AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons034_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944241330 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0369 273 DNA topoisomerase VI, subunit A (top6A) #1 MJ0443 43 conserved hypothetical protein #2 MJ0444 265 conserved hypothetical protein #3 MJ0445 300 translation initiation factor aIF-1A #4 MJ1027 125 formate hydrogenlyase, subunit 5 #5 MJ1028 60 DNA topoisomerase VI, subunit B (top6B) #6 MJ1073 108 conserved hypothetical protein Motif 1 GTATTTATAGATTCAAATTCAGAATAATAATACGGAGGTC 0 15 0 ACCATATAAAATAAAAATTAGAAATAAGAATTCTAAT 1 7 0 TAGTGAGAGTATATAAAGTAGATATTACAAACCCATAGAC 3 58 1 AGGGAATACTATATAAAATATTCATATATAATTATTTGGT 0 84 0 TGCCTTTGGTATCTAAATTCCAAATGTCCAATATAAAGTG 3 132 0 GGCGTCAAAGTTCCAAACTGAATATTATAAAGCTGTGAAA 2 143 0 TATACCTCATTTTAAAATTGAATAATAATAATATGCAACA 0 150 0 AGGATGAAGATTTTAAAATATTAAAAATTATAGAGCTGTC 6 77 1 AGAAAGTTACATGAAAACTCTTAAAGAGTTTTCATAGCCC 2 17 1 AAATAAAAATATTAAAAATAAAAAAAAGGTGATAAA 3 274 1 ATTAAAAAATCCAATAAGGAGGGGATAATC 6 0 1 TTGATAGGATAACAAAACTATTAATATCAACAAACACAAA 3 236 1 CAAATGTCCAATATAAAGTGCTTAAGTCCTATTTAATAAA 3 112 0 TTATTGAACATTAAAAAATTATAAAAAATTACTTGGTGAG 0 238 1 TAGATAATTTATCATAATTAATAATGATAATTAGCTTAAC 4 45 0 CGTAAGACCTATTAAAACACTCAATTTTGAAATTTTGATA 3 202 1 ACTTTATTAAAACAAAACTATATAAAAGGTTAAGCTAATT 4 17 1 ATAAATAATGTAACAAAATAGAAATTAACTAAACTATTTT 5 16 0 CCAACAATTATAAACATGATAATAGGTATATGACTCA 4 98 0 GGAGGGGATAATCATAATTAAAAAACTAATTGAAGCATTA 6 27 1 ** *** * ** * * MAP Score: 21.4346 Motif 2 TCTTATTTCTAATTTTTATTTTATATGGTT 1 18 1 TTATTTTTAATATTTTTATTTTGTGTTTGT 3 265 0 TAGTTTAGTTAATTTCTATTTTGTTACATT 5 20 1 ATTAGAATTCTTATTTCTAATTTTT 1 5 1 AAATAACACTAAATTTTATTGTCAATCAAC 3 19 1 TGGTGTTGCATATTATTATTATTCAATTTT 0 147 1 ATGACCTCCGTATTATTATTCTGAATTTGA 0 13 1 TAGTGAGTCATATACCTATTATCATGTTTA 4 95 1 TATTAGCGTTAAAATCTATTATTGTATTTA 0 48 0 ATGAGGTATAAAAATCTATTGGTTATGGGT 0 180 1 AATATTCATATATAATTATTTGGTTAATAG 0 78 0 CACAGGAAAGTATCCTTATTGATATGGACG 2 190 0 TTCAATAGAAAAGATTTATTACTGCGTAAG 3 178 1 TTTATCACCTTTTTTTTATTTTTAATATTT 3 280 0 TAAAGTGCTTAAGTCCTATTTAATAAACCT 3 109 0 CTCGATAACTTTATTAAAACAAAAC 4 5 1 TTAAGCTAATTATCATTATTAATTATGATA 4 46 1 ATTTTGTTACATTATTTATTTTACTGATAT 5 37 1 ATTTTAACGCTAATACTATTAACCAAATAA 0 63 1 ATTACTGCGTAAGACCTATTAAAACACTCA 3 195 1 ATTATGATAAATTATCTATTCATTACCTTA 4 67 1 TCAACCTAAATTATTTTATTATGCAAACCC 0 206 0 ACAGCTCTATAATTTTTAATATTTTAAAAT 6 86 0 ATTTTTTATAATTTTTTAATGTTCAATAAT 0 237 0 TCCTTATTGGATTTTTTAAT 6 0 0 ********** MAP Score: 20.4228 Motif 3 TCCAAACTGAATATTATAAAGCTGTGAAAGTTCTGTG 2 135 0 TTAAAACAAAACTATATAAAAGGTTAAGCTAATTATC 4 23 1 GTAAGGGAATACTATATAAAATATTCATATATAATTA 0 90 0 ATCAACAAACACAAAATAAAAATATTAAAAATAAAAA 3 261 1 AAAATATTAAAAATTATAGAGCTGTCA 6 91 1 ATATAGTGAGAGTATATAAAGTAGATATTACAAACCC 3 55 1 TCTGAATTTGAATCTATAAATACAATAATAGATTTTA 0 32 1 GAACATTAAAAAATTATAAAAAATTACTTGGTGAGGG 0 243 1 TAAAAACCATATAAAATAAAAATTAGAAATAAGAATT 1 15 0 TTCCAAATGTCCAATATAAAGTGCTTAAGTCCTATTT 3 118 0 CTTAAGTCCTATTTAATAAACCTTAGATTTTTGTGTC 3 95 0 CCAACAATTATAAACATGATAATAGGTATAT 4 104 0 TTTAACGCTAATACTATTAACCAAATAATTATATATG 0 65 1 TCACTAAGGTAATGAATAGATAATTTATCATAATTAA 4 64 0 ATTTAGGTTGAAATTATTGAACATTAAAAAATTATAA 0 225 1 AGTTTAAAAATAGTTTAGTTAATTTCT 5 0 1 ATAATTTTTAATATTTTAAAATCTTCATCCTGTGCCT 6 71 0 AAAATATTAAAAATAAAAAAAAGGTGATAAA 3 279 1 TAGGATAACAAAACTATTAATATCAACAAACACAAAA 3 240 1 AAATAATGTAACAAAATAGAAATTAACTAAACTATTT 5 17 0 CCAATATTCAATAGAAAAGATTTATTACTGCGTAAGA 3 172 1 * * ****** * * MAP Score: 18.7185 Motif 4 ATTTGAATCTATAAATACAATAATAGATTTTAACGCTAATAC 0 37 1 ATTATTGAACATTAAAAAATTATAAAAAATTACTTGGTGAGG 0 237 1 AAATAAAAATATTAAAAATAAAAAAAAGGTGATAAA 3 274 1 ATAAAAACCATATAAAATAAAAATTAGAAATA 1 21 0 TATCAGTAAAATAAATAATGTAACAAAATAGAAATTAACTAA 5 24 0 CAGGCACAGGATGAAGATTTTAAAATATTAAAAATTATAGAG 6 70 1 TAAGGAGGGGATAATCATAATTAAAAAACTAATTGAAGCATT 6 24 1 TAACAAAACTATTAATATCAACAAACACAAAATAAAAATATT 3 245 1 CGATAACTTTATTAAAACAAAACTATATAAAAGGTTAAGCTA 4 12 1 TATTAACCAAATAATTATATATGAATATTTTATATAGTATTC 0 79 1 GCTTCGGGCTATGAAAACTCTTTAAGAGTTTTCATGTAACTT 2 20 0 CAAACCCATAACCAATAGATTTTTATACCTCATTTTAAAATT 0 171 0 CAAACTGAATATTATAAAGCTGTGAAAGTTCTGTGGATATAC 2 128 0 ATTTATCATAATTAATAATGATAATTAGCTTAACCTTTTATA 4 37 0 GGTGTTGCATATTATTATTATTCAATTTTAAAATGAGGTATA 0 148 1 ATTATTAATTATGATAAATTATCTATTCATTACCTTAGTGAG 4 60 1 CGTAAGACCTATTAAAACACTCAATTTTGAAATTTTGATAGG 3 202 1 ** ** * * * * * * MAP Score: 18.6574 Motif 5 ATTATTTGGTTAATAGTATTAGCGTTAAAATCTATTATTG 0 54 0 AAACACAAAATAAAAATATTAAAAATAAAAAAAAGGTGAT 3 267 1 AATAATTATATATGAATATTTTATATAGTATTCCCTTACA 0 88 1 ATGACCTCCGTATTATTATTCTGAATTTGAATCTATAAAT 0 13 1 TGTTGCATATTATTATTATTCAATTTTAAAATGAGGTATA 0 150 1 TTAAGCTAATTATCATTATTAATTATGATAAATTATCTAT 4 46 1 GATGAAGATTTTAAAATATTAAAAATTATAGAGCTGTCA 6 79 1 TTTCACAGCTTTATAATATTCAGTTTGGAACTTTGACGCC 2 143 1 GTTTGCATAATAAAATAATTTAGGTTGAAATTATTGAACA 0 208 1 TTCTATTTTGTTACATTATTTATTTTACTGATATTTA 5 33 1 AGTAATTTTTTATAATTTTTTAATGTTCAATAATTTCAAC 0 231 0 CCTATCAAAATTTCAAAATTGAGTGTTTTAATAGGTCTTA 3 204 0 TTAATAAACCTTAGATTTTTGTGTCTATGGGTTTGTAATA 3 80 0 TTTGATAGGATAACAAAACTATTAATATCAACAAACACAA 3 235 1 AACCATATAAAATAAAAATTAGAAATAAGAATTCTAAT 1 8 0 TTAATGCTTCAATTAGTTTTTTAATTATGATTATCCCCTC 6 28 0 *** * **** * * MAP Score: 16.513 Motif 6 CTTTCACAGCTTTATAATATTCAGTTTGGAACTTTGA 2 142 1 AGAATTCTTATTTCTAATTTTTATTTTATATGGTTTT 1 13 1 TGTTACATTATTTATTTTACTGATATTTA 5 41 1 GTGTTGCATATTATTATTATTCAATTTTAAAATGAGG 0 149 1 ACAATAAAATTTAGTGTTATTTAAATTTCTT 3 4 0 TTTATATAGTTTTGTTTTAATAAAGTTATCGAG 4 6 0 TATCACCTTTTTTTTATTTTTAATATTTTTATTTTGT 3 271 0 ATCATAATTAATAATGATAATTAGCTTAACCTTTTAT 4 38 0 TGACCTCCGTATTATTATTCTGAATTTGAATCTATAA 0 14 1 TTCAATTAGTTTTTTAATTATGATTATCCCCTCCTTA 6 24 0 TTTAGTTAATTTCTATTTTGTTACATTATTTATTTTA 5 23 1 AGTTTAAAAATAGTTTAGTTAATTTCTATT 5 3 1 GGATGAAGATTTTAAAATATTAAAAATTATAGAGCTG 6 78 1 GTGTTTGTTGATATTAATAGTTTTGTTATCCTATCAA 3 236 0 CCTCACCAAGTAATTTTTTATAATTTTTTAATGTTCA 0 242 0 TGTCTATGGGTTTGTAATATCTACTTTATATACTCTC 3 62 0 ATAATTTAGGTTGAAATTATTGAACATTAAAAAATTA 0 222 1 AAAATATTCATATATAATTATTTGGTTAATAGTATTA 0 73 0 CCTTACATGGTTGCCCATAGTTATCATGGTGTTGCAT 0 121 1 AGTGAGTCATATACCTATTATCATGTTTATAATTGTT 4 96 1 ** * *** * * ** MAP Score: 16.1505 Motif 7 AAATTTTGATAGGATAACAAAACTATTAATATCA 3 231 1 GAAATTATTGAACATTAAAAAATTATAAAAAATT 0 234 1 GGGGATAATCATAATTAAAAAACTAATTGAAGCA 6 30 1 CAACAAACACAAAATAAAAATATTAAAAATAAAA 3 263 1 CGATAACTTTATTAAAACAAAACTATATAAAAGG 4 12 1 AAAAATATTAAAAATAAAAAAAAGGTGATAAA 3 278 1 TGAAGATTTTAAAATATTAAAAATTATAGAGCTG 6 81 1 TTATCCTATCAAAATTTCAAAATTGAGTGTTTTA 3 214 0 ATTTGAATCTATAAATACAATAATAGATTTTAAC 0 37 1 TTAAAATTGAATAATAATAATATGCAACACCATG 0 145 0 ATTCAAATTCAGAATAATAATACGGAGGTCATAA 0 11 0 TAAAAACCATATAAAATAAAAATTAGAAATAAGA 1 18 0 CCAACAATTATAAACATGATAATAGGT 4 108 0 ATTTTTATACCTCATTTTAAAATTGAATAATAAT 0 161 0 AGTTTAAAAATAGTTTAGTTAATT 5 0 1 TATGGGTTTGCATAATAAAATAATTTAGGTTGAA 0 203 1 GAACTTTCACAGCTTTATAATATTCAGTTTGGAA 2 139 1 TAAGGGAATACTATATAAAATATTCATATATAAT 0 92 0 * **** **** * MAP Score: 14.8758 Motif 8 TTGTATTTATAGATTCAAATTCAGAATAATAATACGGAGGTC 0 15 0 ATTTGAATCTATAAATACAATAATAGATTTTAACGCTAATAC 0 37 1 TATTAACCAAATAATTATATATGAATATTTTATATAGTATTC 0 79 1 TTTATACCTCATTTTAAAATTGAATAATAATAATATGCAACA 0 150 0 TTGGTTATGGGTTTGCATAATAAAATAATTTAGGTTGAAATT 0 198 1 ATTATTGAACATTAAAAAATTATAAAAAATTACTTGGTGAGG 0 237 1 AAACCATATAAAATAAAAATTAGAAATAAGAATTCTAAT 1 7 0 AACTTTAAGAAAGTTACATGAAAACTCTTAAAG 2 1 1 AAGAAATTTAAATAACACTAAATTTTATTGTCAATCA 3 5 1 GTCAATCAACACATATATATAGTGAGAGTATATAAAGTAGAT 3 39 1 TTGGTATCTAAATTCCAAATGTCCAATATAAAGTGCTTAAGT 3 125 0 AAAACACTCAATTTTGAAATTTTGATAGGATAACAAAACTAT 3 215 1 AAAACTATTAATATCAACAAACACAAAATAAAAATATTAAAA 3 249 1 CGATAACTTTATTAAAACAAAACTATATAAAAGGTTAAGCTA 4 12 1 AGTTTAAAAATAGTTTAGTTAATTTCTATTTT 5 0 1 AATATCAGTAAAATAAATAATGTAACAAAATAGAAATTAACT 5 26 0 TAAGGAGGGGATAATCATAATTAAAAAACTAATTGAAGCATT 6 24 1 GACAGGCACAGGATGAAGATTTTAAAATATTAAAAATTATAG 6 68 1 * ** * ** * * ** MAP Score: 13.831 Motif 9 TGACCTCCGTATTATTATTCTGAATTTGAATCTATAAATA 0 14 1 GGTGTTGCATATTATTATTATTCAATTTTAAAATGAGGTA 0 148 1 GTTGAAATTATTGAACATTAAAAAATTATAAAAAATTACT 0 231 1 ATTAGAATTCTTATTTCTAATTTTTATTTTATATGG 1 6 1 CTTTCACAGCTTTATAATATTCAGTTTGGAACTTTGACGC 2 142 1 AAGAAATTTAAATAACACTAAATTTTATTGTCAATCA 3 7 1 GCACTTTATATTGGACATTTGGAATTTAGATACCAAAGGC 3 131 1 CGTAAGACCTATTAAAACACTCAATTTTGAAATTTTGATA 3 202 1 TAACAAAACTATTAATATCAACAAACACAAAATAAAAATA 3 245 1 CAAACACAAAATAAAAATATTAAAAATAAAAAAAAGGTGA 3 266 1 CTCGATAACTTTATTAAAACAAAACTATATAAAAGGTTA 4 9 1 GGTTAAGCTAATTATCATTATTAATTATGATAAATTATCT 4 44 1 ATTAAAAAATCCAATAAGGAGGGGATAATC 6 0 1 CAGGCACAGGATGAAGATTTTAAAATATTAAAAATTATAG 6 70 1 ** ** * *** * * MAP Score: 5.19097