AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons038_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944241491 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0084 261 CODH nickel-insertion accessory protein (cooC) #1 MJ0112 170 acetyl-CoA decarbonylase/synthase, subunit gamma (cdhE) #2 MJ0113 300 acetyl-CoA decarbonylase/synthase, subunit delta (cdhD) #3 MJ0152 256 carbon monoxide dehydrogenase, subunit alpha #4 MJ0153 239 acetyl-CoA decarbonylase/synthase, subunit alpha (cdhA) #5 MJ0154 43 acetyl-CoA decarbonylase/synthase, subunit epsilon (cdhB) #6 MJ0156 22 acetyl-CoA decarbonylase/synthase, subunit beta (cdhC) Motif 1 TTTATTATCTTATTTTAAGTTTTATTTTTTGG 0 12 1 TTTGGACTTTATTTTTAATTTTAAAATTTTAA 0 39 1 TATGCCCTCCAATTAAAATTTTAAAATTAAAA 0 51 0 TCAAACATTTTATCAAAAGTTTTAGATAAAAT 0 92 1 ATTACAATTATATTACAATTTTATGCCTTTGC 1 127 0 TATGAAAAACTTTTATATATTTTGGATGTCTA 2 120 0 TTAATAGCTATATTACATTTTGTATGAAAAAC 2 142 0 CAGTATTCGTTATTAGATATTTTAATAGCTAT 2 163 0 TATTTTATTTTATCTTAAATTGACAAACAGTA 2 190 0 TTTAAGATAAAATAAAATATTTTTTATTTTTT 2 203 1 ATTTTTTATTTTTTAGAAATTTTCCTTTAAAA 2 221 1 TAAACGTTATTATTTCAATTTTTTAAAGGAAA 2 241 0 ATAACGTTTATATATGAAGTTTGGTAATAACT 2 263 1 TTTTTAGTAATATCTGATTTTTTTGTTTATTA 3 25 0 TAAATGTTTCTATTTGATTTTTTTAGTAATAT 3 44 0 AATAGGGCTTTTTTAAATGTTTCTATTTGATT 3 57 0 AAAAGCCCTATTTTTTATTTTGCAAGTCATAG 3 77 1 CCTAAGCATTAATTAAAAATTTCTATGACTTG 3 99 0 TTACCATGGATATTAAAATCTTTAATAAGTTA 3 143 1 AAGTTATTTGTATTAAATTTTTCGCAATGCGT 3 169 1 ACAGTAGTCTAATTTTAAGTTTATGCATTACT 3 215 0 GTTGGCATAAAATATAAAGTTTATGATAGGGC 4 12 0 AAATTACGCATTTTAAAAATTGTTTTGTAGGG 4 88 0 AAAACTTTAATATATAAAGTTTGTTATGACTA 4 169 0 TAAGGTTAGTTTTTAAAACTTTAATATATAAA 4 183 0 CTAATTCTTTTACTTTAAATTTCTGAAGTTGG 5 13 1 ***** ** *** MAP Score: 39.3618 Motif 2 AATATTATTTTATCTAAAACTTTTGATAAAATG 0 97 0 ACATCCAAAATATATAAAAGTTTTTCATACAAA 2 123 1 ACAAACTTTATATATTAAAGTTTTAAAAACTAA 4 177 1 TTTTGGACTTTATTTTTAATTTTAAAATTTTAA 0 38 1 TAAACGTTATTATTTCAATTTTTTAAAGGAAAA 2 240 0 ACCTAAGCATTAATTAAAAATTTCTATGACTTG 3 99 0 ATGCCCTATCATAAACTTTATATTTTATG 4 6 1 TAATTACAATTATATTACAATTTTATGCCTTTG 1 128 0 TTTTAATAGCTATATTACATTTTGTATGAAAAA 2 143 0 ATAAGTTATTTGTATTAAATTTTTCGCAATGCG 3 167 1 TAAAAATGAGTATCTATTAATTTAAAAAAATAA 4 50 0 TAAAATAAAATATTTTTTATTTTTTAGAAATTT 2 210 1 AAAAAAGCCCTATTTTTTATTTTGCAAGTCATA 3 75 1 CAGTATTCGTTATTAGATATTTTAATAGCTATA 2 162 0 TTTTTAGTAATATCTGATTTTTTTGTTTATTAT 3 24 0 TAAATGTTTCTATTTGATTTTTTTAGTAATATC 3 43 0 TACAGTAGTCTAATTTTAAGTTTATGCATTACT 3 215 0 TTACCATGGATATTAAAATCTTTAATAAGTTAT 3 143 1 TATCTTATTTTAAGTTTTATTTTTTGGACTTTA 0 17 1 AAATAGGGCTTTTTTAAATGTTTCTATTTGATT 3 57 0 CTTGATTCTCTATCTCAAAGTCTCTTCCATTAA 0 128 0 ATGCCAACACTAATTTATTTTTTTAAATTAATA 4 36 1 TAACGAATACTGTTTGTCAATTTAAGATAAAAT 2 183 1 CCTAATTCTTTTACTTTAAATTTCTGAAGTTGG 5 12 1 GATATTAGGTTTTAATTAAATTTAAATCAGACT 0 227 1 TCTTATTTAGTATAAATCTTTTTCTAACAAGTG 0 196 0 *** * *** *** MAP Score: 37.3262 Motif 3 CTTATTTAGTATAAATCTTTTTCTAACAAGTGGAGGAAC 0 189 0 TTAGATTAATAATTACAATTATATTACAATTTTATGCCT 1 131 0 CCTATCATAAACTTTATATTTTATGCCAACACTAATTTA 4 14 1 GCCAACACTAATTTATTTTTTTAAATTAATAGATACTCA 4 38 1 AAAATAAAATATTTTTTATTTTTTAGAAATTTTCCTTTA 2 211 1 AAATTGAAATAATAACGTTTATATATGAAGTTTGGTAAT 2 252 1 TCCAAAATATATAAAAGTTTTTCATACAAAATGTAATAT 2 126 1 ATAAGGACTGAATTTTTCTTTTAACAAAAAAATTACGCA 4 110 0 AATTGTCATGATTAATCATTATAATTTAAGGTTAGTTTT 4 202 0 TAAAATCTTTAATAAGTTATTTGTATTAAATTTTTCGCA 3 156 1 ACTAAATAAGATATTAGGTTTTAATTAAATTTAAATCAG 0 218 1 TTAAATTAATAGATACTCATTTTTAAAAATCCCTACAAA 4 58 1 ATAATAATAGATTCAAACATTTTATCAAAAGTTTTAGAT 0 80 1 TTTAATATATAAAGTTTGTTATGACTAAAGCCAAGTTTG 4 157 0 TATAGATTAAGATTAAGTTATTACCAAACTTCATATAT 2 272 0 TTAAAAAAGCCCTATTTTTTATTTTGCAAGTCATAGAAA 3 73 1 TCTCTTCCATTAATATTATTTTATCTAAAACTTTTGATA 0 102 0 AACGTTATTATTTCAATTTTTTAAAGGAAAATTTCTAAA 2 232 0 TAAATGTTTCTATTTGATTTTTTTAGTAATATCTGATTT 3 37 0 CTATCACCAACTTCAGAAATTTAAAGTAAAAGAATTAGG 5 12 0 ATCTGATTTTTTTGTTTATTATTTAGTAATAAAATT 3 7 0 TGTAATATAGCTATTAAAATATCTAATAACGAATACTGT 2 157 1 AATAAAAAATATTTTATTTTATCTTAAATTGACAAACAG 2 192 0 TTTGCAAGTCATAGAAATTTTTAATTAATGCTTAGGTTT 3 95 1 TTAACAAAAAAATTACGCATTTTAAAAATTGTTTTGTAG 4 90 0 * * * **** * ** MAP Score: 19.5735 Motif 4 CTCCAATTAAAATTTTAAAATTAAAAATAAAGTCC 0 42 0 GTTATTACCAAACTTCATATATAAACGTTATTATT 2 259 0 CCAACTTCAGAAATTTAAAGTAAAAGAATTAGGAG 5 10 0 TAAAATGCGTAATTTTTTTGTTAAAAGAAAAATTC 4 105 1 AATTTTATTACTAAATAATAAACAA 3 0 1 AATAGATTCAAACATTTTATCAAAAGTTTTAGATA 0 85 1 TTGTTAGAAAAAGATTTATACTAAATAAGATATTA 0 199 1 CAAGTCATAGAAATTTTTAATTAATGCTTAGGTTT 3 99 1 ATTTTTTAGAAATTTTCCTTTAAAAAATTGAAATA 2 228 1 AGTCATAACAAACTTTATATATTAAAGTTTTAAAA 4 170 1 TAAAGATTTTAATATCCATGGTAAAAATAGCACAA 3 132 0 TAAAGTCCAAAAAATAAAACTTAAAATAAGATAAT 0 15 0 CTCATTTTTAAAAATCCCTACAAAACAATTTTTAA 4 73 1 GCAAAGGCATAAAATTGTAATATAATTGTAATTAT 1 127 1 ATATAATTGTAATTATTAATCTAAAGGTGATAGA 1 146 1 GCATTGCGAAAAATTTAATACAAATAACTTATTAA 3 164 0 GACTAAAGCCAAGTTTGGTATGAAAATAAGGACTG 4 139 0 CCCTATCATAAACTTTATATTTTATGCCAACACTA 4 13 1 TATTACTAAAAAAATCAAATAGAAACATTTAAAAA 3 45 1 TACAAAATGTAATATAGCTATTAAAATATCTAATA 2 150 1 AAAAATAAAAAATATTTTATTTTATCTTAAATTGA 2 199 0 AGTATCTATTAATTTAAAAAAATAAATTAGTGTTG 4 40 0 GTTAAAAGAAAAATTCAGTCCTTATTTTCATACCA 4 124 1 ACTAACCTTAAATTATAATGATTAATCATGACAAT 4 205 1 ** *** * **** MAP Score: 18.5792 Motif 5 TTATTATCTTATTTTAAGTTTTATTTTTTGGACTTTA 0 13 1 TTTATTTTTAATTTTAAAATTTTAATTGGAGGGCATA 0 46 1 ATAATAATAGATTCAAACATTTTATCAAAAGTTTTAG 0 80 1 CAAACATTTTATCAAAAGTTTTAGATAAAATAATATT 0 93 1 TCCACTTGTTAGAAAAAGATTTATACTAAATAAGATA 0 194 1 AAGGCATAAAATTGTAATATAATTGTAATTATTAATC 1 130 1 CATCCAAAATATATAAAAGTTTTTCATACAAAATGTA 2 124 1 TAATATAGCTATTAAAATATCTAATAACGAATACTGT 2 159 1 TTTAAGATAAAATAAAATATTTTTTATTTTTTAGAAA 2 203 1 AAAAAATCAAATAGAAACATTTAAAAAAGCCCTATTT 3 53 1 TTTGCAAGTCATAGAAATTTTTAATTAATGCTTAGGT 3 95 1 TACCATGGATATTAAAATCTTTAATAAGTTATTTGTA 3 144 1 CCACTATTATATAGTAATGCATAAACTTAAAATTAGA 3 203 1 ATGCCCTATCATAAACTTTATATTTTATGCCAAC 4 7 1 CAAACTTTATATATTAAAGTTTTAAAAACTAACCTTA 4 178 1 TTAAAAACTAACCTTAAATTATAATGATTAATCATGA 4 199 1 ** *** **** * MAP Score: 6.98302 Motif 6 GGTCTGAAACTATGCCAACAGCTTGATTCT 0 152 0 GGACGGGAGGTATCCCAATAGGAGGTCTCC 1 12 0 CTTTATATTTTATGCCAACACTAATTTATT 4 25 1 CATTTTTAAAAATCCCTACAAAACAATTTT 4 75 1 ********** MAP Score: 0.57744