AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_fusions002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246272
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	putative	156	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG395 homolog, from M. genitalium
#1	MG395	140	Mycoplasma pneumoniae, MG395 homolog, from M. genitalium
#2	putative	212	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG395 homolog, from M. genitalium
#3	MG068	57	Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium
#4	putative	73	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG068 homolog, from M. genitalium
#5	MG067	61	Mycoplasma pneumoniae, MG067 homolog, from M. genitalium
#6	MG068	300	Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium
#7	MG068	175	Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium
#8	MG395	67	Mycoplasma pneumoniae, MG395 homolog, from M. genitalium

Motif 1
GGTTAAGTTGGTCGATTTAACACAAAGCTAATG	0	42	0
AGCTTTCATCGCCGAATCAATAAAGTGATCTTT	1	39	0
ATGGTTAACTGGCGAATATACCAGTACTGTCAC	1	85	0
TAAATAAAGAGACACTTAAACCATCAATGATTA	2	128	0
TCCCAAAAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAA	3	25	1
AGCGGGGGGGGTTAAATGAACCCTTTCGGGTTT	6	122	1
TAAGTTGGTGGCTAAATAAACCCGAAAGGGTTC	6	139	0
TGATACCAGTGCCGATTGAACGACCGCTTTTCG	6	225	1
TTTTCGAATAGGCAAATACACTCACGTTCGTGA	6	252	1
GACTAGGTTCGACAAAATCACGAACGTGAGTGT	6	269	0
CACTTTTATGGGCAAATTAAATCTGCGCGAGAC	7	14	1
ACAGAAAAACGCCACATACACAAACCTAGACAA	7	101	0
TAAGCGGTACGGCAAATAAACAAGACTAGCACT	7	135	0
    AATCGTGGCACATCCACTAAGCGGTACGG	7	156	0
          * ***** *** *
MAP Score: 17.862

Motif 2
TTGCTAAACGAAATAAAACCCACCTGTATA	2	36	1
CAAAAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAA	3	28	1
TTTTGCTTAAAAATTAACTCCTTAACCCTT	4	35	1
        TCAAGTTAAACCCACTTTAATT	5	2	1
ACTACCAGTAAAATTATCGCCTTTATTCCT	5	32	0
GTTAAAGCAAAGGTTAAATCATAGTTGGCA	6	10	0
TTATTAGTAAAAGTTAAAGCAAAGGTTAAA	6	22	0
GGGGGGGGTTAAATGAACCCTTTCGGGTTT	6	125	1
GTTGGTGGCTAAATAAACCCGAAAGGGTTC	6	139	0
TTTTATGGGCAAATTAAATCTGCGCGAGAC	7	17	1
AAAAATACTTAAATTAAATTGTCTAGGTTT	7	83	1
          **********
MAP Score: 9.08943

Motif 3
TTTTATTAGTAAAAGTTAAAGCAAAGGTTAA	6	23	0
AAGTTAAAGCAAAGGTTAAATCATAGTTGGC	6	11	0
AATTCTAATAAAGAGTTAATCTGGCACTTTT	3	29	0
AAATTAATGAAAAAGCTAACTAATGGAGCAA	0	109	0
AATTCTAACAAAGGGTTAAGGAGTTAATTTT	4	44	0
AACACCGGTAAAAAGCTAAGCATACTTTCAT	0	14	1
GTATTGGGTTAATGGTTAACTGGCGAATATA	1	98	0
    ATTAAAAAAACTTAAACAAATACGAAA	0	139	0
AACAAATACGAAAAATTAATGAAAAAGCTAA	0	121	0
GATTTTGCTTAAAAATTAACTCCTTAACCCT	4	33	1
CGATTTAACACAAAGCTAATGAAAGTATGCT	0	32	0
ATAAACCCGAAAGGGTTCATTTAACCCCCCC	6	126	0
AAAGGTAAAAAATACTTAAATTAAATTGTCT	7	76	1
TTAAACCATCAATGATTAATTGAATCAAGGA	2	115	0
          ********* *
MAP Score: 7.89424

Motif 4
TGCTTAGCTTTTTACCGGTGTTTAAC       	0	3	0
CATACTTTCATTAGCTTTGTGTTAAATCGACCA	0	34	1
ATAAGCTTGCTTTAGTGTGGGTTGGTTAAGTTG	0	65	0
TTCATTAATTTTTCGTATTTGTTTAAGTTTTTT	0	129	1
TGAAAGCTTATATAGCATTGGGTGACAGTACTG	1	64	1
TGGGTATCGTTTTGGTATTGGGTTAATGGTTAA	1	110	0
ATAGAGACTATTATGCTTTGTTTGCTAAACGAA	2	15	1
CATTGATGGTTTAAGTGTCTCTTTATTTACTAG	2	132	1
GCTAAACCATTATAGCCCGGTTTATCTAGTAAA	2	157	0
AAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAATTAGCA	3	31	1
AATTAACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAGC	4	46	1
CCAGTAAAATTATCGCCTTTATTCCTAATTAAA	5	25	0
CAACTATGATTTAACCTTTGCTTTAACTTTTAC	6	13	1
GCAAGATAACTTTAGCGCCTTTTCTGGCACTGG	6	67	1
AAATGAACCCTTTCGGGTTTATTTAGCCACCAA	6	135	1
TTAAGTATTTTTTACCTTTGATTCGTTATCTAC	7	62	0
TTGCCAGATGTTTGCCCCGTTTTATTCATTACC	8	27	0
          *** ** *** **
MAP Score: 7.02377

Motif 5
TAATCTGCTTATCTTGCTTATTACTTAAAT       	1	3	0
CATCAGTACTATTTTGAATTTCACTATACAGGTGGGT	2	53	0
ATCGAAAAAGATCCTTGATTCAATTAATCATTGATGG	2	104	1
TGCCAGATTAACTCTTTATTAGAATTAGCAACC    	3	34	1
AACCTTTGGGATTTTGCTTAAAAATTAACTCCTTAAC	4	24	1
TAACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAGCCACG   	4	49	1
AGTTAAACCCACTTTAATTAGGAATAAAGGCGATAAT	5	13	1
CTATGATTTAACCTTTGCTTTAACTTTTACTAATAAA	6	16	1
CCCCCCCGCTACCTTTTCAATCAATGAGCCAGCCAGT	6	95	0
CAGGATTACGATCCTTATAAAAACTCTGATACCAGTG	6	199	1
TCTGCGCGAGACCCTAGTTTAAAATATGTAGATAACG	7	35	1
TCAGATTCCAACCTTGGTAATGAATAAAACGGGGCAA	8	12	1
          *****   **  * * *
MAP Score: 5.38111

Motif 6
TACGAAAAATTAATGAAAAAGCTAACTAATGGAGCAATG	0	107	0
         ATTAAAAAAACTTAAACAAATACGAAAAAT	0	136	0
       ATTTAAGTAATAAGCAAGATAAGCAGATTAAA	1	3	1
GTTTATCTAGTAAATAAAGAGACACTTAAACCATCAATG	2	132	0
GGGATTTTGCTTAAAAATTAACTCCTTAACCCTTTGTTA	4	31	1
CCCACTTTAATTAGGAATAAAGGCGATAATTTTACTGGT	5	20	1
GCTTTAACTTTTACTAATAAAACTACTAACAATGGGCAA	6	32	1
GAATCAAAGGTAAAAAATACTTAAATTAAATTGTCTAGG	7	71	1
GTACGGCAAATAAACAAGACTAGCACTAACAGAAAAACG	7	123	0
          ***  ** **      ***
MAP Score: 4.78596

Motif 7
ATCTGGCACTTTTGGGATTAAATGCCAGCTG	3	11	0
CCCACTTTAATTAGGAATAAAGGCGATAATT	5	20	1
AATTAATCATTGATGGTTTAAGTGTCTCTTT	2	125	1
ATCGTTTTGGTATTGGGTTAATGGTTAACTG	1	107	0
TTTCATTAGCTTTGTGTTAAATCGACCAACT	0	39	1
ACCTTTGGGATTTTGCTTAAAAATTAACTCC	4	25	1
TATTATGCTTTGTTTGCTAAACGAAATAAAA	2	23	1
GTTAGTAGTTTTATTAGTAAAAGTTAAAGCA	6	31	0
CCAACCTTGGTAATGAATAAAACGGGGCAAA	8	19	1
ACATGTAAGTTGGTGGCTAAATAAACCCGAA	6	146	0
CTTATCTTGCTTATTACTTAAAT        	1	2	0
       AAATTTGTAGTTAAAACCTTTGGG	4	3	1
TAATTTTTCGTATTTGTTTAAGTTTTTTTAA	0	134	1
AACAAAGGGTTAAGGAGTTAATTTTTAAGCA	4	38	0
ATTAGTTAGCTTTTTCATTAATTTTTCGTAT	0	116	1
 CACTCACTTTTATGGGCAAATTAAATCTGC	7	9	1
          ****** ****
MAP Score: 4.03846

Motif 8
AGTGTGGGTTGGTTAAGTTGGTCGATTTAACACAAAGCTAATGA	0	41	0
ACCAACCCACACTAAAGCAAGCTTATATAATCGAGCATTGCTCC	0	72	1
TGCTAAACGAAATAAAACCCACCTGTATAGTGAAATTCAAAATA	2	37	1
AAGATCCTTGATTCAATTAATCATTGATGGTTTAAGTGTCTCTT	2	111	1
TTATTTACTAGATAAACCGGGCTATAATGGTTTAGCTCCTTGGC	2	154	1
TCTAATAAAGAGTTAATCTGGCACTTTTGGGATTAAATGCCAGC	3	13	0
       TCAAGTTAAACCCACTTTAATTAGGAATAAAGGCGAT	5	3	1
AACTTTTACTAATAAAACTACTAACAATGGGCAAGATAACTTTA	6	37	1
GGGGGGGTTAAATGAACCCTTTCGGGTTTATTTAGCCACCAACT	6	126	1
TACCAGTGCCGATTGAACGACCGCTTTTCGAATAGGCAAATACA	6	228	1
AAAATACTTAAATTAAATTGTCTAGGTTTGTGTATGTGGCGTTT	7	84	1
          * * ** *   *    ** *   *
MAP Score: 3.90059

Motif 9
TTTGTGTTAAATCGACCAACTTAACCAACCCACAC	0	49	1
 ATTTAAGTAATAAGCAAGATAAGCAGATTAAAGA	1	9	1
GTACTGGTATATTCGCCAGTTAACCATTAACCCAA	1	91	1
GTGTCTCTTTATTTACTAGATAAACCGGGCTATAA	2	146	1
TTAATCCCAAAAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAG	3	21	1
ACTACTAACAATGGGCAAGATAACTTTAGCGCCTT	6	53	1
ACTCACTTTTATGGGCAAATTAAATCTGCGCGAGA	7	11	1
          **  ** ** *** *
MAP Score: 3.86875

Motif 10
AATCTGCTTATCTTGCTTATTACTTAAAT        	1	2	0
GTGGGTTTTATTTCGTTTAGCAAACAAAGCATAATAG	2	22	0
TCAAGGATCTTTTTCGATATAACGGAACTGTTCATCA	2	85	0
TTAAGTGTCTCTTTATTTACTAGATAAACCGGGCTAT	2	142	1
 GGTTGCTAATTCTAATAAAGAGTTAATCTGGCACTT	3	31	0
ACCTTTGGGATTTTGCTTAAAAATTAACTCCTTAACC	4	25	1
ACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAGCCACG     	4	51	1
GTTAAACCCACTTTAATTAGGAATAAAGGCGATAATT	5	14	1
TTGCTTTAACTTTTACTAATAAAACTACTAACAATGG	6	30	1
CATGTCGCAGCCGTTTTAAAAAACCAACAGGATTACG	6	172	1
GGTATCAGAGTTTTTATAAGGATCGTAATCCTGTTGG	6	195	0
CAGATTCCAACCTTGGTAATGAATAAAACGGGGCAAA	8	13	1
          ****  ***  *   **
MAP Score: 0.980655