGATTAGGTTATATTTATATCTTATT	2	134	0
TACTAAGCTTGTTTTATTGGTTTAAACTACATATCCTTAAATAG	2	166	1
TTGATTTTCTTTCTAATCTATTTATTTTGTGTTTAAGATTATGA	2	228	0
CTTAATTATTTTTTAATTAATTTATTTTGATTTTCTTTCTAATC	2	254	0
ACAATAAGTTTTATTAAGGCATTAAAATATATATCTCTTACTAT	3	39	1
          *  * *    ***    *   ***
MAP Score: 18.6192

Motif 3
TCTCCTCTTCATTTTTATACGAATTTAAGAGCCACTC	0	15	0
ATTTATCTTTTTATTGATATGTTTTATCTCCTCTTCA	0	41	0
TTCTCTTTTAATTTTTAGCTCATTTATCTTTTTATTG	0	62	0
GAGTAAGATTATTTATTTGTTATTTATTTGGTAATAT	0	120	1
TTATTTGGTAATATTTATATTTATTATTTATTACAGC	0	143	1
TTTTTATAACATATATACGTAGCTAAATGCTGTAATA	0	171	0
TGTCAGCGTAATCTTTAAATATCTATTTTCAATATCT	0	239	1
AAAAATATGGATTTATAGATAATTTCAGCCTCTTCCT	1	57	0
TATTATATTTTTATTTATTTCCATTGTGGCGGAGGAT	1	118	0
GATGCCTTTAATATAGAAATATCTTTAGCTTTAACAT	1	162	0
TCCATTTTTTATATTTAACTCTCTTCTCTTTTTTATA	2	58	1
CTTCTCTTTTTTATAGAGTTAAATTTTAAACCTAAAG	2	80	1
ATTAGGTTATATTTATATCTTATTATTATCGATAGAT	2	121	0
AATACTAAGCTTGTTTTATTGGTTTAAACTACATATC	2	164	1
TAAACTACATATCCTTAAATAGATTTTATGCTACAAA	2	188	1
TAATTAATTTATTTTGATTTTCTTTCTAATCTATTTA	2	248	0
TAAGAGATATATATTTTAATGCCTTAATAAAACTTAT	3	42	0
GCAGGAATAAATGTTTTATTGCATATTGACACTTTTG	3	92	1
          ** ****  *   ** *
MAP Score: 18.3126

Motif 4
TGAAGAGGAGATAAAACATATCAATAAAAAGATAAATGAG	0	41	1
ATAAAAAGATAAATGAGCTAAAAATTAAAAGAGAAGAGTA	0	64	1
TACCAAATAAATAACAAATAAATAATCTTACTCTCTAAGA	0	113	0
GCTGTAATAAATAATAAATATAAATATTACCAAATAAATA	0	140	0
TTCAATTTTTATAACATATATACGTAGCTAAATGCTGTAA	0	173	0
ACCCATAGAGATATTGAAAATAGATATTTAAAGATTACGC	0	244	0
GAAGAGGCTGAAATTATCTATAAATCCATATTTTTGGAAC	1	59	1
ATCCTCCGCCACAATGGAAATAAATAAAAATATAATAACG	1	118	1
AAATAAAAATATAATAACGATAAATGTTAAAGCTAAAGAT	1	139	1
ATAGATGCCTTTAATATAGAAATATCTTTAGCTTTAACAT	1	162	0
TAAAAAAGAGAAGAGAGTTAAATATAAAAAATGGAGCCGG	2	53	0
CTATCGATAATAATAAGATATAAATATAACCTAATCAAAT	2	123	1
TATGTAGTTTAAACCAATAAAACAAGCTTAGTATTAATTT	2	159	0
AATCTTAAACACAAAATAAATAGATTAGAAAGAAAATCAA	2	232	1
TAGATTAGAAAGAAAATCAAAATAAATTAATTAAAAAATA	2	252	1
AAGTCCTATAGTAAGAGATATATATTTTAATGCCTTAATA	3	50	0
          * *  *   *** **   **
MAP Score: 9.42377

Motif 5
AAATTCGTATAAAAATGAAGAGGAGATAAAAC	0	26	1
GATAAAACATATCAATAAAAAGATAAATGAGC	0	50	1
TAAATGAGCTAAAAATTAAAAGAGAAGAGTAT	0	73	1
AAGATTTGTAAAGAATGAGGAGGTGGTAAT  	1	245	1
TTAACTCTATAAAAAAGAGAAGAGAGTTAAAT	2	70	0
TTAATTAAAAAATAATTAAGAGAGGTGCAAAA	2	278	1
          ** *** *****
MAP Score: 4.07172

Motif 6
AGATAATTTCAGCCTCTTCCTCACTATCAAACTCC	1	43	0
         AAACCTCCCCCCTTATAAAAACCATG	3	1	1
     ATTACCACCTCCTCATTCTTTACAAATCTT	1	245	0
TATGTTTTATCTCCTCTTCATTTTTATACGAATTT	0	26	0
TTTAAATTTCACCCCCGGCTCCATTTTTTATATTT	2	39	1
GAGCTTTCATATACTCTTCTCTTTTAATTTTTAGC	0	80	0
TTTATATTTAACTCTCTTCTCTTTTTTATAGAGTT	2	65	1
CTCAAATAAAATCCTCCGCCACAATGGAAATAAAT	1	108	1
   TTTTGCACCTCTCTTAATTATTTTTTAATTAA	2	278	0
          * **** ** **  *
MAP Score: 2.11517

Motif 7
TCTTTTTATTGATATGTTTTATCTCCTCTTC	0	42	0
TACTCTTCTCTTTTAATTTTTAGCTCATTTA	0	73	0
AAATAATAAATATAAATATTACCAAATAAAT	0	141	0
TTTAGCTACGTATATATGTTATAAAAATTGA	0	181	1
TTTGAAAAGTTTTCAATTTTTATAACATATA	0	193	0
CAGCGTAATCTTTAAATATCTATTTTCAATA	0	242	1
ATTTATCGTTATTATATTTTTATTTATTTCC	1	133	0
ATATAATAACGATAAATGTTAAAGCTAAAGA	1	147	1
GCTAAAGATATTTCTATATTAAAGGCATCTA	1	170	1
TTACAAATCTTATAAATGTTTTGTGCAACAC	1	225	0
TGAAACTTTTACTAAAAGTTTCGTTTAAATT	2	16	1
GGCTCCATTTTTTATATTTAACTCTCTTCTC	2	55	1
TTTTTATAGAGTTAAATTTTAAACCTAAAGA	2	87	1
TTAGGTTATATTTATATCTTATTATTATCGA	2	126	0
TTAAACACAAAATAAATAGATTAGAAAGAAA	2	236	1
CCATGCTTACAATAAGTTTTATTAAGGCATT	3	31	1
TAGTAAGAGATATATATTTTAATGCCTTAAT	3	51	0
CTTTCGCAGGAATAAATGTTTTATTGCATAT	3	87	1
          ******* ***
MAP Score: 0.876981