AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons036_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241414
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0263	238	conserved hypothetical protein
#1	MJ0571	300	aspartate kinase (lysC)
#2	MJ0572	39	M. jannaschii predicted coding region MJ0572
#3	MJ0792	300	M. jannaschii predicted coding region MJ0792
#4	MJ0792.1	68	M. jannaschii predicted coding region MJ0792.1
#5	MJ0793	60	M. jannaschii predicted coding region MJ0793
#6	MJ0794	48	M. jannaschii predicted coding region MJ0794
#7	MJ0795	79	M. jannaschii predicted coding region MJ0795
#8	MJ0940	300	transformation sensitive protein
#9	MJ1424	202	tRNA intron endonuclease (endA)
#10	MJ1425	25	malate dehydrogenase
#11	MJ1427	97	M. jannaschii predicted coding region MJ1427

Motif 1
ATCCACAATAAATTTTAAGATTTTATAAATAATAACT	9	175	1
 AATCTCACCATTATTAAGGTTTTAAAGATAATAACA	11	71	0
GGAGCATCTTTTTATTAACCTTTTATATTTTTAGTTC	1	171	0
GTAAATTATATATGTTAAAATTTTTAACTTATTAGAA	3	106	0
ATTTTAATAATTTTTTGATATTTTTTAGGTGATATAA	4	28	1
CACAAGAGTAAATTTTATATTTTTATATAGATAATAT	0	119	1
         AAATGTTTTTCTTTTTTAATTTTAATAA	4	1	1
AAGAGAATATAATGTTCTATTTTTAAATTTGATTAAA	1	124	0
TATTATGATTTTTATTATGATTTTATAAGAATAATAT	8	19	0
TATTTTTAACTATTTTATAATTTTATATCAAAAAATG	3	29	0
CATTATATTCTCTTTTTAGCTTATGAACTAAAAATAT	1	147	1
TAATAATCCCTATATTAAAATTATGTATCATCATCAG	8	190	0
AATCATAATATATATAGAGGTTTTGTATTATTACATT	3	155	1
GTGGATATAGAGTTTTCATCTTTTATTATGATTTTTA	8	42	0
   GCTTCAAACTTTTTATTTTTTGTTGTAAATATTT	11	7	1
ATCGCCAACTATTCTTTAATTTTTTGTATGGTGCCCC	3	215	0
TTCAATGTTAAATGTTATAGTTATATACAAATAATAT	0	157	1
TGCCCCTATTATTTTCCACATTTTTCACAAATGTAAT	3	184	0
ATTGGAGTTATTTGTAATATTTTTATATCACAAGATT	8	253	0
          AATCTTTTATTTTTTATTTTTAATTTT	2	0	1
TAATTTTCCTATTTTCGTAATTTTATAAGGTTCGAAA	0	15	1
AATAGTTAAAAATAATTTACTTTTTTAAAGTTATAAT	3	52	1
TTGTTGTAAATATTTATAATTTATAGAACATCTGGTT	11	29	1
TGTTAAAGTTATTATTTATTTTATCATCATTATTGTA	5	22	0
CGTTCCACAGAATATAATCTTTATAAAGAATTGAATA	8	140	0
AGACCATGTATATTTAAAATTTTTCTTTATTGGGGAG	1	220	0
CTCTTAAAGAAGTTTAATTATTTTTATTCTTTATACT	1	68	0
          AATTAAAAATTTTTGGAGGGATATA  	10	0	1
CCTTTAGGCATCTAAATACCTTTTTAATATAAAAACT	9	69	1
ACCATATGTTATTTATTTTATTATCCACAATAAATTT	9	153	1
TGAAATATAATTTTTCTTAGTTTTCATCCTCTTAGAG	1	11	0
AAAAATTATATTTCACTATTTTTTCAAATATTTTTAG	1	33	1
AACATTTAACATTGAAGATATTATCTATATAAAAATA	0	136	0
         TATTGATTATGTTATATTTCATTTTTTG	3	1	1
TTTAAAGGCATCTAAATATCTTATATTAAGTATATGA	8	103	0
GATTTCGGACACTCAACTTATTATTATCGTTAATAAT	8	220	0
          * * ** *  ****  *
MAP Score: 51.3721

Motif 2
      AATCTTTTATTTTTTATTTTTAATTTTT	2	4	1
 TATTGATTATGTTATATTTCATTTTTTGATATA	3	9	1
AATGTTCTATTTTTAAATTTGATTAAAACTATTT	1	117	0
CAATTGTTAAAGTTATTATTTATTTTATCATCAT	5	29	0
ATTTATAAAATCTTAAAATTTATTGTGGATAATA	9	171	0
ACTTTTTTAAAGTTATAATTGTTTTATTATTAAA	3	70	1
CATATAAACCTATTTTTATTAATTGTCCTTTTAT	0	65	1
GTTTAATTATTTTTATTCTTTATACTAAAAATAT	1	60	0
CCAAAAATTATTTTATAATTGATAAGATTAACCA	1	268	0
CTCAACTTATTATTATCGTTAATAATCCCTATAT	8	212	0
       AAATGTTTTTCTTTTTTAATTTTAATA	4	3	1
TTTCATCTTTTATTATGATTTTTATTATGATTTT	8	32	0
AACATCTGGTTGTTATTGTTATTATCTTTAAAAC	11	55	1
          TATTATTCTATATTATTCTTATAA	8	0	1
GGTTTATATGTTTTATTGTAAATTTTCGAACCTT	0	41	0
GAATAAAAATAATTAAACTTCTTTAAGAGAAAGC	1	76	1
GTATATTTAAAATTTTTCTTTATTGGGGAGTTAG	1	216	0
          AGTTATTATTTATAAAATCTTAAA	9	188	0
TGTTGTAAATATTTATAATTTATAGAACATCTGG	11	30	1
AAATTATATATGTTAAAATTTTTAACTTATTAGA	3	107	0
   GCTTCAAACTTTTTATTTTTTGTTGTAAATA	11	7	1
TCTTTTTTAATTTTAATAATTTTTTGATATTTTT	4	19	1
TTTTTAACTATTTTATAATTTTATATCAAAAAAT	3	30	0
CAAGAGTAAATTTTATATTTTTATATAGATAATA	0	121	1
CAATGTTAAATGTTATAGTTATATACAAATAATA	0	159	1
TTAATTTTCCTATTTTCGTAATTTTATAAGGTTC	0	14	1
ATAAACCATATGTTATTTATTTTATTATCCACAA	9	149	1
ATAATTGTTTTATTATTAAAAATTCTAATAAGTT	3	84	1
TTCACCTCAATATTATAGAACTTTCGCAGGAATA	9	13	1
ATTATAAAATAGTTAAAAATAATTTACTTTTTTA	3	45	1
          AATTAAAAATTTTTGGAGGGATAT	10	0	1
AACCTTTTATATTTTTAGTTCATAAGCTAAAAAG	1	158	0
AGCATCTTTTTATTAACCTTTTATATTTTTAGTT	1	172	0
   CTATTAGATTTTTCAATGATTGTATTTGTTA	6	27	0
GTGAAATATAATTTTTCTTAGTTTTCATCCTCTT	1	15	0
CCTCTATATATATTATGATTTAAAGTTAAATAGT	3	141	0
TATTTCACTATTTTTTCAAATATTTTTAGTATAA	1	41	1
ATCTCACCATTATTAAGGTTTTAAAGATAATAAC	11	72	0
TTCATTCATTAATTTTGTTAAATAACATAAACCA	9	123	1
          * ****  ** ***
MAP Score: 42.3875

Motif 3
AAGAAGTTTAATTATTTTTATTCTTTATACTAAAAATATTT	1	58	0
CAATTGTTAAAGTTATTATTTATTTTATCATCATTATTGTA	5	22	0
AACATAAACCATATGTTATTTATTTTATTATCCACAATAAA	9	146	1
     GCTTCAAACTTTTTATTTTTTGTTGTAAATATTTAT	11	5	1
CGTCATCGCCAACTATTCTTTAATTTTTTGTATGGTGCCCC	3	215	0
ACATGGTCTAAAATTTTGTGTGGTTAATCTTATCAATTATA	1	248	1
AATTATTTTTAACTATTTTATAATTTTATATCAAAAAATGA	3	28	0
         AAATGTTTTTCTTTTTTAATTTTAATAATTTT	4	1	1
TTTTAATTTTAATAATTTTTTGATATTTTTTAGGTGATATA	4	23	1
         TATTGATTATGTTATATTTCATTTTTTGATAT	3	1	1
TTAAAGTTATAATTGTTTTATTATTAAAAATTCTAATAAGT	3	76	1
ATATATATAGAGGTTTTGTATTATTACATTTGTGAAAAATG	3	162	1
AACTTACACCAAAAATTATTTTATAATTGATAAGATTAACC	1	269	0
AAATAGGTTTATATGTTTTATTGTAAATTTTCGAACCTTAT	0	39	0
CTTTTTATTAACCTTTTATATTTTTAGTTCATAAGCTAAAA	1	160	0
         AATCTTTTATTTTTTATTTTTAATTTTTAGGG	2	1	1
TAAAACATATAAACCTATTTTTATTAATTGTCCTTTTATCG	0	60	1
CAAAACCTCTATATATATTATGATTTAAAGTTAAATAGTAA	3	139	0
TTGTGGATATAGAGTTTTCATCTTTTATTATGATTTTTATT	8	40	0
ATAGTGAAATATAATTTTTCTTAGTTTTCATCCTCTTAGAG	1	11	0
GAAGTTCTATATTAATTCATTCATTAATTTTGTTAAATAAC	9	108	1
AATAGTTAAAAATAATTTACTTTTTTAAAGTTATAATTGTT	3	52	1
AGATGCCTTTAAATATTCAATTCTTTATAAAGATTATATTC	8	127	1
CTTCACAAGAGTAAATTTTATATTTTTATATAGATAATATC	0	116	1
AATAACAACCAGATGTTCTATAAATTATAAATATTTACAAC	11	31	0
TTTTATTATGATTTTTATTATGATTTTATAAGAATAATATA	8	18	0
TATATAGATAATATCTTCAATGTTAAATGTTATAGTTATAT	0	142	1
          AGTTATTATTTATAAAATCTTAAAATTTATT	9	181	0
GATTGGAGTTATTTGTAATATTTTTATATCACAAGATTTCG	8	250	0
CGCAGGAATAAATGATTTATTGAATAATGATGCCTTTAGGC	9	37	1
ACTCTAATAAATCTGTTAATTTGAATGTTGTGTTATAATGT	0	200	0
          *    ** * *  *** *  *
MAP Score: 36.6687