AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons048_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241784
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0397	300	DNA-directed RNA polymerase, subunit E' (rpoE1)

Motif 1
TATGAGAAAATTCATTTTAAAGAGTGCTTAC	0	105	0
TTTTGTATGGTTAATTATAAATATAGGTTTG	0	168	1
AATAATTAATGTAATTATTAATTTTGCCACA	0	197	0
AATAATTACATTAATTATTTATTGTTTTTTA	0	209	1
TTATTTATTGTTTTTTATAATCTCACTAATA	0	223	1
TAGTTACTCTTTTTTTATTAAATTTAACTGA	0	261	1
          ** ********
MAP Score: 4.12979

Motif 2
TTATAACAATTTTTGTATGGTTAATTATAAA	0	158	1
CCACAAACCTATATTTATAATTAACCATACA	0	171	0
ATTACATTAATTATTTATTGTTTTTTATAAT	0	213	1
TTATTTATTGTTTTTTATAATCTCACTAATA	0	223	1
TAGTTACTCTTTTTTTATTAAATTTAACTGA	0	261	1
          ******** **
MAP Score: 2.24525

Motif 3
GTAAGCACTCTTTAAAATGAATTTTCTCATATATA	0	105	1
TTTCGTTTCATAACTTATAACAATTTTTGTATGGT	0	144	1
TTTTGTATGGTTAATTATAAATATAGGTTTGTGGC	0	168	1
TGTGGCAAAATTAATAATTACATTAATTATTTATT	0	197	1
TAAAAAACAATAAATAATTAATGTAATTATTAATT	0	205	0
TTTATTGTTTTTTATAATCTCACTAATATGACGAT	0	226	1
TAGTTACTCTTTTTTTATTAAATTTAACTGATTCA	0	261	1
          *** * ** **  **
MAP Score: 1.5902

Motif 4
TAAGCACTCTTTAAAATGAATTTTCTCATATATATACTTTTCGTT	0	106	1
ATATATATACTTTTCGTTTCATAACTTATAACAATTTTTGTATGG	0	133	1
CTTATAACAATTTTTGTATGGTTAATTATAAATATAGGTTTGTGG	0	157	1
AAATATAGGTTTGTGGCAAAATTAATAATTACATTAATTATTTAT	0	186	1
AATAATTACATTAATTATTTATTGTTTTTTATAATCTCACTAATA	0	209	1
AATATGACGATTAGTTACTCTTTTTTTATTAAATTTAACTGATTC	0	250	1
          **         **  * ** * * *
MAP Score: 0.762673