AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons035_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241387
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0679	39	transketolase''
#1	MJ0680	23	pentose-5-phosphate-3-epimerase
#2	MJ0681	156	transketolase'
#3	MJ0861	131	conserved hypothetical protein
#4	MJ0862	176	carotenoid biosynthetic gene ERWCRTS isolog
#5	MJ0960	216	transaldolase
#6	MJ1682	108	heat shock protein HtpX, possibly protease (htpX)

Motif 1
GTTATCCCATTTATGATTTTTATTTTTATCTTAGAT	3	28	1
TTTTTATTATTCATAATTTTTATTTTATTTCTTTTT	4	36	1
      AGTTTCACCTTTTTAAGATTTAAAAAATAA	2	136	0
GTAAATTATTTAAGCATTTTGTATTTACAATATTTT	6	51	1
      ACCATTAGCATTTTATATTTAAATATTTTT	4	4	1
TTTTATAATGTGTCTATTTTTAATTTGTTATTAAAA	4	103	1
CTCACATCCTTTAATTTTTTATAATTTTAATGTTTA	3	102	0
ATTCATTGAGTAATGATATTATTTTTTAAATCTTAA	2	118	1
CCCAAAATAATTAATTTATTATTTTTGTTT      	0	4	0
ATAACATCATTATGGATTTTTTGTTTTTGCTTTTTT	2	77	1
TTTATTTTATTTCTTTTTTTAATATTTTTGATAAAG	4	54	1
TATTTTTAGGTGTAAGTTTTAAATATGACTAACAAT	2	32	1
ATAAATGGGATAACAGTATTAACAATACTGTT    	3	6	0
TGTTAGGCTGTAAATTTATTTAAAATAATTAAATAT	3	63	1
ATACCACTATTTTGTTTATTATGTTTTAACTACACT	5	70	0
TATAAAAACCTTTGTATATTCAAATTAATAATAAGA	5	118	1
        ACTTCCTCTATTTACTATCTATTATTTT	2	2	1
TTTTTGTTTTTGCTTTTTTTATTAATTCATTGAGTA	2	94	1
TCACGTAAATTGTCTTTATTATAAATTTAAAAATAG	5	14	1
TTTATAATTTTAATGTTTATAAATATTTAATTATTT	3	85	0
     CCCTATCCCTCTTATAAAATTTTATGATAGG	5	195	0
      AATTTTATTTTTTGGTGATTTAA       	1	4	1
AAATACTATATAAATATTTGCTATATAACTTTGTGA	4	141	0
ATTAATGCCCTACGGATAATAAAATTAGCAACGTAA	6	19	1
          * *   **** * ***
MAP Score: 32.3768

Motif 2
         AAACAAAAATAATAAATTAATTAT	0	1	1
TTTTAGGTGTAAGTTTTAAATATGACTAACAAT	2	35	1
TTACTCAATGAATTAATAAAAAAAGCAAAAACA	2	98	0
TCACCTTTTTAAGATTTAAAAAATAATATCATT	2	129	0
ATCTAAGATAAAAATAAAAATCATAAATGGGAT	3	31	0
TAAATATTTAATTATTTTAAATAAATTTACAGC	3	69	0
AAAATAATTAAATATTTATAAACATTAAAATTA	3	84	1
ATAAACATTAAAATTATAAAAAATTAAAGGATG	3	101	1
AAAAATATTTAAATATAAAATGCTAATGGT   	4	7	0
AAAAAGAAATAAAATAAAAATTATGAATAATAA	4	39	0
CTTTATCAAAAATATTAAAAAAAGAAATAAAAT	4	57	0
AACTTTGTGAAATTTTAATAACAAATTAAAAAT	4	118	0
AAATTTCACAAAGTTATATAGCAAATATTTATA	4	136	1
TCTTTATTATAAATTTAAAAATAGATTTTCCAT	5	26	1
GTGTAGTTAAAACATAATAAACAAAATAGTGGT	5	71	1
AAATAGTGGTATATAATTTACTACTATAAAAAC	5	94	1
TTGTATATTCAAATTAATAATAAGAGATAACTT	5	129	1
AATAAGAGATAACTTTTTAACCCCCTACGATAT	5	147	1
GCCTATCATAAAATTTTATAAGAGGGATAGGG 	5	194	1
CCCTACGGATAATAAAATTAGCAACGTAAATTA	6	26	1
TTAGCAACGTAAATTATTTAAGCATTTTGTATT	6	43	1
TGTATTTACAATATTTTTAAACAAAGTTTTAAA	6	70	1
          ** *******  *
MAP Score: 14.2042