AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons033_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241320
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0049	300	LSU ribosomal protein L31E
#1	MJ0591	300	proteasome, subunit alpha (psmA)
#2	MJ0592	134	conserved hypothetical protein
#3	MJ0593	42	LSU ribosomal protein L37AE
#4	MJ0594	204	M. jannaschii predicted coding region MJ0594
#5	MJ0595	265	LSU ribosomal protein LXA
#6	MJ0692	300	SSU ribosomal protein S19E
#7	MJ0952	180	conserved hypothetical protein

Motif 1
TAAAAAAGAGAAGAGAGTTAAATATAAAAAATGGAGCC	6	55	0
ATAAAAAAGAAAAGAATAAAAATAATAAGATATTATAA	1	201	1
CCTCCGCCACAATGGAAATAAATAAAAATATAATAACG	5	120	1
GTTAAAGCTAAAGATATTTCTATATTAAAGGCATCTAT	5	164	1
AAGTTTTATTAAGGCATTAAAATATATATCTCTTACTA	7	44	1
TTAGGTTTAAAATTTAACTCTATAAAAAAGAGAAGAGA	6	77	0
AAGAGGAGATAAAACATATCAATAAAAAGATAAATGAG	0	43	1
ACAACCATATAAAATAAGACTATAAAAATAAAAATAAA	1	168	1
ATGCTGTAATAAATAATAAATATAAATATTACCAAATA	0	144	0
TAAGTATTTTAAAGTAGTTAAATAATTAGCTTAATGTT	1	257	0
GTATCTATCGATAATAATAAGATATAAATATAACCTAA	6	119	1
   TTTATAGATATTAAATAGATATTAAAGACGAGGTG	3	7	1
ATAAAAAGATAAATGAGCTAAAAATTAAAAGAGAAGAG	0	64	1
AAATATTACCAAATAAATAACAAATAAATAATCTTACT	0	121	0
AAATCAAAATAAATTAATTAAAAAATAATTAAGAGAGG	6	265	1
TCTTAAACACAAAATAAATAGATTAGAAAGAAAATCAA	6	234	1
CTTCCTCACTATCAAACTCCAATATTAACTCAAAAGAA	5	25	0
CCATAGAGATATTGAAAATAGATATTTAAAGATTACGC	0	244	0
CCAAAAATAAAAGTTATAAAAATTTATAAAATAATAAT	4	26	0
          AAAATATCACCATTATAAGTATTTTAAA	1	282	0
ATATAAATATAACCTAATCAAATTAATACTAAGCTTGT	6	140	1
TAAAAATTAAAAGAGAAGAGTATATGAAAGCTCTTAGA	0	82	1
AAGTGTTTAAACTGTAAAAAGATAATAAAACTTGAAGA	4	84	1
          ATTATAGTAAAATTTTTAAATCCAACTA	2	0	1
          **   *   * **** **
MAP Score: 31.4063

Motif 2
CATTTATCTTTTTATTGATATGTTTTATCTCCTCTTCATT	0	39	0
CTTCTCTTTTAATTTTTAGCTCATTTATCTTTTTATTGAT	0	60	0
TCTTAGAGAGTAAGATTATTTATTTGTTATTTATTTGGTA	0	113	1
TTTATTTGGTAATATTTATATTTATTATTTATTACAGCAT	0	142	1
TTATAACATATATACGTAGCTAAATGCTGTAATAAATAAT	0	165	0
ATGTCAGCGTAATCTTTAAATATCTATTTTCAATATCTCT	0	238	1
TCAATATCTCTATGGGTAGGGTATTTTTATCATCTTAACT	0	267	1
ATAACTACTTTATCCTGATTAGCTTTCTTTAACTTATCTA	1	16	1
ATATATAATTTATGGTTATGTCAATACTTAACACAACCAT	1	136	1
TTTTTATTTTTATTTTTATAGTCTTATTTTATATGGTTGT	1	168	0
TTATTATTTTTATTCTTTTCTTTTTTATTTTTATTTTTAT	1	189	0
AAAGTAGTTAAATAATTAGCTTAATGTTTTTAACTAATTC	1	245	0
ACTACTTTAAAATACTTATAATGGTGATATTTT       	1	277	1
TATTTTAAATTATTTTTAGAGTATTAATATTATTTGGGAG	2	36	1
    CTTTTCATTATTTAGCATTATTATTTTATAAATTTT	4	6	1
TTATTTTATAAATTTTTATAACTTTTATTTTTGGGGATGT	4	30	1
GTTCCAAAAATATGGATTTATAGATAATTTCAGCCTCTTC	5	59	0
CTTTAACATTTATCGTTATTATATTTTTATTTATTTCCAT	5	131	0
CATTCTTTACAAATCTTATAAATGTTTTGTGCAACACCTA	5	222	0
CTCCATTTTTTATATTTAACTCTCTTCTCTTTTTTATAGA	6	57	1
GATTAGGTTATATTTATATCTTATTATTATCGATAGATAC	6	119	0
AACCTAATCAAATTAATACTAAGCTTGTTTTATTGGTTTA	6	150	1
TTAAACTACATATCCTTAAATAGATTTTATGCTACAAAAA	6	187	1
TATTTTTTAATTAATTTATTTTGATTTTCTTTCTAATCTA	6	252	0
          ***  ***  *   *  * *
MAP Score: 25.5126

Motif 3
TGGCTCTTAAATTCGTATAAAAATGAAGAGGAGATAAA	0	18	1
GAGATAAAACATATCAATAAAAAGATAAATGAGCTAAA	0	48	1
AAAAAGATAAATGAGCTAAAAATTAAAAGAGAAGAGTA	0	66	1
CTACGTATATATGTTATAAAAATTGAAAACTTTTCAAA	0	186	1
CATATAAAATAAGACTATAAAAATAAAAATAAAAAAGA	1	173	1
AATAAAAAAGAAAAGAATAAAAATAATAAGATATTATA	1	200	1
TAATGAGATGAATTAGTTAAAAACATTAAGCTAATTAT	1	236	1
TAATTATTTAACTACTTTAAAATACTTATAATGGTGAT	1	267	1
TCACTAAAGTAATTTTTATAAATTCAAAACCCTTAGCC	2	90	1
       TTTATAGATATTAAATAGATATTAAAGACGA	3	3	1
CCAAAAATAAAAGTTATAAAAATTTATAAAATAATAAT	4	26	0
GGTAGAATACAAGTGTTTAAACTGTAAAAAGATAATAA	4	74	1
AACTGTAAAAAGATAATAAAACTTGAAGAGCTGGGAAA	4	93	1
CTTAGACCAAAAGTAGTTAAACATGTAAAGGCGAGATA	4	174	1
AGAGGCTGAAATTATCTATAAATCCATATTTTTGGAAC	5	61	1
CCTCCGCCACAATGGAAATAAATAAAAATATAATAACG	5	120	1
AAAAAAGAGAAGAGAGTTAAATATAAAAAATGGAGCCG	6	54	0
TCTCTTTTTTATAGAGTTAAATTTTAAACCTAAAGATG	6	82	1
AGATGTATCTATCGATAATAATAAGATATAAATATAAC	6	115	1
AGCTTGTTTTATTGGTTTAAACTACATATCCTTAAATA	6	171	1
ACAAAAACTCATAATCTTAAACACAAAATAAATAGATT	6	220	1
AAGAAAATCAAAATAAATTAATTAAAAAATAATTAAGA	6	261	1
AAGTTTTATTAAGGCATTAAAATATATATCTCTTACTA	7	44	1
          *     ***** *  ***
MAP Score: 17.7798

Motif 4
CATTTATCTTTTTATTGATATGTTTTATCTCCTCT	0	44	0
CTTTTAATTTTTAGCTCATTTATCTTTTTATTGAT	0	60	0
AGAGCTTTCATATACTCTTCTCTTTTAATTTTTAG	0	81	0
TCTTAGAGAGTAAGATTATTTATTTGTTATTTATT	0	113	1
TTGTTATTTATTTGGTAATATTTATATTTATTATT	0	136	1
AGTTTTCAATTTTTATAACATATATACGTAGCTAA	0	182	0
GTCAGCGTAATCTTTAAATATCTATTTTCAATATC	0	240	1
AAATATCTATTTTCAATATCTCTATGGGTAGGGTA	0	255	1
TTAACTTATCTAAGATGAATTTCTTAGCTTCATCA	1	44	1
ATATATAATTTATGGTTATGTCAATACTTAACACA	1	136	1
TTTTATAGTCTTATTTTATATGGTTGTGTTAAGTA	1	160	0
TTTTCTTTTTTATTTTTATTTTTATAGTCTTATTT	1	179	0
TTATTATTTTTATTCTTTTCTTTTTTATTTTTATT	1	194	0
GTTAAATAATTAGCTTAATGTTTTTAACTAATTCA	1	244	0
CCATTATAAGTATTTTAAAGTAGTTAAATAATTAG	1	266	0
        ATTATAGTAAAATTTTTAAATCCAACT	2	2	1
TAAATCCAACTATTTTAAATTATTTTTAGAGTATT	2	26	1
TCACTCTCACTAAAGTAATTTTTATAAATTCAAAA	2	84	1
GCATTATTATTTTATAAATTTTTATAACTTTTATT	4	24	1
CTTTTTACAGTTTAAACACTTGTATTCTACCATAT	4	70	0
GCTCTTCAAGTTTTATTATCTTTTTACAGTTTAAA	4	89	0
    AGGGATTTTCATGAATTCTTTTGAGTTAATA	5	6	1
ATCGTTATTATATTTTTATTTATTTCCATTGTGGC	5	125	0
ATGCCTTTAATATAGAAATATCTTTAGCTTTAACA	5	163	0
TAAGTAGGAATAGATAGATGCCTTTAATATAGAAA	5	180	0
ATTTTAAACCTAAAGATGTATCTATCGATAATAAT	6	102	1
ATTAATTTGATTAGGTTATATTTATATCTTATTAT	6	132	0
TTAAACTACATATCCTTAAATAGATTTTATGCTAC	6	187	1
TTTTGATTTTCTTTCTAATCTATTTATTTTGTGTT	6	239	0
TAATTATTTTTTAATTAATTTATTTTGATTTTCTT	6	261	0
TTTATTAAGGCATTAAAATATATATCTCTTACTAT	7	48	1
          ***  * ** * ***
MAP Score: 7.52568

Motif 5
AGAGAGTAAGATTATTTATTTGTTATTTATTTGG	0	117	1
TTTATTTGGTAATATTTATATTTATTATTTATTA	0	142	1
AAAAGTTTTCAATTTTTATAACATATATACGTAG	0	186	0
GTAATCTTTAAATATCTATTTTCAATATCTCTAT	0	246	1
ATGGGTAGGGTATTTTTATCATCTTAACTATT  	0	278	1
         AAGTATATAACTACTTTATCCTGAT	1	1	1
CTATATCTCATATATATAATTTATGGTTATGTCA	1	125	1
TTTTCTTTTTTATTTTTATTTTTATAGTCTTATT	1	180	0
CATTAAGCTAATTATTTAACTACTTTAAAATACT	1	259	1
ATTATAGTAAAATTTTTAAATCCAACTATTTTAA	2	10	1
CTAAGGGTTTTGAATTTATAAAAATTACTTTAGT	2	92	0
CCTTAGCCGAAACATTTATATAAT          	2	120	1
GTCTTTAATATCTATTTAATATCTATAAA     	3	5	0
TTATTTTATAAATTTTTATAACTTTTATTTTTGG	4	30	1
ATATTTTTGGAACATTTAACTTCTCAAATAAAAT	5	86	1
TTATTATATTTTTATTTATTTCCATTGTGGCGGA	5	122	0
TGTTGCACAAAACATTTATAAGATTTGTAAAGAA	5	226	1
CCCCGGCTCCATTTTTTATATTTAACTCTCTTCT	6	51	1
CTTTAGGTTTAAAATTTAACTCTATAAAAAAGAG	6	83	0
TTCTTTCTAATCTATTTATTTTGTGTTTAAGATT	6	232	0
TTAATTATTTTTTAATTAATTTATTTTGATTTTC	6	263	0
AAGGCATTAAAATATATATCTCTTACTATAGGAC	7	54	1
          * ******* *  *
MAP Score: 4.11499