AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons034_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944241363 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0369 273 DNA topoisomerase VI, subunit A (top6A) #1 MJ0443 43 conserved hypothetical protein #2 MJ0444 265 conserved hypothetical protein #3 MJ0445 300 translation initiation factor aIF-1A #4 MJ1027 125 formate hydrogenlyase, subunit 5 #5 MJ1028 60 DNA topoisomerase VI, subunit B (top6B) #6 MJ1073 108 conserved hypothetical protein #7 MJ1074 64 M. jannaschii predicted coding region MJ1074 #8 MJ1076 33 M. jannaschii predicted coding region MJ1076 #9 MJ1077 89 seryl-tRNA synthetase (serS) #10 MJ1078 273 M. jannaschii predicted coding region MJ1078 #11 MJ1079 177 conserved hypothetical protein #12 MJ1080 130 M. jannaschii predicted coding region MJ1080 Motif 1 CACCAAGTAATTTTTTATAATTTTTTAATGT 0 245 0 GGTATTTATGTTTTTTATTGTGTTTTTAGAA 9 22 0 AAAACAAACATTTTTTATTATTTTTTGCAGT 10 130 1 TTATCACCTTTTTTTTATTTTTAATATTTTT 3 278 0 CTTATTTCTAATTTTTATTTTATATGGTTTT 1 19 1 AAATGTTTGTTTTTTTAAAATTAACACTAAT 10 112 0 CTGTTTTAAGTTTTTTAAAATTAAAAATGAA 11 147 0 TATTTTTAATATTTTTATTTTGTGTTTGTTG 3 263 0 TTCAATTAGTTTTTTAATTATGATTATCCCC 6 30 0 AGCTCTATAATTTTTAATATTTTAAAATCTT 6 83 0 TAAAAGATGCATTTTTAATATATTTTTAATA 10 240 1 TTTTTAATATATTTTTAATATATTATCTTTC 10 251 1 TAACTAAACTATTTTTAAACT 5 0 0 TTTTGTTACATTATTTATTTTACTGATATTT 5 38 1 TTGGAAAATCTTTTTAAAAATACCAACATTG 10 200 1 TTAAATCATATTATTTAATTTTTTTGCTATA 7 28 0 TATTGTTCTTTTATTTAAAATCTGTCCCTCT 10 19 0 AAATTTAGTGTTATTTAAATTTCTT 3 4 0 AGAATAATCCATATTTATAGTTTAAGTATTC 11 26 0 CAACCTAAATTATTTTATTATGCAAACCCAT 0 204 0 TTTATACCTCATTTTAAAATTGAATAATAAT 0 161 0 CCTTAATTAAATTTTAAATATTAAACTTGAA 12 71 1 CTAATTATCATTATTAATTATGATAAATTAT 4 51 1 AATAACACTAAATTTTATTGTCAATCAACAC 3 20 1 GTGTTTGTTGATATTAATAGTTTTGTTATCC 3 242 0 TGAATAGTTATAATTTATAGTTATAATTTAA 12 98 1 TTATAGTTATAATTTAATAATTTAGAAC 12 112 1 TAGCTTAACCTTTTATATAGTTTTGTTTTAA 4 23 0 TATATGAATATTTTATATAGTATTCCCTTAC 0 96 1 GGTGTTGCATATTATTATTATTCAATTTTAA 0 148 1 TGACCTCCGTATTATTATTCTGAATTTGAAT 0 14 1 CTTTCACAGCTTTATAATATTCAGTTTGGAA 2 142 1 TATTATCATGTTTATAATTGTTGG 4 111 1 TGGATTATTCTTTTATAAAGTCGTTAAAGAG 11 46 1 ATATACCCCCAAATTTAATTTACACCTCCGA 2 103 0 ATCTCAATCCTAATTAAAAGTTATCGTTGGA 10 174 1 CAATCAACACATATATATAGTGAGAGTATAT 3 41 1 ********* * MAP Score: 42.4053 Motif 2 AAATAAAAATATTAAAAATAAAAAAAAGGTGATAAA 3 274 1 ATTAAAAAATCCAATAAGGAGGGGAT 6 0 1 ATTATTGAACATTAAAAAATTATAAAAAATTACTTG 0 237 1 AAGATAATATATTAAAAATATATTAAAAATGCATCT 10 244 0 GTTTTTTAAAATTAAAAATGAATGTAATAATAAAGT 11 133 0 CCAACAATTATAAACATGATAATAGGTATATG 4 103 0 TAAAAACACAATAAAAAACATAAATACCTAATTATC 9 25 1 CAAACTGAATATTATAAAGCTGTGAAAGTTCTGTGG 2 134 0 TAGTGTTAATTTTAAAAAAACAAACATTTTTTATTA 10 114 1 GGAAAATCTTTTTAAAAATACCAACATTGATTTAGA 10 202 1 CATTTTTAATTTTAAAAAACTTAAAACAGAGTGAAA 11 149 1 CAAGTTTAATATTTAAAATTTAATTAAGGTCTTATC 12 64 0 TTATCAATTCAATAAAAACAATAAGAGTGTTATTGG 9 56 1 ATGGGTTTGCATAATAAAATAATTTAGGTTGAAATT 0 204 1 TAAAGTAGATATTACAAACCCATAGACACAAAAATC 3 71 1 CACCAAAAGGTTAAAAAATTAAAGAAAT 8 2 0 GCCCAACGATATAACAAAAGAAACTATTGTTCTTTT 10 38 0 AGAGGGACAGATTTTAAATAAAAGAACAATAGTTTC 10 19 1 TTTATACCTCATTTTAAAATTGAATAATAATAATAT 0 156 0 TAGGATTGAGATATAAAACATTACTACTGCAAAAAA 10 150 0 GATAATCATAATTAAAAAACTAATTGAAGCATTAAG 6 33 1 ATTTTAAAATATTAAAAATTATAGAGCTGTCA 6 86 1 TATACATATTATCAAAAATTGATTTAGATAAATTAG 10 81 1 ATCACATCAAATCAAAAACATATCAAAAATTTAATT 12 31 0 GGATTATTCTTTTATAAAGTCGTTAAAGAGTGTAGT 11 47 1 TTTTGATAGGATAACAAAACTATTAATATCAACAAA 3 234 1 CCAAATGTCCAATATAAAGTGCTTAAGTCCTATTTA 3 117 0 AAAACCATATAAAATAAAAATTAGAAATAAGAATTC 1 14 0 TAGTTTTGTTTTAATAAAGTTATCGAG 4 1 0 AATGAATGTAATAATAAAGTTTAAAGTTAGTGACAG 11 117 0 AAGAAATTTAAATAACACTAAATTTTATTG 3 4 1 AGTTTAAAAATAGTTTAGTTAATTTCTA 5 2 1 ******** * * MAP Score: 37.3902 Motif 3 TTTAACGCTAATACTATTAACCAAATAATTATATA 0 65 1 ATTAACCAAATAATTATATATGAATATTTTATATA 0 80 1 CCTCATTTTAAAATTGAATAATAATAATATGCAAC 0 151 0 TTATAATTTTTTAATGTTCAATAATTTCAACCTAA 0 227 0 TGAACATTAAAAAATTATAAAAAATTACTTGGTGA 0 242 1 ACCATATAAAATAAAAATTAGAAATAAGAATTCTA 1 12 0 AAGAAATTTAAATAACACTAAATTTTATTGTC 3 7 1 AAAGGCACCAATATTCAATAGAAAAGATTTATTAC 3 165 1 TAATATCAACAAACACAAAATAAAAATATTAAAAA 3 257 1 CAAAATAAAAATATTAAAAATAAAAAAAAGGTGAT 3 272 1 ATTATCATTATTAATTATGATAAATTATCTATTCA 4 54 1 ATAAATAATGTAACAAAATAGAAATTAACTAAACT 5 21 0 TAAGGAGGGGATAATCATAATTAAAAAACTAATTG 6 24 1 ATGAAGATTTTAAAATATTAAAAATTATAGAGCTG 6 80 1 TTTTATAGCAAAAAAATTAAATAATATGATTTAAA 7 25 1 CAAAAGGTTAAAAAATTAAAGAAAT 8 0 0 GTATTTCTAAAAACACAATAAAAAACATAAATACC 9 18 1 GACAGATTTTAAATAAAAGAACAATAGTTTCTTTT 10 24 1 GCATAATTTTATACATATTATCAAAAATTGATTTA 10 72 1 TTGTTTTTTTAAAATTAACACTAATTTATCTAAAT 10 102 0 ACTACTGCAAAAAATAATAAAAAATGTTTGTTTTT 10 129 0 ATGCATCTTTTAATTCTAAATCAATGTTGGTATTT 10 217 0 AATATATTAAAAATATATTAAAAATGCATCTTTTA 10 240 0 TTTAACGACTTTATAAAAGAATAATCCATATTTAT 11 39 0 AGTAAAGAACTAATAAAAAAGGAATATCATAATCA 11 80 1 AAGTTTTTTAAAATTAAAAATGAATGTAATAATAA 11 136 0 ATCAAATCAAAAACATATCAAAAATTTAATTGGGT 12 27 0 TAATTTATAGTTATAATTTAATAATTTAGAAC 12 108 1 *** * ** * *** MAP Score: 32.9775 Motif 4 GGTATCTAAATTCCAAATGTCCAATATAAAGTGCTTAAGT 3 125 0 TAAACTGTATTTCTAAAAACACAATAAAAAACATAAATAC 9 12 1 GTATTTATAGATTCAAATTCAGAATAATAATACGGAGGTC 0 15 0 ACCATATAAAATAAAAATTAGAAATAAGAATTCTAAT 1 7 0 ATTAAAAAATCCAATAAGGAGGGGATAATC 6 0 1 GTTCTAAATTATTAAATTATAACTATAAATTATAACTAT 12 101 0 TCGATAACTTTATTAAAACAAAACTATATAAAAGGTTAAG 4 11 1 AAAGATAATATATTAAAAATATATTAAAAATGCATCTTTT 10 241 0 TTAAAGAGTGTAGTAAAGAACTAATAAAAAAGGAATATCA 11 69 1 CATTTTAAAATTGAATAATAATAATATGCAACACCATGAT 0 143 0 CTAAACTATATTGAATACTTAAACTATAAATATGGATTAT 11 14 1 AATATCTACTTTATATACTCTCACTATATATATGTGTTGA 3 44 0 ATAAGACCTTAATTAAATTTTAAATATTAAACTTGAATAG 12 65 1 TTGATAGGATAACAAAACTATTAATATCAACAAACACAAA 3 236 1 AGGATGAAGATTTTAAAATATTAAAAATTATAGAGCTGTC 6 77 1 TAAATAATGTAACAAAATAGAAATTAACTAAACTATTTTT 5 15 0 AAAGTTATCGTTGGAAAATCTTTTTAAAAATACCAACATT 10 190 1 ATTATTCAATTTTAAAATGAGGTATAAAAATCTATTGGTT 0 164 1 CGTAAGACCTATTAAAACACTCAATTTTGAAATTTTGATA 3 202 1 CAAACACAAAATAAAAATATTAAAAATAAAAAAAAGGTGA 3 266 1 TATTGAACATTAAAAAATTATAAAAAATTACTTGGTGAGG 0 239 1 GTTTTTTAAAATTAAAAATGAATGTAATAATAAAGTTTAA 11 129 0 TCTTACGCAGTAATAAATCTTTTCTATTGAATATTGGTGC 3 169 0 AACCAAATAATTATATATGAATATTTTATATAGTATTCCC 0 83 1 TGTTAATTTTAAAAAAACAAACATTTTTTATTATTTTTTG 10 117 1 TTAGAAATGGTTTTATAGCAAAAAAATTAAATAATATGAT 7 15 1 GGTTATGGGTTTGCATAATAAAATAATTTAGGTTGAAATT 0 200 1 GGCGTCAAAGTTCCAAACTGAATATTATAAAGCTGTGAAA 2 143 0 CATTATTAATTATGATAAATTATCTATTCATTACCTTAGT 4 59 1 ** *** * *** * MAP Score: 31.4254