AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons037_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241460
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0101	93	signal recognition particle, subunit SRP54
#1	MJ0102	300	Phenylacrylic acid decarboxylase
#2	MJ0210	86	succinyl-CoA synthetase, beta subunit
#3	MJ0291	137	signal recognition particle, receptor
#4	MJ0547	165	cell division inhibitor minD
#5	MJ1246	300	succinyl-CoA synthetase, alpha subunit (sucD)
#6	MJ1642	300	conserved hypothetical protein

Motif 1
TTTTAATGCAAAATTTTAAAATTATCATATAAA	2	37	0
CTATCACCTTAAATGATAAATTTCTTTTTAATG	2	62	0
GCCGATATATAAATATTAAATTTGAATAAAGCA	3	98	0
AAATTTCTGAAAACAATAAAATTTTTAATTGAA	0	22	1
     GTATTAAACCGTAAAATTTATATATCCC	5	282	0
TCACCATTAAAAACTGTTAAGTTAAGATTTAAA	1	273	0
AGTAATTTTAATATAATAAAATTACGAACAATA	3	58	0
AGTGCCTTATAAATATATAAATTGTGAAAGTTC	5	222	1
         TAAACCTATAAATTTATCACCAAA	2	1	1
ACCGAAGAGTATATATTTAACTTAACTATAACT	4	107	1
TTGTTTTCAGAAATTTTAGAATTATACT     	0	5	0
ACCTAAAATAAAATAATAAAATGGTGCCGAGGG	1	184	0
AATAAATCAGAAAGATTTAAGTTATTTAAAAAA	5	12	1
TACCTATTTACAACACTAAAGTTATAGTTAAGT	4	126	0
ACACTTAATAAAATATTATATTTCTTCAATTAA	0	46	0
TAAAATTATCATATAAAAAATTTGGTGATAAAT	2	21	0
      TCTAAAATCTTTATATTACCTATTTAC	4	148	0
ATCGTCATTCCAATAGTAGATTTATTCCTGTGA	5	173	0
GCGGCGAGACAAACATTAGTTTTATATACTTGA	6	110	1
          ****  **** **
MAP Score: 21.7166

Motif 2
     AGTATAATTCTAAAATTTCTGAAAACAATAAAA	0	5	1
AATTTCTGAAAACAATAAAATTTTTAATTGAAGAAATA	0	23	1
ACACTTAATAAAATATTATATTTCTTCAATTAAAAATT	0	41	0
TCTGAAAGATTTTGTTTAACTTTTTCTAAAAGTTTCGT	1	136	1
TTTAGGTTGTTATATTTATTTTTTTAGATTTATGGATT	1	210	1
ACTATTTTTAAATAGTATTTATTTTTTAAATCTTAACT	1	249	1
TTTTAAATCTTAACTTAACAGTTTTTAATGGTGAATTT	1	272	1
CTATAAATTTATCACCAAATTTTTTATATGATAATTTT	2	15	1
TTTTATATGATAATTTTAAAATTTTGCATTAAAAAGAA	2	36	1
CTATCACCTTAAATGATAAATTTCTTTTTAATGCAAAA	2	57	0
GTAATTTTATTATATTAAAATTACTTTAACAATGCTTT	3	66	1
TGCTTTATTCAAATTTAATATTTATATATCGGCATAGG	3	98	1
GCAAATGTTGTTAGATAACCTTATTCAATTAATTAATG	4	31	1
AATTAATTAATGATGTAATGTTTTTGAAGATAAGCGTG	4	57	1
AACTTAACTATAACTTTAGTGTTGTAAATAGGTAATAT	4	125	1
TGTAAATAGGTAATATAAAGATTTTAGA          	4	147	1
TAAATATATAAATTGTGAAAGTTCTACAACGACACATA	5	231	1
    GTATTAAACCGTAAAATTTATATATCCCCTTTTA	5	276	0
GCGGCGAGACAAACATTAGTTTTATATACTTGAAATTA	6	110	1
          **   ***  *** *  *
MAP Score: 5.84744

Motif 3
TTGATGAAATGGAAAGCTACGCTTTCCAGCTATGAAAACTCTTT	1	51	1
TTGAAGATAAGCGTGTCCTAATATTAAACCGAAGAGTATATATT	4	80	1
AAAAATGGTGGGGGTGCTGGGATTTGAACCCAGGTCCAGGGATT	5	40	1
CGGGGGTGTGGTGTAGCCAGGTCTATCATCGGGGACTCCAGTTG	5	113	0
TGTTGCTAAGGAAGCTCCAAGCTTTAGCTCGGAGAGGATTCAGA	6	14	1
GTTTGTCTCGCCGCCTCCCTATCTTCGAGCGTAGCAAGGAGAGT	6	80	0
GCTTTATTGAGGGTAGCTCTGACTCTGCCCGATGACACCAACCT	6	155	1
GTTCCAACACGGAACACCCTGCTACTTATCGTCGCCGATAGGTC	6	206	0
          * *   **  *  *   * **  *
MAP Score: 3.77736

Motif 4
 AGTATAATTCTAAAATTTCTGAAAACAATA	0	9	1
TCTGAAAACAATAAAATTTTTAATTGAAGAA	0	27	1
AATTGAAGAAATATAATATTTTATTAAGTGT	0	48	1
CTTTCCAGCTATGAAAACTCTTTTAGTTTTC	1	72	1
TAGCTTCGGGCTACAAAATCTGAAAGATTTT	1	118	1
AAAAAGTTAAACAAAATCTTTCAGATTTTGT	1	130	0
AGGTTGTTATATTTATTTTTTTAGATTTATG	1	213	1
AAATTATCATATAAAAAATTTGGTGATAAAT	2	21	0
TTTCTTTTTAATGCAAAATTTTAAAATTATC	2	44	0
CAATATTTATATGTAATCTCTGTTCTGTTTG	3	32	0
CTTTATTCAAATTTAATATTTATATATCGGC	3	100	1
TTAATTAATGATGTAATGTTTTTGAAGATAA	4	59	1
GTTAAGTTAAATATATACTCTTCGGTTTAAT	4	102	0
         TCTAAAATCTTTATATTACCTA	4	153	0
TTTTAAATAACTTAAATCTTTCTGATTTATT	5	12	0
AAAAGGGGATATATAAATTTTACGGTTTAAT	5	277	1
GAGGATTCAGATGAAATCCTTCGAATTTCAT	6	47	1
AGAAGATCAGTTAAAATTCCTAAATACTCCC	6	269	1
          *** *******
MAP Score: 1.94864