AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons035_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241395
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0679	39	transketolase''
#1	MJ0680	23	pentose-5-phosphate-3-epimerase
#2	MJ0681	156	transketolase'
#3	MJ0682	26	conserved hypothetical protein
#4	MJ0683	29	conserved hypothetical protein
#5	MJ0684	68	aspartate aminotransferase (aspB2)
#6	MJ0861	131	conserved hypothetical protein
#7	MJ0862	176	carotenoid biosynthetic gene ERWCRTS isolog
#8	MJ0863	70	heterodisulfide reductase, subunit B2 (hdrB2)
#9	MJ0864	160	heterodisulfide reductase, subunit C2 (hdrC2)
#10	MJ0960	216	transaldolase
#11	MJ1682	108	heat shock protein HtpX, possibly protease (htpX)

Motif 1
CCACGAAAAGTATTATTAATTAATAATAAT	5	19	1
AGTTATCTCTTATTATTAATTTGAATATAC	10	131	0
AAATTGTCTTTATTATAAATTTAAAAATAG	10	20	1
TAATTTTTTATAATTTTAATGTTTATAAAT	6	97	0
TTTTATTGTTTAATTTTAATTCTAATTTTA	8	16	0
TTTACGTTGCTAATTTTATTATCCGTAGGG	11	26	0
TTTCTTTTTTTAATATTTTTGATAAAGTCA	7	63	1
ATTTTAATTCTAATTTTATTGGAT      	8	4	0
ATAATGTGTCTATTTTTAATTTGTTATTAA	7	107	1
ATTTACTATCTATTATTTTTAGGTGTAAGT	2	19	1
TGAGTAATGATATTATTTTTTAAATCTTAA	2	124	1
ATAATTAATTTATTATTTTTGTTT      	0	4	0
AATATTTAATTATTTTAAATAAATTTACAG	6	70	0
TTATTATTCATAATTTTTATTTTATTTCTT	7	39	1
     GCTCTAATTATTAATGCCCTACGGA	11	5	1
TATATTTAAATATTTTTTATTATTCATAAT	7	23	1
CACTAAAAGGAATTATTATTAATTAATAAT	5	30	0
GATGTTATGCTAAAATAATTGTTAGTCATA	2	55	0
TAAAATAATTAAATATTTATAAACATTAAA	6	83	1
TAACTTTGTGAAATTTTAATAACAAATTAA	7	122	0
GTTATATAGCAAATATTTATATAGTATTTG	7	148	1
AATTAAATTTTAAAATTTATTTATAATGAG	9	56	1
ATGAGGGGGTTATTTTATTTAACTTCTT  	9	8	0
ATAAATTTTAAAATTTAATTTAAAGAGAAA	9	46	0
GCTTTTAGGAAATTATATATCGTAGGGGGT	10	166	0
TATTTCCTTTAATTTTTTATTGTTTAATTT	8	30	0
TTTCACCCAAAATAATTAATTTATTATTTT	0	15	0
TTTATAGTAGTAAATTATATACCACTATTT	10	94	0
ATTAGCAACGTAAATTATTTAAGCATTTTG	11	42	1
          **********
MAP Score: 40.4348

Motif 2
AAACAAAAATAATAAATTAATTATTTTGGGTGAA	0	10	1
AAATTTTAATAACAAATTAAAAATAGACACATTA	7	108	0
TAAAAAAAGAAATAAAATAAAAATTATGAATAAT	7	41	0
AATTTATTTAAAATAATTAAATATTTATAAACAT	6	75	1
TAGCAACGTAAATTATTTAAGCATTTTGTATTTA	11	44	1
GAATAATAAAAAATATTTAAATATAAAATGCTAA	7	14	0
TAAAATTATAAAAAATTAAAGGATGTGAGAGA  	6	109	1
      ATCCAATAAAATTAGAATTAAAATTAAA	8	4	1
GACACATTATAAAAAAGTTAGTATTGACTTTATC	7	83	0
 CTTATCACCAAAAATCTTATTATTTCCTTTAAT	8	47	0
TATGACTAACAATTATTTTAGCATAACATCATTA	2	55	1
TTAAGATTTAAAAAATAATATCATTACTCAATGA	2	120	0
CTAACATTCGAAGTTTCTAACTATATATATAACC	9	107	1
ATCTAAGATAAAAATAAAAATCATAAATGGGATA	6	30	0
AATATTTATAAACATTAAAATTATAAAAAATTAA	6	94	1
TCAATGAATTAATAAAAAAAGCAAAAACAAAAAA	2	93	0
TAAATTTTAAAATTTATTTATAATGAGGTATTTT	9	59	1
TTAAACAATAAAAAATTAAAGGAAATAATAAGAT	8	33	1
CCCTACGGATAATAAAATTAGCAACGTAAATTAT	11	26	1
AAGGAATTATTATTAATTAATAATACTTTTCGTG	5	20	0
TGACTTTATCAAAAATATTAAAAAAAGAAATAAA	7	59	0
GTGTAGTTAAAACATAATAAACAAAATAGTGGTA	10	71	1
TTTCACCAAATACTATATAAATATTTGCTATATA	7	150	0
       AAGAAGTTAAATAAAATAACCCCCTCA	9	3	1
AAATTAGAATTAAAATTAAACAATAAAAAATTAA	8	18	1
ATCCCTCTTATAAAATTTTATGATAGGCTTTTAG	10	188	0
ATCTATTTTTAAATTTATAATAAAGACAATTTAC	10	18	0
AAATTTCACAAAGTTATATAGCAAATATTTATAT	7	136	1
          ** *** ***  **
MAP Score: 37.9118

Motif 3
GGATTTTTTGTTTTTGCTTTTTTTATTAATTCATTG	2	90	1
GCATTTTATATTTAAATATTTTTTATTATTCATAAT	7	17	1
TTATTTCTTTTTTTAATATTTTTGATAAAGTCAATA	7	60	1
TTTATAAATATTTAATTATTTTAAATAAATTTACAG	6	70	0
ACGTAAATTATTTAAGCATTTTGTATTTACAATATT	11	49	1
AATAATTCCTTTTAGTGTTTATAAATGGTGATGTC 	5	43	1
TAAATTAAATTTTAAAATTTATTTATAATGAGGTAT	9	54	1
TTTTTATAATTTTAATGTTTATAAATATTTAATTAT	6	87	0
TGTTATCCCATTTATGATTTTTATTTTTATCTTAGA	6	27	1
AAATAATTAATTTATTATTTTTGTTT          	0	0	0
ATACCACTATTTTGTTTATTATGTTTTAACTACACT	10	70	0
GGAAAATCTATTTTTAAATTTATAATAAAGACAATT	10	21	0
TCTCACATCCTTTAATTTTTTATAATTTTAATGTTT	6	103	0
CCTTTAATTTTTTATTGTTTAATTTTAATTCTAATT	8	19	0
CCCCCTCATGTTTTTAATTTCTCTTTAAATTAAATT	9	29	1
TTTTTTATAATGTGTCTATTTTTAATTTGTTATTAA	7	101	1
TGATAGGCTTTTAGGAAATTATATATCGTAGGGGGT	10	166	0
GCTATATAACTTTGTGAAATTTTAATAACAAATTAA	7	122	0
ATTAGCCCCTTATAAAGTTTTTGCTTAT        	4	2	0
TAAGGTAGGGTTTTGGTTATATATATAGTTAGAAAC	9	119	0
TATAAAAACCTTTGTATATTCAAATTAATAATAAGA	10	118	1
CTATCCCTCTTATAAAATTTTATGATAGGCTTTTAG	10	188	0
TATTTTTAGGTGTAAGTTTTAAATATGACTAACAAT	2	32	1
ATTCATAATTTTTATTTTATTTCTTTTTTTAATATT	7	44	1
CATGAGGGGGTTATTTTATTTAACTTCTT       	9	3	0
TATTTTAGCATAACATCATTATGGATTTTTTGTTTT	2	68	1
CACAAAGTTATATAGCAAATATTTATATAGTATTTG	7	142	1
ATTCATTGAGTAATGATATTATTTTTTAAATCTTAA	2	118	1
ATAAATGGGATAACAGTATTAACAATACTGTT    	6	6	0
          ***    *****  **
MAP Score: 34.5314

Motif 4
TCATAATTTTTATTTTATTTCTTTTTTTAATATTTTTG	7	46	1
ATGAGGGGGTTATTTTATTTAACTTCTT          	9	0	0
TATATACCACTATTTTGTTTATTATGTTTTAACTACAC	10	71	0
ATAATGTGTCTATTTTTAATTTGTTATTAAAATTTCAC	7	107	1
  ACTTCCTCTATTTACTATCTATTATTTTTAGGTGTA	2	8	1
TTTTAAAATTTATTTATAATGAGGTATTTTACAAGTGT	9	63	1
TTGTTTTTGCTTTTTTTATTAATTCATTGAGTAATGAT	2	97	1
TTTATTGTTTAATTTTAATTCTAATTTTATTGGAT   	8	7	0
TGAGTAATGATATTATTTTTTAAATCTTAAAAAGGTGA	2	124	1
ATGCTTAAATAATTTACGTTGCTAATTTTATTATCCGT	11	30	0
ATTTAAATATTTTTTATTATTCATAATTTTTATTTTAT	7	26	1
CAAAATAATTAATTTATTATTTTTGTTT          	0	0	0
        AATTTTATTTTTTGGTGATTTAA       	1	2	1
TCCTTTAATTTTTTATAATTTTAATGTTTATAAATATT	6	94	0
CTCTTATAAAATTTTATGATAGGCTTTTAGGAAATTAT	10	180	0
AAGTATTATTAATTAATAATAATTCCTTTTAGTGTTTA	5	26	1
CTGTTATCCCATTTATGATTTTTATTTTTATCTTAGAT	6	26	1
TATACAAAGGTTTTTATAGTAGTAAATTATATACCACT	10	98	0
AACGTAAATTATTTAAGCATTTTGTATTTACAATATTT	11	48	1
TTGCTAATTTTATTATCCGTAGGGCATTAATAATTAGA	11	12	0
GTATTTACAATATTTTTAAACAAAGTTTTAAATGAGTG	11	71	1
AACCCCCTCATGTTTTTAATTTCTCTTTAAATTAAATT	9	27	1
TTAGGCTGTAAATTTATTTAAAATAATTAAATATTTAT	6	65	1
ATTATAAATAAATTTTAAAATTTAATTTAAAGAGAAAT	9	45	0
AAAAATCTTATTATTTCCTTTAATTTTTTATTGTTTAA	8	33	0
CTTTATTATAAATTTAAAAATAGATTTTCCATTTGAGA	10	27	1
          ******  **      **
MAP Score: 30.668

Motif 5
AAATTAATTATTTTGGGTGAAAAATC    	0	23	1
  AATTTTATTTTTTGGTGATTTAA     	1	8	1
TATCTATTATTTTTAGGTGTAAGTTTTAAA	2	25	1
TAAAAACACATTAATGGTGATGCATA    	3	10	1
TTAGTGTTTATAAATGGTGATGTC      	5	54	1
ATTTATATAGTATTTGGTGAAATT      	7	162	1
AATAATAAGATTTTTGGTGATAAG      	8	56	1
          **********
MAP Score: 9.85224

Motif 6
   AAACAAAAATAATAAATTAATTATTTTGGGTGAA	0	7	1
 ACTTCCTCTATTTACTATCTATTATTTTTAGGTGTA	2	9	1
CTAACAATTATTTTAGCATAACATCATTATGGATTTT	2	60	1
TAAAAAAAGCAAAAACAAAAAATCCATAATGATGTTA	2	78	0
TTGTTTTTGCTTTTTTTATTAATTCATTGAGTAATGA	2	97	1
AGTTTCACCTTTTTAAGATTTAAAAAATAATATCATT	2	129	0
TAAAAGGAATTATTATTAATTAATAATACTTTTCGTG	5	20	0
 GACATCACCATTTATAAACACTAAAAGGAATTATTA	5	42	0
CTGTTATCCCATTTATGATTTTTATTTTTATCTTAGA	6	26	1
CTGTAAATTTATTTAAAATAATTAAATATTTATAAAC	6	70	1
ATAATTAAATATTTATAAACATTAAAATTATAAAAAA	6	87	1
 ACCATTAGCATTTTATATTTAAATATTTTTTATTAT	7	9	1
ATAAAATAAAAATTATGAATAATAAAAAATATTTAAA	7	27	0
TTCATAATTTTTATTTTATTTCTTTTTTTAATATTTT	7	45	1
TTTTTTTAATATTTTTGATAAAGTCAATACTAACTTT	7	67	1
ATACTAACTTTTTTATAATGTGTCTATTTTTAATTTG	7	93	1
CTTTGTGAAATTTTAATAACAAATTAAAAATAGACAC	7	112	0
 AATTTCACCAAATACTATATAAATATTTGCTATATA	7	150	0
 ATCCAATAAAATTAGAATTAAAATTAAACAATAAAA	8	9	1
TTTCTCTTTAAATTAAATTTTAAAATTTATTTATAAT	9	46	1
TTTAAAATTTATTTATAATGAGGTATTTTACAAGTGT	9	64	1
TGGAAAATCTATTTTTAAATTTATAATAAAGACAATT	10	21	0
TGTATATTCAAATTAATAATAAGAGATAACTTTTTAA	10	130	1
ACCCCCTACGATATATAATTTCCTAAAAGCCTATCAT	10	166	1
CCTATCCCTCTTATAAAATTTTATGATAGGCTTTTAG	10	188	0
ACGTAAATTATTTAAGCATTTTGTATTTACAATATTT	11	49	1
TATTTACAATATTTTTAAACAAAGTTTTAAATGAGTG	11	72	1
          *****  ** *    **
MAP Score: 2.90859