AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_fusions002_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246293 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG068 300 Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium #1 putative 156 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG395 homolog, from M. genitalium #2 MG395 140 Mycoplasma pneumoniae, MG395 homolog, from M. genitalium #3 putative 212 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG395 homolog, from M. genitalium #4 MG068 57 Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium #5 putative 73 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG068 homolog, from M. genitalium #6 MG067 61 Mycoplasma pneumoniae, MG067 homolog, from M. genitalium #7 MG068 300 Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium #8 putative 300 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG068 homolog, from M. genitalium #9 MG068 175 Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium #10 MG395 67 Mycoplasma pneumoniae, MG395 homolog, from M. genitalium Motif 1 CTTTTATGATTTAAGTTTTACGCTTAGGTTTC 0 177 1 ACCAAGCAAGTTTAGCTTTTGGTACGGGCTGA 0 212 1 GCATACTTTCATTAGCTTTGTGTTAAATCGAC 1 33 1 AGCTTTTTCATTAATTTTTCGTATTTGTTTAA 1 123 1 TCGTATTTGTTTAAGTTTTTTTAAT 1 141 1 CCAATGCTATATAAGCTTTCATCGCCGAATCA 2 53 0 ATAGAGACTATTATGCTTTGTTTGCTAAACGA 3 15 1 CTTGATTCAATTAATCATTGATGGTTTAAGTG 3 117 1 AAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAATTAGC 4 31 1 GGTTAAGGAGTTAATTTTTAAGCAAAATCCCA 5 30 0 AATTAACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAG 5 46 1 CAACTATGATTTAACCTTTGCTTTAACTTTTA 7 13 1 AACCTTTGCTTTAACTTTTACTAATAAAACTA 7 25 1 GGCCTATGACTTAATCTTTGGTAACAAAGACA 8 94 1 CGACCAACAATTTACCTTTGTTAAAAACCAAA 8 196 1 ATTTTGTGGTTTAATCCTTTGGGATATCACTG 8 238 1 ACAGGGCTCCTTAACCCTTTATTAGAATTACT 8 273 1 TTAAGTATTTTTTACCTTTGATTCGTTATCTA 9 63 0 ********* * MAP Score: 18.774 Motif 2 TCAAGACCAAGCAAGTTTAGCTTTTGGTACG 0 207 1 TAAATTGGTCGCTAGATAAGCGGTAAATTTG 0 276 0 TAAGTAATAAGCAAGATAAGCAGATTAAAGA 2 13 1 GTCACCCAATGCTATATAAGCTTTCATCGCC 2 59 0 TGGTATATTCGCCAGTTAACCATTAACCCAA 2 95 1 CTCTTTATTTACTAGATAAACCGGGCTATAA 3 150 1 TCCCAAAAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAG 4 25 1 TCAAGTTAAACCCACTTTAAT 6 0 1 CTAACAATGGGCAAGATAACTTTAGCGCCTT 7 57 1 TAAGTTGGTGGCTAAATAAACCCGAAAGGGT 7 141 0 ATGTTGTTTAGCAAATTGAGCGTAGTACTTT 8 130 0 ATTTGTTTGAGCAAATTAAGCAAAGCAACGA 8 168 1 ACTTTTATGGGCAAATTAAATCTGCGCGAGA 9 15 1 TAAGCGGTACGGCAAATAAACAAGACTAGCA 9 137 0 ** ******** MAP Score: 16.9459 Motif 3 GGTTTTAATGCTTGCTTGTCTTTTGGTTGAACTGCACTAAC 0 55 0 AGCGGATGATCCTTTTCGTCCCTTTTATGATTTAAGTTTTA 0 156 1 GCTTTTGGTACGGGCTGACTAATTGATTGAAAAGATCATAA 0 226 1 CATTAGTTAGCTTTTTCATTAATTTTTCGTATTTGTTTAAG 1 115 1 TTTAATCTGCTTATCTTGCTTATTACTTAAAT 2 1 0 AGATTAAAGATCACTTTATTGATTCGGCGATGAAAGCTTAT 2 34 1 CCAAAAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAATTAGCAACC 4 27 1 TAAAAATTAACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAGCCACG 5 42 1 GGCGCTAAAGTTATCTTGCCCATTGTTAGTAGTTTTATTAG 7 45 0 TTTTCTGGCACTGGCTGGCTCATTGATTGAAAAGGTAGCGG 7 86 1 CAAATACACTCACGTTCGTGATTTTGTCGAACCTAGTCAAG 7 264 1 GGGTTTTATGTTGTTTAGCAAATTGAGCGTAGTACTTTTTA 8 127 0 GCAAACAGGGCTCCTTAACCCTTTATTAGAATTACTCGTTT 8 269 1 CTGTTAGTGCTAGTCTTGTTTATTTGCCGTACCGCTTAGTG 9 130 1 ACACGTGTGCTAGTGTATTGCCAGATGTTTGCCCCG 10 41 0 * ** ** ** *** MAP Score: 13.7573 Motif 4 GTTGTTAGTGCAGTTCAACCAAAAGACAAGC 0 52 1 GACAAGCAAGCATTAAAACCAGATCCAGCTT 0 76 1 AGCTTCGGGTAAATATACCCCTGGCTTAAAG 0 102 1 TTAGTGTTGAACTTTAAGCCAGGGGTATATT 0 113 0 CTAAGCGTAAAACTTAAATCATAAAAGGGAC 0 173 0 TAAATCGACCAACTTAACCAACCCACACTAA 1 56 1 AACCAACCCACACTAAAGCAAGCTTATATAA 1 71 1 ATTAAAAAAACTTAAACAAATACGAAAAA 1 137 0 CGCCAGTTAACCATTAACCCAATACCAAAAC 2 104 1 TTGCTAAACGAAATAAAACCCACCTGTATAG 3 36 1 AATAAAGAGACACTTAAACCATCAATGATTA 3 128 0 GGAGCTAAACCATTATAGCCCGGTTTATCTA 3 162 0 TCAGCTGGCATTTAATCCCAAAAGTGCCA 4 8 1 TTTTGCTTAAAAATTAACTCCTTAACCCTTT 5 35 1 CCCTTTGTTAGAATTAAGCCACG 5 60 1 TCAAGTTAAACCCACTTTAATTA 6 2 1 CGAAAGGGTTCATTTAACCCCCCCCGCTACC 7 119 0 GTTGGTGGCTAAATAAACCCGAAAGGGTTCA 7 138 0 TTGCTAAACAACATAAAACCCATTTGTTTGA 8 147 1 TTGTTTGAGCAAATTAAGCAAAGCAACGACC 8 170 1 TATCCCAAAGGATTAAACCACAAAATTTTTA 8 233 0 ** ******** MAP Score: 13.3352 Motif 5 TTAAGCCAGGGGTATATTTACCCGAAGCTGGA 0 99 0 CTAGATAAGCGGTAAATTTGTCTTGGGAATTA 0 264 0 TGGTTAAGTTGGTCGATTTAACACAAAGCTAA 1 44 0 TGACAGTACTGGTATATTCGCCAGTTAACCAT 2 86 1 AATCATTGATGGTTTAAGTGTCTCTTTATTTA 3 129 1 AACCCGAAAGGGTTCATTTAACCCCCCCCGCT 7 122 0 AACCCTTTCGGGTTTATTTAGCCACCAACTTA 7 140 1 CACGAACGTGAGTGTATTTGCCTATTCGAAAA 7 252 0 CATAGGCCACTGTGTTTGTGCCATCGTTATTA 8 70 0 TGTCTAGGTTTGTGTATGTGGCGTTTTTCTGT 9 102 1 GTGCTAGTCTTGTTTATTTGCCGTACCGCTTA 9 136 1 CGTACCGCTTAGTGGATGTGCCACGATT 9 157 1 *** ****** * MAP Score: 12.497 Motif 6 ACCGGAGCACAAGCAGTAAAAGC 0 0 0 TGATTGACAGAAGTAACCGGAGCACAAGCAGTA 0 15 0 GTTCAACCAAAAGACAAGCAAGCATTAAAACCA 0 64 1 TTGCTTGGTCTTGAAACCTAAGCGTAAAACTTA 0 188 0 TTTCAAGACCAAGCAAGTTTAGCTTTTGGTACG 0 205 1 TAAACACCGGTAAAAAGCTAAGCATACTTTCAT 1 12 1 ATGAAAAAGCTAACTAATGGAGCAATGCTCGAT 1 101 0 TTTAAGTAATAAGCAAGATAAGCAGATTAAAGA 2 11 1 CTGTCACCCAATGCTATATAAGCTTTCATCGCC 2 59 0 TTATTTCGTTTAGCAAACAAAGCATAATAGTCT 3 19 0 CCAAGGAGCTAAACCATTATAGCCCGGTTTATC 3 164 0 GTTTTATTAGTAAAAGTTAAAGCAAAGGTTAAA 7 22 0 GGCTCATTGATTGAAAAGGTAGCGGGGGGGGTT 7 102 1 TTATGTTGTTTAGCAAATTGAGCGTAGTACTTT 8 130 0 CCATTTGTTTGAGCAAATTAAGCAAAGCAACGA 8 166 1 TACGGCAAATAAACAAGACTAGCACTAACAGAA 9 128 0 ****** **** MAP Score: 11.8456 Motif 7 TTGGTTAAGTTGGTCGATTTAACACAAAGCTA 1 45 0 ATTTAAGTAATAAGCAAGATAAGCAGATTAAA 2 10 1 TAAGCTTTCATCGCCGAATCAATAAAGTGATC 2 42 0 CTTTGTTTGCTAAACGAAATAAAACCCACCTG 3 30 1 CTACTAACAATGGGCAAGATAACTTTAGCGCC 7 54 1 TTGACTAGGTTCGACAAAATCACGAACGTGAG 7 272 0 TTGTCGAACCTAGTCAAGTTAAA 7 287 1 GAAAAGCCAATGGCCATAATAACGATGGCACA 8 54 1 CTCAATTTGCTAAACAACATAAAACCCATTTG 8 141 1 CCCATTTGTTTGAGCAAATTAAGCAAAGCAAC 8 165 1 CTCACTTTTATGGGCAAATTAAATCTGCGCGA 9 12 1 TACACAAACCTAGACAATTTAATTTAAGTATT 9 86 0 *** *** **** MAP Score: 9.78779 Motif 8 CTTGGTCTTGAAACCTAAGCGTAAAACTTAAATCATAAAA 0 178 0 AAACGAAATAAAACCCACCTGTATAGTGAAATTCAAAATA 3 41 1 GCTGGCATTTAATCCCAAAAGTGCCAGATTAACTCTTTAT 4 13 1 TTTTAAGCAAAATCCCAAAGGTTTTAACTACAAATTT 5 7 0 TCAAGTTAAACCCACTTTAATTAGGAATAAAGGCGAT 6 7 1 TGGCTAAATAAACCCGAAAGGGTTCATTTAACCCCCCCCG 7 124 0 GCCGTTTTAAAAAACCAACAGGATTACGATCCTTATAAAA 7 181 1 GCTGCGTTGAAAAGCCAATGGCCATAATAACGATGGCACA 8 46 1 AAACAACATAAAACCCATTTGTTTGAGCAAATTAAGCAAA 8 152 1 ACCTTTGTTAAAAACCAAAAGTCTTAAAAATTTTGTGGTT 8 209 1 TTTGCAGTGATATCCCAAAGGATTAAACCACAAAATTTTT 8 234 0 ** ***** * * * MAP Score: 9.18915 Motif 9 GCTTTTACTGCTTGTGCTCCGGT 0 3 1 TGGATCTGGTTTTAATGCTTGCTTGTCTTT 0 73 0 ACCAAGCAAGTTTAGCTTTTGGTACGGGCT 0 212 1 CCAAGACAAATTTACCGCTTATCTAGCGAC 0 270 1 GAAAGTATGCTTAGCTTTTTACCGGTGTTT 1 13 0 CATACTTTCATTAGCTTTGTGTTAAATCGA 1 34 1 GCTCCATTAGTTAGCTTTTTCATTAATTTT 1 111 1 TTCGTATTTGTTTAAGTTTTTTTAAT 1 140 1 CTATAATGGTTTAGCTCCTTGGCTATCTGT 3 175 1 AAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAATTA 4 31 1 TGCTTAAAAATTAACTCCTTAACCCTTTGT 5 38 1 CCAACTATGATTTAACCTTTGCTTTAACTT 7 12 1 TAACCTTTGCTTTAACTTTTACTAATAAAA 7 24 1 CAAGATAACTTTAGCGCCTTTTCTGGCACT 7 68 1 CGACCAACAATTTACCTTTGTTAAAAACCA 8 196 1 TTTTAAGACTTTTGGTTTTTAACAAAGGTA 8 208 0 AATTTTGTGGTTTAATCCTTTGGGATATCA 8 237 1 ACAGGGCTCCTTAACCCTTTATTAGAATTA 8 273 1 ATTTTTTACCTTTGATTCGTTATCTACATA 9 59 0 TTGCCAGATGTTTGCCCCGTTTTATTCATT 10 30 0 ********** MAP Score: 5.84415 Motif 10 ATACCCCTGGCTTAAAGTTCAACACTAACTTTATTCCT 0 116 1 AAGTTTTACGCTTAGGTTTCAAGACCAAGCAAGTTTAG 0 189 1 TTGAAAAGATCATAATTCCCAAGACAAATTTACCGCTT 0 252 1 GCTATATAAGCTTTCATCGCCGAATCAATAAAGTGATC 2 42 0 GACTATTATGCTTTGTTTGCTAAACGAAATAAAACCCA 3 20 1 TTAAGTGTCTCTTTATTTACTAGATAAACCGGGCTATA 3 142 1 GGTTTAGCTCCTTGGCTATCTGTATTAAAATAGTTAGT 3 182 1 CACTCACTTTTATGGGCAAATTAAATCTGCGCGA 9 6 1 *** * * * ** ** MAP Score: 4.65383 Motif 11 CGGGTAAATATACCCCTGGCTTAAAGTTCAACACT 0 107 1 ATTTAAGTTTTACGCTTAGGTTTCAAGACCAAGCA 0 185 1 ATACTTTCATTAGCTTTGTGTTAAATCGACCAACT 1 35 1 AGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAATTAGCAACC 4 32 1 ATTAACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAGCCAC 5 47 1 AACTATGATTTAACCTTTGCTTTAACTTTTACTAA 7 14 1 AACAACATAAAACCCATTTGTTTGAGCAAATTAAG 8 153 1 CAGGGCTCCTTAACCCTTTATTAGAATTACTCGTT 8 274 1 AATCTGCGCGAGACCCTAGTTTAAAATATGTAGAT 9 33 1 ** ** * * *** * MAP Score: 3.10665 Motif 12 GTTAGTGCAGTTCAACCAAAAGACAAGCAAG 0 55 1 CCGCTTATCTAGCGACCAATTTACAT 0 284 1 TTTGTGTTAAATCGACCAACTTAACCAACCC 1 49 1 GACCAACTTAACCAACCCACACTAAAGCAAG 1 62 1 AAAGAGACACTTAAACCATCAATGATTAATT 3 125 0 TCAAGTTAAACCCACTTTAATTAGGA 6 5 1 GGGTTTATTTAGCCACCAACTTACATGTCGC 7 149 1 AGCCGTTTTAAAAAACCAACAGGATTACGAT 7 180 1 TAAGCAAAGCAACGACCAACAATTTACCTTT 8 184 1 TACCTTTGTTAAAAACCAAAAGTCTTAAAAA 8 208 1 * ********* MAP Score: 2.99162 Motif 13 AACTTAAATCATAAAAGGGACGAAAAGGAT 0 164 0 GCTAAACGAAATAAAACCCACCTGTATAGT 3 38 1 ATCTTTTTCGATATAACGGAACTGTTCATC 3 86 0 TATTTACTAGATAAACCGGGCTATAATGGT 3 155 1 TTAATTAGGAATAAAGGCGATAATTTTACT 6 26 1 TGGTGGCTAAATAAACCCGAAAGGGTTCAT 7 137 0 GCTAAACAACATAAAACCCATTTGTTTGAG 8 149 1 GGTACGGCAAATAAACAAGACTAGCACTAA 9 133 0 TTGGTAATGAATAAAACGGGGCAAACATCT 10 25 1 ********** MAP Score: 2.12008 Motif 14 TGCTTGCTTGTCTTTTGGTTGAACTGCACT 0 58 0 GGTAAATATACCCCTGGCTTAAAGTTCAAC 0 109 1 TTAAGTTTTACGCTTAGGTTTCAAGACCAA 0 187 1 AATGAAAGTATGCTTAGCTTTTTACCGGTG 1 16 0 AAGCATACTTTCATTAGCTTTGTGTTAAAT 1 31 1 ATCTTTAATCTGCTTATCTTGCTTATTACT 2 15 0 GAGACTATTATGCTTTGTTTGCTAAACGAA 3 18 1 TAACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAGC 5 49 1 CTATGATTTAACCTTTGCTTTAACTTTTAC 7 16 1 TTTAACTTGACTAGGTTCGACAAAATC 7 283 0 TACTTTTTAGTGTCTTTGTTACCAAAGATT 8 106 0 TGTTGGTCGTTGCTTTGCTTAATTTGCTCA 8 175 0 AATTTTTAAGACTTTTGGTTTTTAACAAAG 8 211 0 AGGGTTAAGGAGCCCTGTTTGCAGTGATAT 8 261 0 TCTGCGCGAGACCCTAGTTTAAAATATGTA 9 35 1 TAAATTAAATTGTCTAGGTTTGTGTATGTG 9 92 1 TGTTAGTGCTAGTCTTGTTTATTTGCCGTA 9 131 1 ********** MAP Score: 1.9295 Motif 15 GCTTTTACTGCTTGTGCTCCGGT 0 3 1 ATGATTTAAGTTTTACGCTTAGGTTTCAAG 0 182 1 CCAAGACAAATTTACCGCTTATCTAGCGAC 0 270 1 AAATTAACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATT 5 45 1 TAGTAACACCACTACTGCTTGAGGGGTAGC 8 10 1 AATTTTGTGGTTTAATCCTTTGGGATATCA 8 237 1 AACAGGGCTCCTTAACCCTTTATTAGAATT 8 272 1 GTTTATTTGCCGTACCGCTTAGTGGATGTG 9 147 1 ********** MAP Score: 1.32493 Motif 16 GCTTTTACTGCTTGTGCTCCGGT 0 3 1 TGGATCTGGTTTTAATGCTTGCTTGTCTTT 0 73 0 ATGATTTAAGTTTTACGCTTAGGTTTCAAG 0 182 1 CCAAGACAAATTTACCGCTTATCTAGCGAC 0 270 1 AAGTGATCTTTAATCTGCTTATCTTGCTTA 2 20 0 TAATAGAGACTATTATGCTTTGTTTGCTAA 3 13 1 TAAACCGGGCTATAATGGTTTAGCTCCTTG 3 166 1 GTCTTAAAAATTTTGTGGTTTAATCCTTTG 8 229 1 ********** MAP Score: 0.996541