AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_fusions005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246454 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 E07_orf140 300 Mycoplasma pneumoniae, E07_orf140 Protein #1 putative 276 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein #2 putative 300 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein #3 putative 110 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG439 homolog, from M. genitalium #4 putative 22 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG440 homolog, from M. genitalium #5 putative 300 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein #6 P01_orf140 29 Mycoplasma pneumoniae, P01_orf140 Protein Motif 1 AGATAATAACTTCTTTAAAAAAGTCTTACGA 0 152 1 TGTTTAAACGTTATTTAAAAAATGAACTTTT 1 187 0 AGTCTCATTGTTGTTTAAAAATCAATGGAAT 2 150 0 GTATTTTTATTCATCTAAAAAATACTCAAAA 1 131 0 TCATTTAATGCTTTCTAAAAACTTTTTTTTG 5 89 0 AATAGAACCATTATCTAAAAGTTTTTTGGTT 2 205 0 GTTTTAAATCTGATCTAAAAAGTCTTCTTAA 0 59 1 TTAAAAAGGCTTTTCCAAAAAAGCAAAATCA 1 242 1 TTCAAAAGGATTTTCCAAAAAAAAGCAAAAT 5 257 1 ATTAGTCAGATGGTTTAAAAATACTTGTTTA 3 55 0 CACATACAAACCATTTAAAAACAAACCAATT 2 67 1 ATAGCTTTTCTAATTTAAAAAGTTCATTTTT 1 170 1 GGGTTTAACATTAGTTAAAAAATGAAATTTC 5 202 0 TAGTTTCCTCTTATTCAAAAGGATTTTCCAA 5 244 1 ATTAATTTCCTCTTCTTAAAAAGGCTTTTCC 1 227 1 AAAGTGTTCATCCTGTAAAAAGTTTTAAATC 0 38 1 TTAAAAATACTTGTTTACAAACAATGAGATA 3 41 0 AAAAAATTTACTTTTTTAAAA 3 99 1 ATCTAAAAAGTCTTCTTAAAGAAACAATTAA 0 71 1 CTTCGAAATAAGGTTTAAAAA 4 0 0 AGATATTGATTTATCTAAAACAATCAAAACT 0 105 1 ** ******** MAP Score: 24.8768 Motif 2 GCTTTTTTGGAAAAGCCTTTTTAAGAAGAGGAAATT 1 230 0 TTTTTTTTGGAAAATCCTTTTGAATAAGAGGAAACT 5 245 0 CAAAATTGCAAAAAAAAGTTTTTAGAAAGCATTAAA 5 81 1 TTCATTTTTTAAATAACGTTTAAACAGAAATTTCAA 1 192 1 GCTTCGAAATAAGGTTTAAAAA 4 0 0 GTTATTTAAAAAATGAACTTTTTAAATTAGAAAAGC 1 173 0 ATTTACACATACAAACCATTTAAAAACAAACCAATT 2 62 1 GACGCATGAAAACAGAGCTTTGAAGAAGGTGAAATA 0 217 1 ACAACAGATAATAACTTCTTTAAAAAAGTCTTACGA 0 147 1 GGGTTTTGGGATAAGCTATTTCAAAATCAAGATCCG 0 260 0 ATTGTTTGTAAACAAGTATTTTTAAACCATCTGACT 3 47 1 GTGGTAGATAAAATTTACTTTGATTACAAAGTAAAT 2 242 1 TGAAATAACCAAAAAACTTTTAGATAATGGTTCTAT 2 199 1 AAATAATTAGAAATTTCATTTTTTAACTAATGTTAA 5 193 1 ATCAACTAAAAAATTTACTTTTTTAAAA 3 92 1 TAGAAGGGTGACAAGTGGTTTTTTTAGCTTGATCAG 1 43 0 TTGTTTCTTTAAGAAGACTTTTTAGATCAGATTTAA 0 62 0 CTAATTTATTATCAGAGTTTTTAACAATACTTGTCT 2 102 0 ATTTACTGCTATATCTGGTTTATTCAGTCCTCTA 2 276 1 **** *** ** * MAP Score: 22.9785 Motif 3 GATTTATCTAAAACAATCAAAACTTCAGAAGG 0 112 1 GATTTTCCAAAAAAAAGCAAAATCAAAGAGTT 5 265 1 AGGCTTTTCCAAAAAAGCAAAATCATGCATTA 1 248 1 CCTAAGGATGAAATAACCAAAAAACTTTTAGA 2 191 1 TAAATGAATAAAAATACCAACAATTGGTAATT 5 113 1 TAGATGAATAAAAATACCAACAAAGATAGCTT 1 145 1 AGTTAATCCGAAAGATACAACAAAATTGTTGT 0 183 1 TGATCAAGCTAAAAAAACCACTTGTCACCCTT 1 44 1 TTCATCTAAAAAATACTCAAAAACTTTTTGCA 1 121 0 AACCATTTAAAAACAAACCAATTCTAGAGACA 2 75 1 AACGTTATTTAAAAAATGAACTTTTTAAATTA 1 180 0 AACATTAGTTAAAAAATGAAATTTCTAATTAT 5 195 0 AAGTGCAAACAAAATTGCAAAAAAAAGTTTTT 5 72 1 AGTGCTAACAAAACTTGCAAAAAGTTTTTGAG 1 106 1 AAGTCTTCTTAAAGAAACAATTAAACAAGATA 0 78 1 CTGACTAATCAATAAATCAACTAAAAAATTTA 3 77 1 TTTTAAAAAAGTAAATTTTTTAGTTG 3 94 0 *** ** ***** MAP Score: 22.061 Motif 4 GTTTTAAATCTGATCTAAAAAGTCTTCTTAAAGAAACAATTAAAC 0 59 1 CTTTCGGATTAACTTCGTAAGACTTTTTTAAAGAAGTTATTATCT 0 152 0 GTGAAATAGGTATTGCGGATCTTGATTTTGAAATAGCTTATCCCA 0 245 1 ATTAGTTAGAAGGGTGACAAGTGGTTTTTTTAGCTTGATCAGTGT 1 40 0 TTCATCTAAAAAATACTCAAAAACTTTTTGCAAGTTTTGTTAGCA 1 108 0 TTTAAACGTTATTTAAAAAATGAACTTTTTAAATTAGAAAAGCTA 1 171 0 ATTAATTTCCTCTTCTTAAAAAGGCTTTTCCAAAAAAGCAAAATC 1 227 1 CAAATTCCCTAATTTATTATCAGAGTTTTTAACAATACTTGTCTC 2 101 0 AGGGAATTTGTGATATTCCATTGATTTTTAAACAACAATGAGACT 2 136 1 CCTAAGGATGAAATAACCAAAAAACTTTTAGATAATGGTTCTATT 2 191 1 AATCAAAGTAAATTTTATCTACCACTTTTCCAATAGAACCATTAT 2 222 0 TATCTCATTGTTTGTAAACAAGTATTTTTAAACCATCTGACTAAT 3 41 1 TCAATAAATCAACTAAAAAATTTACTTTTTTAAAA 3 85 1 AGTGCAAACAAAATTGCAAAAAAAAGTTTTTAGAAAGCATTAAAT 5 73 1 GTTATATAAATAATTAGAAATTTCATTTTTTAACTAATGTTAAAC 5 186 1 ATTAGTTTCCTCTTATTCAAAAGGATTTTCCAAAAAAAAGCAAAA 5 242 1 * * ** **** * * MAP Score: 17.8518 Motif 5 TAGAGTCCACAAAAAGTGTTCATCCTGTAAAAAGTTTTAAATCTG 0 26 1 AATCTGATCTAAAAAGTCTTCTTAAAGAAACAATTAAACAAGATA 0 65 1 ATTAAACAAGATATTGATTTATCTAAAACAATCAAAACTTCAGAA 0 97 1 CAAACAACAGATAATAACTTCTTTAAAAAAGTCTTACGAAGTTAA 0 144 1 TAATTTAAGTAAATAAAGTTAGGCAACACACTGATCAAGCTAAAA 1 13 1 ATACCAACAAAGATAGCTTTTCTAATTTAAAAAGTTCATTTTTTA 1 158 1 TTCATTTTTTAAATAACGTTTAAACAGAAATTTCAATTAATTTCC 1 192 1 TCCTCTTCTTAAAAAGGCTTTTCCAAAAAAGCAAAATCATGCATT 1 234 1 ATTTACACATACAAACCATTTAAAAACAAACCAATTCTAGAGACA 2 62 1 GGAATTTGTGATATTCCATTGATTTTTAAACAACAATGAGACTAG 2 138 1 CCATTATCTAAAAGTTTTTTGGTTATTTCATCCTTAGGAAAAACT 2 184 0 GTGGTAGATAAAATTTACTTTGATTACAAAGTAAATTTACTGCTA 2 242 1 TAAAAGATTTGCATTTTGTTCCTCCACTAAATAAATTGACCGGCT 5 20 1 TGAGAAGTGCAAACAAAATTGCAAAAAAAAGTTTTTAGAAAGCAT 5 68 1 AAAAGTTTTTAGAAAGCATTAAATGAATAAAAATACCAACAATTG 5 94 1 ACGTTTATCAGTAGATAGTTGTTATATAAATAATTAGAAATTTCA 5 166 1 AAATAATTAGAAATTTCATTTTTTAACTAATGTTAAACCCGAAAT 5 193 1 CTCTTATTCAAAAGGATTTTCCAAAAAAAAGCAAAATCAAAGAGT 5 251 1 * * * ** * *** * MAP Score: 16.5017 Motif 6 GTTTTAAATCTGATCTAAAAAGTCTTCTTAAAGAAACAATT 0 59 1 AAAACTTCAGAAGGCAAACAACAGATAATAACTTCTTTAAA 0 130 1 GATAATAACTTCTTTAAAAAAGTCTTACGAAGTTAATCCGA 0 153 1 CGGATCTTGATTTTGAAATAGCTTATCCCAAAACCCAAGAT 0 260 1 TGGTAATTTAAGTAAATAAAGTTAGGCAACACACTGATC 1 8 1 ATTGCATGAGTAGAGAAAAAGTGCTAACAAAACTTGCAAAA 1 87 1 CATCTAAAAAATACTCAAAAACTTTTTGCAAGTTTTGTTAG 1 110 0 TAAACGTTATTTAAAAAATGAACTTTTTAAATTAGAAAAGC 1 173 0 TAATTTCCTCTTCTTAAAAAGGCTTTTCCAAAAAAGCAAAA 1 229 1 TGATCTTATTTACACATACAAACCATTTAAAAACAAACCAA 2 55 1 ACAAACCAATTCTAGAGACAAGTATTGTTAAAAACTCTGAT 2 87 1 AAGGATGAAATAACCAAAAAACTTTTAGATAATGGTTCTAT 2 194 1 TATCTCATTGTTTGTAAACAAGTATTTTTAAACCATCTGAC 3 41 1 AACCATCTGACTAATCAATAAATCAACTAAAAAATTTACTT 3 71 1 GCTTCGAAATAAGGTTTAAAAA 4 0 0 CAAACAAAATTGCAAAAAAAAGTTTTTAGAAAGCATTAAAT 5 77 1 CAGTAGATAGTTGTTATATAAATAATTAGAAATTTCATTTT 5 174 1 TAGTTTCCTCTTATTCAAAAGGATTTTCCAAAAAAAAGCAA 5 244 1 AAAAAAAGCAAAATCAAAGAGTTATTTTTACTGTTT 5 274 1 * *** ** ** ** MAP Score: 10.4281