AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons036_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944241435 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0263 238 conserved hypothetical protein #1 MJ0264 41 carbon monoxide dehydrogenase, iron sulfur subunit CooF-1 (cooF1) #2 MJ0265 42 carbon monoxide dehydrogenase, iron sulfur subunit CooF-1 (cooF2) #3 MJ0266 27 pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit beta (porB) #4 MJ0267 21 pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit alpha (porA) #5 MJ0269 283 pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit gamma (porG) #6 MJ0270 300 M. jannaschii predicted coding region MJ0270 #7 MJ0571 300 aspartate kinase (lysC) #8 MJ0572 39 M. jannaschii predicted coding region MJ0572 #9 MJ0792 300 M. jannaschii predicted coding region MJ0792 #10 MJ0792.1 68 M. jannaschii predicted coding region MJ0792.1 #11 MJ0793 60 M. jannaschii predicted coding region MJ0793 #12 MJ0794 48 M. jannaschii predicted coding region MJ0794 #13 MJ0795 79 M. jannaschii predicted coding region MJ0795 #14 MJ0940 300 transformation sensitive protein #15 MJ1424 202 tRNA intron endonuclease (endA) #16 MJ1425 25 malate dehydrogenase #17 MJ1427 97 M. jannaschii predicted coding region MJ1427 Motif 1 AATCTTTTATTTTTTATTTTTAATT 8 2 1 CATGTAAATTAATTTTATTTTTTCTTATGCCTA 5 168 1 TTTATTTTTTATTTTTAATTTTTAGGGTGTTAA 8 15 1 AAATTATATATGTTAAAATTTTTAACTTATTAG 9 108 0 CGCCAACTATTCTTTAATTTTTTGTATGGTGCC 9 217 0 TATAATGTTGTGTTATATTATTTGTATATAACT 0 175 0 TTTATTAACCTTTTATATTTTTAGTTCATAAGC 7 165 0 GAGAATATAATGTTCTATTTTTAAATTTGATTA 7 126 0 TTTTTAACTATTTTATAATTTTATATCAAAAAA 9 31 0 CACCAAAAACTATTTTAATTTTAGTAAAAAAAG 2 19 0 CAAGAGTAAATTTTATATTTTTATATAGATAAT 0 121 1 AATGTTTTTCTTTTTTAATTTTAATAATTTTTT 10 11 1 TTATATGTTTTATTGTAAATTTTCGAACCTTAT 0 39 0 CTAAAAATGATGTTGTATTTATTTTTGAGAATG 5 118 0 GATTATGTTATATTTCATTTTTTGATATAAAAT 9 14 1 GACCATGTATATTTAAAATTTTTCTTTATTGGG 7 223 0 GATTGGAGTTATTTGTAATATTTTTATATCACA 14 258 0 TAATTCTAAGTATTTAAATATTTTTATGAAAAA 6 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